大学士孙承宗也在从中斡旋，一方面希望皇上对祖大寿的行动予以谅解，另一方面送去一封密信，劝祖大寿赶快向皇上检讨，表示愿意立功为袁督师赎罪。祖大寿终于取得了皇帝的谅解。
袁崇焕之死
一波刚平，一波又起。袁崇焕被逮捕入狱的消息引发朝廷上下强烈反响，一些别有用心的人，唯恐天下不乱，乘机制造政治事端。“阉党”余孽上窜下跳，掀起了“钦定逆案”以来第一次翻案风波，并且由袁崇焕牵连到内阁大学士钱龙锡，终于使得袁崇焕的罪状层层加码，丧失了转圜的可能。
原先皇帝下令逮捕袁崇焕时，并没有处死之意，只是“暂时解任听勘”而已。当时朝廷中十分之六七的大臣以为袁崇焕蒙不白之冤，可是慑于皇上的震怒，不敢轻易表白。独有兵科给事中钱家修冒险进言，为袁崇焕鸣冤叫屈，称赞他“义气贯天，忠心捧日”，身为大将，从未为子弟乞求一官半职，自己的住宅、衣食依然朴素如故。这样清正廉明的大臣，希望皇上能够从宽发落，照旧起用。朱由检答复道：等待审问明白，就命他前往边塞立功，重新起用。从中可以窥见皇帝仍旧要他“边塞立功”的心态。
遗憾的是，朝廷中有人硬要把袁崇焕与党争纠缠在一起，使事情复杂到无法收拾的地步。
御史史就是这样的代表人物。他在崇祯三年（1630）八月初六日的奏疏中，捏造事实，诬蔑已经辞官的钱龙锡，支持袁崇焕杀毛文龙，与后金谈判。于是扣上一顶大帽子：“卖国欺君，秦桧莫过。”真是奇谈怪论！与蓟辽督师商量平辽方略，是一个内阁大臣的份内事，居然被定性为“卖国欺君”，并与千古罪人秦桧相提并论，居心险恶之极。他还胡说钱龙锡接受袁崇焕贿赂银子几万两，寄存在姻亲徐本高（已故内阁首辅徐阶的长孙）家中。朱由检接到这份奏疏，怒不可遏，没有核对事实真相，贸然下达谕旨：袁崇焕擅自处死毛文龙，与后金谈判，导致敌军进犯，是欺藐君父、失误封疆的罪状，限刑部在五天之内审结上报。
钱龙锡受到史无端诬蔑，向皇帝声辩，收受贿赂寄存徐本高家，纯属无稽之谈。皇帝不得不承认，这些原本是风闻之词，不再追究。不过事已至此，袁崇焕是否贿赂钱龙锡，钱龙锡是否转移财产，事实的本身已经没有什么意义，皇帝要处死袁崇焕的决定已不可改变。
崇祯三年八月十六日，朱由检在乾清宫暖阁召见内阁大臣，商议处决袁崇焕之事。随即又在平台召见内阁、五府、六部、都察院、通政司、大理寺、翰林院、六科以及锦衣卫堂上官，共同商议对袁崇焕的处决事宜。其实，所谓“商议”不过是官样文章，是走过场的形式，主要是听取皇帝的发落。
朱由检对大臣们说：袁崇焕辜负朕的托付，一味欺骗隐瞒，为了与后金谈判，而处死毛文龙，纵敌长驱直入，顿兵不战，遣散四处勤王援军，种种罪恶，不可胜数。然后用询问的口吻问道：三法司如何判决？
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己巳之变与袁崇焕的悲剧（5）
对于如此重大案件，各位大臣都不敢造次，从宽与从严都不相宜，只得一味顿首，听凭皇帝发落。
朱由检以为大家并无异议，便宣布他的决定：“依律磔之！”
所谓“磔”，乃是一种酷刑，即寸寸脔割至死，俗称千刀万剐。至于袁崇焕的家属，他也作了决定：按照法律，原本家属十六岁以上处斩，十五岁以下给功臣家为奴，现在从宽，妻妾子女及兄弟流放至二千里以外，其余人等不加追究。
内阁大学士以下的大臣，没有一个敢于表示不同的意见，一致顿首，表示赞同，表示感谢。
朱由检又追问一句：各位大臣有什么话要讲？
内阁大臣回答：袁崇焕的罪实在不可宽恕。
既然大家意见如此一致，朱由检立即命令刑部侍郎涂国鼎前往监督行刑。待涂国鼎领旨退出后，朱由检振振有辞地从袁崇焕引申开来，教训群臣：诸臣欺罔蒙蔽，从无一份奏疏揭发奸恶，你们都应当洗心涤虑，多为国家考虑。大小臣等连忙叩头引罪。
袁崇焕的命运就这样草率决定了。如果说，他的死是被错杀、冤杀的，那么在场的大臣个个都是帮凶。
他的死，令人惨不忍睹。据张岱《石匮书后集》记载，他被押解到西市，接受磔刑，刽子手从他身上割下一块肉，围观的百姓立即出钱买下，不多久，身上的肉全部割完，竟然开膛破肚，取出里面的肠胃，百姓一哄而上，抢夺一空。得到一块肉的人，喝着烧酒，把肉生吞下肚。面颊上沾满了血迹，还在唾骂不已。有的人拾得骨头，用刀斧斩碎。因为这个缘故，袁崇焕的尸体可以说是“骨肉俱尽”。只剩下一个首级，还得传往长城沿线的九个重镇，警告那些将领，引以为戒。
