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天启二年（公元1622年），孙承宗前往山海关视察，力排众议，支持袁崇焕主张的坚守宁远、积极防御的意见，反对退守山海关。宁远位于辽西走廊中部，守住了宁远，也就是扼住了辽西的咽喉，能确保身后二百里外的山海关无虞。
此后，经过数年的经营，辽东终建成一道坚不可摧的宁（远）锦（州）防线，后金骑兵撞破了脑袋也不得逾越。从努尔哈赤到皇太极，均望宁远而叹息止步。这个决策，不仅保住了天启朝的平安，就是崇祯一朝也得益颇多。
天启二年（公元1622年）八月，孙承宗出任辽东经略。“是时，关上兵名七万，顾无纪律，冒饷多。承宗大阅，汰逃将数百人，遣还河南、真定疲兵万余。”（《明史》）随后“乃定兵制，立营房，五人一房，三千一营，十五营为三部，而将帅以营部为署。兵不离将，将不离帅”。此外又修筑关城，安置大炮，辽东明军实力由此大盛！
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京城盛传孙阁老已提兵逼近（4）
宁远城修筑竣工后，孙承宗调袁崇焕镇守，自己则坐守山海关。就是说，明末威名赫赫的袁崇焕，此时还不过只是孙大帅的一员爱将。当时关外一派晏然，逃亡百姓纷纷回归，宁远一带“商旅辐辏，流移骈集，远近望为乐土”。
随着宁远防卫的日渐巩固，明军防线也在不断扩张。天启五年（公元1625年）夏，孙承宗遣将分据锦州、松山、杏山、石屯及大小凌河各城。这样，自宁远又向前推进二百里，从而形成了以宁远为中心的宁锦防线。
《三朝野记》说，“自承宗出镇，关门息警，中朝宴然，不复以边事为虑矣。”万历末年的辽事大坏，变成了天启年间的辽事大好！
天启帝有福，终其一朝几乎不闻边警，就因用对了一个人！
魏忠贤当然知道孙阁老既有才，又有背景，所以颇为敬畏，曾数次想把孙大帅收归自己名下，但孙承宗为人既正直，又在天启帝心目中极有分量，所以根本不睬魏公公的那一套。
孙承宗是个文武两手都很硬的人，于“文斗”方面的谋略，也在很多东林党人之上。天启帝对他，唯有崇拜的份儿，几乎言听计从。若不是他常年督师在外，魏忠贤怕也翻不起这么大的浪来。
由于他常年在辽东，所以两派都将他视为化外之人。在内阁争权时，谁都没把他算一个。
可是孙阁老却没有忽略朝中的斗争。眼看正直之士一个个被清除，大明的天已经塌了大半，他坐不住了，决心以自己的威望，全力一击，把这个混蛋魏忠贤打下去。
孙承宗的这一想法，有很大的可行性。可惜动这个念头动得太晚了，此时朝中已无一个正直之臣能在高位上予以应援了。
他如果提前半年下这个决心，情况可能会大不相同！
如今，东林党人的喉咙全被扼住，能够跃起一搏并且可能有效的，只有他自己了。
他早看清楚，东林党人的攻击手法太陈腐，只知道上疏弹劾魏忠贤，难道他们就不知道：所有的奏疏在第一时间都会落到阉党手里！结局如何！完全是任人宰割。
所以他考虑：根本不能露一丝痕迹，要以迅雷不及掩耳之势直接面见皇上。他相信以自己的威望和谋略，肯定能说动皇上，起码是疏远这个乱了朝纲的大太监。
但要做到这点，现在也很不容易了。天启帝已被阉党铁桶般围住，像自己这样一个与阉党不合流的人，如何能够毫无阻碍地靠近皇上？
这个机会，他想，就在十一月中旬皇上的生日。假如以贺寿为名，面陈朝政，那是最好不过的。
并且这个图谋，决不能让阉党察觉一丝一毫！
于是，他在十一月初巡防来到蓟镇，这地方离京师只有几十里。他含含糊糊地写了一份奏疏，派人送进宫，只说是：三年未睹天颜，如今巡防到此，离京仅有数十里，很想在皇上万寿之日，跟大家一起看看您！
他还报请了日程计划，即十二日入都门，十三日早朝面君，十四日随内阁大臣贺寿，然后另择日向皇上面奏军机，之后再和有关衙门会商一下军事。
他怕阉党起疑，还特别在奏疏里说：如今朝中事体纷纭，他本不该冒昧入京，但边防有未决之事需要请示，陛见之后，当速出国门，以免猜疑（见《明熹宗实录》）。
话说得滴水不漏。
但可能正是这“不漏”，引起了魏忠贤的怀疑。魏忠贤此时的韬略，已不是三四年前那个不要命胡来的水平了。他在想：这孙阁老，是有什么企图吧？
他的爪牙因为没有权力幻觉，也就看得更明白：哪能放孙阁老进京？魏公公别是糊涂了。公公固然霸道，但那脑袋瓜还斗不过孙阁老吧？
可是这话不能明说，于是大家会意，就到处放谣言，说孙阁老此次来，肯定有异动！
