天师道的环境中、后来又皆兼信佛教的宗教背景。孝武帝近亲中，父辈皆死，兄弟辈只余道子一人。所以孝武帝引道子握相权以为辅佐，是势所必至，理所固然。以后主相之间出现矛盾，后妃族党及僧尼之属又拨弄其间，但有太后周旋制约，终于使孝武帝不废黜道子，道子亦不危及孝武帝。终太元之世，孝武帝与道子始终维持着虽相依维、复有矛盾的关系，这种关系，正是时局虽然纷坛坦迄无内战的原因之一。
时局纷纭的另一原因，是孝武皇后家太原王氏王蕴之子王恭以及道子妃家太原王氏王坦之之子王国宝等，分别支持主方和相方，簸扬其间。而太原王氏正是此时居于鼎盛地位的士族。《宋书》卷三一《五行志》“太元中小儿以两铁相打土中，名曰斗族。后王国宝、王孝伯一姓之中自相攻击也。”史家但知太原王氏两支中王恭、王国宝相攻击事，而未尝究及二王背后尚有后妃，后妃背后尚有主相，纠纷盘根错节，既复杂又深远也。
孝武帝纳王蕴之女为后，在宁康三年，孝武年十四。纳后之事，得到当时主政的两大家族的代表桓冲及谢安的支持，无疑具有政治婚姻的意义。《晋书》卷三一《孝武定王皇后传》谓孝武将纳后，访于公卿，谢安谓人曰：“若帝纳后，有父者唯荫望如王蕴乃可。”《太平御览》卷二四三引《晋中兴书》亦谓谢安之言曰：“王蕴地望，可与国婚。”至于桓氏意见，《孝武定王皇后传》引桓冲等为孝武纳王皇后事奏曰：“盛德之胄，美善先积，……可以配德乾元，恭承宗庙”云云，“于是帝始纳焉”。皇帝纳后而谘之于多家当权士族，经一致推举，始成婚姻，这在东晋是仅见的。谢安、桓冲等一致举以应选的是太原王氏，这自然是估量了当时各士族门户势力的结果。至于谢安明确地举以为国婚的并不是太原王氏炙手可热的王坦之之后，而是王蕴之后，这似乎有令人深入思考的余地。
太原王氏两支，均有国婚记录：王述从妹为简文帝皇后，王蕴姊妹为哀帝皇后。王述子王坦之于简文、孝武之际有大功勋，按理，以举王坦之后人入皇后之选为得。桓冲所奏王后“盛德之胄”，与前节引《群辅录》王坦之父祖以上“五世盛德”相照应，似是模棱之词，因为王蕴数代以名士闻，而不闻有盛德之誉。所以桓冲之奏表面上虽然支持了谢安，却又暗含以王坦之后人入皇后选为宜的主张。可以说孝武帝册立王蕴之女为后之事，实际上的决定者是谢氏而非桓氏。
谢安不愿立王坦之后人为皇后，似乎还有家族关系的背景。王坦之之子王国宝为谢安婿，谢安恶王国宝为人，抑之不用，而重王蕴之子王恭，谓其“人地可以为将来伯舅”，见《晋书》卷八四《王恭传》。王氏二支之间亦有嫌隙。王恭少与王坦之之子王忱齐名友善，据《王蕴传》，王蕴在会稽，王忱来拜墓，王恭往省王忱，归，“蕴曰：‘恐阿大非尔之友。’阿大，忱小字也。后竟乖初好。”这是淝水之战以前的事。以迹象度之，谢安举王蕴女入皇后选，目的即在抑制王坦之家族。王坦之家族未得入皇后选，却得与会稽王司马道子为婚，道子妃即王国宝从妹。此后，孝武帝与司马道子主相之间亦即兄弟之间的复杂关系，遂演化为皇后、王妃家族亦即太原王氏二支之间的生死搏斗，这自然是谢安无从预料的。
司马道子昏乱而本已势倾天下，袁悦之更劝司马道子专揽朝政，王恭乃请孝武帝杀袁悦之。《世说新语#8226；谗险》注引《袁氏谱》曰：孝武帝托以它罪杀袁悦之于市中，“既而朋党同异之声，播于朝野矣。”主相之间的矛盾由于袁悦之被杀而公开化了，据《通鉴》，这是太元十四年十一月的事。
2。上下游的争夺——王忱与王恭
《谢安传》：“是时桓冲既卒（案冲死于太元九年），荆江二州并缺，物论以〔谢〕玄勋望，宜以授之。安以父子皆著大勋，恐为朝廷所疑，又惧桓氏失职，桓石虔复有沔阳之功，虑其骁猛，在形胜之地，终或难制。乃以桓石民为荆州，改桓伊于中流（案指江州），石虔为豫州。既以三桓据三州，彼此无怨，各得所任。”淝水战后桓氏据有上游的局面，在谢安生前一直维持着，只不过以桓氏疏宗的桓伊处于中流，多少可以防止荆州、豫州桓氏的联合，缓冲上下游的矛盾。
太元十四年六月，荆州刺史桓石民死；太元十五年，镇京口的青、兖二州刺史谯王恬死。上下两藩的空缺，相继发生于中枢主相相持的关键时刻，其时孝武帝杀司马道子之党袁悦之，引起朝野“朋党同异之声”。因此，上下两藩位置，一时成为主相争夺的焦点。十四年七月，司马道子以王国宝之弟王忱为荆州刺史镇江陵；十五年二月，孝武帝以后兄王恭为青、兖二州刺史镇京口；十五年八月，司马道子复以其党庾楷为豫州刺史镇历阳。于是，主相在中枢相持的局面，遂演化为诸藩镇犬牙交错，各附一方。其中主要对立的两藩，是江陵的王忱与京口的王恭，同属太原王氏。
