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《石匮书》记毛文龙被诛事，颇为细致，足当实录。本传云：
（崇焕）至双岛（高阳按：指琼岛及皮岛），文龙往宁远，迟之两日，见江上战船将士，皆傲视不顾，谕以“督师亲至地方，尔辈何不晋谒？”对曰：“未奉将令，不敢晋谒。”
按：此足见毛文龙心目中根本无袁崇焕。但绝不能谓为袁崇焕以其无礼，杀之以为报复；袁崇焕的想法是：有此心目中无主帅之将，则缓急之间，不但不可恃，且紧要关头，反足以助敌，亦未可知。袁崇焕所以有五年复全辽的把握，端在能保有完全彻底的指挥权。今有此将，安可不除？且知毛文龙交结当道，如果循正当之途径去毛，必不能如愿，因而采取断然行动。本传续载：
崇焕愕塞，不发一言。但日与幕客数人，沿江闲步，拾沙际文石，攫夺为戏，或呼酒席地，小饮成狂。兵船侦探见者，皆曰：“督台轻狂若是。”皆不以为意。
平情而论，袁崇焕此时虽已有必去毛文龙之意，但亦非不可挽回，只要毛文龙能示诚受节制，袁崇焕亦乐于有此一支海上呼应支援之兵。只是根本上毛文龙便轻视袁崇焕，那就不能不决裂了。
当时等毛文龙回来以后，袁崇焕并未动手，相与燕饮，每至夜分；席上谈公事，袁崇焕主张变更营制，并设监司理民政，毛文龙怫然不悦，话就谈不下去了。
于是袁崇焕讽示毛文龙辞官回乡；毛文龙说：“我一向有此意思，但唯有我知道‘东事’；等‘东事’告竣，朝鲜衰弱，一举可以占领。”所谓“东事”即指对满洲的军事而言。毛文龙大言不惭，已使得袁崇焕大感不快，而居然还存着占朝鲜的妄想，则他的兵即令能打，亦必保存实力，对袁崇焕五年复辽的计划，完全没有帮助。至此，袁崇焕才决定采取行动。
于是以邀“观射”为由，将毛文龙诱至袁崇焕设在山上的行帐；随行士兵摒拒在外。其过程在张岱的笔下极其生动。
《石匮书》记袁、毛打交道，尚有他语；又袁崇焕所带亲兵无几，而双岛毛军数千，袁崇焕何能从容执法？则袁之机智，自别有过人之处，仍须看《石匮书》方知其中曲折奥妙：
（崇焕）索其兵将名册，以给犒赏；文龙不肯进册，漫应曰：“本镇所带亲丁，现在双岛者，三千五百余人耳。明日领犒。”
按：毛文龙不肯进册者，因袁崇焕一直要查核他的饷项支出，恐一进册则据名册核饷，情弊立见。乃约次日犒军，登岸较射。
乃传令中军，带亲丁四面摆围，崇焕坐帐房犒赏军士。文龙来谢，坐语良久；崇焕曰：“明日不能踵别，国家海外重寄，合受焕一拜。”拜已，相约减从，山上亲丁仍于山上摆围。文龙从官百二十人，俱绕围兵，内丁千名截营外，崇焕乃命各从官过见，慰劳之曰：“各将官海外劳苦，粮多不敷，使汝等空乏，情实可悯。汝等亦受我一拜。”拜已，众皆感泣。
按：向毛一拜，以宽其意；向众从官一拜，是一种试探。“众皆感泣”则知可以感化，可以理折，可以气夺，然后可以杀毛文龙。
遂问将官姓名，有言毛可公、毛可侯、毛可将、毛可相，百二十人俱姓毛。
按：此似近乎儿戏，其言夸诞。实则不然。当时投身行伍，有不知其姓者，主事者乃任意制一姓名予之，如王得标、王得胜之类。有轻率者，则故意制一恶姓怪名以相戏，湘军中不乏其例。然亦有喜舞文弄墨，特为制一与其人不称之嘉名相赠，如鲍超目不识丁，贵后始识其姓，而字“春霆”，即其一例。彼时通文墨者，每以屈事武夫为耻，遇有机会，每加戏侮。如鲍超曾得部下献董香光屏条四幅，相传系李闯部下得自明宫，鲍超谓幕友：“何无上款？”此幕友答谓：“好办！”援笔在下款之上加一上款：“春霆军门大人雅正。”文士狎侮武夫，类皆如是。所谓“毛可公”、“毛可侯”的题名，亦是一时相戏，未必有何深意；而毛文龙不说真话，遂成口实。 电子书 分享网站
皇太极攻辽西，袁崇焕杀毛文龙（3）
崇焕曰：“汝等岂可都姓毛？”文龙应曰：“皆是小孙。”崇焕作色对文龙曰：“此便欺我！此辈皆异姓之人，今皆姓毛！吾闻天子方可赐姓；汝今擅改人姓，欺君罔上，罪莫大焉。”顾官曰：“汝等还该复还本姓，为朝廷出力，自立功名，何得为此欺罔之事？”因大声问文龙曰：“我到此数日，披肝沥胆，望尔听我训诫。岂意汝狼子野心，总是一片虚词。目中已无天子国法，岂容宽假？”语毕，西向叩头，请皇命，褫文龙冠带。
