锐地看到了这一点，就极力拉拢南方的世家大族。可以说，王导一生的精力，都用在了致力于调和南北士族的矛盾上。至于北伐收复失地，当然就居于次要位置了。这也是王导为后人诟病的地方。在新亭之上那么慷慨激昂，在东晋也有至尊地位，但对于北伐，他却是从来都不曾身体力行过的。
至于晋元帝司马睿，在稳定了皇位以后，便开始对“王与马共天下”的局面不满了，尤其对于掌握军权的王敦，畏忌很深。因此孜孜于心的，就是如何挖空心思地削弱王氏势力，扩大王权。心思当然也不在北伐上了。且为了平衡王导的权势，便引刘隗、刁协以及江南士族戴渊等为心腹，暗中做军事部署。这样，刚刚建立起来的偏处一隅的东晋王朝，就充满了不祥的阴云。
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王敦乱晋（1）
琅琊王氏，素称天下第一世族，名第高贵，非等闲世族可比。司马睿就是在琅琊王氏及其他北方几个强大士族的支持下，建立了东晋。东晋统治集团内部最大的矛盾，就是帝室和几个世族以及南北士族之间的矛盾。虽然北方士族在政治上优于南方士族，但南方士族在经济上要强于北方士族，南北士族之间势力基本平衡。皇帝是旗号，南北士族无不尊帝。最初的东晋政局因此呈现出安定的局面。假如晋元帝不干涉强大士族的权利，唯安享尊荣而已，那么，这种安定的局面会持续很多年。否则，士族必然反弹。
果然，晋元帝为了削弱王家的势力，便有意起用北方低门第的士族刘隗、刁协，又起用南方士族戴渊作将军，显然，这一方面侵犯了王氏的势力，另一方面也有打破南北士族之间势力均衡的趋势，自然遭到了以琅琊王氏等几个强大的北方士族的激烈反对，322年，危机终于爆发。王敦叛乱了。
表面看，似乎是具有政治野心的王敦，不满晋元帝疏远王导，实际上是高名第士族与一般士族之间、南北方士族之间利益冲突的结果。
王敦此人，性格残忍，是个强悍人物。我们可从《晋书》以及时人的笔记记载中，看出王敦冷血的一面。
当时西晋士人竞以奢侈相尚，晋武帝舅舅王恺尤擅挥霍，府中日夜焰烛高烧，宾客盈门。王导、王敦兄弟自是他的座上宾。一次宴饮，一个吹笛子的乐妓在吹奏胡笳侑酒时，偶有音律稍不合节拍，王恺即命人当庭打死。座上客无不大惊失色，罢酒规劝，唯独王敦神色自若，饮酒如常，就跟什么事也没发生过一样。
还有一次，也是在王恺府里做客。也是乐妓演奏曲子，美女环侍侑酒。王恺规定，客人一定要尽兴喝酒，不然拿伺候的美人问罪。有一个客人不会饮酒，勉强饮了半盏。王恺遂大怒，认为这是美人没侍候到位，怠慢了客人，丢了自己的脸面，立即命人把劝酒的美女杀了。见此情景，本不会饮酒的王导，怕敬酒人获罪，也多次勉为其难地喝干。可酒量过人的王敦，却故意不喝。王恺一连杀了三个美人，王敦却始终无动于衷，像雕塑一样坐着不动。王导连忙拉着王敦，告辞而出。路上，王导责备王敦不该这样冤杀美人，王敦冷冷道：“他杀自家人，关我何事？”
王敦的冷酷，由此可见一斑。如此性格的人，也必不能久居人下。因此，当最初王导要拥立司马睿为帝时，王敦就不同意，想立一个岁数小的，便于控制，是王导的坚持，司马睿这才登上了皇帝的宝座。
因此，打一开始，王敦就没把晋元帝放在眼里。加之他的政治野心越来越膨胀，说话办事无不盛气凌人。晋元帝也就越来越容忍不了他的专权跋扈的作风，就处心积虑地想把王导、王敦兄弟垄断的朝政夺回来，于是开始宠信刘隗、刁协等一班佞人。晋元帝这也是病急乱投医，他虽知道刘隗、刁协的个人品质不好，为士林所不齿。可几个北方士族都听王导的，因此引刘隗、刁协为心腹，也有不得已而为之的意味。从此，便有意疏远王导，并暗中进行军事部署，试图最终全面铲除王家势力。
恰巧湖州刺史空缺，王敦便推荐从事中郎将刘颁出任，御史中丞刘隗就给元帝出主意，让他派心腹镇守。元帝于是就委派宗室、谯王司马承担任湖州刺史，并同时任命刘隗为镇北将军，戴渊为征西将军取代祖逖，分驻合肥和淮阴，名义上是要积极准备北伐，实际上是防备王敦的作乱。晋元帝此举，目的只是为了巩固皇权，致使黄河以南所收复的失地又得而复失，祖逖因此气死。 电子书 分享网站
王敦乱晋（2）
王敦得知是刘隗作梗后，就写了一封信威吓刘隗：“天下安泰，帝业才能兴隆。而今庸人自扰，天下怕是进入多事之秋了。”刘隗针锋相对道：“鱼相忘于江湖，人相忘于道术。我唯知效忠王室，尽心王事而已。”王敦自此深恨刘隗等人，也在暗中做着叛乱的准备。
