人和赏罚得失，尤其论述了对土蕃作战的应有方略。其论宏阔，大气磅礴，方略亦具体可行。得到高宗和武则天的赏识，授秘书省正字之职，入值书省，以便随时寻唤。不久，迁任监察御史、殿侍御史。
在平徐敬业叛乱，武则天让他担任李孝逸军的监军。武则天对他认识极准，魏元忠果然极有军事才能，给李孝逸献计无不成功。平乱之军所以能不失时机地进军，能迅取得胜利，和魏元忠的监军献策关系极大。平叛魏元忠立下汗马功劳，也表现了他非凡的军事天才和果勇的作风。
平乱后因功授司业正，不久迁洛阳令。当时酷吏横行，他先后数度受害，次入狱因平叛有功，被武则天救下，流放岭南。一年多后被召回任御史丞，又为来俊臣拘陷，将就刑神色自若，前死者尸体相枕藉於前，他亦毫无害怕之意，这次又被武则天在刀头救下，流放费州。复为丞，又年余被酷吏侯思止陷害，系于狱，在狱大骂侯思止不停。女皇爱惜他的人才，仍然没有杀害他，把他流放到外地。酷吏败后，女皇仍恢复他的原官。女皇对他累被牵进重案而不解，问其原因。他委婉地回答女皇，身为头鹿，酷吏欲烹为美羹，故受害，武则天听到后悔不已。
圣历二年，武则天提升他为凤阁侍郎、同凤阁鸾台平章事，并命他检校并州长史，任天兵行军大总管，以阻突厥。再迁升为左肃政台御史大夫，检校各州长史、同凤阁鸾台三品，已成为出将入相的枢垣。魏元忠性情刚烈，嫉恶如仇，敢说敢为，但他与狄仁杰、娄师德等相比较，缺乏后者的机智和通融，因此治理政务军务、对上对下，威严刚猛，无法缓和通谅。此时，狄仁杰等辅大臣去世，武则天对他十分信任，宰相班子很少再有比他有威信的了。但因女皇宠幸“二张”，他义愤填膺，绝无通融余地，终于生了与女皇之间的正面冲突，几乎无味地丢掉脑袋。
对女皇宠“二张”之事，狄仁杰等宰相也劝谏，但又都有所保留。女皇以“二张”为近侍，宴饮笑闹，游山玩水，其行为自然为正派大臣所反对。天子应亲君子，斥小人，清心寡欲，而为天下立德，这是正直官员期望的好皇帝。狄仁杰等虽劝谏女皇，但他们清楚地看到，女皇虽近“二张”，但也亲和、尊重大臣，朝政务委任宰相把持，诸官任事也不许含糊，却不让近宠们干预朝政。因此，整个朝政仍风正气清。无邪侫之气。狄仁杰等人还看到，女皇一边宴游玩乐，一边处理政务，二者相得，并未因宠“二张”而费政务。同时，皇帝晚年，广建宫宇、吉爱游乐，但即一直重视农业生产，国力未受多大损失。尤其能让狄仁杰等可以接受的是，女皇已是高龄老人，高宗已离她十几年，身为万乘之君，却又是孤寡老人，宠几个男侍，消遣暮年之寂寞，能算个什么大事呢？不要说老人已难有男女欢爱了，就是有此又能说明什么？帝王三宫六院，佳丽千万；一个大臣也都是妻妄成群，女皇也是皇帝，作为皇帝就不能有几个男妻妄？总而言之，作为女皇的股肱大臣，都是七八十岁的老人了，应该相互理解才对。所以，狄仁杰等虽也劝谏女皇，让她别太出格，女皇也深知其意，所以没出大格，他们君臣之间许多年相处融洽，狄仁杰去世时，女皇当着众官员的面，大哭不止。女皇帝，也是有血有肉的人啊。
尤其让大臣们高兴的是，晚景的女皇帝性格变的温柔而有趣，大小事任你劝谏，不再动气火。即使是关于“二张”的劝谏，有时很让她面子上过不去，她也都不火。如前提到的那个宰相韦安石，当着皇帝的面，逐走了“二张”的友人四川宋霸子等商人。女皇不仅未加罪，还表扬韦安石直言劝谏，这种风度让在场的官员无不叹服。又如前提到的右补阙朱敬则好言劝谏女皇，说出那么难听的话来，武则天还赏赐他东西，也不追究侮辱她的侯祥等人。
久视元年（7oo年）十二月，凤洛舍人崔融上奏，要求取消屠宰和捕鱼的禁令。他认为烹杀猪羊，连古圣人都不禁止，还用来祭祀天地祖宗。南方人吃鱼，北方人吃肉，这是民间百姓古来养成的习惯，又有多少渔民和屠户以此为生，怎么可以禁止呢？武则天看罢奏折后，立即下诏取消禁令。
长安元年三月，宰相苏味道与凤阁侍郎、同平章事张锡，因选官泄露了机密，张锡更因之贪脏当斩，临刑前女皇绕恕不死，流放循州。苏味道被牵连下狱，女皇见他在狱表现得好，便放出官复原职。苏味道感谢女皇，因三月底下了一场大雪，便率领百官入贺，宣称是“瑞雪”。殿侍御史王求礼却奏言：“三月雪为瑞雪，腊月雪为瑞雷乎？”苏味道仍坚持说是“瑞雪”。王求礼又说：“今阳和布气，草木荣，而寒雪为灾，岂得诬以为瑞贺者皆谄谀之士也。”武则天听从王求礼的话，下令罢朝，以避禳雪灾。正巧又有人向女皇献一头三足牛，一些官员又表示祝贺，王求礼又奏：“凡物反常皆为妖，此鼎足非其人，政教不行之象也。”就是说：“凡万物反常就是怪物，这个三条腿的牛如果承认他是祥瑞，那么国家的政教也就无法推行了”女皇看了三足牛已惊恐不已，又听王求礼一解释，赶紧命令把三足牛牵走＇《资治通鉴》，卷o7，长安元年三月。＇。
