蒋益澧刚刚升官，不敢怠慢，连忙出兵扼守恭城西南七十里的平乐。这时会军大部队已经开到，侦察到平乐城内已有防备，便向北挺进灌阳，联合从全州开来的太平军，取道兴安境内，南下直攻省城桂林。
石达开的部队经过兴安时，李续宜见湖南已经没有战情，而胡林翼和曾国藩正打算攻打安庆，需要兵员，便率部北上东进。刘长佑的部队已经疲乏，无法南下。田兴恕率部前往靖州防守贵州边境，只有萧启江率部出境追击石达开。左宗棠增调张运兰的部队防守郴州和永州。
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石达开的前锋三千多人开到桂林城外，三天内增加到几万人。广西省城很久以来没有战争警报，如今军民大为惊骇，曹澍锺急忙召回蒋益澧全军，防守桂林。
蒋益澧的部队虽然号称五千人，但久已缺乏军饷，空缺的兵额没有补足。在贺县作战大有伤亡，离伍的军士过半，又留下兵力防守柳州，他率领的部队只有一千多人，疲惫不堪，军容不整。
广西学政李载熙在城内居住，急切地参见蒋益澧，询问城防方略。蒋益澧光说大话，谈不出具体的措施。李载熙便上奏清廷，弹劾蒋益澧侵吞军饷，作战轻率。曹澍锺也向湖南请求援助。
文宗下诏，催促湖南派军队前往增援，把蒋益澧降职为道员。刘长佑刚在宝庆战役中立下战功，而曾国藩派遣增援湖南的萧启江部已经到达广西，骆秉章便命令这两支湘军前往援救桂林。
石达开的部队南下时，湘军将领们都认为他们必定会向贵州和四川运动，没有留心广西。当曹澍锺和李载熙等人危言耸听地请求增援时，其实湖南境内也有战事。广东连州的会军进入宜章，胡国安率部将他们击退。
但是湖南仍然没有安静下来。广西贺县的起义军奔向岭东，分兵攻打江华。黄淳熙率部前往增援。
1859年，咸丰九年（10）
黄淳熙早年曾代理绥宁和会同的知县，由于性情刚直，为别人妒忌，引病闲居。骆秉章知道他是贤达，于1853年力劝他出来任事。他于1857年代理湘乡知县，政绩不俗。不久为父亲丁忧，一直在家。太平军攻占鄱阳时，他举家迁移湘乡。曾国藩复出增援浙江时，请他去幕府当参谋，他没有答应。
这一年，骆秉章命令他招募一千六百名勇丁防守省城，现在奉命出兵湘南。黄淳熙的部队在挂钩岭击败起义军。连夜袭击岭东的起义军军营，然后追踪到江华和蓝山，斩杀极多。接着率部攻击赖裕新的太平军，乘雾将其打败，攻破杉木根和黄马寨。
刘长佑的部队呆在东安，土卒多病，仍未好转，无法继续前进。只有先行的萧启江部在9月份抵达兴安。鉴于情势危急，文宗命令刘长佑招募新军，随后推进。
石达开虽然兵临桂林城下，但他仍然打算西进。他的一支部队已经过了桂林西南部的义宁，挺进贵州边界的思州，苗族民众起来响应。湘军再次提出攻打思州。
灌阳的太平军也挺进到桂林以北的灵川，扎下一排排军营，打算向西推进。
这支太平军听说湖南的援军到来，便在大榕江的东西两岸摆开阵势，阻击追兵。萧启江挥军发起攻击，太平军无心恋战，刚交手就主动撤退。蒋益澧的部将萧荣芳也从柳州赶来增援，与萧启江的部队在省城会师。
9月24日，萧启江率部到达桂林，刘长佑率部到达全州。
石达开率部从义宁前往柳州，打算与城内的起义军联合，但起义军关闭城门，将他拒之城外。
9月29日，萧启江率部在桂林南门文昌阁打败太平军。蒋益澧的水师和陆师一起攻击，再获大胜。
10月5日，太平军撤销包围，全部奔向义宁。
10月15日，太平军攻占柳州以西约一百五十里的庆远，向南丹推进。另一支太平军从广西东部的富川进入广东连山厅境内，被广东清军击败，残部进入湖南。
与此同时，陈士杰和黄淳熙在湖南蓝山击溃起义军。张运兰率部出境作战，歼灭广东连州的起义军。
曹澍锺因防守桂林有功，奉调四川，祥奎继任广西巡抚，还未上任，曹澍锺便上奏，请求留下萧启江防守广西的西北部，而令蒋益澧向南进军荔浦，以防守柳州。
萧启江一时成为抢手的人物。增援安徽的湘军也急迫地上奏，请调萧启江。文宗下诏，任命刘长佑为广西按察使，指挥广西的湘军。刘长佑率领八千人，从桂林西南方一百里处的永福向西南推进。太平军在柳州西北面约一百里的柳城外面修筑栅栏，向西连接罗城与天河，向南延伸到庆远，分兵奔向柳州，又向东攻打藤州与昭平，横亘广西中部四百里。
骆秉章见清廷未把萧启江留在广西，赶紧上奏，请派萧启江等部增援安徽。萧启江率部向北行进。刘长佑则率部南下，攻打柳州。
