有些人对护航船队体制持否定态度，认为大批船只在装完货物或卸完货物后，必须停留在港口，等待与其他船只编成护航船队，这样既浪费了时间又减低了船舶运载量。但事实胜于雄辩，护航运输船队体制的实行，大大降低了船只的损失，在战争爆发后的四个月中，编入护航运输船队的５７５６艘船只中，只有１２艘被击沉，而且这１２艘中还有５艘是在掉队的情况下被击沉的。而同一时间里单独航行的船只有１０４艘被击沉。这一阶段，英国共损失运输船１１６艘，计４２。３万吨。
战争初期，英国的反潜措施除了采取护航运输船队体制以外，就几乎没有其他有效的措施了。航母编队的攻击性反潜战术，因“勇敢”号被击沉而夭折；反潜飞机装备的ＭＫⅠ型雷达性能欠佳，只能发现５０００米外水面状态航行的潜艇，在能见度好的情况下，潜艇甚至通过目视观察能先发现飞机！而且反潜飞机由于使用的炸弹性能不佳，投向潜艇后反而会被水面反弹到空中爆炸，对飞机所造成的损害竟然更甚于对潜艇的损害！有２架飞机就这样被自己的炸弹所击落。加之反潜飞机数量严重不足，英国只得采取“稻草人”战术，即征用大量民间飞行俱乐部无武装的飞机，沿海岸飞行，以迫使德军潜艇下潜，并及时发现被击沉的运输船，这种落后的战术竟然一直使用到１９４０年５月法国沦陷后。要使反潜飞机真正在作战中发挥作用，不仅要对炸弹进行改装，还要安装轰炸瞄准具和新型的探测仪，完成这些工作至少需要一年的时间。
为了弥补护航舰只的不足，英国开始加紧建造轻型护卫舰，这种护卫舰排水量在２０００吨以下，装备火炮、深水炸弹和声纳，在武装拖网渔船和其他小型舰艇的支援下，是一种能在近岸海域有效进行反潜作战的舰艇。
在１９３９年９月至１９４０年５月的第一阶段中，德军由于种种原因限制，主要采取的是单艇作战，邓尼兹还是按照战前的设想开始进行集群作战的尝试性实验，第一次是１９３９年１０月中旬，出动６艘潜艇，结果其中１艘在英吉利海峡触雷沉没，２艘在攻击护航运输船队中被击沉，因此集群作战实验没有成功。
同时组织潜艇在英国海岸附近海域进行了大面积布雷，所布的水雷先后炸沉１２艘船只炸伤６艘，损失船只的吨位达１２万吨。
１９３９年１１月中旬，邓尼兹再次出动４艘潜艇进行集群作战尝试，Ｕ－５３号潜艇发现了ＫＳ－２７护航运输船队，尽管多次遭到英军护航军舰和水上飞机的压制和驱赶，但仍一直保持着与船队的接触，并引导其他３艘潜艇赶来，但因种种原因没能达成集群攻击，潜艇只对掉队的船只进行了攻击。
尽管集群攻击战术未能如愿，但德军潜艇多以单艇在英国港口和近岸航线实施阵地伏击或机动伏击，或在护航运输船队可能航线或广阔海域实施游猎作战，仍取得了不小的战果，９月击沉４１艘同盟国及中立国的船只（本文所统计的船只数量、吨位均指同盟国和中立国，下同）计１５。３万吨，１０月击沉２７艘计１３。５万吨，１１月击沉２１艘计５。２万吨，１２月击沉２５艘计８。１万吨，被潜艇击沉的船只占损失船只总数的５１。７％，其中１１月和１２月战绩下降的原因是战争爆发后出击的潜艇陆续返回基地补充给养，德军由于潜艇数量少，基地距离作战海域又远，在大西洋活动的潜艇数量大为降低，通常只有３至５艘，从未超过８艘。至１９３９年底德军共损失潜艇９艘，几乎占其潜艇总数的六分之一。
最使邓尼兹高兴的是，有关破交作战的种种限制逐渐被取消，９月２３日获许可以攻击命令停止航行但仍在使用无线电报警的船只；９月２４日获准可以攻击法国船只；９月３０日可以攻击任何在北海航行的船只；１０月２日从英法沿岸至西经１５度海域航行的所有船只均可以予以攻击；１０月１７日获准攻击除客轮以外的任何敌方船只；１０月１９日从英法沿岸至西经２０度海域航行的船只只要实行灯火管制均可予以攻击；１１月１７日终于取消所有限制，开始实施无任何限制的潜艇战！
至此，邓尼兹终于可以彻底放开手脚大干一场了！
１９３９年１１月，美国终于逐渐认识到纳粹德国的残暴本性，开始改变了禁止向交战双方出售武器或贷款的中立立场，国会通过了中立法的修正案，允许在“现金交易运输自理”的原则下出售武器，也就是购买武器的国家必须用现金支付，并用自己的船只运输，从纸面上看这对双方都是公平的，其实由于德国海军力量非常薄弱，根本无力保护自己的船只，所以这一修正案是明显倾向于英国的。
