十月，曹操率军移驻东阿。这一年，粮价暴涨，米谷一斛卖到五十多万钱，不少地方出现了人吃人的现象。为了减轻军队和百姓的负担，曹操采取了一些精兵简政的措施，将新招募的士兵和差役遣散回乡。
年底，徐州牧陶谦病死。死前对别驾糜竺说：“我死后，除了刘备，没有人能够安定徐州了。”要将徐州牧的职务交给刘备。刘备开始不敢贸然应承，后在典农校尉陈登、北海相孔融等人的规劝下，接管了徐州，做了徐州刺史。
经过一番艰苦的准备，兴平二年（195）春，曹操重振旗鼓，开始了收复兖州失地的战斗。他首先发兵袭击济阴郡治所定陶，太守吴资集中兵力坚守南城，未能攻下。恰逢吕布前来支援，曹军转而以吕布为主要进攻对象，一举将吕布击败。
这年夏，曹操驻军乘氏。吕布部将薛兰、李封驻守钜野，曹操发兵攻击，吕布前来援救。曹操将薛兰打败，吕布见援救无效，只得逃去，曹操乘势杀死了薛兰等人。
正在这时，传来了陶谦病死的消息。曹操极想利用这个机会，先去攻取徐州，然后再回来攻打吕布。荀彧不同意这样做，劝阻说：
“高祖与项羽争夺天下，命萧何镇守关中，光武帝经营河北，令寇恂据守河内，都是先深根固本，然后再进而夺取天下，这样进可以战胜敌人，退可以保守根本，所以虽然他们也有困难和失败的时候，但最终还是完成了大业。将军本来是在兖州起兵的，兖州是天下的冲要之地，现在虽然有些残破，但还可以据以自保，这里就是将军的关中、河内，不能不首先加以平定。现在我们已经打败了李封和薛兰，如果再分兵向东攻打陈宫，使陈宫无法西顾，就可以利用时机抢收小麦，积储军粮，一举打败吕布就不成问题了。打败吕布后，就可以南结刘繇，一起###袁术，把势力发展到淮河、泗水一带。如果放弃吕布不打，东攻徐州，留守兵力多了，则前方兵力不足，留守兵力少了，则后方无法巩固。如果吕布乘我空虚，攻伐抢掠，兖州就有失掉的危险。如果徐州又拿不下来，将军将到哪里去立足呢？”
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第四章争夺兖州（10）
接着，荀彧又分析了徐州也不可能轻易拿下的形势，希望曹操深思熟虑。曹操认真考虑了荀彧的建议，觉得很有道理，于是放弃了东击徐州的打算。
不久，吕布从东络与陈宫一起率兵万余人前来进攻曹操。当时曹操为了解决紧迫的军粮问题，将绝大部分士兵派去抢收小麦，守城的士兵不到一千人。曹操为了应急，让妇女也拿起了武器，走上城楼，加强防卫。
曹操决定巧妙地利用地形，出奇兵打败吕布。曹军大营的西面有一座大堤，大堤南面有一片树林，林深树密，幽深莫测。吕布怀疑林中有曹操的伏兵，告诫部下说：“曹操多诈，千万不要闯到他的埋伏圈中去。”于是小心翼翼地在大树林以南十多里的地方安下营寨。第二天，吕布前来攻城。曹操利用大堤作文章，把一半兵力隐蔽在大堤里面，另一半暴露在大堤外面。吕布见堤外兵力不多，率兵前进，两军刚一交手，埋伏在堤内的士兵突然一拥而出，步兵骑兵齐头并进，将吕布打得大败，一直追到吕布的大营才停了下来。
吕布吃了败仗，不敢久留，连夜撤军，逃向定陶。曹操率军追赶，经过激战，将定陶攻下。吕布见大势已去，带着残兵败将向徐州逃去，投奔刘备。曹操分兵收复了兖州的郡县。
张邈跟着吕布逃向徐州，让他的弟弟张超带着家属据守雍丘。八月，曹操进围雍丘。十月，朝廷见曹操实际上已完全控制了兖州，正式任命曹操为兖州牧，这时距曹操代理兖州牧的职务已经三年多了。十二月，曹操将雍丘拿下，张超自杀，张逸的父母、兄弟、妻子及亲朋全被曹操杀掉。张邈得知雍丘被围的消息，到淮南袁术那里去搬救兵，还未到寿春，在途中被部下杀死。至此，兖州全境平定。曹操接着向东边的陈郡用兵，继续扩大战果。
经过一年多的艰苦搏战，曹操终于巩固了自己在兖州的地位，并得到了朝廷的正式承认，有了一块进可攻、退可守的名符其实的根据地。这为他以后不断向周边发展，奠定了一个良好的基础。
第五章挟天子以令诸侯（1）
一遣使长安
献帝刘协从他登基即位的那一天起，就是一个被人玩弄于股掌之中的人物，有皇帝之名而无皇帝之实。但是，献帝又毕竟是国家最高权力的象征，谁有机会充当他的保护人，谁就有在政治上发号施令的主动权。因此，尽管献帝是一个废物，却谁都不肯抛弃他，而且还都千方百计地想得到他，并为此展开了一系列冲突。曹操也参与了这一场争夺战，凭藉他的智谋和实力，最终取得了胜利。
