第二天，在漫长的拖延之后，直到黄昏，由6000名士兵护卫的王驾来到城市中心的广场上，阿塔瓦尔帕坐在一个轿子里。皮萨罗带来的神父对国王宣讲基督教义。就在国王有些不耐烦的时候，皮萨罗一个手势，大炮和枪声就响了起来。西班牙人从四面围住国王，将他生擒。其他的士兵眼睁睁地看着这一幕，等到他们明白过来的时候，已经有2000多人倒在了城市的广场上，在城外西班牙人也开始了杀戮。
皮萨罗很好巧妙利用了国王，士兵们把国王看成太阳神的化身，只要他一发令，印第安人就乖乖地放下武器。
阿塔瓦尔帕向皮萨罗提出一个请求，用金银赎回他的自由，并且告诉皮萨罗，他可以将卡哈马哈馆舍中的一个大厅堂装满黄金，将隔壁的厅堂装满两倍的白银，这是一间7米长5米宽的屋子，皮萨罗用手画出一个两米高的高度线，责令他在两个月的时间内填满。
在以后的5个月时间里，来自帝国的精美的金银饰品陆续运到这里，皮萨罗根本不在意这些艺术品的其他价值，他在外面建了几座锻炉，将所有金子制成金锭，以便公平的分配赃物。
但是他并没有履行自己的诺言释放阿塔瓦尔帕，因为此时的形势对他不利，有消息传来，一些印第安人正在考虑攻击西班牙人救出国王。另外有消息说国王已经传出密旨杀死自己的兄弟瓦斯卡尔，以免皮萨罗利用这个兄弟反对自己。皮萨罗和军官决定处死阿塔瓦尔帕。他给了阿塔瓦尔帕两种选择，接受火刑，或者接受洗礼。阿塔瓦尔帕接受了洗礼，但是按照印加宗教的教义，他的灵魂不能转世。1533年7月26日，皮萨罗命令手下把国王绑在椅子上，用一种西班牙的螺旋绞刑绞死了他。
皮萨罗紧接着开始了1200公里漫长的行程，攻打首都库斯科。印加帝国处在高山深谷中，几百年来帝国建立了许多险峻的道路。皮萨罗不时受到忠于阿塔瓦尔帕的军队的攻击，但同时也受到忠于瓦斯卡尔的居民的帮助。皮萨罗到达库斯科以后，拥戴老国王的另一个儿子曼科继承王位。
征服（5）
这片新征服的地区给皮萨罗带来的巨大的困难，是狭长的国土使统治它成了一个难题。皮萨罗觉得库斯科地处偏僻。在1535年在海岸边上的利马建立了新的都城，这就是未来秘鲁的首都利马。
西班牙士兵的贪婪和残暴促使傀儡国王曼科反抗，在挣脱西班牙人的控制以后，他聚集了10万大军围攻库斯科，守城的是皮萨罗的弟弟埃尔南德。半年后，当曼科准备进行第二次攻击的时候，阿尔马格罗率领援军出现在侧翼。他和皮萨罗早已不和，进城后囚禁了埃尔南德，自己担任了总管，而且声称不服从皮萨罗的管制。在皮萨罗和他谈判后，他释放了埃尔南德。1538年4月26日，埃尔南德在一次战役中击败阿尔马格罗，用螺旋绞刑处死了他。这个举动给皮萨罗兄弟带来了厄运。
就在埃尔南德回西班牙述职的时候，他被逮捕。阿尔马格罗的追随者向最高法院控告了他，于是埃尔南德被判处20年监禁。而皮萨罗的命运也成了历史上的一个谜。1541年6月26日，皮萨罗在总督府宴请客人的时候，突然出现了20个蒙面刺客，众目睽睽之下将他刺杀。
短暂的征服结束了。紧接着西班牙帝国就建立了主管美洲殖民地的最高权威机构即西印度事务院，各殖民地的管理都在它的监控之下，它向各殖民地派驻总督和行政长官、法官、收税官和其他官员，在新西班牙地区的墨西哥城建立了分支机构，统管新西班牙地区事务。在新卡斯蒂利亚的利马建立总督府。
在墨西哥，西班牙人发现了两个大银矿。1545年，他们又在新卡斯蒂利亚的波托西山发现大银矿，出产的银矿石超过18000吨，他们强迫印第安人劳动，用美洲骆驼将矿石运至下山粉碎。当时新发明的用汞提取银子的技术被广泛运用，以至于这个银矿在以后1个世纪里被开掘殆尽。
美洲的白银源源不断地运往西班牙，又从西班牙源源不断地流向欧洲和亚洲。
黄金梦刺激了西班牙的移民浪潮，一船接一船的移民来到新大陆。到16世纪中叶，大约有10万西班牙人在新大陆扎下了根。
自从西班牙征服者登上美洲大陆以后，给封闭了几千年的印第安人带来了灾难性的后果。天花、麻疹这些欧洲常见病，使缺乏免疫力的印第安人成千上万地死亡。到1570年，墨西哥地区人口从2500万下降到265万，秘鲁的人口由900万下降到130万。但直到16世纪中叶，西班牙才在中美洲的新西班牙和今天的###接连发现3个大银矿。从1502年到1660年，西班牙从美洲得到18600吨注册白银和200吨注册黄金。
太平洋（1）
在查理五世当政时期，最为西班牙添上光彩的是麦哲伦，他不仅为西班牙找到了另外一条通往香料群岛的道路，而且为人类认识地球打开了全新的视野，人类第一次实现了环球航行，浩瀚的太平洋展现在西方人的面前。
