成立后，非马来人可较容易取得公民资格，即如年满十八岁，在194。25前十五年在马来亚或新加坡住满十年即可取得公民权等。
马来亚左翼政党指白皮书：把战前之间接统治变为直接统治，把行政立法大权集中在英王委任的总督，把新加坡从马来亚强行分离出去，将公民分成马来人和非马来人是破坏各民族团结（注：
本人认为马来人和非马来人从来、现在及将来都是互相对立，根本不存在甚幺破坏各民族团结），而且祗给公民资格而不给公民权是一场骗局。
保守马来亚上层人士和马来裔人民则不满英国如此粗暴强迫苏丹”自动让出权力”，为此42个马来人组织在拿督奥恩。加尔法尔（Dato
Onn Bin Jaafar）的领导下于组成马来民族统一机构United Malay
National
Organization，简称巫统，要求保护马来人特权，反对给与非马来人公民权。该组织现今还控制着马来西亚的政权。巫统号召马来人展开抵制活动，四月一日马来亚联邦首任总督贞特主持马来亚联邦成立典礼，九位马来苏丹和英国委任的马来裔议员也都缺席，各地马来人举办哀悼周活动以示抗议。
伦敦派东南亚最高专员麦克唐纳Malcolm
MacDonald来马来亚处理马来亚各方的反抗，他来到马来亚后发现反对阵营存有两种不同势力，左派真正目的是结束英国统治，是真正危险所在；而苏丹和巫统祗要求恢复战前保护国地位，他们要求马来人有特权，其矛头并非针对英国，而是反对轻易给非马来人公民资格。麦克唐纳授意放弃「马来亚联邦」的政策，由英殖民政府、马来苏丹和巫统三方代表组成”宪制工作委员会”，重新起草一部新宪法，这个”宪制工作委员会”故意不让左派和非马来人（即华人和印度人）参加。
终于在十二月底制定新宪法，并以蓝皮书形式公布，蓝皮书把马来亚联邦改称马来亚联合邦Federation
of
Malaya，新加坡仍分割出去，联合邦有强大的中央政府，由英国委任最高统治者，掌握行政立法大权，祗是不再称为总督而改称高级专员
High
missioner。各土邦苏丹大体恢复昔日名义上的统治者地位，蓝皮书强调马来人的特权，对非马来人取得公民权规定了比白皮书更为苛刻的条件。
这蓝皮书引起以华人为主的非马来人反对，”全马联合行动委员会”和”马华公会”号召举行罢市、罢课，整个新加坡的动脉骤然停顿，其它马来亚城市也陷于瘫痪状态，但麦克唐纳不理会总休业，坚决成立马来亚联合邦及执行偏袒马来人的新宪法。英国殖民当局将马来人拉到自己一边后，便于突然在霹雳州宣布进入紧急状态，又在全马来亚半岛实施紧急法令，授意军警任意捕人和杀人的无限权力。于是全国各地的特务，警察、军队大举出动，袭击工会、左翼政党、人民团体社团，搜捕共产党人、民主人士、反英份子，宣布马来亚共产党、马来亚国民党、全马总工会、马来亚华人抗日军退伍军人协会、青年团等党团为非法组织，血腥镇压和屠杀以华人为主的无辜人民，仅六月二十日晚，全马各地就有以华人为主的六百多人被捕，三百多个以华人为主的工会和社团被封。这年年底，已有以华人为主的13341人被关进监牢或被驱逐出境，以华人为主的四百多人被屠杀，主要针对华人的白色恐怖笼罩全马（注：国民党在台湾的二二八镇压是1947）。
英殖民者宣布进入紧急状态的目的是企图以突然袭击的办法，先发制人，把以华人为主的反对力量一网打尽。但有很多工会和社团的骨干份子在反白皮书和蓝皮书的斗争中已认清英国迟早会下毒手，在大搜捕前已转移他处，当年的华人抗日军纷纷走回森林中，重新拿起武器进行自卫斗争，并成立以华人为主的马来亚民族解放军，这就是马共武装部队的源起（马共获得的中国武器支援比越共、缅共、泰共和棉共获得的都少得多，几乎没有）。英殖民者把马来亚民族解放军诬蔑为”土匪”，把这场镇压以华人为主的战争描绘成维持治安的”警察行动”。英国殖民当局发动了剿匪月，调动数万正规军，以飞机大炮、坦克、装甲车等现代化军事装备妄图在一个月内将以华人为主的马来亚民族解放军消灭。在剿匪月结束时，英国保守党议员甘蒙承认在剿匪月英国保安队的伤亡比解放军严重，竟成五与一之比，前殖民大臣在议会大声疾呼：我请求政府把整个马来亚问题看作首要问题，假如我们在马来亚打败仗一切都完蛋。后来新上任的田普勒Gerald
Templer高级专员上任后，从东非、斐济、澳大利亚、新西兰等英联邦地区招募军人，把英殖民地正规军从五、六万扩充到十三万，加上武装警察和保安部队，共46万人，差不多每十五个马来亚居民配一个士兵或警察。
