渐脱离了农民的身份，毕竟农兵军队在战斗中远远逊色于兵军队，织田信长也正是由于采用了农兵分离政策，才让自己的部队锐不可挡。再加上战国时期各领主对兵的需求加大，百姓们只得放弃辛苦耕种的土地，全身心投入兵营，兵农分离已是大势所趋。
到了丰臣秀吉时代，兵农分离已成为全国通行的体制。对秀吉来说，既可打仗又有田地的武士，若壮大起来无疑会成为自己统治的威胁。于是他将农民固定在土地上，禁止他们自由流动，并通过“刀授令”没收了他们的武器。同时，又剥夺了领主们世代承袭的领地，转而授之以恩地，这样一来，领主们就失去了直接支配领地的权力，恩地是丰臣秀吉授给他们的，他们是丰臣秀吉的臣仆，秀吉的从属。1583年，声势浩大的大阪城轰轰烈烈地动工了，武士们散落各地的小城馆也随着大阪城的修建灰飞烟灭。领主以下的武士都集中到城下町居住，没有土地的武士对秀吉的依附性更强了。
德川幕府建立后，进一步推行、完善兵农分离制度。1590年德川家康被丰臣秀吉改封到关东，为其日后称雄奠定了基础，而秀吉之所以能够轻而易举地将家康改封，正是借助了兵农分离的力量。而德川家康自己被改封的这一经历，也让他切实体会到兵农分离对巩固权力的重要性。
在德川幕府的作用下，将军大名的家臣都移居到城下町。日本人称官员们的管辖地为“知行地”，德川幕府掌政不久，家臣们就没有了自由奔赴知行所的权力，定期领取禄米而没有知行地的家臣越来越多，这大大减少了家臣坐大的几率。各个大名都很快察觉到这种办法的好处，因此到了17世纪末，整个日本依旧实行知行地制度的藩便只有总数的17％了。
武士不再料理农事，他们远离农村，少了战事滋扰的农村也很快发展起来。18世纪初，日本的很多农村都开始按农民拥有的土地面积大小征缴年贡，分派徭役。当这类按地面积收税的村庄达到一定数量后，农民们管理村务的方法也发生了变化。在当时，村会议的召开是每个村落最重要的事件之一，村民们要在村会议上制定村法，选举村子官员，对村子的财政进行规划。每个村子都有名主和若干组头负责管理那些靠从村财政中支取年禄的官员，而名主和组头的言行举止也要受“百姓代”的监督。
在管理地方事务的知行地名存实亡之时，村子的自我管理就显得格外重要，很多时候知行地甚至还要依靠村子经营管理，因此村里德高望重之人有时也会出任知行地官员。而后日本的朝廷、幕府、武士和百姓，依然在历史的进程中一步步慢慢地循自己的脚步走着。一路下来，地域的特性使他们有了各自固定的套路，也就是民族的根性。只有更好地了解这些，潜藏在日本最深处的东西才能一点点被挖掘出来。
二、与国内斗，使帝国兴起（1）
在要求革新的势力中，还有一些出身于豪农豪商的“志士”们，他们和下级的武士革新势力一起，联合了和幕府有矛盾的西南强藩以及皇室公卿，在“尊王攘夷”的口号下，开展了要求改革幕政、抵御外侮的斗争，这次的斗争最后在广大人民的推动下，最终发展成为了武装倒幕。
日本1000多年来占领统治地位的自给自足的自然经济，维持到18世纪中叶之后，就因为受到商业性农业持续的发展以及商业资本渗入到农村的影响而遭到了破坏。在这样的影响下，农村的手工业也逐渐发展并开始脱离农业，日本的国内市场开始扩大，而资本主义在此时也进入了萌芽状态。到了19世纪之后，日本的资本主义出现了很大的发展，在一些比较先进的地区里，手工业形式的资本主义工场甚至占据了统治位置。
日本的封建制度，在资本主义生产关系发展的影响下，出现了衰落的危机，特别是在1854年实行开国和1858年签订了《安政五国通商条约》之后，外贸的快速发展更是刺激、推动了农村商品经济以及工场手工业的发展，这些都有力地冲击了封建制度的基础，同时也因此受到了封建生产关系的代表者幕府、各藩大名的共同抵制。
幕府使用了很多破坏资本主义经济发展的手段，不但打击了商人和工场主，就连众多的农民也受到了牵连。他们不允许出口商品生产，市场因此出现了局面混乱、物价飞升的情况。由于物价飞升，很多下级武士因此而破产，这就引起了他们对幕府的强烈不满。物价在开港之后连年飙升，就连贡赋和租税也不断增加，加上农业欠收和饥荒的同时来临，使广大人民陷入了贫困破产的噩梦，这就使得人们的斗争情绪不断高涨，而人民的反封建，反幕府的起义也在日本各地迅猛发展。