初平元年（190）二月，董卓将献帝西迁长安，安置在未央宫中。董卓自己则在长安城东修筑了一座堡垒居住，取名郿坞。郿坞城墙高厚各达七丈，高度与长安城墙相等，称为“万岁坞”。董卓将从洛阳等地掠夺的大量金银财宝和粮食藏在坞中，单粮食就可供三十年食用。董卓不无得意地说：“如果大事成功了，我可以雄踞天下；如果不成，我守着这些东西也可以过一辈子了。”周初时，周文王立吕尚为太师，武王即位，尊为师尚父，意谓太师吕尚是可尊崇的父辈。董卓以吕尚自居，自为太师，号曰“尚父”。他擅自乘坐只有皇太子才能乘坐的青盖车，对亲戚大加封赏，以弟董旻为左将军，封鄠侯，兄子董璜为侍中、中军校尉，执掌兵权。其子孙即使还是幼童，也都一概授官，男的封侯，女的做邑君。宗族内外，并列朝廷，声势煊赫。
另一方面，董卓却又严刑酷法，滥施淫威，仅被他诬陷冤死的就达上千人。杀人时或先断舌凿眼，或砍去手脚，放在大锅中烹煮，手段极其残酷。原为董卓上司的张温，也被下令笞杀。在如此淫威下，人人敢怒而不敢言，个个有朝不保夕之感，即使是献帝，生命也时时处在危险之中。
董卓被杀后，一时人心大快，士兵齐呼万岁，百姓歌舞于道，不少人卖掉珠玉衣裳买来酒肉举杯庆贺。董卓被暴尸于市，继而又被焚尸扬灰于路。
董卓死后，司徒王允执掌大权，献帝仍是一个傀儡。王允刚愎自用，不讲策略，曾经依附董卓的公卿大臣被他处死不少。著名学者蔡邕为董卓之死叹息了几声，就被他杀害。董卓部将李傕、郭汜等要求赦罪，王允不准，结果李傕、郭汜采纳谋士贾诩的建议，带兵十余万向长安进攻，围城十天，将城攻破，同吕布在城中展开巷战。吕布不敌，战败出关，王允被杀，献帝又落入了李傕等一伙人的手中。李傕自为车骑将军、池阳侯，领司隶校尉、假节；郭汜自为后将军、美阳侯；樊稠自为右将军、万年侯。三人共掌朝政。又命张济为骠骑将军，封平阳侯，带兵出屯弘农。这时是初平三年（192）九月。
献帝处在这样的环境中，度日如年，很想东归洛阳。初平二年（191），他曾派侍中刘和逃出长安，去找其父幽州牧刘虞，让刘虞带兵来迎。刘和途中遇到袁术，转达了献帝的想法。谁知袁术想北联刘虞对抗袁绍，正好让刘和留在自己身边做个人质，不放刘和走，献帝托付的事就这样被搁置了起来。
关东州牧郡守怀着各种各样的目的，也都想让献帝东归。如徐州牧陶谦、北海相孔融就曾准备将献帝迎回洛阳，后因曹操进攻徐州才放弃了这个打算。曹操更是不放过任何一个同献帝拉关系的机会。初平二年（191），曹操做东郡太守不久，皇室刘邈到长安奉表贡献，在献帝面前极力称赞曹操忠诚，曹操为此感到非常高兴，十分感激刘邈。初平三年（192），曹操做兖州牧不久，太傅马日、太仆赵歧奉诏抚慰关东，曹操同袁绍听说后，都亲自带兵到数百里以外去迎接，临别时还相约在洛阳会合，共同将献帝迎接回来。不久，兖州治中从事毛玠向曹操提了一条重要建议：
“现在国家分崩离析，皇帝被迫西迁长安，百姓不能从事生产，忍饥挨饿，四处流亡。国家没有一年的粮食储备，老百姓没有安居固守的思想，这样的局面是难以长期维持下去的。现在袁绍、刘表虽然拥有众多的人口，看起来强大，但却没有长远的考虑，没有树立根本、打好基础的打算。打仗要正义的军队才能获胜，巩固政权则须凭藉财力。我们应当奉天子以令不臣，修耕植以蓄军资，这样，霸业与王道才能取得成功。”
第五章挟天子以令诸侯（2）
这段话包含两层意思：一是要尊奉天子，获得正义的名分，以便利用天子的名义去###四方；二是要发展农业生产，增强财力，增加粮食储备，以保证霸王大业的成功。这些颇具战略眼光的建议正对曹操的心思，曹操当即表示同意采纳，并提升毛玠为幕府功曹。但当时曹操在兖州的统治还没有稳定下来，只能从实际出发，循序渐进，量力而行。就尊奉天子而言，曹操当时还不可能将献帝从长安接到身边来，但他却努力创造条件接近朝廷，尽力寻找机会表达自己忠于皇帝的心意。
初平三年（192）底，曹操派从事王必出使长安，途中被河内太守张杨拦阻，不让过境。这时在张杨处的骑都尉董昭劝张杨说：
“袁绍、曹操虽是同盟关系，但看情况，是不可能长期联合下去的。曹操眼下虽然弱小，但却不愧是一个英雄，应当找机会同他结交。何况现在机会就摆在眼前，应当加以利用，帮助曹操同朝廷接上关系，并上表推荐他。如果事情办好了，曹操是不会忘记您的好处的。”
张杨听后，觉得有理，就立即照办了。董昭还以曹操的名义给长安的李傕、郭汜等人写信，并根据这些人地位的高低分别赠送了礼物。曹操得知情况后，对张杨果然十分感