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在60年代前期复杂的政治环境下，由于阶级斗争的范围大大扩展，从中央到地方、军队，都“揭露”出一批“反党集团”，而依新形势下的政治标准：血统纯正还必须与思想纯正相匹配，这就带来了一个新问题：即如何对待50年代后期以来，各级党政机关清理出的“反党集团”成员？在当时省一级的 “反党集团”就有13个，此较著名的有：浙江的“沙文汉、陈修良反党集团”；河南的“潘复生反党集团”；安徽的“张凯帆反党集团”；山东的“赵健民反党集团”；辽宁的“杜省衡反党集团”；广东的“古大存、冯白驹”反党集团；新疆的“伊敏诺夫反党集团”等；在中央级则有“彭黄张周反党集团”；“习仲勋、贾拓夫、刘景范反党集团”；“谭政反党集团”等，对这些革命资历雄厚，但思想不纯正的干部及其家属子女，应该采取什么样的策略，成为亟待解决的问题。在刘少奇主持中央工作时期，对这类人群采取了区别对待的政策：对那些被开除党籍或投入监狱的人，明确将其定性为“阶级敌人”，对其家属子女虽不搞株连，但不予重用，例如高岗之子高毅在1939年就被送往苏联学习，当时年仅9岁，可谓“根正苗红”，1952年高毅返国，后因受其父牵连，高毅“一生郁郁不得志”＇ ＇，而对那些保留党籍的人，则暂时模糊他们的政治类别（其中潘复生等人在1962年上半年得到平反，1965年秋，彭德怀、黄克诚等也被降级，暂时重新分配工作），若阶级斗争形势紧张，则将他们迅速划入“异己份子”、“阶级敌人”的行列。
依据60年代后对干部“纯化”的新的更高的要求，即使对于高级干部也要进行思想排队，对此当时就有高级干部公开表示了不满。1960年夏，江苏省委常务书记刘顺元在北戴河会议小组会上发言，针对“有人在省委书记里排队，要把一些省委书记划成右倾机会主义份子的事”提出了批评，他问道：“为什么在出生入死的战争年代，不排我们的队，现在胜利了，就要排队整我们了？”＇ ＇然而，随看毛泽东重提阶级斗争和中苏论战的爆发，这种质疑的声音迅速消失，其代表人物很快受到党内批评或处理。
1963年后，中苏两党关系日益紧张，中共开始全面掀起“反赫鲁晓夫现代修正主义”的斗争，在当时的语境下，“修正主义”的内涵是：同情赫鲁晓夫对斯大林个人迷信的批判，主张或支持“三自一包”和“三和一少”，反对阶级斗争，“鼓吹战争恐怖”，散播“资产阶级人道主义思想”等。1962年夏之后，继中央解除或调离了部分被指责犯有“右倾”、“修正主义”错误的领导干部的职务（邓子恢因主张‘三自一包”被免去中共中央农村工作部部长职务，调任名誉性的全国政协副主席；王稼祥被指责鼓吹“三和一少”，被停止中共中央对外联络部部长一职；中共中央统战部部长李维汉也因在“对资产阶级态度上的右倾”被停止职务。地方各级党委也相应在所辖范围内将某些被怀疑思想不纯正的干部调离原工作岗位，刘顺元审时度势，主动向江苏省委提交要求退休返乡的报告，得到了批准。
1963年，各级党政机关又进行了新一轮的清洗，清洗对象为两类人，“家庭出身不好”的一般工作人员和党员干部。这两类似都被陆续调出上级领导机关。1963年下半年后，全国党政机构中的“肃反小组”改名为“五人领导小组”，性质和工作任务不变。而在这之前，在某些地区的领导机关内，甚至成立了“贯彻阶级路线办公室”＇ ＇。1965年，又在全国党政机关开展“机关革命化运动”，以精简为名，又清洗了一批成份欠佳的干部。在此前后，各级党政机关、厂矿企业、文教机构普遍成立了政治部。在基层，则创立“政治指导员制度”，又清理了一批“阶级异已份子”（“出身不好”的干部）和“蜕化变质份子”（工农出身的干部和党员），使纯化的空气更加炽烈。
以阶级斗争为纲，给60年代前期的社会带来严重的负面影响，过去在“成份好”与“成份坏”的两大政治分层外，还存在一个较荐宽阔的灰色地带，这些人群包括：旧知识份子、原工商业者、资方代理人、高级职员，一般海外关系者、旧艺人班主、原国民党起义人员、以及作为统战对象的民主人士等。他们一般被认为“成份不好”或“不纯”，对他们疏远、排斥有之，但在阶级斗争相对和缓时，尚未把这些人群明确视为“阶级敌人”。对于剥削阶级家庭出身的青年学生，至少在理论上还主张对他们采取“团结教育改造”的方针，然而，一旦阶级斗争激化，他们马上被推向右边，1962年后，灰色地带逐渐消失，不久就被完全溶进黑色地带。
