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最严重的是11月25日夜间，由8架特攻机、6架掩护机组成的第3神风特攻队“吉野队”攻击了位于吕宋岛附近海面的第3舰队舰艇编队。一架飞机冲向“埃塞克斯”号航空母舰的飞行甲板，发生了爆炸，造成9人死亡，6人失踪，44人受伤，一架鱼雷攻击机燃起火焰，就连第3特混大队指挥官谢尔曼的住舱也着了火。“神风”特攻机也撞到“汉科克”号、“勇猛”号和“卡波特”号航空母舰的甲板上。其中，“勇猛”号受伤最重，燃烧的汽油沿着船舷流溢，舱室内发生一连串爆炸，冒出浓浓的黑烟，最后它不得不返回珍珠港海军基地进行修理。
大体上说，日本海军在菲律宾作战期间上演了悲壮的三步曲。第一步，在10月12日～16日的台湾海域上空的空战中，倾巢出动了海军的精锐航空部队，其中包括陆基飞机和舰载机部队，企图重创乃至消灭哈尔西的第3舰队，结果事与愿违，精锐部队几乎消耗殆尽，只给哈尔西的特混舰队造成轻微损失。第二步，在10月25日的总攻中，倾巢出动了海军的水面舰只部队，让栗田的战列舰部队担任主攻，让西村和志摩舰队担任助攻，让没有舰载机的小泽航空母舰部队充当诱饵，企图一举歼灭哈尔西的第3舰队和麦克阿瑟的登陆支援部队，结果一个个碰得头破血流，水面作战部队几乎全军覆没，再也没有像样的海上作战力量。第三步，搜罗家底，利用残存航空兵力组成一个个特攻队，以“肉弹攻击”的形式，频繁地分散出击，企图给美国舰队制造最大的麻烦，增加美军的损失，结果“扑腾”了近两个月，也没能阻止美国的海上和陆上的强大攻势。
其间，陆军系统的航空部队也参加了特攻行动。在组建特攻队一事上，陆军的作法和海军相比，呈现出明显的不同。海军由现地航空部队编成特攻队，而陆军原则上先在日本内地或在朝鲜、中国东北（满洲）编成特攻队，然后再将其配属给第一线的航空军。陆军继组建“万朵队”、“富狱队”之后，于1944年11月6日至30日相继编成了12个“八队”，并将其配属给菲律宾的第4航空军。第4航空军在12月以现地部队编成“旭光队”、“若樱队”和“黄华队”。但陆军的特攻机五花八门，也没有海军“神风”特攻队”的那些苛刻规定和措施，所以其特攻行动的战斗力就大打折扣了。
大本营陆军部在莱特作战开始后最先从日本内地派往菲律宾的是“富狱”特攻队，后来总数到达20个特攻队。陆军系统的特攻队，每队12架飞机。
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神风，台风（5）
但是，特攻作战仍然是极具威胁的作战形式。美国人对”神风”特攻机头痛得要命，想出种种招术减轻它们的威胁。第一招，加大对菲律宾各地陆上机场的轰炸力度，把日本飞机炸毁在地面上。第二招，派飞机昼夜24小时在敌人机场上空巡逻，力争尽早尽快掌握敌机的活动情况。第三招，用“空间换时间”，让担任雷达警戒的驱逐舰比特混大队前出60海里，对来袭日机争取做到早发现早报告，增加舰队的防空准备时间。第四招，改变大型航空母舰舰载机的比例，把俯冲轰炸机减少一半，把战斗机增加一倍，以加强空中拦截力量。当时“恶妇”式和“海盗”式战斗机都已改装成战斗轰炸机，能够携带900公斤的炸弹，俯冲轰炸机的减少并不太影响舰载机群的总体攻击能力。第五招，把航空母舰特混大队的数目由4个合并为3个，以便集中使用对空火力和空中掩护力量。第六招，为了防止日机混在返航的美国飞机中接近航空母舰，规定完成作战任务的美国飞机必须先在警戒舰上空盘旋一周，凡是不按警戒舰只指定的方位进入舰队舰船的飞机，一律被视为日机予以截击。
应该说，日本陆海军航空部队组织的特攻队，确实给美国海军舰队造成很大的威胁和损失。据日本有关资料统计，日本在菲律宾诸岛的作战中，共出动特攻机796架，其中陆军338架，海军458架。由于各种原因返航271架，未返航525架，被击毁击落251架。全部特攻机的有效攻击率为％，击沉美军各种舰船19艘，击伤（即撞中）舰船53艘。但从作战全局的角度看，其实际效果和影响力还是极其有限的，这些处于初创阶段的特攻行动不仅规模小，而且缺乏统一的组织与协调，更没有作战上的连续性，对于强大的美国太平洋舰队而言，始终没超出“小打小闹”的范畴，因此未能改变日军被动挨打、节节败退的局面，更没有阻止美军前进的步伐。
