处死这些人而立下令人不快的先例。其他人在日本的生化战实验中作为实验人体被活体解剖。
生化实验大多在满洲平房地方进行，由石井四郎少校（后来晋升将军，1892～1959）领导的七三一部队主其事。早自1932年起，战俘与包括妇孺在内的敌国平民被使用为活的实验对象，叫做“丸太”（原木）。有时整个村落被感染瘟疫细菌或类似的东西。从事实验的人包括日本平民，他们似乎已习惯于这工作。
尽管有各种计划与尝试，生化武器似乎都没有实际被日军在太平洋战争中使用来对付盟军，但日军广泛使用生化武器对付中国人。日本正规军本身似乎对这些战术或实验所知甚少或一无所知，而至少有1万日军成为自己国家的细菌战的意外受害者。
不到一个月后的1942年5月7～8日的珊瑚海战役，是对日军士气的一次较严重的打击。这一行动粉碎了日军入侵新几内亚莫瑞斯比港的计划。日军也失去了一艘航空母舰，还有一艘航空母舰严重受损。美方实际上受到较大的损害，但这次战役是日军攻势在太平洋首次受阻。
6月4～6日的中途岛海战，对日军是一大打击——事实上是太平洋战争的决定性转折点。日本一直计划要占领夏威夷西方约1500公里的中途岛，作为战略基地。但其计划被盟军情报当局发现。跟珍珠港的情况不同，这次情报被有效使用。再度由南云指挥的日本舰队损失4艘航空母舰。日军同时还损失2000多名船员与1艘重型巡洋舰。
此后，尽管在亚洲大陆有若干次胜仗与进攻，从太平洋开始，日军的运气每况愈下。占领新卡勒多尼亚、裴济与萨摩亚的计划被放弃，占领澳大利亚与新西兰的构想也被放弃。至1943年初，日军被逐出新几内亚与瓜达卡纳尔（Guadalcanal）。日军在瓜达卡纳尔之役损失25000人，美军只损失1500人。
在1943这一年，日本为缺乏资源所苦，而对若干亚洲国家，日本必须以较间接的控制取代直接控制。日本给其占领下的缅甸与菲律宾等国名义上的独立。日本强调其自西方帝国主义手中解放亚洲的解放者的角色，企图维持占领国之间的团结并以日本作为领袖。结果是“满洲国”、中国、泰国、缅甸、菲律宾及“自由印度”的傀儡统治者于1943年11月6日在东京发表《大东亚宣言》。这个宣言抨击西方帝国主义并重申亚洲合作。这些国家的人民之中有许多人可能起先把日军当作解放者而表示欢迎。但事实上，至此阶段他们已因日军的残暴而感到极端幻灭。日军占领往往使当地居民的食物与其他资源被剥夺，而人员被强迫征召服劳役，有时甚至被船运至日本本土。
日本人本身也受制于资源限制与严厉的劳工动员法律。从1943年9月起，所有25岁以下的未婚女子被动员从事农业或工业劳动。同年，国内食物缺乏也变得严重，而至年底食物配给每天只有1405卡路里，仅仅是标准热量的一半。
在1944年这一年里，日本加紧努力备战，准备作孤注一掷的冒险。国内的战争机械生产有显著增加。这一年生产了28000多架飞机，而1941年只有5000架。但这仍然远远低于美国或许多其他盟国的产量。在1941年至1944年期间，日本生产58822架飞机，而同一时期英国生产96400架飞机，美国生产261826架飞机。不论日本飞机可能在技术上多么先进，数量就是赶不上。
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第五节 太平洋战争（5）
同年，日本在中国战场有若干次胜利。然而，日本无法摧毁美国在四川的空军基地，这意味着美国能够利用这一基地以远程B29轰炸机轰炸日本。美国飞机轰炸日本愈来愈频繁，而且没遭遇到多少抵抗，同年7月日本在极为激烈的战斗后失去了马里亚纳群岛的###，这对日本是特别严重的打击。美国现在也可以利用###作为轰炸东京的基地。本土防卫现在因此变成紧急的优先工作。
失去###对于东条本人是一个惊人的打击，因为他在仅仅几个月前还表示###是无法攻陷的。他因此不但辞去了首相职位，也辞去了陆军参谋长职位，而首相由小矶国昭（1880～1950）接任。对东条与日本战争努力的信心受到严重影响。许多高阶军方人物也注意到德国运势的衰退，而恢复到战前的认知：日本胜利是完全不可能的。不少人认为应该尝试以日本能获得的最好条件和谈。这样的条件当然比不上1941年所希望的条件，但至少能结束战争。有一种错误的想法，认为苏联可以在和谈的事上为日本办事。事实上，前一年在1943年，苏联答应一旦德国被打败后，苏联将加入盟国对抗日本。但小矶内阁心中盘算着苏联可能帮忙，因此决定继续作战。日本也抱一点儿希望双方可能达成妥协：假如日本本土严防死守至造成盟军大量死伤的话，盟军可能同意和平条件而不愿人员继续死伤。