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陈玉成于8月份再次组织对来安的围攻，李世忠率部夜袭，将太平军击退，将米粮和器械运到滁州城内。朱元兴等部攻破沙河集与龙停口的太平军营垒，滁州解围。胜保仍然在盱眙抵抗太平军的进攻，捻军趁势攻克定远。
张国梁受命统领江北江南两路清军以后，深感责任重大。他派李若珠部攻打六合，派张玉良部攻打安徽天长，战绩不俗。
清军南岸水师在安徽作战，吴美全部攻打瀂港和鸦山，李德麟部攻打大通和荻港，也屡次获胜。江南清军派出援军四处作战，大营的地盘更加拓宽。
胜保的部队在9月份终于挫败了太平军对盱眙的攻势，多隆阿和鲍超的部队则攻克了安庆西南八十里处的石牌。太平军在石牌修建了一个大城垒，与西边七十里处的太湖互为犄角。湘军攻城时，安庆和潜山的太平军赶来增援。多隆阿率骑兵拦截，将两路援军击退。
清廷起用袁甲三为漕运总督，驻防蒋坝。胜保将大营转移到五河。胜保刚走，太平军就相继攻占江苏的江浦、六合、天长和盱眙，而捻军又占据了安徽的凤阳和临淮。胜保由于母亲去世，回乡办理丧事，他的官职由袁甲三继任。
安徽捻军出兵河南归德，从兰仪渡河攻打定陶和东明，返回颍州。清军的将帅们都以起义军回到根据地为幸事，为此而欢欣告捷。从这时开始，清军宁愿起义军把根据地建在一省的腹地，直属行省都引以为例。。 最好的txt下载网
1859年，咸丰九年（11）
胡林翼见湘军已将太平军赶出江西和湖南境外，便开始治军储饷，以扫平太平军为己任。他见太平军和捻军在安徽势力大为增强，将威胁到湖北，便改变初衷，提议把曾国藩留下，一起谋划安徽战事。他和官文上奏说，安徽形势紧急，湘军不宜西征。他们还提出兵分三路，各路一万人：都兴阿和杨载福沿江攻打安庆，曾国藩从太湖出兵攻打桐城，胡林翼率部从英山向舒城和六安推进。
新任安徽钦差大臣袁甲三为了自保，对湘军的攻击路线提出了不同的看法。他刚刚到任，便下令对捻军开战，苗沛霖率团练部队会同清军攻克临淮。
袁甲三身在临淮，听说湖北那边调兵遣将，以为湘军已大举进兵安徽，而安徽清军兵力单薄，他担心太平军被湘军挤到北边，对他构成威胁。他提出曾国藩最好从光山和固始向北，绕过蒙城，进入安徽，遏止太平军北上。
袁甲三把想法上奏清廷，文宗下诏，命令官文、曾国藩和胡林翼深思熟虑，谋划周全，谋定而后动。
曾国藩复奏说，他来到了武昌，与总督官文会晤面商。根据前方情报，湖南的太平军主力全部进入广西，前锋已经到达义宁，距离贵州边界很近了，有可能从龙胜和怀远一带进入贵州，以执行进入四川的计划。不过，计算一下里程，太平军离四川还有三千多里。广西和贵州两省都是崇山峻岭，太平军人多粮少，很难迅速抵达四川境内。
又根据安徽北部的情报，太平军和捻军的势力日益蔓延，向南援助金陵和芜湖的太平军，向北袭击山东与河北。如果朝廷不从湖北派兵增援安徽，就无法牵制造反军队的势力。官文和胡林翼打算将增援湖南的骑兵和步兵全部调回，分路进发，合力收复安徽。他本人也应该回师增援安徽，自当一路。
文宗同意了曾国藩的提议，改令萧启江率领四千人从常德进入四川，协助攻击蓝李起义军。
曾贞幹于9月回湖南招募勇丁，自成一军，驻军黄州的巴河。曾国荃把去年刚入伍的湘潭人黄润昌派给他，为他办理营务。
曾国藩定下了援助安徽的方针。他与胡林翼在10月份开始谋划攻打安庆，而没有按照袁甲三的提议立即挥师北上。
接着，文宗下诏，命令曾国藩筹论全局。
曾国藩上奏，对反抗清廷的造反武装做了一番分析，对清廷如何镇压各种起义军提出了建议。他说，窃取国号的贼寇与流寇不同。如今洪秀全盘踞金陵，陈玉成盘踞安庆，私立年号，伪称公侯王爷，就是窃取国号的贼寇。石达开从浙江前往福建，然后又到江西、湖南、广西和贵州，属于流寇一类。龚、张各路捻军时分时合，聚散不定，也是流寇。朝廷的军队对于流寇，应当预防，等待他们到来，坚守城池，以挫败他们的锐气。对于窃取国号的贼寇，则应该剪除枝叶，向他们必救之地进攻。
洪秀全和杨秀清起事以后，很久以来意志已经衰弱，只靠着陈玉成在江北往来奔波，联合各路捻军，所以安徽北部广泛遭到他们的攻击袭扰，而江南的贼寇粮食供应才不至于断绝。
曾国藩说，他认为要歼灭各路起义军，必须先把金陵攻下，而要攻取金陵，又必须在滁州与和州屯驻军队。要攻取滁州与和州，必须先围安庆。如果清军能够包围安庆，攻占庐州和周围的县城，使太平军不得不处处防备，兵力分散，他们又怎么敢于向北进攻？他们不但不敢向北进军，也不敢东顾江浦与六合，因为窃取国号的贼