进入１９４０年，德军潜艇的破交作战仍未有突破性的进展，１月击沉４０艘商船，计１１。１万吨，２月击沉４５艘１７万吨。２月间邓尼兹第三次组织集群作战的试验，派出５艘潜艇前往北大西洋，结果Ｕ－５４发现了法国的两支护航运输船队，但该集群中的另２艘潜艇由于距离太远无法及时赶到，只是攻击了因掉队而落后的船只，第三次集群攻击的尝试又告失败。
３月４日德国最高统帅部下达了禁止潜艇执行破交作战的命令，将其全部用于即将发起的挪威战役，根据这一命令德军投入挪威战役的潜艇达３１艘，占其潜艇总数的６５％，为此邓尼兹不仅从潜艇学校抽回了担负训练任务的潜艇，还缩短了２艘新下水潜艇的试航时间，除了少数几艘在进行检修的潜艇外几乎尽数参战，但令邓尼兹哭笑不得的是在战役中，潜艇部队被赋予的任务是侦察和掩护己方舰队的活动，这简直是潜艇使用的极大误区，因此白白付出了４艘潜艇的损失，唯一的收获就是在作战中发现了Ｇ７型鱼雷存在的巨大缺陷，先后实施鱼雷攻击３６次，均无建树，被潜艇部队官兵称为“窝囊的鱼雷”。可以设想如果没有及时发现这一问题，在以后攻击拥有强大护航兵力的船队时，潜艇必将遭致惨重的损失，从这个角度来看，挪威战役对于德军潜艇部队而言不失是一大收获。４月下旬，邓尼兹成立了鱼雷调查委员会，调查鱼雷出现的问题。认为在挪威海域海底蕴藏着大量铁矿，导致磁引信发生偏差，因此邓尼兹下令禁止使用磁引信。（但触发引信也存在问题，直到１９４０年６月才彻底解决。）在这之前由于只能使用威力较小的触发引信，以往只需一条鱼雷就能解决的攻击，至少需要两条，也就使得潜艇在作战中消耗鱼雷的速度大大增加，因此作战时间大大缩短，很多潜艇在返航途中眼睁睁看着英国运输船队穿梭而行却没有鱼雷可以使用。
５月挪威战役结束后，一些潜艇急需检修，还有几艘潜艇作为训练潜艇配属给了潜艇学校，新下水的潜艇还需要试航和训练，德军能投入大西洋执行破交任务的只有３０艘潜艇，每天真正战斗在大西洋最前线的潜艇不超过１０艘，鉴于如此情况，邓尼兹只好将集群攻击战术暂时搁置起来，等待以后拥有足够数量潜艇时再实施，现在则提出了“经济使用原则”，即尽量将潜艇派到英国护航力量最薄弱的海域，力求每艘潜艇都能达到最高击沉吨位，邓尼兹在威廉港潜艇部队指挥部的作战室里，将击沉情况用大幅图表显示出来，进行仔细地研究分析，并据此来指挥潜艇作战。
至１９４０年６月，德军潜艇共击沉船只２４２艘，总吨位约８５万吨。这些损失对英国而言，还是能够承受的，因为同一时期里新建造的船只吨位完全弥补了损失，而且英国的反潜战总体情况还不算坏，击沉了德军２４艘潜艇，并将德军潜艇逐渐逐出近岸海域。
第五章 １９４０年６月至１２月
１９４０年６月开始的大西洋之战第二阶段，由于德国相继占领了法国、挪威，原先极其不利的海上态势顿时改观，德国海军迅速在挪威和法国沿海各港口建立潜艇基地，特别是从位于比斯开湾的洛里昂、布勒斯特、圣纳泽尔、拉罗舍尔和波尔多等港口出发，潜艇可以直接进入大西洋，比从德国本土基地出发，航程足足缩短了８００千米，连２５０吨级的小型潜艇也能进入大西洋，而大型潜艇更是能够到达大西洋中部海区活动，而且潜艇在消耗完了所携带的弹药、燃料和物资后，也不再需要长途跋涉返回本土基地补给，可以就近驶往比斯开湾港口进行补给和检修，因此邓尼兹对于这些基地的建设非常重视，亲自来到比斯开湾各港口监督建造工程，还将潜艇部队的指挥部前移至法国洛里昂。
７月开始随着潜艇供应船的服役，可以在海上对潜艇进行燃料、鱼雷和食品的补给，更是大大提高了潜艇的在航率和第一线活动的巡航时间。７月前平均至少需要２。３５艘潜艇才能保障１艘潜艇在海上战斗巡航，７月以后这一比率下降到１。８４：１，因此德军潜艇总数虽从开战时的５７艘减少到５３艘，但在大西洋上执行战斗巡航的潜艇数量却增加了一倍，平均每天有１０至１５艘潜艇在海上活动。这些潜艇分散部署在不列颠群岛以西海域，英国运输船队的航线上待机，一旦发现单独航行的船只，立即予以攻击；如果发现护航运输船队则迅即向位于洛里昂的潜艇部队司令部报告，并尽量保持与船队的接触，随时报告船队新的航行、航速和位置，邓尼兹则迅速指挥在附近海域活动的潜艇向船队所在海域集结，然后于夜间开始集群攻击，天亮前结束攻击利用白天再赶往下一个攻击阵位，入夜后再次组织攻击，这样连续一个夜晚接一个夜晚反复攻击，直至船队到达目的地。
同一时期，由于德国空军的空中威胁，英国将从加拿大开来的护航运输船