治军与理财是相应的，不整治军队，就无法节约占财政开支大半的军费，富国自然也谈不上，因为这种军队实在是消耗财力的无底洞。但是，整顿军队是一个敏感的问题，处理不好就会酿成大乱。早在知鄞县时，王安石就对此表示关注。当时由于军队数量太大，皇祐元年（公元1049年），宰相文彦博、枢密使提出省兵，建议裁减禁军，王安石为此有《省兵》一诗：
有客语省兵，兵省非所先。方今将不择，独以兵乘边。
前攻已破散，后距方完坚。以众亢彼寡，虽危犹幸全。
将既非其才，议又不得专。兵少败孰继，胡来饮秦川。
万一虽不尔，省兵当何缘？骄惰习已久，去归岂能田！
不田亦不桑，衣食犹兵然。省兵岂无时，施置有后前。
王功所由起，古有七月篇。百官勤俭慈，劳者已息肩。
游民慕草野，岁熟不在天。择将付以职，省兵果有年。
兵与农是相互依持的，以兵卫农，以农养兵。而农是根本，设兵的目的就是御外治内，保证农民和农业生产不受侵犯。过去一向是兵农合一，战则为兵，耕则为农。自有募兵（职业军人）以来，应征当兵的大多是游手好闲之辈或无以为生的贫民，总之都是无业可赖之人，而官府也有意将之召入军中，以防止生变。但是，这些人从军，既不能御外又不能安内，只是虚耗财物，如此一来则农民负担更加沉重。一有灾荒，贫民衣食无着，政府无力救济，只好又将之纳入军中。如此则兵愈多而农愈少，农民负担日重，养兵、养官、养僧道，甚至有一夫耕而十人食之局。宋朝的禁军就是如此恶性膨胀起来的。这样的禁军战斗力极差，战斗力越差就越需要数量，数量越多则战斗力越差，于是，出现了难以根治的恶性循环。
王安石认为在不能提高军队战斗力的情况下是不能先言省兵的，因为质量不行，就只能依靠数量，不然难以御敌。而且这帮老爷兵骄惰成习，硬裁下来，一时间也不可能改变旧习，还是不耕不桑，让地方白养着，如果不养着，他们又会为贼为盗，为害更大，因此，这些人裁与不裁差别不大。那么怎样解决问题呢？王安石提出两个并行的方案：一是择将治军，提高军队的战斗力，以质量代替数量；二是减轻农民负担，使人乐于为农，不愿当兵，这样一来游民数量就会大大减少，兵额自然也省下来了。
王安石认为，要想提高军队的素质，就必须改变“将不识兵，兵不识将”的现状，使兵与将相互熟悉，兵有约束，将有职责，上下拧成一股绳，齐心协力，有了凝聚力，就会有战斗力。将兵法的实施，就是为了这一目的。
将兵法打破了原来的禁军编制，让富有战斗经验、爱兵亲民的将官统领一部，其辖区比较固定。将以下设副将，将与副将皆给虎符，以增加其权力与威信；又设训练官一职，次于将佐，专门负责军事训练。根据将兵多寡，又在将下设部将、队将、押队、使臣四级军官。将兵法使兵与将比较固定，加强了军事训练，提高了军队的战斗力。
强兵之方（2）
王安石认为宋军的痼疾是“将非其才，议不得专”，省兵的关键是择将。在择将方面，王安石认为必须选择文武全才，不可专赖武人。在《上仁宗皇帝言事书》中，他指出“先王之时士兼学文武，未有不学武事者”，因而各级官员都是文武全才，出则为将，入则为官，守边、戍卫，都是士大夫充任，而今文武分家，文士耻于言武，武官短于知文，军中兵将皆不解文言，不识礼义，战则无策，居则无行，将守边、戍卫的重任托付于此辈，如何得安！因此提高军队素质的关键是提高兵将的文化修养，培养一大批文武全才置于军中。为了培养军事人才，熙宁五年（公元1072年）恢复了仁宗时一度设置，但旋即废罢的武学，选文武官员知兵者充任教授，招收武生，官给膳费，学习兵法战策。
王安石认为武将也应精通兵书战策，智略与勇力是同等重要的。因而他对武举设墨义一科极为不满，认为文官诵书多少还有点用处，武官只会背诵兵书，不识文义，则一无所用。与其招一些只会背兵书、不懂武艺的学究从军，不如多招几个精通武艺的武士。他还认为择将不一定非得是武士，文士知兵者也可以为将。他坚决支持本是文官的王韶为将，使王韶终于完成了收复河湟的绝大功业。
王安石察知募兵制的危害后，主张逐步减少禁军数量，恢复古代兵农合一的制度，以经过训练的民兵辅助黥兵（脸上刺字的职业军人），因此他力主推行保甲制。
保甲制于后世评价不一。古代多予赞扬，认为它有助于维护社会治安，保障社会稳定；现代则多予批评，认为保甲制限制了百姓的人身自由，是维护封建专制的工具。其实对这一问题应当辩证看待。