这些献祥瑞的事似乎很小，但在朝却是大事，因其关系皇帝的政教是非。若换个皇帝，或在前些年，王求礼反对“瑞雪”，怕是难逃惩处；而如三足牛是妖物献给女皇可定论，献者也会大有干系。如今女皇皆就事论事，从谏如流，同时也不罪非者，一带而过，甚至和平。
但是，武则天却与魏元忠生了尖锐的矛盾，弄得无法调和。原因是魏元忠对她宠“二张”不予原谅。他见武则天宠幸小人，心里憋奴在街上闹事，便带着手下赶过去，下令把那人当场打死。接着，武则天内定张易之的兄弟、歧州刺史张昌期为雍州长史。在朝廷上征求宰相们意见，众宰相都表示同意，魏元忠却说：“张昌期不堪为长史”女皇问他原因，他回答：“张昌期不懂政事，以前任职歧州，户口都逃亡殆尽。雍州是京畿地区，事务重大，薛季昶精明强干，应当由他担任。”女皇见他说的有道理，也就同意了。而且，还重用了他推荐的薛季昶，让他做右御史台谏议大夫，充山东道防御大使，节制幽、沧、瀛、定、桓等州诸军，以防突厥，说明女皇帝对他信任的程度很深。而魏元忠对皇帝宠“二张”就是主谅解，他又向武则天面奏：“臣自先帝以来，蒙被恩渥，今承乏宰相，不能尽忠死节，使小人左侧，臣之罪也”＇《资治通鉴》，卷o7，长安三年九月。＇武则天听了自然明白他说的是什么，心里不高兴，认为他管的太多。
………【第四百七十二章。勿看】………
第四百七十二章。勿看
魏元忠向武则天辞行，向她说：“臣老矣，今向岭南，十死一生。陛下他日必有思臣之时。”
武则天让他说说明白，当时张易之、张昌宗都在武则天身边侍候着。魏元忠指着他们说：“此二小人，终究是祸乱之根”张易之等听了，吓得屁滚尿流，赶紧下殿叩头，捶胸顿，直叫冤枉。
魏元忠说罢叩而去。女皇见魏元忠离去，从龙椅上站了起来，踉跄了几步，若有所失地说：“元忠真的走了吗？”
殿侍御史王晙还想上殿替魏元忠说理，宗拦住他说：“元忠幸得全身而退，你再多说，引起皇帝震怒，不知该有多狼狈呢”王晙说：“魏公以忠获罪，我以义再奏，即使也被配流放也再所不辞”宋叹曰：“我不能为魏公申理，深负朝廷啊”
魏元忠离京时，太子仆（掌管太子车與、乘骑、仪仗官员）崔贞慎等八人为他在效外饯行（因魏元忠兼太子左庶子）。张易之兄弟听说此事，便化名“柴明”投信铜匦，密告魏元忠与崔贞等继续谋反。武则天又令监察御史马怀素调查。武则天进一步认为魏元忠身为朝辅大臣，又在太子东宫任重要职务，他们生离死别，急生变，可能做出不轨之事，因此想查出个水落石出。马怀素查案时，她同时派人监督、催促，以防保庇作弊。
马怀素很快上奏说：“崔贞等人仅为饯行，并无反状。”并提出让柴明出来与崔贞等人对质，武则天闻奏说：“我并不知柴明何许人，你也不必让他们对质，只要根据密状报的案情审理就可以了。”马怀素说，实情就是送行。武则天大怒，说：“你是想纵容他们造反吗？”马怀素说：“臣不敢魏元忠以宰相被谪，崔贞作为故旧相送，要诬陷他谋反，臣不敢这么做。西汉时栾布上奏敕免彭越，汉高祖不认为栾布有罪。何况魏元忠的罪名实情和贬官的处理都不如彭越重，难道陛下还要杀死送他的人吗？陛下自操生杀大权，欲加之罪，陛下就亲自断案好了。而如今既委臣审理，臣不敢不据实上奏。”武则天听后口气缓和了些，说：“你想一点也不加他们罪吗？”马怀素说：“臣愚昧无知，着不出他们有什么罪状。”
武则天见马怀素说得句句有理，对答如流，态度安闲，觉得应该是真情，便心释然，不再审崔贞等人。
其实，武则天也自知宠幸张氏兄弟不好，但总以为自己这么大年纪了，让他们陪着笑笑闹闹，自己愉快，也不影响大局。大臣们一般的劝谏，认为皇帝不该这么做，对张家兄弟看不惯，这她都能理解，也不怎么生气。然而魏元忠一个辅大臣，自己又多年信任他，非要以死相拼，她也就不能容忍。加上张氏兄弟和密状告他造反，又有这么多人拿性命同他一同争斗，参与人又多是东宫太子的属官，那个苏安恒因魏元忠的事说得那么严重。因此，她才揪住不放，审个明白。魏元忠一国宰相，竟因张氏兄弟而遭贬，实不值也。
魏元忠因