《续忧危竑议》中，指名道姓地攻击了内阁大学士朱赓和首辅沈一贯，说二人是郑贵妃的帮凶。这二人大惊失色，除了立即上疏为自己辩护外，为了避嫌，不得不带罪在家。沈一贯老谋深算，为了化被动为主动，便指使给事中钱梦皋上疏，诬陷礼部右侍郎郭正域和另外一名内阁大学士沈鲤与“妖书案”有关。
之所以要诬陷沈鲤，除了因为沈鲤与沈一贯一直不和外，还因为当时内阁只有三人——首辅沈一贯、次辅朱赓，以及沈鲤，沈一贯和朱赓均被“妖书”点名，只有沈鲤一个人榜上无名，独自主持内阁工作，自然，人们会理所当然地怀疑他。
而诬陷郭正域，一是因为郭正域之前与沈一贯因为楚王一事闹得很不愉快，二是同知胡化告发妖书出教官阮明卿之手，而阮明卿就是给事中钱梦皋的女婿。钱梦皋为了替女婿脱罪，需要找个替罪羊。郭正域不但是沈鲤的门生，而且是胡化的同乡，加上当时已经被罢官，即将离开京师，很有“发泄私愤”的“嫌疑”。
总而言之，沈一贯和钱梦皋联合起来诬陷沈鲤和郭正域，不过是挟嫌报复，但却由此引发一场大狱。
郭正域正要离开京师时被捕。巡城御史康丕扬在搜查沈鲤住宅时，又牵扯出名僧达观（即著名的紫柏大师）和医生沈令誉。达观和沈令誉都受到了严刑拷打，达观更是被拷打致死，但二人都未能如沈一贯所愿，牵扯出郭正域等人。
这里好重点讲一下东厂、锦衣卫和三法司（刑部、都察院、大理寺）的会审。为了让沈令誉服罪，事先做了不少布置。沈令誉奶妈的女儿只有十岁，也被叫到大堂作证。东厂提督陈矩（之前带吕坤《闺范图说》入宫的那位）问那小女孩：看到印刷妖书的印版有几块。那小女孩说：满满一屋子。陈矩听了忍不住大笑。《续忧危竑议》只有短短三百来字，顶多也就两张纸，哪来的一屋子印版。沈令誉的冤屈显而易见，由此对郭正域和沈鲤的诬陷自然也不能成立。
这个时候，有些人纷纷出来检举揭发，锦衣卫都督王之祯等四人揭发同僚周嘉庆与妖书有关，但不久就查明纯属诬告。案情越来越复杂。参与审讯的官员得到沈一贯暗示，想逼迫之前诬陷钱梦皋女婿阮明卿的胡化承认郭正域是妖书的主谋。胡化却不肯附和，说：“（阮）明卿，我仇也，故讦之。（郭）正域举进士二十年不通问，何由同作妖书？”
因为郭正域曾经当过太子朱常洛的讲官（老师），朱常洛听说此事后，对近侍说：“何为欲杀我好讲官？”这话相当有深意，诸人闻之皆惧。为了营救老师，朱常洛还特意派人带话给东厂提督陈矩，让他手下留情。陈矩为人精明，尽管太子地位不稳，但也决不会轻易开罪太子。加上没有任何证据证明郭正域跟“妖书案”有关，显而易见地是场大冤狱。后来正是由于陈矩的鼎力相助，郭正域才免遭陷害。
针对郭正域的审讯一连进行了五天，始终不能定案。明神宗震怒，下诏责问会审众官，众官惶惶不安。东厂、锦衣卫，包括京营巡捕，压力都相当大，京师人人自危，如此一来，必须要尽快找到一只替罪羊。
万历三十一年（1603年）十一月二十一日，妖书发现后整整十日，东厂捕获了一名形迹可疑的男子皦生彩，皦生彩揭发兄长皦生光与“妖书案”有关。
皦生光本是顺天府生员（明朝的生员不仅是官学生，还是一种“科名”），生性狡诈，专门以“刊刻打诈”为生。明人冯梦龙在《智囊全集》中记载了一则他的故事：有一乡绅为巴结朝中权贵，到处访求玉杯，想送给权贵做为寿礼，也曾托过皦生光。三天后，皦生光拿着一对玉杯求售，说这对玉杯来自官府，价值百金，现在只要五十金就行。缙绅很高兴的买下。没过几天，忽然卒吏匆忙的押着两个吵闹不休的人前来，再仔细瞧，原来是皦生光和一名宦官，皦生光皱着眉头说，前次卖给缙绅的玉杯本是皇宫中宝物，被宦官偷出变卖，现在事机败露，只有物归原处，双方才能平安无事。缙绅大为窘困，玉杯已送权贵无法索回，只好请皦生光想办法，皦生光面带为难色，过了许久才答应帮忙，他建议缙绅出钱贿赂宦官、衙门官员，或者能得以幸免。缙绅不得已，只有答应，于是拿出近千两银子。日后虽明知皦生光借机诈财，但也无可奈何。
不仅如此，皦生光还胆大包天地借“国本之争”讹诈过郑贵妃的兄弟郑国泰。当时有个叫包继志的富商为了附庸风雅，曾经委托皦生光代纂诗集。皦生光故意在诗集中放了一首五律，其中有“郑主乘黄屋”一句，暗示郑贵妃为自己的儿子夺取皇位。包继志根本不懂，便刊刻了诗集。皦生光立即托人讹诈包继志，说他诗集中有悖逆语。包继志情知上当，却也无可奈何，只好出钱了事。皦生光又拿着诗集去讹诈郑国泰，郑国泰胆小，加上朝野上下舆论都对郑贵妃不利，只好出钱了事。