其一，王安石推行保甲制的本意，绝不是加强对内镇压，也不是为了限制百姓的自由，其目的不过是想恢复兵农合一的制度，使兵不害农、农不养兵，提高军队的战斗力，减少军费开支，解决财政困难，最终达到富国强兵的根本目标。
其二，从现代的观点来看，自由当然是最重要的，无论什么制度，只要妨害了百姓的自由，就必定是邪恶的、应当废除的。然而在民不聊生的古代，在生存权完全没有保证的情况下，百姓的第一需要是安定，是保证生命财产安全。保甲制不仅维护了官府和地主的利益，同样也维护了贫苦农民的利益。
人们往往会认为盗贼的第一目标是富户，其实受侵犯最多的是倒是穷人，道理也很简单，富家大户固然钱多，但大多与官府有勾连，是动不得的，用现在的话说，就是成本和风险值过高，何况他们本身有可能就是盗贼的后台。只有无权无势的农民可以任意欺负，他们有冤无处申，有苦无处诉，被抢也就被抢了，官府也懒得理睬。盗贼未必都是梁山好汉，其实从古到今，绝大多数盗贼都是十恶不赦之徒，他们是不会因为农民贫穷就大发善心的。贪官、盗匪、劣绅，对农民来说都是老爷，都将农民作为搜刮与欺侮的对象，而且他们往往勾结在一起，有的甚至一身而兼三任。结果是农民只能忍气吞声、甘受酷毒。
曾巩对新法不尽赞同，但他对保甲法却坚决支持并极力推行，甚至在朝廷未曾颁行之前他就已经在地方进行了试点，并且卓有成效。以曾巩的治绩为例，可以看出保甲法保护的是所有善良民众的利益，甚至主要保护的是贫苦农民的利益，因为组织起来的贫民们有了自我保护的能力。
推行保甲制，以民兵取代募兵，可以大量节省军费，因为保甲费只是养兵费用的十之一二。实行保甲制后，禁军缺额不再填补，自熙宁十年（公元1077年）始，这笔节省下来的费用专门贮存于各路提点刑狱司的仓库中，以备边防急需，数量相当可观。宋军也并未由于禁军减少而减弱战斗力，可见保甲制的推行确实促进了国家财政状况的改善。
王安石推行保甲制也是面临很大压力的。守旧派指责王安石让贫苦农民练习武艺是有意使之为盗，甚至大肆制造保甲多为盗贼的舆论，他们害怕农民武装起来之后会谋反作乱，危害社会治安，神宗本人对此也心存疑虑。从保守派的言论可以看出保甲制并不是对付贫苦农民的，表明在对待农民的问题上两者态度是完全不同的。王安石信赖并依靠农民，保守派则害怕并防范农民；王安石认为由忠厚老实的农民经过训练之后所组成的民兵足以承担起保家卫国的重任，其战斗力可能会超过由无赖游民组成的禁军，保守派则多认为民兵是乌合之众，遇敌必然“奔北溃败”，而且一有灾荒则必生内乱，为国之患。
强兵之方（3）
以将兵法整顿禁军，以保甲法训练民兵，是提高兵员素质的两大措施，而王安石推行的保马法，则保证了军马供应。过去都是由官府负责军马放养，不仅费用极高，而且效果不佳，马多瘦弱不堪用。实行保马法后，改由民间认养军马，奖罚分明，要求保证质量，效果就很好。开始是一户养一匹马，富户才许养两匹，后来政策放宽，培养了一批养马专业户，马匹的质量得到了很大的提高，成本也大大降低。保马法的实施再次证明：官办事业成本高、产出低，不如民办；而专业化养殖又胜过分散养殖。
将兵法、保甲法使兵强，保马法使马壮，兵强马壮还不够，因为武器也是至关重要的因素。当时武器生产缺乏管理，又无制度可言，兵器粗劣，甚至有以纸为甲者，可见，军队战斗力差，武器不行也是重要原因。
面对这一状况，王安石的儿子王雱上言，建议“敛数州之所作而聚以为一处”，规模化集中生产，提高效率；并“择知工事之臣，使专于其职”，就是说使懂行的官员专司其事，让内行做领导，并且让这些人保持相对稳定的职位，以便加强管理；同时“募天下之良工，散为匠师于诸监，而朝廷亦当内置工官以总制其事，然后查其精窳之实，而重为赏罚”，就是说要招募天下良匠，同时注意检查产品质量，重奖重罚，使人人争胜，这样就能使质量不断提高，制造出精品。
神宗和王安石认为有理，就采纳了这一建议，设立军器监，专门负责兵器生产。军器监集中了全国的优秀工匠，注重质量，赏罚分明，而且鼓励创造发明，其下设八作司，还有东西两个广备攻城作，由火药、青窑、猛火油、金火、大小木、大小炉皮作、麻作、窑子作等十一个专门的作坊组成，实行专业生产，并依照各自流程严格制作。除军器监外，还专门设有由内府管理的御前军器所。御前军器所规模也很大，役兵、工匠近万人，神宗还曾坚持让军器监与御前军器所相互竞赛，比较优劣。神宗本人也热衷于军