这一年稍后采取的一项偏执的防卫措施是有系统地使用自杀神风飞行员，正式名称是“神风特别攻击队”。神风意指13世纪元寇入侵日本时保护日本的神风（飓风）。虽然正规飞机有时被使用，“自杀飞机”通常只是备置机翼与粗糙的驾驶机械装置的炸弹。它们无法偏离其原定的目标，并且没有回程燃料。盟军使用日文管它们叫“马鹿炸弹”（白痴炸弹），而它们的飞行员通常是只受过几个星期训练的少年。
神风特攻队
神风特攻队在1944年10月25日的菲律宾雷特战役（The Battle of Leyte）中首次被使用。麦克阿瑟履行他会回来的承诺，于是月20日登陆雷特岛。接着，10月23日至26日的雷特战役据信是世界史上最大的海战，结果日本海军被有效地摧毁。虽然日军仍然在群岛的各地区直至战争结束，有些日军在战争结束几年后仍躲藏在森林里，他们对当地的控制缓慢地但确定地被腐蚀了。1945年2月，盟军夺回哥瑞吉多岛（Corregidor），3月中旬光复马尼拉。
马尼拉的收复对当地居民是一出特别的悲剧。2万名被困的日军几乎都决心战斗至死，而当美军猛烈进攻时，这些日军都狂暴起来。虽然这是相对少为人知的暴行，类似南京大屠杀的强奸、抢劫与谋杀的场面发生了。在马尼拉光复之前的一个月期间，估计10万居民被杀。战争的最后几个月，在菲律宾的日本平民也在日军手下受苦。1945年5月，撤退的日军谋杀随军日本平民的大约20个小孩，以免小孩的哭声让敌人探知他们的位置。
美国陆军战罪部门后来获得关于此事件的报告，并判定其为“所有文明国家嫌恶的极恶行为”。但它被交付给日本当局，因为当时有关战罪审判的法律未规定对自己国家国民的残酷行为是战罪。结果如何并不清楚。类似行为发生在冲绳保卫战，而无疑地也发生在其他地方。
英军于1945年3月夺回缅甸古都曼德勒（Mandalay）后，也在5月光复仰光。此时，恶名昭彰的日军使用当地人与战俘建造缅甸铁路的残酷行径才被人发现，盟军的抗日决心因而更加提高。这是日军在1942年10月与1943年11月之间执行的一项计划，目的是要从泰国获得补给。建造工作造成约6万工人丧生，包括当地劳工与大约15000名英国与澳大利亚战俘。
在1945年的前几个月，美军使用远程B…29轰炸机加强轰炸日本，大多是低空飞行的夜间出击。美军在3月初攻占小笠原群岛的硫黄岛后，美军轰炸日本更加方便了，因为硫黄岛提供一个介于###与日本之间的方便的中途基地。日本人实际上没对这些空袭进行报复。在1944年6月与1945年8月战争结束之间的总共31387次出击之中，美军只损失74架B…29轰炸机，损失率不到025％。最大规模的一次对东京的空袭是3月10日，造成了约10万人丧生。除了据说因“文化遗迹”而不被列入轰炸对象的京都与奈良等外，日本大都市的设施大多受到40％～50％的损害。
第五节 太平洋战争（6）
根据史家吉田守夫最近的研究，关于京都与奈良是否如美国政府所声称的那般因为文化原因（日本政府也接受这种说法）或是否它们只是战略上不重要而没被轰炸，现在仍有争论。
至5月底，估计至少1300万日本人无家可归。
4月1日美军开始攻击冲绳，这是日本本土的一部分。4天后，小矶首相辞职，由年迈的海军上将铃木贯太郎（1867～1948）接任。5月8日，德国投降，盟国能够将兵力朝日本集中。对于日本，形势看起来很糟。
经过将近3个月的激烈战斗后，冲绳在6月21日陷落，日军11万人死亡，而日本平民估计有15万人死亡。美军方面，约13000人丧生，4万人受伤。这是在整个战争中最高的美军死伤数字，暗示了日本防卫确实很顽固。在冲绳战役中，日本也动用约2000名神风飞行员，并且有大量惊慌的平民集体自杀，因为当局告诉他们，美国入侵者是无人道的怪物。他们宁愿跳崖自杀，也不愿被这样的敌人羞辱。
这类自杀的沉痛故事显示出日军如何被教导去憎恨、害怕美国人。但一旦美军抵达，事实证明这是没有根据的。正如幸存者自己指出的，许多美国“魔鬼”对待冲绳人比本土日本人对待冲绳人要好。这使得许多冲绳人感觉被本土日本人背叛，这种感觉至今仍未完全消失。
战败即将到来。虽然铃木本人不特别坚持继续作战，但军方（尤其陆军）的主流意见仍是战至最后一兵一卒。人们觉得，投降就是不尊敬那些在战斗中牺牲的人。对这些事他们抱持强烈的宿命论。
7月17日，杜鲁门总统（罗斯福已于这年4月去世）在德国波茨坦会晤斯大林与丘吉尔，讨论战争形势，会期两周。蒋介石以电话方式参加会议。那一个月，美国试爆一枚原子弹成功，而杜鲁门得知试爆结果才决定了对日本发表的宣言。这就是7月26日