从赵忠尧事件可以看出，当时钱学森为什么没有计划乘船，而是乘飞机绕道加拿大回中国。倘若他跟赵忠尧一起乘船离开美国，也会在日本被投进监牢。然而，钱学森连乘飞机也“插翅难飞”，除了限制出境之外，新的厄运朝他袭来……
托运的行李被细细“研究”
钱学森从华盛顿回到洛杉矶。他既然被限制出境，只能退掉飞机票，并从海关取回原本打算托运到香港的八大箱行李。他是在飞往华盛顿那天，把需要打包的物品交给了打包公司。当时，打包公司派人从钱学森办公室运走了书籍、手稿、笔记本等等，存放在打包公司的仓库里，在那儿装入八只木箱，然后由他们运往轮船码头。如果钱学森能够顺利地在8月28日从渥太华飞往香港的话，那么这批行李正好在8月31日搭上赵忠尧他们乘坐的“威尔逊总统号”邮轮运往香港。
钱学森从海关得到的答复是料想不到的：“钱先生，您的行李被依法扣查了！”
当钱学森问为什么的时候，海关语出惊人，称钱学森托运的行李中有美国机密文件，因而违反了美国的“出口控制法、中立法和间谍法”。
如果说涉及前两项法规，那还算一般，而违反“间谍法”则意味着问题相当严重了。
其实，钱学森在办公室整理文件时，已经注意把涉及机密的文件，全部锁在办公室的一个文件柜里，并把钥匙交给了同事克拉克·米立肯教授。
事后，钱学森才得知，当时的他已经处于美国联邦调查局的监控之中。就在他8月21日飞往华盛顿的时候，嗅觉异常灵敏的美国联邦调查局就着手“研究”起钱学森准备托运的八箱行李。“据说”是白金斯打包公司的工人在打包时，发现钱学森托运的文件有“机密”、“极机密”字样，于是报告了打包公司的老板，而老板则马上报告美国联邦调查局。这“据说”，不知道是美国联邦调查局制造的由头呢，还是那位打包工人本身就是美国联邦调查局的特工。
有了这么一个“据说”的由头，联邦调查局会同海关、美国空军调查官员以及美国国务院的官员，在8月21日、22日齐聚在白金斯打包公司的仓库里，细细“研究”起钱学森托运的行李，重点是其中的“文字性东西”。这时候，钱学森正在华盛顿跟金贝尔先生交谈呢！
“研究”钱学森的托运物品，不是一件容易的事，内中有众多的藏书、手稿、文件，还有九大本剪报。剪报是钱学森多年养成的工作习惯，看到有参考价值的文章，就从报纸上剪下来，整整齐齐贴在剪报本上，按内容分类。钱学森这些“文字性东西”，有英文，也有中文、德文、俄文，内容则涉及方方面面，不用说读懂这么多文件非常费事，即便是大致了解一下是什么内容，也够他们忙一阵子。
美国联邦调查局在“研究”中发现，其中甚至有关于美国原子能方面的详尽剪报。美国联邦调查局感到不解，钱学森的专业是火箭，并不是原子能，他为什么那样关注美国的原子能研究？这会不会是一种“间谍”行为？后来他们“研究”了钱学森方方面面的剪报之后，终于认定，这是一位高层次科学家的广博学识的体现。只有达到像钱学森那样的学问层次，才会对众多的科学前沿的研究都给予关注。
不过，不管怎么说，美国联邦调查局的“研究”精神还是令人“敬佩”的。他们居然把钱学森这些“文字性东西”用微缩胶卷拍摄下来，拍了12 000多张！他们还把这些文件编成详细的目录……
为了给限制钱学森离开美国找一个“合乎逻辑”的理由，联邦调查局终于决定在钱学森的八大箱行李上做文章。由于联邦调查局“放话”，《洛杉矶时报》、《明镜》等以大字标题报道，“在钱学森回中国的行李中查获秘密资料”。
钱学森据理力争。钱学森在报纸上发表声明：
我想带走的只是一些个人的笔记，其中多数是一些我上课的讲义，以及未来我研究所需要的资料。我一点也不打算带走任何一点机密，或者试图以任何不被接受的方式离开美国。
钱学森还针对报道中宣称他的行李中夹带“密码”、“蓝图”进行说明：“这里头没有重要书籍、密码书籍或者蓝图，那只是一些草图、一些对数表，不过这可能被误认为是密码或暗号。”
