，清廷在此情况下，急令吴三桂出击。
十二月初，吴三桂会同定西将军侍卫李国翰进兵阶州，同朱金釜、赵荣贵两部叛军展开激战。吴三桂与李国翰兵分两路，前后夹击，阵斩朱金釜、赵荣贵，斩首七千余级，大获全胜。
次年二月，又统帅讨伐自封为招抚大将军的王永福，经宜君、同官两战，阵斩玉永福军七千余人，在薄县全歼这支部队。
吴三桂、李国翰马不停蹄，兵进延绥，一战而下，直扑榆林，榆林总兵官刘芳铭在屡战不胜的情况下投降。吴三桂一面发动军事进攻，武力夺取城池，一面又札书四布，招抚了河东各地，有力地配合了山西的战斗。
清军没有了后顾之忧，专力于山西，夺取城池，略取土地。至顺治七年（公元1650年）九月，清军兵困大同。在粮尽援绝的情况下，姜瓖手下总兵官杨振威等人诛杀姜瓖，献城投降。姜瓖之乱被平息。
山西战事结束后，吴三桂回师汉中驻防休整。不数日，又接到清廷令其出征四川的指示：“四川逆贼盘聚，百姓陷于水火之中，兹特命尔统领大军入川征剿。凡事与侍卫李国翰计议而行，投诚者抚绥，抗拒者诛杀。有功者将其核实题叙，有临阵退缩、迟误军机、不尊王令处分者，听王例宜从事。地方平定后，凡军机事务，悉听王调度，其一臣民事钱粮，仍归地方官照旧管理。”圣旨传来，吴三桂长长地出了一口气。自山西平定以后，他一直在考虑对策，惟恐清廷再将他逐出关外，如若那样，则将给他的反清复明带来莫大的困难。为此吴三桂冥思苦想，心腹谋士与爱将也都献计献策，可是，是否会回关外，主动权在清廷手中，吴三桂焦急地等待着决定他们去留的圣旨。如今圣旨来到，命令他统兵进征四川，这正是他所希望的。因此，在接到命令之后，吴三桂积极准备着向四川进军。
早在清兵入关以前，张献忠的大西军自与李自成分兵两路以后，先攻下河南。又挫败明将左良玉、黄得功等，乘势进入四川，在李自成北京称帝之时，张献忠取成都为京，自称帝号。
到了顺治九年（公元1652年）二月，吴三桂进军四川的战斗打响时，张献忠已经死了，大西军由张献忠手下的大将也是他的义子孙可望统帅。
孙可望，又名孙朝宗，出身行伍，身材高大，生就一张红铜脸，年轻时膂力过人，能左右开弓，骁勇善战；虽不识文，却颇具聪明才智，能用兵，所以深受了张献忠喜爱，被认作义子。等到张献忠被川将杨展杀害以后，孙可望顺理成章，成了大西军的领袖。
到四月，吴三桂大军会同李国翰部自汉中两路入川，来势凶猛，很快攻下漳暏、松藩等地。五月，清军两路合一，向重庆进发。
这时已是南明永历五年。到这时已经历三朝：第一朝福王朱由崧即弘光帝于国破之际被拥立为帝，但昏庸腐败，荒淫好色，任用好佞马士英、阮大铖，次年九月就被清兵追杀；第二任隆武帝倒是个奋发向上，励精图治，欲图中兴的皇帝，但无奈大权旁落，形同傀儡，在登极的第二年也被部下的叛将所杀；第三任朱由榔即此时的永历帝，他是明神宗万历皇帝的孙子，初封桂王，于1648年称帝于肇庆。
自登极称帝以来，为了避免前车之辙，永历没有像崇祯帝那样刚愎自用，也没有像弘光帝那样沉溺于酒色。为了巩固偏安的小朝廷，复兴祖业，重整江山，他劳神费力，勤于政事，时时不忘警策自己。可是，他力图中兴大明的决心和惨淡经营的身教丝毫也挽救不了行将覆亡的小朝廷，他常常想起李煜的一句词：“往事不堪回首月明中……”难道自己也会落得和短命的弘光和隆武同样的下场吗？
吴三桂领兵入川时，永历正在巡幸湖南安隆。五月四日，孙可望派出的使者到达安隆求见永历帝；孙可望上表向永历帝称臣，愿为从附。永历帝大喜过望，同时孙可望部大西军兵力雄厚，可为依重。所以他一再降旨对孙可望进行奖慰，册封孙可望为景国公；一面又命孙可望以本部人马安抚四川，然后北伐。
七月，孙可望开始出兵，以帐下总参谋刘文秀为主帅，心腹大将王复臣为副帅，领兵五万，进击重庆，孙可望自统大兵为后援。大兵未出，先发出一道檄文。
这篇以南明名义的檄文一发出，由于人心思明，一时之间，远近军民都纷纷来投，孙可望军威立时大振。
刘文秀、王复臣的大军已经出发好些天了，按照原定计划，孙可望应当率大军紧随其后，可直到刘、王出兵十五日之后，孙可望仍然按兵未动。这主要是因为孙可望认为，刘、王大军抵达重庆，必然会跟吴三桂的军队相持数日，所以他丝毫不慌。其实更主要的原因是他迷恋于酒色，舍不得小妾杏娘。
