6月19日，莫罗在霍克斯塔特渡过多瑙河，重创克赖，接着又占领了奥格斯堡和慕尼黑。次月，法奥签订了帕斯多夫停战协定，至此，这个战场的敌对行动才暂告平息。但由于英国仍未被击败，奥国又宣称在1801年2月以前决不单独签订和约，国际政局复杂多变致使和约谈判一再拖延。法国当时的地位也不容乐观，被拿破仑甩下的征埃军团至今仍在埃及孤军独处，无人问津，虽然眼下尚无危险，因为3月20日，克莱贝尔在赫利奥波利斯曾给了土耳其军一次决定性的打击，克莱贝尔在开罗遇刺身亡，接替他的梅努将军是一个能力较弱的领导人。9月间，基思勋爵攻占了马耳他岛，法国与埃及因而进一步受阻。在这些挫折和拖延的激怒下，拿破仑遂于11月5日下令取消休战，并在两个战场同时恢复战争行动。
拿破仑现在4个野战军团：在意大利有一个军团计7万人；在多瑙河，莫罗有10万人；在瑞士新组建的由麦克唐纳指挥的一个预备军团有万人；此外，在莱茵河下游的美因茨还有一个高卢—巴达维亚军团，由奥热罗指挥，有万人。8月，马塞纳被免除了意大利军团司令的职务，因为他受到贪污军饷的指控，代替他的是颇不称职的布律纳。11月底，战端重起，莫罗于12月3日在霍恩林登主动进攻，大败愚笨无能的约翰大公。
结果三周之后，法奥签订了放太尔停战协定，多瑙河战场的敌对行动遂告一段落。
在意大利战场，布律纳像以往一样缺乏干劲，进展不大。但拿破仑命令麦克唐纳在隆冬穿过施普鲁根山口，他却马到成功，从特兰提诺河推进到波尔萨诺，结果导致特雷维索停战协定的签订，以及最后于1801年2月9日，法奥两国在吕内维尔签订了正式和约。吕内维尔和约的签订结束了第二次反法同盟。对于领土问题，其处理方法与1797年签订的坎波—福米奥条约大致相同：即法国保留比利时和莱茵河左岸；在意大利、奥国则获得阿迪杰河以西的威尼斯领土作为补偿。伦巴第变成了意大利共和国，巴马、摩德内和托斯卡纳等公国均并入其版图。巴达维亚、黑尔维谢、意大利和利古里亚共和国在名义上都承认独立国家，但实际上均受法国支配。奥国既已退出战争，拿破仑现在仅剩下英国需要对付，但他却受困于英国的海上霸权。
1801年3月，阿贝克隆比在亚历山大港的胜利终于使法国人在秋天撤出了埃及，从而最后打破了拿破仑向东方扩张的美梦。3月23日沙皇保罗遇刺和4月2日纳尔逊在哥本哈根摧毁丹麦舰队，使拿破仑拼凑北欧同盟以损害英国商业利益的企图受到了挫折。因此，他转而巩固自己在国内的地位并重整法国的财经资源。拿破仑执政以来的地位一直都不稳固。他在雾月政变后夺权的专横手段使许多法国人都甚为反感。两股营垒分明的势力都反对他：其一是保皇党人，他们盼望恢复前国王的兄弟，即现已被放逐的普罗旺斯伯爵为代表的正统的波旁王朝。
当时，保皇派去法国南部和西北部的活动尤为猖獗。在西北部，舒安分子甚至公开叛乱，因而遭到了无情的*。1800年9月，拿破仑曾致函普罗旺斯伯爵：“你不必考虑返回法国。否则，你将不得不从10万死尸上踏过去。”为了安抚国内比较保守的分子，拿破仑决定与罗马天主教会握手言和。他意识到教会可以左右民众的感情。当时，法国国内还有4万名教区教士，他们对人们的思想产生相当大的影响。1800年3月，一位新选出的教皇庇护7世取代了庇护6世，因为后者在1789年受到督政府异常粗暴的对待并离开了罗马。1801年7月，拿破仑与新教皇缔结了“政教协议”，根据这一协议，天主教重新成为法国人信仰的宗教，但不是国教，教会置于政府的控制之下。
拿破仑专横地夺权也触怒了过激的共和派和雅各宾派人士，他们认为他的专制统治是对革命军队为之奋战的革命原则的否定。“政教协议”也引起了他们的愤慨，因为他们认为这是对革命戒律的一种反动，是复辟旧王朝的一种先兆。1800年圣诞节前，在拿破仑乘车前往剧院的途中，有人试图用定时炸弹谋刺他。
那天本是个风和日丽的日子。歌剧院演出海顿的清唱剧《创世纪》。第一执政王定好是要去看的，吃完饭后靠着壁炉角上坐着，好像不想走的样子。奥坦丝和她的母亲已经梳妆打扮好了，催着他说：“你去散散心吧，你工作太忙了。”约瑟芬说。波拿巴闭目养神，没有回答。最后，他到底还是同意去，上了车，由贝尔蒂埃、拉纳和洛里斯托内陪同。
波拿巴夫人因拉普为她整理东西而延误了一会儿出发。到了圣尼凯兹街，值班骑兵走在执政王的前面，发现道路被一辆二轮大车拦住，车上装着一个大桶。人们把大车推向右边。波拿巴的车夫等不耐烦，猛抽一鞭飞奔冲过。他们还没走过200米，装满炸药和弹丸的大桶轰隆一声炸开，当场炸死20人，伤60人。波拿巴的车子差一点翻了。车玻璃被打得粉碎。波拿巴安然无恙，随从人员也平安无事。约瑟芬的迟到救了她的大命，爆炸之后她才到达圣尼凯兹街。
