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然而，新航路的开通，给非洲及美洲的人类族群带来了无穷的灾难。美洲原住居民，即哥伦布称为印第安的人种，原来是从亚洲一波一波移民美洲的。在那广袤的大陆上，经过数万年的努力，已发展出自己独特的文化，组织了大型的复杂社会。在欧洲人到达之时，美洲人的政权形态已有中美洲的玛雅与阿兹特克及南美的印加诸帝国，也有北美的伊洛奎部族联盟，都具有自己的管理制度。
欧洲人到达美洲，带来了灾害。西班牙人到了美洲，垂涎当地丰富的金银资源，西班牙人科第斯于1519年进入今日墨西哥的阿兹特克。他在阿兹特克君主热诚欢迎他时将主人囚禁，杀害了当地的许多贵族，毁灭了这一国家的都城，奴役了当地的居民。
1532年西班牙人皮沙罗进入今日智利的印加帝国，也是在接受友好的欢迎后出其不意地囚禁印加的君主，勒索满屋的黄金与白银，却并不实践释放俘虏的诺言，杀害了印加君主与百官群臣，使印加沦为西班牙属地。欧洲人带来的疾病，例如天花与梅毒，是当地土著前所未有的。美洲原居民不具抗疫性，被感染之后，大批死亡，以致土著人口十不存一。
西班牙与葡萄牙的传教士，视原居民的信仰为异端，欲尽力毁灭而后快。于是他们焚烧一切原居民以自己文字书写的书籍与记录。今日学者花了不少气力，才可以勉强解读一部分遗址刻石的原居民文字。这样的罪行是人类历史上罕见的！
欧洲人绕航非洲海岸时，已开始把非洲人掳掠到欧洲，出卖为奴。欧洲人占领美洲后，既然原居民已孑遗不多，为了开拓所需的劳动力，葡萄牙人与欧洲犹太商人合作，有计划地俘获非洲西岸居民，将他们运往美洲，出卖为奴。在航程中，上了镣铐的黑人，因为拥挤与虐待，死者往往泰半。幸存者在美洲世代为人奴役，至今美洲的非洲后裔，虽然在法律上是自由人，终觉还是弱势的族群。
欧洲船舰进入印度洋与太平洋时，航道所经的许多岛屿，例如今日印度尼西亚群岛、婆罗洲、菲律宾群岛等处，本来都有大大小小的政权独立自治。明代永乐年间（1403—1424），郑和率领舰队屡次下西洋，这些岛国都见记载。郑和的远航，与各地建立了封贡关系。但是中国其实并不干预他们的内政，也未有官方支持的殖民活动发生。但在欧洲人到达后，这些岛屿一处一处沦为欧洲海上列强的殖民地，不仅是他们航道上的中途休息站，也是掠夺当地资源的据点。在欧洲人未到东方之前，东方与西方间的航运，除了波斯、印度、###的大型商船长程运送商品之外，航道上各站之间的短程递运是由当地小型船只运送，是以这些小国也分润了东方与西方之间长程贸易的利润。欧洲大型高桅船进入东方海域，长程贸易的利益被这些大型船队独占，当地人不再有余利可论。
第十七章 大洋航道开通后的世界（2）
因此大洋航线的开拓，使欧洲诸国先是葡萄牙、西班牙后是荷兰、英国掠夺了大西洋、印度洋与太平洋上各地的资源，也据有了这些海洋族群的土地与人民。这一转变，遂使欧洲在以后的世界取得主导的地位，独占世界鳌头。从此，欧洲殖民帝国掌握了亚洲、非洲这些族群的宗主权。要到20世纪的下半期，欧洲殖民帝国（尤其是最大、最主要的英国）方才解体。这是大洋航道开通以后，世界历史不能逆转地受其长期影响，甚至在殖民帝国瓦解后，西方的文化已完全覆盖了各地原有的土著文化！
大洋航道的开通促成了全球经济网络的成形。大洋航道可分两条：一是从欧洲绕航非洲的路线；一是从欧洲横渡大西洋，到达墨西哥，再经过墨西哥地峡的短程旱路，从阿可坡可下太平洋，再横越太平洋到达东亚及其海外诸岛。葡萄牙与西班牙在16世纪是这两条航线上的主人，但荷兰与英国随即加入竞争，最后的霸主是英国。经过大洋航道，东方的商品运往欧洲，然而欧洲在16世纪至19世纪之间，并没有冲销输入商品的本钱。他们取得南海及非洲的资源，例如香料、珍宝，其实是###裸的武力攫夺。但为了购买中国出产的丝绸、瓷器、茶叶及一些工艺制品，西班牙人以从美洲掠夺的白银支付。19世纪的英国商人则以鸦片作为平衡贸易逆差的货源。
在16世纪及17世纪间，美洲的贵金属、黄金及一部分白银流入欧洲，支持了欧洲的经济与文化建设。白银又流入东方。大量贵金属流入西欧与东亚，一部分用于装饰品，大部分在各地流转，成为货币。由于货币供给量增加，导致通货膨胀，在欧洲与中国，都有物价上涨的现象。西欧的历史上，称这一现象为物价革命，在中国历史上，则是明代万历至清代康熙雍正年间，相当长期的经济持续增长。两个相似的现象，其引发的后果却完全不同。