在1860年以后的起义，无论在规模上还是频繁程度上，都可以说是空前的。这些农民起义的敌人只有一个，就是日本的最高统治者德川幕府将军，人们说他是所有灾难的根源。很多的起义队伍在幕府征伐长州藩时，都打出了反对德川将军、反对“征长战争”的口号。还有一些农民在起义的时候，甚至提出了村政民主化的口号，并使用武力摧毁了地方政府和代表政权的监狱，他们释放了囚犯，焚毁了很多文书档案。这些人反对政府以及一切地方上的政权，他们要求社会给予他们平等权利和地位，在政治上他们要求得到政治民主，在经济上他们希望可以得到种植和经营的自由，他们当中的一些人甚至还提出建立世界“第一等国家”的思想。
在农民起义的队伍中，有一些出身豪农豪商阶层的人，他们同样也希望得到身份的平等和生产、经营的自由，而且这些人往往成为起义的领导者。豪农豪商阶层的人在倒幕维新的过程里，扮演着倒幕派和下层人###动之间沟通协调的角色，这些人里有一些自己就是倒幕派志士，有些和倒幕派有着密切的联系。
就在农民和市民起义，反对封建专制主义的时候，日本的社会上还出现了一种新的、强烈批判封建主义的进步思潮，同时也出现了一些思想家。这些思想家对封建的幕府体制和封建主义的思想，进行了深刻地披露和无情地批判。另外，还有一批有见识的改革家也在此时出现，这些人反对幕藩体制，他们直接投身到了改革的斗争中。
总的来说，幕藩体制到了19世纪中叶幕府末期时，经济和政治都已经是摇摇欲坠，脆弱至极，当时的日本社会就像一个已经冒着滚滚黑烟、即将爆发的活火山，一旦时机到了，那蓄积已久的能毁灭一切的能量将会全面释放出来。
17世纪中叶到19世纪中叶，日本经历了两个世纪的“锁国”时期，就在这200多年的时间里，世界各地都发生了惊人的变化。英国、法国、美国等一些资本主义国家，在19世纪40—50年代时，就完成了资产阶级革命和工业革命。这些国家为了开拓更广阔的世界市场，寻找原料产地，纷纷向东方殖民扩张的同时，日本成为了他们选定的其中一个目标。而首先与之交锋的就是美国。
相比其他国家，美国这个向来讲究战略的国家，在经过了一番充分的准备之后，终于出手了。日本人永远都不会忘记那个日子，1853年7月8日，美国东印度舰队进入了江户湾浦贺海面。美国人的目的很明确，就是要求日本“开国”。日本方面对美国的武力的威胁，心中充满了恐惧和不安，幕府就在巨大的压力之下被迫服从，并约定翌年春天时答复他们的要求。
这一连串事件将日本的政治局面搅乱，日本社会陷入了一片混乱之中。一向独断专行的幕府在内忧外患之际显然是阵脚大乱，不但给从来没有权力询问国事的天皇朝廷做了报告，甚至还把美国的国书传示给各大名诸侯，并允许各个级别的武士自由上书，贡献力量和计谋。
一直等待答复的美国海军，在1854年3月8日，和日本在神奈川开始了谈判。虽然，日本政府十分清楚如果开国就会危及其统治的幕府，但是迫于美国的压力，还是在3月3日和美国签订了《日美亲善条约》。
在美国条约签订之后，英国、俄国、荷兰等国纷纷效仿美国，和日本签订了内容相同的条约，日本被迫开国，锁国的体制从此崩溃。
日本开始沦为西方列强的半殖民地，日本的民族危机急速加剧。
日本在内外危机的情况下，日本封建阵营内部也出现了分化。在中下级的武士阶层中，出现了一股要求改革的势力。这批人大都尊崇儒学和“国学”，并且其中一些还接受了西方思想文化的影响。这些人集合在一起渐渐形成了革新派，势力日益壮大。他们主要针对时弊提出了“尊王攘夷”的革新观点。
二、与国内斗，使帝国兴起（2）
1867年1月，孝明天皇去世，太子睦仁亲王继位，这位太子就是史上有名的明治天皇。明治天皇继位，倒幕势力在此时更是积极地结盟并开始举兵。11月8日和9日，明治天皇分别向萨、长藩主下达了《讨幕密敕》。11月9日，幕府将军德川庆喜奏请“奉还大政”，可是他却同时在大阪集结精兵，以图反扑。
萨长倒幕派十分清楚，幕府所谓的“奉还大政”其实不过是缓兵之计罢了，于是他们提出坚决倒幕的主张。1868年1月1日的夜里，天皇朝廷向萨摩、土佐、艺州、尾张和越前藩主下达了命令，由五藩兵力守护禁阙。1月3日，三条实美、中山忠能、岩仓具视等公卿，还有炽仁亲王、晃亲王、纯仁亲王和德川庆胜、山内丰信等藩主以及五藩藩士代表西乡隆盛、大久保利通等聚集在皇宫中，拟定并发布了《王政复古大号令》。在这天夜里，他们还在皇宫之中的小御所召开了会议，商讨新政。
在会议上，岩仓具视对以往幕府的败笔做了一一陈述，他表示德川庆喜必须要“辞官纳地”，岩仓具视的意见得到了萨摩和