他的死，比熊廷弼要惨多了。一个时代，为国家献身的人，一旦有差错（这种差错本身还有很多疑问），都要死得如此之惨，只能说是国将不国的不祥之兆。呜呼！
袁崇焕死后，他的妻妾兄弟被流放到福建，财产全部充公。其实，他为官清廉，没有积累下什么财产，正如《明史·袁崇焕传》所说：“崇焕无子，家亦无余资，天下冤之。”
袁崇焕之死毫无疑问是一幕悲剧，恐怕任何立场的人都有同感，他或许有这样那样的差错，但罪不至死。他是努尔哈赤、皇太极的死敌，但是清朝人编写的《明史》并没有落井下石，往他身上泼污水。请看《明史·袁崇焕传》的评论：“初，崇焕妄杀文龙；至是，帝误杀崇焕。自崇焕死，边事益无人，明亡决矣。”多么客观公正的议论！如果说袁崇焕杀毛文龙是妄杀，是一大错误；那么朱由检杀袁崇焕便是误杀，错上加错。两者均为亲者痛仇者快，使得皇太极不费吹灰之力除掉了两员难以对付的大帅。大敌当前，本当以大局为重，捐弃前嫌，而不应当自相残杀。对于朱由检而言，杀袁崇焕无异于自斩手足，自毁长城，以后再难谋求足以克敌制胜的帅才，辽事更加难以收拾。所以《明史》要说：“自崇焕死，边事益无人，明亡决矣。”明朝离开灭亡真的不远了。
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陕西三边总督杨鹤的败局（1）
出任陕西三边总督
崇祯初年，陕西黄土高坡上民变蜂起，高举造反大旗的饥饿民众，拿起武器，与统治者对抗，搅得当局人仰马翻。朝廷上下惊呼“流贼猖獗”，陕西三边总督武之望害怕承担渎职罪，畏罪自杀。一时间，陕西成了一个火药桶，官僚们视为畏途，没有一个愿意继任武之望留下的空缺。吏部以“会推”的名义，把看不顺眼的耿介大臣杨鹤，上报给皇帝，要他出任陕西三边总督。杨鹤并非贪生怕死之徒，但毕竟一介文人，从来没有带兵作战的经验，有点犹豫不决。
杨鹤，字修龄，湖广常德府武陵县人，万历三十二年（1604）进士，历任洛南知县、长安知县。万历四十年（1612）被提升为御史，履行监察职责直率无忌，遭到当权者排斥，不得不借口生病，辞官而去。天启初年，他出任都察院右佥都御史，依然不改耿直作风，无所顾忌地为熊廷弼辩护，被魏忠贤革职除名。崇祯元年（1628），朝廷再次起用他为右佥都御史，使他感激涕零。为了报答皇上起用于田间的知遇之恩，他在九月初九日呈上一份奏疏，献计献策，主旨就是：励精图治的要害在于培养元气。他细细分析国家的三种元气大伤：
一是小民元气大伤——从万历末年辽东战端开启以来，加派赋税，大肆搜刮，小民元气大伤；
二是封疆元气大伤——辽东战事节节溃败，西南边陲又捉襟见肘，兵马武器粮饷丧失殆尽，封疆元气大伤；
三是士大夫元气大伤——士大夫分立门户，彼此攻击，跌宕起伏，以后又有“阉党”专权，屠戮忠良，致使士大夫元气大伤。如今就好像大病初愈，脉息未调，当务之急在于培养元气。希望皇上不要急于谋求进取，镇静从事。
杨鹤所说的培养小民元气、封疆元气、士大夫元气，并非泛泛之谈，而是针对某些高官胸腑间一片杀机，逞一时之快而发的。朱由检领悟到这层用意，在奏疏上批示“培养元气，今日要务”，表示赞许。但是掌权的阁部大僚却以为：“这学问用不得。”培养元气还不是时候，决意把不随潮流、独抒己见的杨鹤排挤出中央政府。这就是吏部会推杨鹤出任陕西三边总督的背景。
吏部要求他担任一个人人都不愿意担任的职务，使得杨鹤处境十分尴尬。当时杨鹤已经是都察院的右佥都御史，协助都御史于汴处理院务；按照惯例，担任这一职务的官员是不应该转调外任的。但是，皇帝不但批准了吏部的会推，而且特地在平台召见了他，把平定民变的重任委托给了他。这使他诚惶诚恐，进退维谷，立即向皇上说明，臣实在没有戡定祸乱的才干，也没有治理边疆的阅历。朱由检却不以为然，一定要他担当这一重任。杨鹤不好再推辞，否则就有规避风险的嫌疑，而这不是他一贯的风格。
实在太勉为其难了。当皇帝询问他有何平乱方略时，从无军事经验的他只能泛泛而谈：“清慎自持，抚恤将卒。”皇帝欣赏的正是他这种“清慎自持”的作风，所以才任命他以都察院右佥都御史兼兵部右侍郎的身份总督陕西三边的军务。平心而论，杨鹤可以成为一名出色的御史，却难以胜任一名总督，这是用其所短，弃其所长。杨鹤日后在陕西的失败，朝廷有不可推卸的责任。
杨鹤怀着勉为其难的心情，踏上了去陕西的征途。抵达陕西不久，就遇上了“己巳之变”。当地驻军纷纷奉调“勤王”——保卫北京，陕西一下子陷于兵力空虚的状态，根本没有足够的军队去剿灭到处出现的“流寇”。这使杨鹤处于捉襟见肘