真正令美国人陷入困境的是后来的冲绳之役。到日本投降之前，疯狂的日本军国主义者把几乎所有能找出来的新旧飞机（包括木质双翼飞机）都找了出来，装满炸药去参加自杀性攻击，先后有3500多名年轻的日本飞行员在进行血腥攻击的同时送命。而且日本军方还打算在随后进行“本土决战”时，以更大规模的“神风特攻”对付登陆的美国人。1945年8月15日，日本政府宣布无条件投降。当天晚上，绝望的大西泷治郎以传统日本武士的方式切腹自杀。死前，他留下了一封遗书《致特攻队员的英灵》。信中说 ：“诸位竭力善战，我借此聊表谢忱。请诸位深信最后之胜利属于日本——化为肉弹，壮烈成仁！宏愿未酬，我以一死向特攻队员之英灵及遗眷谢罪……”只是他至死都不明白，他的“神风特攻”怎么没有产生几百年前那两场“神风”的功效呢？
日本人刮了将近两个月的“神风”，还没有一场突然降临的台风给哈尔西造成的灾难更大。这场特大台风事先没有任何征兆，当然也没有得到气象部门的通报。
12月15日，麦克阿瑟指挥陆军部队在民都洛岛登陆。为了牵制并打击日军的航空兵力，12月14日到16日，哈尔西指挥第3舰队对吕宋岛日军的航空基地实施了连续三天的航空攻击。17日，舰队驶向菲律宾东方海域，准备进行海上补给和加油，连续三天的作战使各舰船的燃油几乎快用光了。可是哈尔西万万没有想到，就在十分疲惫的部队可以松口气的时候，碰上了特大台风。
当台风来临之时，第3舰队的3个特混大队正在忙于补充油料，广阔的海面上布满了各种舰只、油船和辅助船。在没有任何天气预报的情况下，突然降临一场台风，风速达到每秒37米，最大时达到每秒60米。大风还卷来大雨，大雨如注，能见度减到几米以内。台风掀起巨浪，尽情戏弄着挣扎于惊涛骇浪中的一艘艘舰船。
如此强大的台风，对于庞然大物的正规航空母舰和战列舰尚无大碍，可是对于那些轻型航空母舰以下的各个中小舰船却大难临头了。哈尔西慌忙下令舰队改变航向，企图避开台风中心的海区。可是说来也怪，台风就像故意和哈尔西过不去似的随着也改变了风向，追逐着第3舰队大显神威。
神风，台风（6）
风越来越大。身躯庞大的正规航空母舰在暴风与巨浪中虽能勉强支持，但飞行甲板上固定飞机的锚链却被吹断，飞机就像疾风中的落叶一样被卷进大海里。“蒙特瑞”号、“柯朋斯”号和“圣加辛托”号航空母舰飞机库里的飞机被甩出来，从左舷抛到右舷，飞机弹射器上的飞机也被吹到海里面。最倒霉的要数那些驱逐舰了。“哈尔”号、“斯本塞”号和“莫纳汉”号驱逐舰简直成了大风大浪的玩物，它们像小孩玩具一样被抛来抛去，忽隐忽浮，短短几分钟就倾覆沉没了。虽然几百艘舰艇就在这些遇难舰艇附近，但风浪太大，其他军舰根本无法向落水的水兵靠拢，眼睁睁地看着他们在风浪中挣扎，却不能放下救生艇去营救他们。
台风结束后，为了减少人员损失，哈尔西出动了手中所有的舰艇和飞机，对可能有落水人员的每一寸海面仔细观察，结果救上来74人。在波涛汹涌的大海里，这些人死死抓住落在水中的任何一种飘浮物，顽强地活下来，不能不说是个奇迹。
哈尔西不得不暂时放弃轰炸菲律宾的任务，用足足3天的时间用来清点损失和搜救落水的人员。
损失很快就搞清楚了：在大风暴中，美军共损失4艘轻型航空母舰、4艘护航航空母舰、1艘轻巡洋舰、10艘驱逐舰、3艘护航驱逐舰、1艘给油船和1艘舰队拖船。另外，146架飞机或被吹落到海里或在舰上被撞坏，还有近800名官兵下落不明。
美国太平洋舰队在此次台风中所遭受的巨大损失远远超过了日本人在整个菲律宾作战中给美国人造成的损失。
事后，美国太平洋舰队司令尼米兹沉痛地说：“这是自从第一次萨沃岛战役以来，我们在毫无战果的情况下，在太平洋遭受到的最大损失。”
顺便提及，哈尔西的霉运并不是仅仅这一次。1945年6月5日，一场比上一年12月17日更大的台风又一次找上了哈尔西。那时，硫黄岛的战事已经结束，冲绳岛的枪炮声也越来越稀疏，5月28日哈尔西刚刚从斯普鲁恩斯上将手里接过舰队，6月2日、3日指挥第3舰队空袭了日本的九州，6月5日率领舰队行驶在九州－冲绳海域期间，又碰上了强大的台风。好在这次哈尔西事先得到“台风正在接近中”的情报后，立即指挥舰队主力向东行驶，避开了台风中心，可是单独执行任务的第1特混大队却误入了台风中心，招致较大损失。这次台风之强劲，连正规航空母舰和战列舰都吃不消了，致使这些庞然大物的上层建筑和飞行甲板受到很大破坏。这一次强台风给美国舰队造成的损失是36艘舰船受到中等程度的破坏，其中包括3艘战列舰、2艘大型航空母舰、2艘轻型航空母舰、4艘护航航空母舰，损失飞机142架。事后，舆论为之大哗，要求追究哈尔西的领导责任，美国海军总司令金上将和太平洋舰队司令尼米兹上将也十分生气，但考虑到哈尔西历来作战勇敢、战功卓著、深得民心，