皦生彩揭发声名不佳的兄长后，皦生光之前的事迹全部曝光，锦衣卫如获至宝，立即逮捕了皦生光，将其屈打成招。
事情到了这个地步，本来就可以结案了，主审的刑部尚书萧大亨为了讨好明神宗，还想把“妖书案”往郭正域身上引。但皦生光却表现出最后的骨气，在酷刑下始终没有牵连他人。他的妻妾和年仅十岁的儿子都受到了拷打，却都没有按萧大亨的意思招供。
尽管所有人都明白“妖书案”其实与皦生光无关，就连急于结案的沈一贯、朱赓都不相信，他们认为《续忧危竑议》一文论述深刻，非熟悉朝廷之大臣不能为，皦生光这样的落魄秀才绝对没有这样的能耐。但急于平息事端的明神宗还是匆匆结案，皦生光被凌迟处死，家属发配边疆充军。
皦生光死后，离奇的第二次“妖书案”就此而平，“妖书”的真正作者始终没有人知道。过了一段时间后，朝野开始流传“妖书”其实出于武英殿中书舍人赵士桢之手。
赵士桢是明朝历史上杰出的火器专家，一生研制改进了多种火器。因其在政治上不得志，名字未能如宋应星、徐光启那样彪炳史册。
赵士桢的一生，颇富传奇色彩。他早年是太学生，在京师游学。他能写一手好字，书法号称“骨腾肉飞，声施当世”，时人争相买他所题的诗扇。有个宦官也十分喜欢赵士桢的书法，买了一把诗扇带入宫中，结果被明神宗看见，大为赏识，赵士桢平步青云，以布衣身份被召入朝，任鸿胪寺主簿。鸿胪寺有点类似于国宾馆，日常职责是凡外国或少数民族的皇帝、使者，到京师朝见皇帝或进贡，按等级供给饮食及招待。
赵士桢为人慷慨有胆略，交游颇广。万历五年（1577年），张居正丧父，因贪恋权位不肯回家奔丧，发生了震惊朝野的“夺情”事件，五名大臣因此被廷杖。赵士桢不畏干连，予以调护，词翰声誉甚盛，号称“他途入仕”名士。不过，他因“生平甚好口讦，与公卿亦抗不为礼”，加上又因为制造火器得罪了不少人，一生并不得志，当了十八年鸿胪寺主簿才升为武英殿中书舍人，还经常受到怀疑、诽谤。皦生光被杀后，京中盛传妖书“是东嘉赵士桢所作也”。赵士桢为此而身心劳瘁，据说他已经精神错乱，甚至多次梦见皦生光索命，终于一病不起，抑郁病亡。
但赵士桢是妖书作者始终只是传说，并没有证据，真正的作者到底是谁，始终没有人知道。“妖书案”虽平，但其影响所及，却已远逾宫廷，遍及朝野，险恶的宫廷斗争也并没有就此平息。
梃击案
万历三十九年九月十三日，王恭妃病逝。死去的王贵妃的境遇，折射出活着的太子朱常洛的景况。王贵妃安葬一年之后，朱常洛遭到心怀叵测者的暗中诅咒，说明他的地位直到此时依然岌岌可危。万历四十一年六月初二日，一个名叫王曰乾的武弁（锦衣卫百户）告发：奸人孔学等人，受郑贵妃指使，纠集妖人，摆设香纸桌案及黑瓷射魂瓶，由妖人披发仗剑，念咒烧符，又剪纸人三个（皇太后、皇上、皇太子），用新铁钉四十九枚，钉在纸人眼上，七天后焚化。
万历皇帝获悉后，愤怒不堪，责怪内阁首辅为何事先没有报告。内侍太监听到皇上问话，便把早已递进的内阁首辅叶向高的奏疏交给皇上。其实叶向高已经知道此事，他的奏疏建议：
为皇太子考虑，皇上应该冷静处理此事：如果大张旗鼓，朝野上下议论纷纷，反而使事态恶化，那么‘其祸将不可言‘。万历接受了这个建议，因为只有大事化小，小事化了，是唯一的上策，如果张扬出去，势必像‘妖书案‘那样闹得满城风雨。
第二天，叶向高指示三法司严刑拷打王曰乾，把这个危险人物打死在狱中。他所告发的案情太严重，又真假难辨，只有以不加追查、不事张扬、消灭活口的方式了结，才能化险为夷，化有为无。叶向高不愧老谋深算，顾全了皇室的根本利益。
不过，这一事件或多或少透露出，宫廷内外围绕皇太子的争斗，虽然悄无声息，却处处闪现出阴森的刀光剑影，朱常洛的日子如履薄冰如临深渊。万历四十一年年底，皇太子妃郭氏病故，葬礼一拖再拖，其实是不想按照皇太子妃的规格发引。这种事态反映了皇帝对皇太子的冷漠态度。正是由于这种缘故，朱常洛身边的警卫人员寥寥无几，慈庆宫一派冷清景象。
这些因素，终于诱发了震惊一时的行刺太子的‘梃击案‘。
万历四十三年五月初四日的黄昏，一个陌生男子，手持枣木棍，闯入慈庆宫。第一道门寂然无人，第二道门只有两名老太监（一个七十多岁，一个六十多岁）把守，这个陌生男子打伤一个老太监，直奔前殿檐下。说时迟那时快，太子内侍韩本用率七八名太监赶来，将凶犯擒获，押送东华门守门指挥朱雄处。
巡视皇城御史刘廷元立即对案犯进行初审，案犯供称：本名张差，蓟州井儿峪人。此人言语颠三倒四，好像疯子。