从1963年开始“阶级出身论”已表现在对敌对阶级子女的各种歧视性的安排方面。黑色部类的子女在就业、升学、婚姻等方面处于严重不平等的地位，除个别情况外，入团已不可能。黑色部类子女在1962年尚有可能考入农林、地质、师范类大专院校，但在1963年后，大学已基本停止招收黑色部类子女入学。这方面的歧视实际已发展到中小学，大城市的重点名牌中学，也开始拒收黑色部类子女入学。部分农村地区甚至规定，小学生升入中学的条件是：“出身占六十分，表现占二十分，学习成绩占五分，具它占十五分”＇ ＇。
面对1962年后被主观虚幻的阶级斗争激化的新形势，领导层和各级政府忙于制定各项政策，将很大的精力投放在“组织阶级队伍”，重新“划分敌我”的极为复杂的社会分层工程。
1962年后，在知识份子政治类别问题上曾经出现的缺口，即知识份子通过入党就转变为无产阶级，又被翻转过来，换言之，无论是否党员，知识份子都被认为是属于资产阶级。这里原先有几个界限：出身剥削阶级家庭的老知识份子，一入党就转变成了无产阶级；1949年后培养的工农出身出知识份子，一入党更是无产阶级。但是在1962年后，他们都被整体划入资产阶级，其理由是：1、旧知识份子即使入了党，也是不可能真正转变的，他们中的某些人，实际上是“老反共份子”（毛泽东对吴晗、翦伯赞等的看法，刘仙洲、梁思成皆属此类）。在这之后，清除或劝退了某些老艺术家出党，如在1964年开除了著名艺人小白玉霜的党籍。2、工农出身的知识份子党员，只要受过系统的学校教育，就一定会受到资产阶级和苏联修正主义思想的影响而产生蜕变。
这种认识最早在1957年反右运动后出现，自那时起，社会上就弥漫一种鄙视、蔑视知识份子的浓厚的空气。湖南常宁的农民甚至称知识份子为“鸡屎份子”＇ ＇。1958年刘少奇在中共八大二次会议正式提出“资产阶级知识份子是剥削阶级”的论断（资产阶级、小资产阶级在世界观上都属于资产阶级，而资产阶级就是剥削阶级），首次把毛泽东对知识份子的更为苛刻的新观点以党的理论新概念的形式公之于众，在当时就受到某些知识份子的质疑。复旦大学中文系主任朱东润说，高级知识份子普遍对刘少奇的论断“感到触目惊心”＇ ＇，浙江省民盟有些人更是直接提出，“从意识上确定剥削阶级是不妥当的”＇ ＇。即使在工人阶级中，也有人不赞成刘少奇的这个新论述，1958年天津市部分职工就“对把知识份子划成剥削阶级感到接受不了”＇ ＇。然而这些看法根本未被考虑，相反，对知识份子的整体性的否定评价已从过去的半公开，迅速演变为社会的公开的主导性意识。虽然在1962年初，因严重经济困难，刘少奇和中共中央一度调整了对知识份子和原工商业人士的政策，但在毛泽东的压力下，1962年下半年后各项政策又全面转向“以阶级斗争为纲”，对知识份子的否定更上升一级，进而深入到对党员知识份子的否定。只是在刘少奇主持中央日常工作的1962…1965年，各级党组织对已入党的知识份子的态度仍相对和缓，具体政策由党委在内部掌握。
在这一阶段，政治分层进一步深入到革命队伍内部。对原有的几个革命阶层：革命军人、革命干部、工人也进行复杂的分层。与60年代初林彪在国内政治生活中的影响急速增长相适应，军人的政治地位直线上升，在四个革命阶级中，最高阶层为革命军人。在革命军人中，工农出身的军人、军中政工干部的地位又高于知识份子出身的干部和军中技术干部。产生这种差别的主要原因在于毛泽东在这个阶段对军队、对军中政治工作的极端重视以及对主持军队工作的林彪的信任。毛相信军队干部受到刘少奇的影响较小，工农出身的军队干部在抵拒国际共运修正主义思潮的态度上也更为坚决。1959年后，江苏省委常务书记刘顺元因对大跃进态度消极，多次受到毛泽东的批评。军人出身的江苏省委第一书记江渭清对其部下说，刘顺元“是党内的资产阶级知识份子”，“毛主席是相信我们军队干部的”＇ ＇。
随看毛泽东对刘少奇和党机关不满的加剧，革命干部在原有的政治排行榜的地位已让位于革命军人，而处于第二层次。在革命干部中也划分出不同的梯级：军队出身转业到地方的干部，在政治地位上高于知识份子出身的干部，军人出身的干部一般都被安置在首脑机关和公安政法等要害部门。去过解放区的知识份子干部又高于原地下党干部，这又反映了革命政权的性质与特色，即新政权的基础来源于军队与农村。在革命干部的最底层，是40年代后期地下党出身的知识份子干部。因为30年代的白区干部许多人以后进入根据地工作，被认为经受过战争的考验和锻炼。40年代后期己是革命胜利的前夜，在这个时期参加中共的知识份子干部既未经过延安整风审干运动，又未受过残酷的战争考验，因而无法与前几类干部并列