田普勒的作战计划包括在森林上空撒化学药剂以破坏解放军在森林中的粮食种植基地，也建立546个战略村，把579800多人强迫移入，以防止粮食流入解放军手中。所以英国使用战略村和落叶剂早于美国在越战使用。英国甚至雇用264名婆罗洲达克族人，以猎人头的原始办法，狩猎解放军人头，这是在伦敦工人日报所刊出的一张皇家海军陆战队手提解放军人头的照片所揭露的。
到1952年底英国在马来亚进行的战争已踏入第四年头了，英国动员了英联邦内很多国家的力量，使用了四倍英军用于在抵抗日军人侵马来亚的兵力，运用了各种海陆空军现代化装备，对抗祗有不及华人抗日军半数即约7500人的解放军。这场耗费巨大，旷日持久的战争不知何时才结束。起先英国不打算很快给予马来亚独立，故非到不得已是不会给予马来亚民主权利。但到了1952年的马来亚，对英国殖民者来说是已到了非不得已的时候了。早在1949年底英国为了避免到了非不得已的时候而措手不及，便已开始出面鼓励支持一些亲英份子组织政党，许多官方委任的立法和行政议会的成员就成了这类政党的骨干。1951年又开始在联合邦内实行阁员制度，把一些次要部门如农林和土地、矿产与交通、教育与生活等部门的职权从英人转到英国人认为可靠的上述以马来人为主的政党领导人手里。至于财政、律政、防务、警政等要害部门仍控制在英人手中。
非马来人的公民权问题是一个敏感问题，在蓝皮书里英国人以牺牲非马来人的公民权来争取马来人支持其殖民统治，所以在马来亚联合邦成立后，祗有五份一华人取得公民权，英国人知道长期不给华人公民权是不行的，不给华人公民权便不能将大多数华人拉到政府这边来，于是便设法取得马来人上层的谅解，将原来的在马来亚居住十五年才有资格申请公民权的期限缩短为十年，公民权解决后便可为未来的全国议会选举准备了必要条件。
1952年二月吉隆坡市议会选举是有指针意义的一次，由拿督”奥恩。加尔法尔”领导的独立党（先前他组织巫统成为主席，后因主张吸纳非马来人成员而被罢免，至今巫统仍为纯马来人组织），有政府的支持又是由马、华、印三族所组成，阵容强大。但不敌”巫统”和”马华”结成的联盟，十二个议席中，联盟得9席，独立党得2席，独立人士得一席。英殖民政府开放选举的目的是以”民主政治”的假象吸引群众，孤立解放军，并不是真的要让马来亚很快获得自治。但既然允许选举就无法完全回避联盟提出的要求往中央一级的选举发展，经过多方争执的结果，最后决定举行部份中央一级的立法议会选举，此次选举联盟提出的口号是获选后在任内和马共和谈结速战争，选举结果是在开放选举的52个立法议会席位中，联盟获得51席，选后英国便让马来人的巫统主席担任首席部长。
联盟为了履行竞选诺言便与马共谈判，马共在以马来亚民族解放军的名义主动建议和英国政府，就实现马来亚和平、民主与独立问题举行谈判，也愿与马华印联盟和其它主张以谈判方式结速战争的政党会商和平问题，东姑鸭都拉赫曼Tengku
Abdul Rahman和陈祯禄Tan Cheng
Lock等人便在北部一个小镇”华玲”与马共的”陈平”举行谈判，但这次谈判在英人的操纵和破坏下于月底破裂，未能达成协议。
后英国殖民者改变主意给予马来亚自治，，东姑鸭都拉赫曼率马来亚联合邦代表团与英政府举行谈判并达成协议，同意马来亚联合邦于在英联邦内完全自治与独立，双方同意谈判结束后由英方指派李德宪制调查团Rendel
mission就联合邦未来宪制问题拟出报告书，独立后马来亚联合邦仍承认英国有充份权利在联合邦保持”为履行英联邦义务和国际义务所必需的武装力量”，随后马来亚联合邦又同英国签订”外部防御和互助协议。
东姑鸭都拉赫曼在马来亚联合邦独立后，便计划将沙劳越、沙巴和新加坡纳人组成马来西亚，英国也支持以此对抗印度尼西亚，这个野心在1963年得到实现。李光耀起初也很热心此计划，并在1962年在新加坡举行表决，结果大多数赞成加入马来西亚，但后来以华人为主的新加坡对马来西亚的马来人拥有特权的作法难以接受，故在1965年又退出马来西亚。
综观马来西亚和新加坡的独立过程，英人一直在打压华人，偏袒马来人，其深层的顾虑是不愿马来半岛出现一个华人国家，那怕是华人祗拥有一半的国会席位和掌握一半的国家权力，故便将以华人为主的新加坡分割出去，以减低华人在马来西亚的比例，又限制华人成为公民的资格以减少华人的选民数量，最后做成一个马来人拥有特权的马来西亚，至今华人不能担任重要的部长职位，武装