1613年）十一月，南北两京缺尚书、侍郎十四名。更为可笑的是，由于严重缺员，有时上级必须要一个县的知县再兼任邻县的知县，但俸禄却不增加。幸好，当时因为万历深居宫中，朝廷之事不是很多。不然，这些兼职的知县肯定会到京城去哭累。
而到了万历末年，怠荒日甚，官员缺席多不补。《明史？方从哲传》中谈到，旧制：给事中五十余员，御史百余员。至是六科止四人，而五科印无所属，十三道祇五人，一人领数职，在外巡案，率不得代，六部堂官仅四五人，都御史数年空署，督抚监司亦屡缺不补。文武大选，急选官及四方教职积数千人，以吏、兵二科缺掌印不画凭，久滞都下，时攀执政舆哀诉。诏狱诸囚，以理、刑无人，不决，遣家属聚号长安门。职业尽弛，上下解体，内阁亦只方从哲一人，从哲请增阁员，帝以一人足办，不增置，从哲坚卧四十余日，阁中虚无人，帝慰留再三，又起视事。帝恶言者扰聒，以海宇升平，官不必备，有意损之，及辽左军兴，又不欲矫前失，行之如旧。
万历龟缩在深宫里，不走的官员们就开始拉帮结派，万历一朝的党争几乎惊天地泣鬼神。从党派林立到门户之争，日盛一日，互相倾轧。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多，你还没有唱完我就登场。整个万历一朝就成了吵架斗嘴的场所。这样的恶果，我们只能归罪于万历皇帝的怠政。因为我们实在找不出这些冬烘先生们“吵架斗嘴，互相排挤”的根由。
学者孟森曾把万历的怠政期称为“醉梦之期”，并说此期万历的特点就是“怠于临朝，勇于敛财，不郊不庙不朝者三十年，与外廷隔绝”。
这话大概没有错，而这并不是我们想知道的。我们想知道的是万历怎么会变成这样一个人？他废除了张居正所有的变法措施，并且花光了张居正用了十年时间为大明积攒下来的钱财，这一切我们可以原谅他。毕竟当初张居正对他的管教有点严厉，而且张居正也没有做到“身正”，他“不从”也是情理之中的事情。
万历：一个精神上的吸毒犯（3）
可他在查抄张居正的家产时，也看到了张家把砸锅卖铁的钱集合起来也才十万两白银，不过是嘉靖年间首辅严嵩被抄银子的二十分之一；他听闻而来的张居正诸多小妾，但在张居正的家里，他也并没有找到。那么，也就是说，张居正的品德瑕疵不过是他后来才从大臣嘴里听来的。所以，有人说他的怠政是因为张居正对他的管教甚严而导致了他的逆反心理，在他亲政后，一旦有人对他提出善意的忠告，他就想到了张居正说的比唱的好听的那一套。于是，他不理；他越不理，大臣们就越与他对抗。最终，他选择了龟缩在深宫里与大臣们藏猫猫。
还有一种说法是，他将张居正的行政举措废除后，想用自己的办法来治理国家。但当他发现自己的那一套根本就无法治理国家后，他退缩了。于是，他选择了逃避。
第三种说法就是晚明的一位名士夏允彝提出来的，他说，万历之所以怠政，先是因为宠幸郑贵妃，后是因为厌恶大臣之间的朋党斗争。有人则给他补充说，万历之怠于临朝，一大因素是因为他的身体虚弱。之所以身体虚弱，是酒色财气的过度。危言耸听一点来讲，他在后宫“吸毒”。
无论是哪种说法，都有让我们相信的余地。因为万历的确把大明朝拉到了深渊，在他后三十八年于深宫“养精蓄锐”的时候，大明朝正以义无反顾的姿态向深渊冲去。而他却在吸毒，我们宁愿相信是他的肺在吸毒，也不愿相信是他的精神在吸毒。精神上的吸毒就像是瘟疫，不但传染，还有可能遗传，几代人都难以戒除。
国本之争（1）
如果说，万历怠政是把大明帝国的脑袋断了的话，那么，发生在万历十四年（1586年）的国本之争就是断了大明帝国的生殖器。所谓“国本”，就是指皇太子，他的地位能影响到整个王朝的安危。按照中国君主专制时代的规矩，皇帝与皇后生的儿子是嫡子，与其他妃子生的是庶子。嫡长子是当然的皇位继承人，如果没有嫡子，则以庶子中最年长者为皇太子。所谓“有嫡立嫡，无嫡立长”就是这个意思。
万历十年（1582年），嫡子没有，而一位由宫女生的皇长子出生了。这就是朱常洛，后来被人们称为“一月天子”的泰昌帝。万历十四年（1586年）正月，万历一向宠爱的妃子郑氏也生了一子，取名朱常洵。这位妃子一跃而升为皇贵妃。
群臣们如果不是傻子，就都能看出万历皇帝背后的意思。没有先封朱常洛的母亲，反而先封朱常洵的母亲。这一年的二月，内阁大臣申时行等请册立太子。
万历闭着眼睛听了半天，最后说道：“长子年少体弱，况且才四岁，过一段时间再说。”
申时行不答应，并举例说：“四岁还小吗？看看我们的祖宗，英宗在两岁时就被立为太子，武宗被立为太子时才一岁。”