1。在3个多月的航行中，平和无风，麦哲伦把它命名为太平洋。
16世纪初期，对美洲的占领并没有让西班牙人得到满足，因为按照《托尔德西拉斯条约》的分界，葡萄牙人在1500年也同样占领了巴西。葡萄牙一船船的香料让西班牙眼红不已，《托尔德西拉斯条约》只规定了两国在大西洋上的分界线，但在地球另一边的分界线在哪里？是不是香料群岛正好在属于西班牙这一边？
就在这个时候，一位有着远东航海经历的葡萄牙人归顺了西班牙，国王查理五世命他从南美洲最南端开拓出另一条通向香料群岛的道路。他就是麦哲伦。
1519年9月20日，5艘船载着250名船员，开始了人类历史上第一次环球航行的漫长征程。
1520年10月21日，麦哲伦的船队绕过南纬52度的维尔京角，进入了麦哲伦海峡，这是连接两个大洋的一个通道。这里水流湍急，暗礁不断，气候也变化不定。麦哲伦派出探路的1艘船借机溜回了西班牙。在38天里，船队在迷宫一样的小岛和海沟中航行了334英里。
走出麦哲伦海峡以后，麦哲伦的船队进入一片浩瀚的大洋，船队沿着智利的海岸向北航行。
幸运的是，沿着南美西海岸向北航行一段时间以后，麦哲伦的船队赶上了东北贸易风。在走出海峡以后的3个月零20天中，他们没有再遇到一次风暴，于是将这片大洋命名为太平洋。他原以为只要几个星期就能越过这片大洋，但他的估算只有实际距离的五分之一，即使在1个世纪之后，欧洲最可靠的地图仍把这片大洋的实际距离少算将近1半。
漫长的航行使食物变得短缺。
随船的意大利人皮加菲塔记述了这次艰难的航程：“我们有3个月又20天没有吃到新鲜食物。我们吃饼干，其实那些东西已经不成其为饼干，而是爬满蛆的碎末。我们喝的是黄水，储存多天，臭得令人作呕。我们也吃牛皮。老鼠的价格是每只半个金杜卡，但是连老鼠也买不到。我们有些船员的上下牙龈都肿了起来，根本无法吃东西，活活被饿死。死于这种病的有19人。”
1521年3月6日，麦哲伦到达关岛。不久进入菲律宾群岛。
1521年4月27日，在和菲律宾部落的一次冲突中，麦哲伦被杀。
1522年9月6日，维多利亚号进入瓜达尔基维尔河河口，第二天，另外1艘船将这只饱经艰险的船只拖回塞维利亚。
9月8日，塞维利亚港口，人们看见维多利亚号的身影。3年前出发的时候，船队共有5艘船，回来的只有它1艘，只剩下18位船员，但他们最终完成了人类历史上的第一次环球航行。第二天，这18位船员身穿衬衫，手擎点亮的蜡烛，赤足步行1英里，从港口来到安提瓜的圣玛丽亚圣殿，为这次在史诗般伟大的航行中死去的人祈祷。
麦哲伦船队的另外1艘船在返航的时候，闯进了香料群岛中出产香料最多的德纳地和蒂多雷岛，葡萄牙人在当地已经建立了商馆。西班牙人的到来让葡萄牙人非常紧张，他们赶紧同德纳地苏丹签订了一项垄断这个岛上丁香的协定。
同时葡萄牙向西班牙政府正式声明，西班牙的船只出现在香料群岛违反了《托尔德西拉斯条约》，但西班牙人认为对新发现的这一地区，并没有划定各自的势力范围。两国在1524年召开了专家会议，但是双方的计算相差46度，对马鲁古群岛的准确位置没有能取得一致意见。
太平洋（2）
西班牙为此专门派出了7艘船组成的舰队，经过麦哲伦海峡驶往马鲁古群岛，但是只有1艘船到达。西班牙和蒂多雷岛建立了联盟，对抗葡萄牙与德纳地岛签订的联盟。原本西班牙准备从墨西哥科尔特斯那里再派一支船队到这里，但是这个支援没能及时赶到，西班牙人不得不与对手缔结协定。查理五世以35万金杜卡的价格将马鲁古群岛卖给葡萄牙。
1529年，西班牙和葡萄牙签订《萨拉戈萨条约》，以马鲁古群岛以东17度为界，划分了两国的势力范围。
麦哲伦环球航行以后，欧洲洋溢出一种掩抑不住的新冲动。恩格斯说：“世界一下子大了差不多10倍，现在展现在西欧人眼前的，已不是一个半球的四分之一，而是整个地球了。他们赶紧去占据其余的七个四分之一。传统的中世纪的思想方式的千年藩篱，同旧日的狭隘的故乡藩篱一起崩溃了。在人的外在视线和内心视线前边，都展开了一个无限广大的视野。”葡萄牙、西班牙因为商业冲动而展开的海上竞争所获得的巨大利益，促使欧洲各国纷纷加入到这个角逐圈内，这场在全球范围内展开的竞争，使以后几百年的世界进入了欧洲主导的时代。
2。巴西：因树木而得的名字。
麦哲伦在进行环球航行的过程中，有几次来到了南美的巴西海岸，在那里停泊修整。那时，西班牙