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“别录”实际上是一些读书札记，是作者为了准备著书长期积蓄的一些资料长编。所以在内容上将是不同的观点，甚至相反矛盾的史料兼收并蓄，而未加考辨论述和筛选。全书很不平衡，有的地区收得很多，有的地区却很少。在他50岁时，由于年老善忘，对这些材料不能逐一校正，便将这些原始材料编订成册，存于篇中，总名为“肇域志”。有人考证认为这是出典于《尚书·尧典》：“肇有十二州”，以此表示明代整个疆域。作者编订后，希望后人能在此基础上斟酌去舍，“续而传之”。在他晚年时，他又将此书一分为二：“一为舆地之记，一为利病之书”，前者即《肇域志》，后者为《天下郡国利病书》。
《天下郡国利病书》以讲究郡国利病贯穿全书，重点辑录了兵防、赋税、水利三方面内容。作者十分重视研究各地兵要地理，深感兵防之重要，所以书中对全国各地的形势、险要、卫所、城堡、关寨、岛礁、烽堠、民兵、巡司、马政、草场、兵力配备、粮草供应、屯田以及有关农民起义和其他社会动乱等方面资料，无不详细摘录。所以梁启超在《中国近三百年学术史》中称此书为“政治地理学”。我们认为未免有点偏颇。
其次在赋税方面主要对明代一条鞭法实行后果及各地所遭破坏事实，以及揭示地主阶级如何将国家赋役通过各种不法手段转嫁到农民身上的种种事实等都加以详细收录，同时也辑录了与之有关的土田、屯垦、粮额、租税等项目。所以今人赵俪生认为此书“不应列为地理类，而应列为明朝社会经济资料之书”。“主要是著录明朝社会经济情况的一部重要的资料书，仅仅它的著录方式是按'郡国'的框框而已”。其理由“主要是由于本书绝大部分篇章所注录的是关于赋役、屯垦、水利、漕运、兵防、马政、盐政、少数民族以及农民起义诸项目的资料，其中虽然偶有记录地方风俗以及山川沿革考订事项等，但所占的比例究竟太少了”。这种说法虽有一定道理，但仍有些牵强。因这些经济内容无一不通过地理显示，至少应属经济地理范畴，何况书中尚有大量沿革地理、军事地理、民俗、文化地理等材料。
再说水利方面，书中收集了主要河道、漕运诸河（运河、胶莱运河等）、航运，主要作物区特别是三吴地区农田水利以及明代水利专家治水方略、奏折等主要资料。
全书实际汇总了政治、经济、军事、历史、地理等各方面资料，这些资料除了摘自方志外，同时也辑录于实录、文集、邸抄及其他各种史料，其中不少今已失传，或已成罕见的碑刻和地方史志材料，十分珍贵。《四库全书总目》称其“杂取天下府州县志书及历代奏疏文集，并明代实录，辑录成编”，将其列入史部地理类，是有一定道理的。
至于说到这部书的价值，除了前面已叙过它保留了许多珍贵资料和进行了实地考察加以厘正以外，更重要的是它对明史研究有特殊史料价值。正如赵俪生研究后所云：在考查明朝社会经济方面，《利病书》却与《明实录》、《皇朝经世文编》有三鼎足之妙。自上而下的材料，多见于实录，《经世文编》中主要是来自中层士大夫的意见，惟有《利病书》是透过基层人们的回忆、总结、评论及一些下层的意见，可以补足《实录》自上而下材料的片面性，对研究明代社会经济是很有价值的。
此书原为34册，今已不全，第14册全缺，其他各册也有佚文。以后版本多种，现通行本中，以四库善本丛书馆借涵芬楼印昆山图书馆所藏稿本影印本为佳。
至于《天下郡国利病书》的姐妹篇《肇域志》则是专述地理的，可谓明代地理总志，因与《天下郡国利病书》关系十分密切，这里有必要作一些简要介绍。《肇域志》全书不分卷，约200万字，其内容包含沿革、形势、城廓、山川、道路、驿递、街市、坊宅、兵防、风俗、寺观、水利、陵墓、郊庙等项，有的府州还附有长篇的食货、官职资料，可见内容十分丰富。这部书一大特点是收编了大量地名。它收集的地名不仅超过《寰宇通志》、《大明一统志》，而且有的地区比《读史方舆纪要》还多。它除记载了各省府州县著名山川古迹外，还收录了许多小山、支水、盐场、坑冶、镇市、渡口、巡检司和课税司所在的小地名，有的地区甚至比专志以及《古今图书集成·方舆汇编》所辑录的小地名还多，这是非常难能可贵的。另外它与《天下郡国利病书》一样，也保存了大量已经失传的明代方志资料和许多罕见的专志资料，这些珍贵资料可以作校勘其他古籍参考。此书在乾隆末年已佚京师、江西、四川、广西四部分，现有抄本很多种。近年谭其骧主持以云南图书馆藏的抄本为底本，校订后将由上海古籍出版社出版，这将是我国目前国内最佳版本。