万历还是一味地装糊涂。我们说，在万历十四年（1586年），万历就已经在精神上开始吸毒了。他一装糊涂，大臣们就把自己的猜测彻底地加以肯定了。这些大臣认为，万历就是想立郑贵妃的儿子为太子。其实，皇帝有至高无上的权力，想立谁就立谁，关下面大臣什么事。但明朝的士大夫们就犯着这股劲，你这样，我偏不让你这样；你若这样了，以后我该怎样。
不久，户科给事中姜应麟、吏部援外沈璟联合上疏道：“郑贵妃虽然贤德，但她所生的孩子是次子，而恭妃（那个宫女）生的是长子，应该主持社稷，为什么反令居下呢？请收回成命，首先进封恭妃，然后再封贵妃。”然后，两位士大夫话题一转，转到了国本问题上来，“皇上应该早立长子为皇太子，以定天下之本”。
万历开始还在椅子上坐着，待太监们念完了两位士大夫的上疏后，他就坐不住了。转了几个圈后，下旨，贬姜应麟为广昌典史，沈璟调任地方官。然后，他就跟内阁大臣解释说：“我惩罚这二厮，不是因为他们指手画脚地要我册立恭妃，而是，他们居然推己及人地把我想得如此龌龊，天下人都知道，我朝立太子，自有祖宗成法，我怎么敢随便破坏？”
但他这种解释显然说服不了士大夫们的猜测，刑部主事孙如法上疏，直指郑贵妃。奏疏内容几乎变成了质问：请问，恭妃生长子，已快五年了，您说您按照祖宗成法办事，可为什么不给她们封地？贵妃郑氏一生子，您就加封为皇贵妃，而且又得到了进封，请问，事情在这里明摆着，天下人想不怀疑会遭到天打雷劈的。
万历笑了，是吗？天打雷劈？好的，据说潮阳那里经常有暴风雨，你去那里做典史吧。孙如法去了潮阳，朝堂之上的士大夫们更加起劲了。御史孙维城、杨绍程又上疏请定太子，万历的对策是，谁的上疏只要和国本与郑贵妃有关，谁就被免职。
群臣们前仆后继，都拿自己的前途开玩笑，接二连三地责问万历。万历是兵来将挡，水来土掩。大臣们越是让他立长子为太子，他越是不立。到了万历十八年（1590年），他已经把大明帝国的脑袋砍掉一半了，廷臣们依旧对着深宫中的他大声叫喊：立太子。
万历十八年正月初一，他召见大学士申时行等人，申时行乘机再提立长子为皇太子之事，万历还是说，太小，等一等。
这年的十月，廷臣以储位未定，交章请册立。万历真的是被逼得没有办法了，只好跟群臣们约定，如果在明年春夏之前，没有人再提此事，我就于冬间议行，否则，他只能等到长子十五岁了。
大臣们见万历终于定出了时间，好不高兴。这阵高兴没有过多久，万历在第二年的春天又说，明年春天再举行。大臣们觉得不过一年时间，那就再等一下吧。
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国本之争（2）
可就在万历十九年（1591年）八月，他答应册立东宫的日期已经接近，工部主事张有德上疏要求准备册封的仪物，万历奸笑了。他终于等到了这一天，先是扣了张有德三个月薪水，然后跟大臣们解释说，大家明明说好了的，在这期间谁也不提国本之事。这可是你们先犯规的，大臣们认为这是万历在耍赖，万历却反复重申那个约定。
在当时的万历看来，皇后并没有生儿子，朱常洛与朱常洵都不是嫡子，立哪个儿子做太子应该是自己的事。贵为皇帝，想立自己心爱的女人生的儿子做继承人关大臣们什么事。他或许还骂了自己的祖宗，因为祖宗留下来的规矩的确关大臣们的事。
郑贵妃在万历十九年这一年真是笑容满面，因为在万历的耍赖下，对太子的册立可以延缓了。这不仅仅是延缓，如果万历继续耍赖下去，就很有可能是更改。
可大臣们却不这样想，他们认为，这件事已经快十年了，兄弟们也倒了不少，自己学富五车，又有这么多兄弟，居然用了十年时间也做不成这样一件事情，日后到了地府，如何跟大明的祖宗交代？
就在万历二十年（1592年）正月，礼科都事中李献可同六科诸臣联合上疏，要求皇长子应该学习了。从这一点来看，朱常洛在十一岁之前就没有学过什么文化知识。可见万历对他的感情是多么的淡薄。
万历看到这封奏疏，大怒。其实大臣所谓的学习就是希望万历允许皇长子接受帝王教育。他一怒，就打人。但打了一批，又来了一批，一直到万历二十一年（1593年）正月，万历打不动了。此时，他已把断头政治运用自如，只在国本事情上动一动脑袋。可他觉得这样下去，有违自己的断头政治的宗旨，就跟大臣们说，这样吧，既然大家都对这件事这么感兴趣，我也只好按照祖宗成法来办了。祖宗说：“立嫡不立庶”，现在王皇后虽然没有生育，但未必不代表她以后也不生育。如果她生了一个