按：清制有“皇命旗牌”，而无“尚方剑”，皇命即等于尚方。明制有皇命，有尚方剑，两者权威有差减。凡出镇，必赐皇命旗牌，而尚方剑则系特赐。一请尚方，其人必死。袁崇焕先请皇命，后请尚方，步骤不乱，自见其智珠在握。
数之曰：“女（汝）有应斩十二大罪：兵马钱粮，不经查核，夜郎自据，横行一方，专制孰甚，当斩一；说谎欺君，杀降诛顺，全无征战，却占首功，欺诳孰甚，当斩二；刚愎撒泼，无人臣礼，牧马登莱，问鼎白下，大臣无道，当斩三；每岁侵饷银数十万，每月给米三斗五升，克减军粮，当斩四；私开马市，潜通岛裔（夷），当斩五；命姓赐氏，不出朝廷，走使舆台，监（滥）给劄付，犯上无等，当斩六；劫掠商人，夺船杀命，积岁所为，劫赃无算，身为盗贼，当斩七；部将之女，收为姬妾，民间之妇，没入为奴，好色诲淫，当斩八；逃难辽民，不容渡海，日给碗饭，令往掘参，畏不肯往，饿死岛中，草菅民命，当斩九；拜魏忠贤为父，迎冕旒像于岛中，至今陈汝明一伙，盘踞京师，交结近侍，当斩十；女真攻破铁山，惨杀辽人无数，逃窜皮岛，掩败为功，当斩十一；开镇八年，不复守土，观望养寇，当斩十二。”
又谕各官曰：“毛文龙十二罪，汝等说当与不当？若杀之不当，汝等上来先杀了我。”延颈就戮，众官皆相视失色，叩头乞哀。
毛文龙为之气夺，只叩头求免；袁崇焕问毛可公、毛可侯那班人：“文龙当斩否？”都唯唯称是；中有人以为毛文龙虽无功劳，亦有苦劳，但为袁崇焕作色一喝，亦即住口。
此时，袁崇焕方始请尚方剑，斩毛于帐下，随即宣布，只诛文龙，余俱无罪。乃重新部署，将毛文龙的兵分为四协，以毛文龙之子毛承祚及副将陈继盛分别率领。同时大犒将士，传檄各岛，将毛文龙的各种苛政尽皆革除。恩威并用，贴然绥服。
回到宁远，上奏具言其事，最后自陈：“文龙大将，非臣得擅诛，谨席藁待罪。”崇祯看袁崇焕如此作为，心里不免害怕，这就种下了袁崇焕不得善终的基因；亡国之君之所以为亡国之君，就在这些地方！从古至今，只有英主才能用英雄。或谓庸主亦可用英雄，如刘阿斗百事不问，唯倚武侯。此亦不然，刘阿斗是个特例：武侯为顾命之臣，刘阿斗倚恃如父，论其实际，并非信任。若如官文，自可谓之庸，但能重用胡林翼，此识人的眼光及用人不疑的襟度，亦就不庸了。
话虽如此，崇祯自亦不能不优诏相答。于是袁崇焕又上言：“文龙一匹夫，不法至此，以海外易为乱也。其众合老稚四万七千，妄称十万，且民多，兵不能二万，妄设将领千，今不宜更置帅，即以副将陈继盛摄之。”又请增饷至十八万。报准奏。
平心而论，袁崇焕的处置，确有些欠考虑；当毛文龙叩头求免，从官畏服，则权威已经建立，只逮捕毛文龙置于左右，其子承祚及部将为求保毛之命，必然听命，一样亦可达到整顿的目的。以前方大将，除非有反叛犯上的逆迹，不能不断然处置以外，绝无请尚方剑立斩的必要。那就无怪乎有人造作蜚言说袁崇焕通敌，而以毛文龙的首级为信物了。
是年十月，清太宗率兵破边墙，自遵化侵北京；《东华录》载：
天聪三年即明崇祯二年，十二月辛丑，大兵逼北京。上（按：指清太宗，此时尚自称“金国汗”）营于城北土城关之东，两翼兵营于东北，侦知满桂、侯世禄等集德胜门。上率右翼诸贝勒前进。又闻瞭见东南隅有宁远巡抚袁崇焕、锦州总兵祖大寿以兵来援，传令左翼诸贝勒迎击。
癸卯（按：中隔一日），遣归顺王太监赍和书致明主。
上率诸贝勒环阅北京城。
乙巳（按：又隔一日）屯南海子。
丁未（按：又隔一日）进兵距关厢二里。
戊申，闻袁崇焕、祖大寿营于城东南隅，竖立栅木，令我兵逼之而营。上率轻骑往视进攻之处，谕曰：“路隘且险，若伤我军士，虽胜不足多也。”遂回营。
如上所引，自辛丑至戊申，历时凡七日，太宗只在城外盘旋，并未能攻城，原因是京城高大坚固，且无攻城之具，所以虽兵临城下，并不危急。只看袁崇焕、祖大寿援兵到后，并不急于接战，而在广渠门外构筑工事，有断其归路之意。按：清兵此次由喜峰口破边墙入关，陷遵化，蓟州巡抚王元雅自经死，驻关门的总兵赵率教赴援阵亡，清兵遂趋蓟州，越三河，略顺义，而至京城之北。及至袁、祖入援，屯营东南即广渠门外，则通州及三河在控制之下，俟各路勤