王忱与王恭，少年时齐名友善，俱为贵胄公子。涉身政治以后，他们分属孝武帝与司马道子两方，逐渐生嫌而为仇隙。王蕴早料定“恐阿大（王忱）非尔（王恭）之友”，已见前引。《世说新语#8226；赏誉》曰：“王恭始与王建武（案王忱为建武将军）甚有情，后遇袁悦之间，遂致疑隙。”注引《晋安帝纪》，谓恭、忱“及并登朝，俱为主、相所待，内外始有不咸之论。恭独深忧之，乃告忱曰：‘悠悠之论，颇有异同，当由骠骑（案指司马道子）简于朝觐故也，将无从容切言之耶？若主、相谐睦，吾徒当戮力明时，复何忧哉？’”以后，恭、忱嫌隙rì趋明朗。《世说新语#8226；忿狷》：“王大（王忱）、王恭尝俱在何仆shè（澄）坐。恭时为丹阳尹、大始拜荆州。讫将乖之际，大劝恭酒，恭不为饮，**强之，转苦，便各以裙带绕手。恭府近千人，悉呼入斋；大左右虽少，亦前，意便yù相杀。何仆shè无计，因起排坐二人之间，方得分散。所谓势利之交，古人羞之。”刘义庆以此事归入“忿狷”一类，以品xìng相责，只是见其一面；但所谓“势利之交”，似又近二王忿争的实质。不久以后，王恭出镇京口，二王的忿争成为两藩的对立，这比起京师主、相之间的争执，更要明朗。诸种现象在这时出现，都顶示着政争在继续加深，继续扩大。
荆州的形势，还有一个重要因素在起着作用，即桓氏遗留的势力。王忱至荆州之年，桓氏自桓温以来在荆州的统治，已持续了半个世纪之久。桓氏人物虽然物故者多，但尚有存者。特别是桓温世子桓玄袭爵南郡公居于江陵，是桓氏在荆尚存势力的核心所在。《王忱传》曰：“桓玄时在江陵，既其本国，且奕叶故义，常以才雄驾物，忱每裁抑之。”太元末年，桓玄出为义兴太守。《世说新语#8226；言语》谓“桓玄义兴还后，见司马太傅（案即道子），太傅已醉，坐上多客，问人云：‘桓温来（案“来”，《司马道子传》作“晚涂”）yù作贼，如何？’桓玄伏不得起。”由是桓玄不自安于道子。道子所授荆州刺史王忱，是王坦之之子，而坦之又是阻碍桓温夺位的主要人物之一。这种历史关系，决定了桓玄在荆州对王忱采取对抗态度。因此在荆州内部，又形成了一组新的矛盾，这组矛盾终将与全局的矛盾联系起来，成为动乱的另一根源。
桓温篡迹，人所共知，这对桓玄的出处是很不利的。桓氏所据上游方镇又已尽失，桓玄无所依傍。在这种于桓氏不利的情况下，桓玄犹能保存势力，对抗公府，是由于皇统在简文帝子嗣之手，而简文帝得立，是桓温废黜海西公的结果。这就是说，孝武帝的天下得之于桓氏，彻底否定桓温，即等于否定简文、孝武的皇统。所以王殉、谢重均公开倡言桓温废昏立明，《通鉴》更谓“是时桓氏犹盛”也。
3。殷仲堪入荆与孝武帝得势
太元十七年，王忱死于荆州，激起了孝武帝夺回荆州的努力，东晋政局又为之一变。
《世说新语#8226；继漏》：“王大（忱）丧后，朝廷或云国宝应作荆州。”注引《晋安帝纪》曰：“王忱死，会稽王yù以国宝代之。孝武中诏用仲堪，乃止。”中诏，诏从中出，非铨叙常规。据《晋书》卷八四《殷仲堪传》，殷仲堪曾为谢玄参军，出守晋陵郡，太元末领黄门郎，“宠任转隆。……帝以会稽王非社稷之臣，耀所亲信以为藩捍，乃授仲堪都督荆益宁三州军事、振武将军、荆州刺史”。由此可见，殷仲堪得力荆州，是孝武帝对司马道子斗争的一大胜利。
《世说新语#8226；德行》：“自杀袁悦之后，上深为晏驾后计，故先出王恭为北藩。荆州刺史王忱死，乃中诏用仲堪代焉。”殷仲堪莅荆州之前，与王忱之死同月，孝武帝已抢先一步，出“以才学文章见昵”（《王珣传》）的郗恢（郗鉴之孙，郗昙之子），代替以老病退的朱序刺雍州，镇襄阳，造成夺取荆州的有利条件。而在司马道子策划以王国宝为荆州时，孝武帝又不经过吏部，以中诏出殷仲堪。这些情况，都可见其时事机的紧迫，斗争的激烈。
殷仲堪刺荆州，还有一个得利者，就是桓玄。原来王忱在荆州，每裁抑桓玄，桓玄当然迫切希望改变这种局面，希望出现一个能与桓氏合作共事的荆州刺史。释宝唱《比丘尼传》卷一《简静寺支妙音尼传》曰：“荆州刺史王忱死，烈宗（孝武帝）意yù以王恭代之。时桓玄在江陵，为忱所折挫，闻恭应往，素又惮恭。……玄知殷仲堪弱才，亦易制御，意yù得之。乃遣使凭妙音尼为堪图州。”孝武帝以此事问妙音，答曰：“外内谈者，并云无过殷仲堪，以其意虑深远，荆楚