杏娘是孙可望的一个宠妾，年约二十，精通文墨书画，善长歌舞演艺，原是叙州一个叫李功良的秀才之妻。她小的时候生长于勾栏妓院，长到十六岁的时候被李功良家买回。
张献忠入四川时，曾经大肆掳掠搜刮各地的美女。兵过叙州之时，他听说了杏娘的美貌，就带人到了李功良家，强行逼迫李功良将杏娘让于自己，开始的时候，李功良自己不从，对张献忠说：“大王你既然兴兵成就大业，何必做这种强抢人妻的事情？”张献忠勃然大怒，说：“你不用多说，你把杏娘让给我，我留你全家性命，如果不肯相让，你全家马上死于眼前，杏娘最后还是要落到本王的手里，你自己好好想想吧！”同李功良相比，倒是杏娘见机快，她对李功良说：“不要因为贱妾一人而害老爷全家。况且我如果跟随了大王，做了贵妃，也能够使你平步青云。大王固然能够杀人，可也能够使人荣华富贵，老爷又何必恋恋不舍呢？”李功良迫不得已只好答应了，也因此保住了一家八口的性命。张献忠得到杏娘以后，非常宠爱，到达成都称帝以后，杏娘被册封为贵妃。
等到张献忠死后，留下女嫔数十人，这些人多是像杏娘这样抢掠来的美貌女子。孙可望本来也是一个好色之徒，子承父业，就把这些美貌的嫔妃据为己有了，像张献忠一样，他也最宠爱杏娘，整日朝夕不愿分离……
派出刘文秀、王复臣带兵迎战吴三桂之后，本应该从速领兵出发，偏偏孙可望依依不舍，而等到孙可望快要出兵的时候，杏娘又撒娇又撒痴，她对孙可望说：“妾自认为今生有幸遇到将军，有了终身依靠，日后得个好结果，现在将军却又要丢下我而去，如果将军南征北战，往来不定，十年八年不回来，你让我依靠何人啊！”说完之后放声大哭。
孙可望也不禁为之悲戚，安慰她说：“我正打算以成都为家，怎么能舍得离开这里不回来呢？现在不过是出兵为刘、王二将做后援，等到出战成功，杀了吴三桂这个叛贼，就收兵回来，到那时，我再也不和你分开了！”
杏娘听后，只是哭，依然不答应。
孙可望又道：“俗话说‘救兵如救火’，如果我再不出兵，就会误了刘、王二将，那时成都也会有危险，所以不出兵是不行的。”
杏娘说：“将军既要去，我如何敢拦挡呵？只是要苦了我了！”说完以后，又放声大哭起来。
孙可望再三规劝，也没有得到杏娘的答应，所以犹豫不定。
这时候，前锋的探报已经回来说：“吴三桂的大军，已经到达叙州了。”
手下人请孙可望赶紧出兵，都说：“自从张大王死了以后，四川已被清兵攻破过一次。现在将军凭百战的劳苦，好不容易才重新夺回四川，如果再有差错，日后想再收复就难了。吴三佳不是别的将领所能比的，此人悍勇耐战，兵马又多。如果刘文秀、王复臣的前驱被打败，吴三桂的大军将会直逼成都，到那时，再想救援恐怕就来不及了。为今之计，是赶快进兵，既可以为刘、王二人的后援，又可以镇定前方的军心。军心一振，敌人的士气就会丧失。如果将军再犹豫不决，恐怕就来不及了。”
孙可望也清楚，再不出兵实在是不行了，偏偏那杏娘说什么也不肯离开孙可望，孙可望百般无奈之下，便带着杏娘一同出兵，那杏娘从来没有经历过军旅生活，不曾受过这种跋涉之苦，所以孙可望只好命令部下缓缓行进。
八月，刘文秀、王复臣大军抢先吴三桂一步抵达重庆。
刘文秀善抚士卒，爱兵如子，在军中同士卒同甘共苦。深得士卒爱戴，士卒们也都乐意为他效命，所以出兵以后，仗一直打得很顺手，到十一月，他所统帅的五万人马节节胜利，已将重庆、叙州各郡县过去被清兵攻陷纳入大清版图的大都先后收复。
等到吴三桂大兵到来时，一来由于行兵已久，又在久战之后，他怎么挡得住刘文秀部士气正旺，人人奋勇的大军？所以双方一交手，吴三桂一时难以抵挡，大小数十战无不失利。吴三桂连忙召集手下众将说：“想不到孙可望军中还有如此劲旅和刘文秀这样的大将。本王从兵发宁远以来，到今天大小战事，不下数百；无坚不破，战无不克。今天竟然接连打败仗，还有什么面目见人？”参谋夏国相说：“王爷此话差矣！我王自离京以来，无一日不在厮杀，部下军兵即使个个能征惯战，但已经很疲惫了。所谓‘强弩之末，力不能穿鲁缟也’，要想取胜，恐怕一时难以如愿，只会再受挫败，以我之见，不如暂且退守保宁，深挖沟，高筑垒，恢复士兵们的元气。等到敌军松懈，有机可乘之时，再一举出击，到时，肯定会大败敌军。”
吴三桂不无忧虑他说：“保宁一座小城，只怕无法守住。”
夏国相说道：“保宁虽然城池不大，可是地处险要，占据了此城可以说就扼住了大西军的咽喉。等我军退兵，如果刘文秀来逼，我军正好反客为主，乘势出击，挫败