一直是恰帕斯殖民政府的所在地。1821年墨西哥获得独立前，恰帕斯属于1542年设立的危地马拉都督辖区。1824年，恰帕斯成为墨西哥的一部分，雷亚尔城被重新命名为圣克里斯托瓦尔德拉斯卡萨斯。今天，该城最现代化的旅馆是以征服者的名字命名的马萨列戈斯旅馆（Hotel de Mazariegos）。1994年恰帕斯起义爆发后，这家旅馆成为各国新闻记者的总部。
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这样，迭戈·德·马萨列戈斯就成为圣克里斯托瓦尔的奠基者。1978年，圣克里斯托瓦尔的市政府曾组织了一次大型的庆祝活动，纪念该市建立450周年。庆典活动规模宏大，从1977年10月12日一直持续到1978年4月，其高潮是3月31日该城的创建者迭戈·德·马萨列戈斯铜像的揭幕仪式。这座比真人略大，身穿16世纪的武士盔甲的迭戈·德·马萨列戈斯铜像矗立在混凝土底座上。虽然市长在揭幕仪式上大谈两大种族“西班牙人”和“印第安人”的和平共处，但是，揭幕仪式的第二天，雕像手中的宝剑就被人偷走，新更换的宝剑在一个星期后又被偷走。
在雷亚尔城建立后几个月，迭戈·德·马萨列戈斯就完成了对恰帕斯地区的征服和控制。16世纪20年代末和30年代初西班牙征服恰帕斯的历史记载是不完整的，自相矛盾的。但是零星的资料提到，1528年印第安人对西班牙人入侵的反抗，印第安俘虏被掠为奴隶以及迭戈·德·马萨列戈斯本人在战斗中受伤等事实。1535年授予雷亚尔城以市镇地位和盾形纹章的王室证书中也提到西班牙人为征服这一地区而付出的“巨大牺牲”。根据传说，1532年苏米德罗（Sumidero）战役中，印第安人宁愿投入苏米德罗峡谷而死，也决不接受西班牙人的统治。但是，迭戈·德·马萨列戈斯是否参加了此次战役，不得而知。
西班牙人的征服给印第安人带来的是疾病、奴隶制和贡赋。
早在1529年，一场流行性的麻疹席卷恰帕斯各市镇。在50年内，定期流行的肺炎、天花、淋巴腺鼠疫致使恰帕斯印第安人人口下降了五分之二。在高地地区，气候相对凉爽，印第安人村社的分布相对比较分散，疾病的传播危害相对较小，但在低地地区，欧洲人带来的天花、麻疹，或者非洲奴隶带来的黄热病、疟疾等疾病，使对此毫无免疫力的印第安人大量死亡。例如，居住在格里哈尔瓦河谷边缘的考帕纳古斯特拉人（Copanagustla），因疾病几乎全部灭绝。
征服者在低地地区建立了甘蔗种植园，但是由于印第安人大量死亡，劳动力极为短缺。于是，幸存的印第安人大量沦为奴隶。1528年，雷亚尔城的第一届市政会颁布法规，规定“应对拒绝向西班牙人供应物品的印第安人宣战，那些在战斗中被俘的印第安人将变为奴隶”。西班牙人组织远征队，深入东恰帕斯的拉坎顿丛林猎捕印第安人，满足殖民者农场的劳动力需求。东恰帕斯因此成为人烟稀少和被废弃的地方。1545年，巴托洛梅·德·拉斯·卡萨斯主教来到恰帕斯，发现“他们（指殖民者）制造的奴隶人数之多，令人难以置信”。
殖民者还向印第安人征收贡赋。1548年，一位王室官员来到雷亚尔城，他发现自由的印第安人负担的贡赋如此繁
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重，以至于他们的处境与奴隶毫无二致。
在整个殖民地时期，西班牙殖民者对印第安人实行严格的控制。在印第安人居住区（或称社群，unidad），印第安人被授予一块公共土地，建有一个城镇中心和一座教堂，但是，一些具体事务，如街道的布局等，都要由西班牙人决定。印第安人贵族负责对社群进行管理，但是在本社群之外，他们没有任何地位。在司法事务上，尽管印第安人有权向王室提起诉讼，但是一个西班牙人的证词比四个印第安人的证词还更有效。在西班牙人农场劳动的印第安人与社群集体脱离了联系，他们不受社群的保护，也不负担社群的义务。他们必须每周为西班牙人农场劳动三天或更多的时间，换取一小块土地，维持生存。
当时，在西班牙国王卡洛斯一世的专制君主统治下，殖民征服被认为是一项崇高的事业。但是，就有这样一个人，勇敢地站在印第安人的立场上，仗义执言，谴责殖民者的暴行，歌颂印第安人的优良品质，并为了保护印第安人奋斗了毕生。他就是著名的巴托洛梅·德·拉斯·卡萨斯主教。
