他下令将巡按御史何士弘等逮到京师，捆在拴马柱上，让太阳暴晒。然后问刘伯温：
“汝善观天象，可知缘何干犯天怒，久旱不雨，朕应如何补救，方可挽回？”
刘伯温不敢推脱，只得说：
“久旱不雨，其原在天，其因在人。据臣所见，有三件事须妥善处置，方可感应神灵，调和气候，下雨去旱。”
“哪三件？”
“一是阵亡士卒数万人，其家属全安置在寡妇营中居住，既不能改嫁，又不能回家与亲人团聚，有的年老体衰，有的多病缺药，造成阴气郁结。”
朱元璋心生恻隐，觉得对不起那些跟随他打天下的已死将士，连忙点头，令解散寡妇营，听任她们改嫁，不愿改嫁者，发给赏钱送回乡间依亲。
“其二，因修城筑殿而死亡的工匠未得安葬，以致尸骸露天，怨气凝聚，干犯上天。”
朱元璋处事历来果断，马上下令全国各地，将所有服役工匠一律释放归家，已死的由各处官府买棺安葬，并抚恤其家人，不得暴尸山野。
“其三，东吴的降将降吏都沦为军户，日夜哀啼，这也有损和气，有伤于天意。”
朱元璋也不迟疑，下令将东吴的降将们免于充军。他是真心实意地想求得天神的谅解，普降甘霖，解除旱象，拯救百姓于灾荒之中。
谁知刘伯温所提的三事妥善解决之后仍天晴如昔。过了十天半个月，那太阳好似越来越亮，越来越圆。
朱元璋心中狂暴起来。他想，刘伯温往日算无不灵，言必有中，这次却一点也不灵验，是他没有尽心还是心无诚意？他想起李善长一班人对他进的谗言，认为刘伯温的确变得狂妄起来，竟连自己的话也不听。他现在最嫉恨的便是臣下的不忠不义，一怒之下便传旨宣刘伯温来见。
刘伯温也在为那天气久旱不雨而发愁，听见有旨宣他，料想必定是为了此事，自忖无法解释，今日难逃一祸，到了金殿，连忙跪倒，口喊万岁，请罪道：
“臣下不才，所算不中，误了皇上大事，有欺君之罪，真是罪该万死！”
朱元璋却不吃这一套，他脸色铁青，猛地一拍御案，厉声斥责道：
“好一个刘伯温，朕要你仰观天象，慎候风云，你却一再失去灵验，到底是何道理？今日要给朕说个明白，否则朕有饶人意，剑却不依人。”
刘伯温见朱元璋已怒不可遏，心下着慌，浑身吓出一身冷汗，连连叩头道：
“小臣无能，犯有欺君之罪，愿受皇上惩戒。”
“你往日居则每匡治道，动则仰观乾象。能察日月之经纬，验日月之休光，发踪指示，三军无往而不克。睹列曜垂象，每言有准，多效劳力。为何这次所言三事，朕皆准你，却毫无灵验？想必是你存心戏弄朕，是也不是？”
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刘伯温不是盏省油的灯，还是防着点，叫他卷铺盖回家吧（3）
“臣下不敢！”刘伯温见他口出如此重言，吓得心中直抖，却用力克制道：
“皇上一直视臣为心腹，小臣感恩戴德，终生难报，怎敢对皇上起此不忠歹念，万望皇上明察。此次实是小臣无能，推算有误，不敢存心欺瞒。”
朱元璋正在盛怒之时，哪容他解释，正待下令严惩，但一看刘伯温满头斑白的头发，心中一动，想起当年他来投之时，尚是乌发满头，转眼已到老年，又忍了下来。他往日许多好处，都涌上心头。
他想起他把刘伯温称为自己的张子房，为酬谢他的勋劳，自己还在诏书中夸他“仰观乾象，慎候风云，使三军避凶趋吉，数有利贞”。
建国以后，他为解除诸将兵权绞尽脑汁。他知道百姓渐安，天下粗定，再让将帅拥有兵权，这是最危险的。可是他又不想学宋太祖再来个杯酒释兵权，在这个关键问题上，又是刘伯温替他解了难题。
他为加强军队管理，提出了“军卫法”：在要冲之地驻兵，一郡者设所，几个郡连成一气的设卫。以五千六百人为一卫，一千一百二十人为千户所。卫的长官为指挥使，所的长官为正副千户和镇抚。若干个卫所之上再设一都指挥司，长官为都指挥使。所有的卫所，皆统属于中央的大都督府。
将帅们平时不统兵，遇有事征调，才令分统于指派的将领，事完立即遣散分归各卫。管军官员不得擅自调用，违者以造反处死。
这样，将不专兵，兵不私将，可避免将领培植党羽，拥兵自重。且卫的建制比过去缩小了一半，即使想称兵作乱也因兵少势弱，难于成事。
有了“军卫法”，朱元璋心中的石头落了地，即可高枕无忧，他不能忘记刘伯温的这一大功。
他想自己在大封功臣时只给刘伯温封了个诚意伯，所受俸禄只有李善长的二十分之一。现在若因天不降雨而重惩他，于心何忍。
想到这里，他决定暂且把惩罚之事缓一缓再说，便挥手叫刘伯温退下，说：