他上书元帝，为王导打抱不平，说：“陛下曾说过：‘我与二王，是管鲍之交’，言犹在耳，该不会一朝而终吧？”言辞之咄咄，连王导也觉不妥，就将奏书密封后退回王敦处。王敦再次上奏，意思非常明白，就是要叫司马睿知道他家的不满。
那段时间，王敦激怒迸发，以酒浇愁，醉后常拿一只玉如意，敲击唾壶，借吟诵曹操的诗句“老骥伏枥，志在千里。烈士暮年，壮心未已”以抒发愤懑的情怀，致使壶嘴为之碎裂。
晋元帝永昌元年（332年）5月，唯一使王敦畏怯的祖逖赍志而没后，王敦便认为自己就是当世唯一的豪杰了，便假借“清君侧”的名义，先发制人，从武昌起兵。上表###刘隗、刁协等。王导为保全王氏家族的利益，消极抵抗，暗助王敦。建康军事力量薄弱，刘隗、刁协、戴渊的抵抗，也一触即溃。王敦轻而易举地就攻入了建康，纵兵劫掠。周顗、戴渊、刁协等人被杀，刘隗投奔前赵的石勒。
刁协和刘隗一死一逃，宫中宿卫也早已四处逃散，元帝凄凉地坐在宫中，一筹莫展。元帝脱下黄袍，穿上朝服，对尚侍立在侧的两位侍中叹息说：“王敦想要我的王位，只管及早言明，我退还琅琊，自当让贤，何至于如此扰乱百姓呢？”最后，元帝派王导及百官去跟王敦讲和，要他退兵。
王导遂撇开百官，私下里跟王敦进行了一次密谈。
王敦退兵的条件是：一要大赦他起兵的罪名；二要晋升他为丞相，都督中外诸军事，隶尚书事，封武昌郡公，领江州牧。
晋元帝没有办法，只得一一照办。
王敦起兵的目的，就是要篡权，因此，他对王导说：“朝廷中刁、刘余党还在，我看得斩草除根。主位移动与否，另当别论，但朝政务必得改革。”王导知道他心怀不轨，就劝他说：“朝廷经过这次变故，也势必悔过了。只要不再疑忌我们兄弟，我们的祖业得以为继，我看就到此为止吧！”王敦这才打消了废立之事，东晋危而复安。
但他的权势却膨胀起来了，他不经过朝廷同意，就擅自任免了一批大臣和州郡长官，也根本不去朝见晋元帝，一切安排妥当后，就直接带兵返回武昌。
司马睿见无法动摇王家的势力，于当年11月，忧愤而死。太子司马绍继立，是为晋明帝。
晋明帝聪明英武，为改变东晋主弱臣强的局面，他从即位之初就在做着努力。他命华恒为骠骑将军，都督建康水陆诸军事，命郗鉴为安西将军、兖州刺史，都督扬州、江西军事，西镇合肥，防范王敦的意图非常明显。
王敦于是进行了第二次叛乱。明帝太宁元年（323年），王敦移镇姑孰（今安徽当涂），正谋起兵，夺取建康。可正在这时，王敦病倒了。太宁二年7月，明帝乘王敦病重，决定先发制人。但明帝因担心众人惧怕王敦余威，便假称王敦已死，下诏历数王敦罪行，并任命王导为大都督，传檄征讨。王导此时与上次的态度相比，大相径庭，明朗且坚决，宣称“宁忠臣而死，不无赖而生”，声明讨逆。王敦首战失利，不久，便忧愤而死，余党立即作鸟兽散，叛乱得以平息。
王敦临死，对羊鉴及其子王应嘱咐道：“我死后，宜即刻立王应为帝，先立朝廷百官，然后再安排葬事。”而王应是一个纨绔子弟，扶不上墙的一堆污泥，他将王敦的尸体用席子一裹，涂上防腐油蜡，草草的埋在议事大厅下面，就与一帮公子哥们上街狂饮豪赌去了。
晋明帝平叛之后，余恨未消，掘出王敦的尸体，焚毁衣冠，绑赴刑场，砍头示众，算是报了父子两代帝王被欺负的仇恨。
门阀世族
东晋朝廷对在战乱中大量南下的北方大族和流民，设置侨州、郡、县，一仍北方###之前的政治格局，以维护侨迁士族的特权和利益。北方原有的徐、兖、青、司、豫、雍、秦、幽、冀、并等州，在南方也都有相应的侨州。其中大族的显姓就有100多家，这百家大族就是东晋政权的支柱。司马睿到南方后，即以王导为谋主。在王导的建议下，司马睿最初大量启用北方大族，使北方士族在政治上长期凌驾于南方士族之上。
在门阀政治中，门阀士族对皇权起着限制和制衡作用，门阀之间也互相制约。皇权离开门阀士族的支持，就会倾覆；反之，门阀士族如果抛弃皇权，也就不能和平相处，大家共同遵守着这一游戏规则，从而形成东晋门阀政治的特点。因此，当司马睿试图要打破这种格局时，无形中就侵犯了这些士族大家的利益，于是就发生了王敦的叛乱。而王敦的叛乱以及其后桓玄的叛乱，之所以不能成功，实际上也是高名第士族与一般士族之间、南北方门阀士族之间互相牵制和平衡的结果。
据《世说新语？仇隙》记载，当年元帝任用谯王司马承为湖州刺史以防备王敦时，就为王敦之弟王廙所杀。王敦死后，司马承的妻子才敢哭着对其子司马无忌兄弟说：“是王敦假借王廙之手