《天下郡国利病书》与《肇域志》因源出同一部资料，在拆分时比较粗疏，以致分而未净。正如今人杨正泰的《天下郡国利病书》介绍中指出：《肇域志》虽偏重于地理，但也杂有食货、兵防、水利等方面资料；《天下郡国利病书》虽偏重郡国利病，但也杂有许多舆地记载。诸如沿革、山川、城池、古迹、市镇、风俗、屯垦、水利、赋役、漕运、兵防、马政、盐政等门类，在两书中均有。分得不当的也屡见不鲜，有的州县沿革、山川、城池等材料不在《肇域志》中，却收入了《天下郡国利病书》中；同样不少有关国计民生的“论”、“说”、“文”、“集”却不载于《天下郡国利病书》，却收入了《肇域志》中。甚至论证同一问题的资料却被硬行拆开分置在各书中，最典型的是对曾子籍贯考证，提出问题和罗列不同说法的材料在《肇域志》中，大量考证资料却留在《天下郡国利病书》中，而考证后得出的结论却又放入他的另一部著作《山东肇域记》中。所以对这两部书的资料，不能机械隔立对待，需要相互补充、相互参证，互得益彰。
八十八：《读史方舆纪要》
“千古绝作”，“海内奇书”
有清一代地理著作层出不穷，其中，清初顾祖禹独撰的《读史方舆纪要》颇受后世称道，被誉为“千古绝作”、“海内奇书”。
顾祖禹，字瑞五，号景范，江苏无锡人，生于明崇祯四年（1631年），卒于清康熙三十一年（1692年）。由于久居无锡城东宛溪，被学者称为宛溪先生。他自幼聪颖过人，好学不倦，背诵经史如流水，且博览群书，尤好地理之学。顺治元年（1644年），清兵入关，顾祖禹随父避居常熟虞山，长期躬耕授业，过着“子号于前，妇叹于室”的清贫生活。虽如此，亦耻于追名逐利，走入仕途。相反，选择了以著书立说为手段，以图匡复亡明的道路。秉承父亲遗命，立志著述《读史方舆纪要》，“盖将以为民族光复之用”。自顺治十六年（1659年）始，他边教私塾，边开始《读史方舆纪要》的著述。
康熙十三年（1674年），三藩起兵，顾祖禹只身入闽，希望投靠耿精忠，借其力达到反清复明的目的，但未被耿精忠收用，只好重返故里，继续撰写《读史方舆纪要》。康熙年间，虽曾应徐乾学再三之聘，参与《大清一统志》的编修，但坚持民族气节，不受清廷一官一职，书成后甚至拒绝署名。在此期间，顾祖禹利用工作之便，遍查徐氏传是楼藏书，为《读史方舆纪要》的修撰，积累了大量资料。经过30余年的笔耕奋斗，约在康熙三十一年（1692年）前，也就是顾祖禹50岁左右时，终于完成了这部举世闻名的历史地理巨著。
《读史方舆纪要》共130卷（后附《舆地要览》4卷），约280万字。综观全书有如下一些特点：第一，选材得当，体裁新颖。《读史方舆纪要》选取材料与一般地志不同。着重记述历代兴亡大事、战争胜负与地理形势的关系，而游观诗词则大多“汰去之”。前9卷撰述历代州域形势。接着，以114卷之多，以明代两京十三布政使司及所属府州县为纲，分叙其四至八到、建置沿革、方位、古迹、山川、城镇、关隘、驿站等内容。与各地理实体有关的重要史实，附系于各类地名地物之下。并常在叙述中指出该地理实体得名的原由。随后，以6卷记述“川渎异同”，作为“昭九州之脉络”。最后一卷是传统之说“分野”，作天地对应，有“俯察仰观之义”。前面历代州域形势以朝代为经，以地理为纬；后面分省则以政区为纲，朝代为目，全书经纬交错，纲目分明，且自作自注，叙述生动，结构严谨，读之趣味无穷。
第二，具有浓厚的军事地理色彩。顾祖禹著述《读史方舆纪要》的主要目的之一既然是为反清复明之需，当然十分注重对于军事的记述。他鉴于明朝统治者不会利用山川形势险要，未能记取古今用兵成败的教训，最后遭致亡国的历史，在书中着重论述州域形势、山川险隘、关塞攻守，引证史事，推论成败得失，“以古今之史，质之以方舆”。详细记载历代兴亡成败与地理环境的关系，而对名胜古迹的记载则相对简单得多。不仅前面9卷专门论述历代州域形势，而且每省每府均以疆域、山川险要、形势得失开端。各省形势及其在军事上的重要性，皆有总序一篇进行论述。《历代州域形势》和各省山川险要总论，几乎每篇都是甚有价值的军事地理论文。
而且每叙述某一地理实体时，必穷根究源备述其军事上的地位和价值。顾祖禹认为，地利是行军之本。地形对于兵家，有如人为了生存需要饮食，远行者需靠舟车一样重要。只有先知地利，才能行军，加上“乡导”的帮助，“夫然后可以动无不胜”。这正是他在《读史方舆纪要》中，对于地理环境与战争得失成