这位印第安人的“保护者”于1474年生于塞维利亚，父亲安东尼奥曾在西班牙海军服役，1492年参加了由哥伦布率领的向新大陆的航行。1493年再次随哥伦布进行第二次航行。当安东尼奥首次航行时，巴托洛梅·德·拉斯·卡萨斯年方十八，刚刚结束以亚里士多德方法和原则为基础教授的拉丁语、当代哲学、逻辑学、玄学、数学、美学和物理学等学科的学业。1498年5月30日，24岁的他随父亲再次参加哥伦布的航行，1500年11月25日返回西班牙。第一次远航美洲前，他已读完哲学和神学课程，并在塞维利亚获得硕士学位。1502年，拉斯·卡萨斯再次随哥伦布远航西印度群岛，于6月29日到达圣多明各。不久以后，他回到西班牙完成神学学业，1507年在罗马被任命为神父。1510年，他又参加了迭戈·德·贝拉斯克斯对古巴的远征，在征服该岛的过程中负责给印第安人施行洗礼。此间，他亲眼目睹了西班牙人在古巴对印第安人的大屠杀，此后，拉斯·卡萨斯发起了一场保护印第安人免遭西班牙人奴役的斗争。1519年，他返回西班牙，请求国王卡洛斯一世废除印第安人奴隶制。在墨西哥被征服后，他写了《西印度毁灭述略》一书，惊呼“与西班牙一般大，甚至比西班牙更幸福快乐的王国”被“剑、火和奴隶制”摧毁得荒无人烟了。
1530年，拉斯·卡萨斯来到危地马拉都督辖区（包括恰帕斯），试图通过实践证明，可以通过和平的方式使印第安人皈依天主教。西班牙王室为了限制殖民者在殖民地权力的增长，也为了履行教皇授予的将土著人基督教化的义务，于1542年接受拉斯·卡萨斯的要求，颁布新法，废除印第安人奴隶制，禁止奴役印第安人，禁止强制印第安人为私人服役。新法宣布印第安人为自由人，为王室的奴仆，并拥有他们自己的自由意愿。1544年，西班牙王室决定在恰帕斯建立一个新的教区，年逾七旬的拉斯·卡萨斯被任命为这个教区的主教。拉斯·卡萨斯撰写了题为《恰帕斯教区忏悔神父须知》的小册子，内容是让忏悔神父询问每个忏悔者是否拥有印第安人奴隶，如果有，就不能得到宽恕，直到他们将印第安人放走为止。但是，新法遭到殖民者的强烈反对，他们指责拉斯·卡萨斯是一个“反基督教的主教”，指责传教士应对劳动力短缺和王室税收下降负责，他们要求自由地控制和对待印第安人。拉斯·卡萨斯面临着死亡威胁、被指控为叛乱者，最终被迫于1547年返回西班牙。txt电子书分享平台
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拉斯·卡萨斯离去后，殖民者肆无忌惮地夺取印第安人的土地，通过债务劳役制迫使印第安人为他们的农场劳动。教会也与殖民者同流合污。1710年，长期受到尊敬的恰帕斯教区主教弗朗西斯科·努涅斯·德·拉·维加（Francisco Núez de la Vega）离职，由阿尔瓦雷斯·德·托莱多（Alverez de Toledo）接任。这位新任主教通过增加新的税收、提高原有税收的价格而大发其财。在四年的时间内，他本人就从印第安人身上榨取了万比索的财富。奥科辛格的一个教区牧师，每年的收益为100比索现金、30发内格（fanega，重量单位）的玉米，另外每天还要定量收取30个鸡蛋和两大串鱼。
以雷亚尔城为首府的殖民政权也加剧了对印第安人的剥削。例如，*官（justicia mayor）通过欺诈性的指控和延长审讯的方式，从富裕的印第安人那里攫取财富。例如，契隆（Chilón）的社群头人（fiscal）策尔塔尔人卢卡斯·佩雷斯（Lucas Pérez），被以“莫须有”的罪名逮捕监禁，财富被勒索净尽。他后来成为起义领导人之一，并非偶然。土生白人（拉蒂诺人，Ladino）与地方长官沆瀣一气，抬高向印第安人出售的商品价格，致使很多印第安人家庭负债累累。
一场风暴在酝酿之中。
1712年初，在坎库克（Cancuc）市郊，一个名叫玛丽亚·德·拉·坎德拉里亚（María de la Candelería）的印第安女孩宣布，圣女出现在她的面前，并要求以她的名义修建一座新的教堂。印第安人相信了她的说法，一座新的教堂在指定的地点很快建立起来。据说，在此教堂内，这名印第安女孩很快开始与圣女玛丽亚进行私人对话，印第安人相信，圣女玛丽亚通过她的口向他们传递消息。圣女玛丽亚在坎库克显灵的消息在周围地区迅速传播，越来越多的印第安人从四面八方赶来朝拜。最初，新建的教堂和这位印第安女孩并未对天主教会提出挑战，也没有提出暴动的主张。但是，由于各地出现的圣女显灵事件，吓坏了天主教会，当地牧师奉命来到坎库克，严厉斥责当地的村社头人（fiscales）不应相信这种虚假的奇迹，并试图烧毁这座新教堂。印第安人奋起反抗，当地牧师被迫离去。
在殖民地人民反抗斗争的早期历史上，宗教往往成为动员组织群众的工具。直到19世纪中期的亚洲，中国的太平天国、伊朗的巴布教、印度的土兵起义，都是打着宗教的旗号发动的，或者是以宗教冲突为导火线的。恰帕斯早期的印第安人起义也不例外。
为了使印第安人皈依天主教，西班牙传教士允许土著的教友会（cofradía）拥有一定程度的自主权。结果，大量的印第安人在表