“今日且放你一马，此事明日再说。你先归家，好好想想自己的过错。”
没想到，刘伯温第二天即上了这道请假回乡安葬老妻的奏章，给自己出了道难题。
昨日退朝回宫之后，他心中余怒未消，被马皇后看出，温言劝他道：
“自古说，天有不测风云。刘先生虽说善知天象，但这老天之事终容不得他做主，就好比小妾当不得陛下的家一样，也难免有错的时候。刘先生自归顺陛下后，忠心耿耿，立过多少功劳，岂可因这次差错就惩责他呢？”
朱元璋听后，想想此言确有道理，所以那气慢慢地消了。故今日见了这个请假的奏折，也不怀疑他是有意对抗自己，而想妻死夫葬，乃人之常情，便在奏折上批了一个“准”字。
刘伯温告假获准，可以避开这是非之地，心中感激不已，又去上表谢恩。
刘伯温见到朱元璋，心潮翻滚，满怀忠诚，心中有无数的话想说，却只说了两件事：
“小臣此时叩别，不知何时才能见到皇上。小臣有两件事请皇上留意：其一，凤阳虽是龙兴之所，却非建都之处，请陛下三思。其二，扩廓帖木儿未可轻视。”
朱元璋见刘伯温临别时依然痴情一片，心中颇为感动，且他说的都是自己面临的两个棘手之事，长久没有解决，难为他时时记挂在心。他心中有些不舍，却只淡淡地说道：
“你安心去葬了妻子，歇些时日，朕自会派人去叫你回来，你说的事都在朕的心中。”
刘伯温含泪叩别而去。
金窝银窝，不如自己的狗窝，土佬儿皇帝要在家乡建都（1）
那扩廓帖木儿已成为朱元璋在西北的心腹大患，他骁勇难敌，时时侵扰大明西北边境，弄得边警不断，非囤积重兵不可。这就迫使朱元璋不得不考虑长此以往，那里会不会形成将帅尾大不掉之势。
朱元璋想，既然边患长期不除，为免统兵之将拥兵自重，就只有将都城迁到靠近西北边境的西安或汴梁去，可以就近指挥边兵，防止发生意外事变。
所以他一直在考虑要不要以南京为都城。
南京虽为古来建都之处，但如今风水泄尽，故六朝时建都于此的个个短寿，每念及此，总有不祥之感。再加上如今的宫殿是填了燕尾湖后建造的，地势前高后低，地基已在下沉，也不宜久住。况且它去中原颇远，控制北方甚难，与自己想直接制约边兵皆不相符。
但在北边建都也不易寻觅地址。汴梁经他实地考察，无险可据，建都不易。
西安、洛阳，虽系周、秦、汉、魏、唐诸朝建都之处，但开国未久，民力未苏，如在这些地方建都，供给力役都得依靠江南，那里的百姓承担得了吗？
北平虽有元朝的宫室可资利用，但胡人所据之处，如定为都城，还需花一番大功夫去改造修建，还得耗费大量民力、财力，且粮米都需从江南输去，水陆转运艰辛。
想来想去，比较来比较去，他终于想出个在自己的家乡凤阳建都的方案。
凤阳前有长江，后靠淮河，交通便利，有险可倚。它离中原不远，又靠近江南繁华富庶之地，粮米赋税转运便捷，不会给百姓增加多少负担。
最重要的是他相信凤阳的风水对他有利。他一直相信，他之所以能历尽艰险，由一个农家子弟变成真命天子，靠的是这块风水宝地的滋润，建都于此，也一定会福泽其子孙后代。故他深深眷恋着这块生他养他的故土，虽然这儿有太多的苦涩记忆，但也有着许多温馨的往事，这儿是他美梦开始的地方，金窝银窝，比不上家乡的狗窝。
他把这个想法透露给了刘伯温。刘伯温却颇有异议，他向朱元璋奏议道：
“凤阳虽为帝乡，但天险不足。它北面远有云邱湖，近有马鞍山。云邱湖芦苇丛生，能藏兵百万；在马鞍山上架起大炮，一炮可轰倒紫禁城。故不宜建都。建了，也不宜居。”
可朱元璋是个主意打定便五头牛也牵不回的人。他正式下令以凤阳为中都，并命工部仿照南京之制在那里兴建城池宫阙，还在凤阳设立“行工部”，具体负责营建。
刘伯温担心这样弄下去会搞得劳民伤财，临别时，忍不住又向朱元璋提了建议。
朱元璋并未把刘伯温的话放在心上。他把中都的城址定在凤凰山的正南方。
他要求城池宫阙不仅要气势宏伟，也要华丽高雅。圜丘、方丘、日月社坛、山川坛及太庙都要描龙雕凤，石构建筑要雕饰奇巧。御道踏级的花纹要雕出九龙、四凤、云朵；丹陛前的御道花纹用龙、凤、海马、海水、云朵。
为使宫殿能千秋万代永续住用，一些关键部位，要用生铁熔化后灌注进去。如护河埧砖脚五尺，就要熔化生铁灌注。
皇城内外的大街，全用白玉石铺砌。
因工程浩大，他下令征集大量人力。当时全国被征用的九万工匠，几乎全部都集中在凤阳。那些挖沟筑城等事，则由几十万军士、民夫、罪犯担任。
凤阳地瘠人贫，居民稀少。