在欧洲，取得金银最多的西班牙，把金银只消费于建筑宫殿及支付贵族们的豪奢生活。那些商人、工匠集中的城市，从经济增长中获利甚丰，也创造了更进一步发展的条件，累积资金及不断提升工艺水平。城市中的知识分子也是经济增长的受益者，他们在日后将是推动近代学术的主力。相对而言，欧洲旧的地主贵族，则因为地租收入赶不上通货膨胀，渐渐丧失了经济优势。若以地区论，中欧地区城市受益不少；英国则后来居上，掌握了不少海外资源与贸易利润，也在经济上超越了西班牙，成为世界性经济网络的主要受益者。
在中国，由于丝绸、瓷器及茶叶都是长江以南的东南与华南地区的产品，甚至后来外销南洋及美洲的日用工艺品也是在南方生产（例如广东佛山生产的铁器、福建福州的漆器），于是中国东南与华南持续了将近三百年（16至19世纪）的经济繁荣。这些地区，尤其是长江三角洲与珠江三角洲，市镇十分密集。这些地区的粮食生产额，已不足供应当地迅速增加的人口需求。于是长江流域的腹地，尤其是湖广、四川由于供应沿海食粮，也带动了经济的繁荣。相较于中国的南部，华北五省、旧日的中原、首善之区则并未蒙受大洋航道带来的经济利益。每次改朝换代带来的战争致使水利得不到维修而造成的旱潦天灾，首都（北京）大量人口的消耗，北方各地受明代封藩的剥削，北方三边（陕西的固原、宁夏、延绥）的外患等，都使此地平民百姓的生活日益困穷。富裕的南方与贫困的北方，彼此之间，又因明代国家机器运作效率太差，并不能有挹注互补。中国实质上形成两个经济体：北方内陆的农林与沿江沿海的市镇。在明代末期，国家机器只能习惯性地收夺农村的资源，以其人力物力却不能从富裕的市镇汲取财富，以应付内乱（流寇）与外患（辽东与北边的防御）！
欧洲整体经济的扩张，必须有相当配合的条件，方足以持续其增长。14世纪欧洲大疫之后，人口大量减少，劳力不足，促使欧洲走向使用机器的工业革命。中欧与西欧富裕后，地方掌握了巨大的资源，各地遂有反抗教廷及神圣罗马帝国的实力，终于走向宗教改革，建立了民族国家的列国体制。
中国却丧失了走向改弦更张的方向。明代晚期，民间向海外开拓的努力，被政府视为非法的活动。东南知识分子反省文化传统，寻求思想新方向的运动，则因为清政权的压制，不能继长增富。南方繁荣的经济，仍借助广大人口所提供的充分劳力，未转向借重机器的生产。中国始终是一个整体，不像欧洲分割为许多各不相涉的部分，是以中国也不能有局部独立发展的“隔舱”效应。明亡清兴及日后面对西方帝国主义的侵略，中国的一部分垮了，必然将全部一起拖垮。
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第十八章 中国沿海的各国海商活动（1）
凡提到明代的海上活动，大家必定会想到郑和下西洋一事。郑和此举，诚属中国历史上的盛事，但是，从长程的历史观察，郑和出航与其当作明代在海外扩张的努力，毋宁解释为元代海运畅通后的最后一次大举。郑和船只体积与舰队规模均属空前，然而元代的中国与波斯湾之间，各国船只也颇有大船。郑和七次远航，其航线所及，都是元代各国商舶常到的地方。明初，蒙古留在中国的色目人为数不少，郑和即是移居云南的穆斯林家庭的后裔。他的舰队中，穆斯林背景者也大有其人。至于郑和下西洋的任务究竟为何，尚待研究。至少，这一次海上大举，空前盛大，但并非凿空的探险，因此在历史上并不具有哥伦布、麦哲伦、达伽马等人开拓新航线的意义。
大洋航道开通之后，中国近海风波骤起，多了不少中外海商的活动。而且这些活动正与西方海上列强以帝国之力投入的情形相反，都是中国政府禁止之下，民间力量干犯禁忌而自行投入的，以致在中国官方记载上落了寇盗的恶名！
历史往往是吊诡的。1488年狄亚士绕航好望角；1492年哥伦布到达美洲的巴哈马群岛；1493年教廷敕令，将世界一分为二，东边是葡萄牙的势力范围，西边是西班牙的势力范围。正在此时，1492年，明廷命令沿海人民不得与来华的番船交通；1493年，明廷敕谕今后百姓的商货下海，即以“私通外国”治罪！这是明廷一贯的海禁政策。由洪武以来，虽然也常有暹罗、占城、马六甲等处来华的贡船，但海禁政策，即使时松时紧，基本上没有开放禁令。
西洋各国迨来到东方时，“诸番”常有船舶以朝贡为名，携带商货来华。中国官方以贡使相待、接纳、回赐，但并不鼓励民间与“贡船”有所交易。这些“诸番”大多来自南洋，以玉石、珍