在歌剧院，人们议论纷纷，说有人要杀执政王，刚刚炸坏了巴黎一个区。歌剧院内座无虚席，人声鼎沸，人们纷纷议论着刚才的爆炸声，不少人在担忧他们的第一执政王的生命安危，也有一些人在暗自笑着等待拿破仑身亡的消息。大街上更是成了水开的锅。行人们被爆炸声震得头昏脑涨，不知所措。靠近马车的人被炸得血肉横飞，有不少受伤的人躺在地上大声呻吟。
欲海横流（2）
不少幸免的行人们更如惊弓之鸟，纷纷逃窜。救火的、救人的来来回回，警察们则赶紧包围在现场，详细盘察周围目击者。而此时的拿破仑却镇定自若地走进了歌剧院内，安详地坐到了他的包厢内。歌剧院的观众看到拿破仑安然无恙的走了进来，一时间全体齐立，欢呼着：“第一执政王万岁！”拿破仑看着泪水汪汪的约瑟芬责问道：“怎么了？这种样子成何体统！没有什么大不了的。”朱诺贴近他的耳边，向他汇报了爆炸声是因要谋杀他而起。
“多么残暴！”他用一种失望的口气说，“就仅仅为了干掉一个人，却使这么多人死于非命！”他终于坐了下来。喧闹声随之平息下来，执政王打了一个手势，清唱剧《创世纪》开演。波拿巴没看完。他很快离开了歌剧院，回到了杜伊勒里宫。
在这以前，他一直若无其事，极力控制着自己。但一到家里，便火冒三丈。毫无疑问，他断言是共和党人新的谋杀事件，在一楼的大厅里，部长们、将军们、官员们正成堆成伙地在那里等着，他大步流星走进客厅，揎袖捋臂，怒吼道：“这是雅各宾派想暗杀我！他们是些9月分子，他们是浑身污秽不堪的地痞恶棍，他们同历届政府公开分庭抗礼。若不能迫使他们就范，就必须把他们粉碎！”他的嗓门通常比较低沉，但很激昂，越来越高，后来变得响亮，有时候收尾时都嘶哑了。在感情冲动的时刻，他的科西嘉口音暴露无遗。
富歇在他面前站着，他那双死人般的眼睛没有屈服，他冷言冷语地断定这是保王党人的阴谋。塔列朗，尤其是罗德雷，严责富歇的警务部，他是到处侦察调查的猎犬群的头目。约瑟芬长期与他过往甚密，极力为他辩护。波拿巴不敢解除他的职务。但他命令他提供一份流放人员的名单，其中应包括他的雅各宾派朋友。没过几天，富歇得意扬扬地宣布逮捕了设置爆炸装置的肇事者，他们是卡杜达尔的特务——保王党徒圣雷让和卡尔邦，事实证明雅各宾派被流放者是天大的冤枉，但波拿巴并没有赦免他们。虽然如此，执政王对富歇至少是持保留的态度。
他对富歇本人早有戒心，但对富歇的警察机构却很赞赏。富歇无论何时何地总表现出远见卓识，积极主动，对事物洞察入微。他灵活机敏，对各种各样的人物及其怪癖都了若指掌，精明程度令人生畏。执政没有几天，他的耳目侦探已遍布各个角落，对他感恩戴德之人也大有人在。塔列朗是另一个部的首脑，一旦觉得有必要接近自己的同僚时，便一改趾高气扬的神态，对他甜言蜜语。此人从小虚弱，他只顾自己的享乐和利益，他曾是旧主教，背叛了上帝和自己的信仰。他目中无人，蔑视一切，当然不包括自己，尽管他是腐化堕落的典范。他的本性是君主主义者，受的又是君主政体的教育，他推动波拿巴巩固专制政体，而富歇却要波拿巴沿着革命的道路走下去。波拿巴自有主张，坚持自己的路线，他还有那么多东西要学，还要征求他们的意见，有时索性照他们的意见办。不管论意志，论干劲，论品行，他很可以认为比他们高过一头，在这个以挥金如土为特征的慷慨的时代里，他的品行是鹤立鸡群，把他孤立起来了，这两个人现在对他举足轻重，而且永远不可等闲视之。他们都比他年纪大，这是一个重要原因。当他还是他们的部属的时候，他就深知他们身居要津，非小可之辈。
在雾月18日政变中，他们曾强有力地帮助过他，若无他们的捧场，政变根本不可能成功。最后，他们曾对他面授机宜，使他学会了如何处理各种事务。很可能他们欠他的人情债不多，而他欠他们的则要多得多，他对他们多保护少挑剔。这就是他对他们的照顾，对他们的宽容。
对待康巴塞雷斯，他的感情则另当别论。康巴塞雷斯也帮过一些忙，但并不是至关重要的事情。他既没有富歇的机智，又没有塔列朗的威望。他的面色无精打采，精神委靡不振，第二执政王贪图酒色而堕落成怪癖。人们嘲笑他的虚荣心和嘴馋。波拿巴则只愿意看到他的优点：识时务，三思而行，对法律和民政方面有成熟的经验。发现他果然是忠心耿耿，他便给予充分的信任。康巴塞雷斯在参政会议上几乎是个哑巴，但