魏广微就是造谣者之一。他说，孙阁老和兵部侍郎李邦华早就串通好，此次拥兵入京，将有大举（什么大举？要您的脑袋）。
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京城盛传孙阁老已提兵逼近（5）
魏忠贤一听说“清君侧”，有如遭受电击，一下就明白了：孙承宗来，毫无疑问就是干这事的！
这可怎么办？
在这个世界上，他老魏可以说谁都不怕，唯独就怕这个孙大帅。
——天启帝再糊涂，到此时也没把军权交给阉党一系的人。这说明，这个半傻的皇帝，还具备起码的君主素质：即便对最亲近的人，也留了一手。
魏忠贤知道大祸要临头了，要是过不去这道坎，前面的什么都等于白干了。他思前想后，觉得只有一招可行——
只有激怒皇帝，孙阁老才进不来。
他顾不得夜已深，急忙赶去奏报皇上。天启帝已经归寝，魏忠贤硬把天启帝叫醒，汇报时还不忘把谣言修正了一下，使之更具有可信度：“孙承宗率甲兵五千，离山海关向京师进发，内外合谋，欲清君侧！”
“唔？”天启帝一听，吃了一惊：孙阁老能干这事？
清君侧？如何清？难道要拥兵把我废掉？
天启帝心里升起一股寒意，从龙床上蹦下来，绕着床踱步。越想，越怕，心慌意乱之下，竟倒退着走起来。
魏忠贤见天启帝不仅没激怒，看样子好像被吓傻了。他顿时崩溃，也跟着皇帝绕着御床走，捶胸大哭：“万岁爷若放孙阁老进来，老奴活不成了！”
天启帝脑筋转了几个弯儿，以他对孙承宗的了解，兵变绝无可能。大帅想回来一趟，也不过就是回来，倒是魏公公给吓成这样，实在太可怜。
天启帝一念不忍，就发了话：拟旨，让孙阁老不要来了。
天启帝根本不信孙承宗能造反，所以他相信一纸上谕，就能把孙阁老给挡住。
那边顾秉谦早有准备，一道严旨已经拟好，命孙承宗“马首速转向东，急还山海，待犁庭扫穴、失土尽复之日，再回京。”
天启帝听了内容，点了头。阉党诸人犹如热锅上蚂蚁，一刻也等不得，半夜三更打开大明门，宣兵部尚书入内，令他速发三彪飞骑，携旨分路拦截孙承宗。
魏忠贤此时也有了底气，亲赴齐化门，矫诏命令守门宦官：“孙阁老敢入齐化门，便缚来杀了！”
北京城里，诸阉夜不能寐。尽管谣言是他们自己造的，但孙承宗近在咫尺这是真的，他们大气都不敢喘一口，只等天明后的情况反馈。
孙承宗这天才走到通州，一彪飞骑迎头拦住，兵部的官员就地宣旨。
孙承宗听完旨站起，仰天长叹：这一回又没斗过这魏大珰！
他本来就无兵谏之意，知道此时一举一动都很关键，不能给魏阉留下任何有异谋的把柄。于是二话不说，拨马便回，直赴山海关而去。
走到半途，北京方面又有消息传来，说魏阉正在设计要杀掉他。
孙承宗心里更是不安，只有加急赶路，先回去再说。
可巧东厂有一个特务混到孙承宗身边做随侍，负有监视之责。他为人较正直，对孙承宗相当佩服，于是就写了密信传回京中，说他亲见孙承宗只带了一个属员，其余未带一兵一卒。
魏忠贤得报，才略略放下心。
这一场虚惊，使魏忠贤得了一个教训，那就是：军权不可不抓。此后，他就加紧抓了太监监军的事。另一方面，他心里也基本有了底：正人君子，技止此耳！
这个孙承宗，对明末历史影响甚深，但不知为什么名气却不显。
万历四十五年（公元1617年）“梃击案”之时，张问达曾向孙承宗请教如何处理此案，孙承宗建议“不可不问，不可深问”，张问达按这个思路去办，既打击了郑贵妃的气焰，又给万历帝留了面子，没有使事态全面恶化，较为妥善地处理了此案，可说是一条万全之策。在万历皇帝死后，孙承宗又负责起草了“神宗遗诏”，彻底否定了万历期间的种种弊政，为泰昌和天启初年的新政造足了舆论，也是功不可没的一件事。
孙承宗这次劝谏虽然只是个意图，但魏忠贤仍没有放过他，后来又诬告他回京是图谋异动，好在天启帝还是没有理睬。
京城盛传孙阁老已提兵逼近（6）
后来在天启五年（公元1625年）十月，魏忠贤终于找了个机会，借故将孙承宗免职，换了高第担任辽东经略。高第是一个纯粹文臣，既不懂军事，也没打过仗。努尔哈赤听说孙承宗去职，即率八旗大军来攻。高第畏敌如虎，命令撤掉宁锦防线，关外官兵全部撤回山海关，大军在撤退中又演变为大溃逃，一片狼藉。
孙阁老的数年心血毁于一旦。
只有驻守在宁远的袁崇焕抗命不撤，与总兵满桂等坚守宁远，一炮把努尔哈赤轰成了重伤，撤到沈阳后身亡。
这件事，也应有孙大帅的一份功劳。
孙承宗回到家乡高阳后，专心著述，有《督师全书》、《古今中官志》、《高阳集》等著作传世。