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牢狱之灾突然降临
钱学森的处境越来越险恶。奇耻大辱的一天终于到来。
那是1950年9月7日傍晚，美国联邦调查局的探员们包围了位于洛杉矶帕萨迪纳的钱学森住宅。探员朱尔和洛杉矶移民归化局的稽查比尔·凯沙摁响了门铃。他们腰间佩着手枪，还拿着手铐，表明来者不善。钱学森夫人开门之后，探员进入住宅，向钱学森出示了逮捕证。
朱尔后来回忆说：
我很清楚那天的情形。钱夫人来开门的时候，手里抱着孩子。我说要见她的丈夫。不久，钱氏走出来。奇怪得很，他一点也没有激动的表情。但是，在他的脸上可以察觉到，他似乎对自己说：“好吧，这事终会有水落石出的一天。”
钱学森夫人手里抱着的孩子，是出生只有两个月的女儿钱永真。钱学森的儿子钱永刚，只有两岁。
这逮捕证早在几天前就已经开好。大约一时还不敢对这位颇负盛名的火箭专家下手。9月7日钱学森一直在家，没有出门，联邦调查局以为钱学森到什么地方躲起来了。由于洛杉矶离墨西哥不远，而从美国进入墨西哥很方便，因此美国联邦调查局甚至怀疑钱学森已逃到墨西哥，从那里想方设法回到中国。于是，决定赶紧对钱学森采取行动。当他们进入钱家，看见钱学森旁若无事地正在家中，倒是有点吃惊。显而易见，他们关于钱学森“逃跑”的判断完全是空穴来风。
来人对钱学森进行了审讯。他们盘问钱学森的问题，依然是不是共产党员。不过，这一回跟6月6日的盘问不同：那一次联邦调查局的官员突然闯进钱学森办公室，审问钱学森是不是在1939年加入美国共产党，而这一回则审问钱学森在1947年进入美国的时候，是否隐瞒了共产党员的身份？
其实，这是同一个问题的不同切入角度。美国是一个*的国家，当时美国的签证申请表上，明确写着“精神病患者、毒品犯……及共产党员不得入境”。倘若隐瞒了共产党员身份获得美国签证进入美国，那就要犯欺骗美国政府罪，或递解出境，或被捕入狱（这一规定直至1990年才作了修改）。
钱学森在1935年从中国到美国留学，那时候才24岁，似乎不可能是共产党员。钱学森在1947年暑假，回中国探亲，并在上海与蒋英结婚，然后返回美国。既然美国联邦调查局认定钱学森在1939年加入美国共产党，那么钱学森就犯了“在1947年进入美国的时候隐瞒共产党员的身份”的“罪行”，犯了“欺骗美国政府罪”。于是，就可以逮捕钱学森，可谓“欲加之罪，何患无辞”。
此外，联邦调查局在“研究”了钱学森打算托运到中国的行李之后，认定内中有美国“军事机密”文件，所以钱学森又有“间谍”之嫌，即盗取美国的军事机密，同样“罪行严重”。
钱学森依然坚持否认他是美国共产党员，否认他托运的行李中有任何美国军事机密文件。
“秀才遇上兵，有理说不清。”在联邦调查局官员面前，钱学森属于弱势群体，辩白、抗议都无济于事。
钱学森被带上车，押走了。
对于钱学森的*，逐步升级：从最初的吊销安全认可证到不准离开美国，又从海关扣查行李到下令逮捕。
关于钱学森被关进什么监狱，流传甚广的“版本”是说被关进“恶魔岛”监狱。“恶魔岛”，Alcatraz Island，直译应为“鹈鹕岛”，是位于旧金山著名景点渔人码头不远处的一座小岛。1859年美军在岛上修筑了碉堡，1907年成为军事监狱，1934年这里修建了联邦监狱，关押过黑手党头目Al Capone等一百多名要犯，直至1963年监狱从这里撤离。如今，这里是金门国家公园，成为观光景点。由于“恶魔岛”监狱名声在外，许多人就产生“合理联想”，钱学森当年一定关押在这里。
其实，钱学森被关在洛杉矶以南一个叫特米诺岛（Terminal Island）的联邦调查局的监狱里。特米诺岛，又称“响尾蛇岛”，是一个不起眼的小岛。岛上原本有一座废弃了的石油探井架，井架附近有几间简易房。后来被联邦调查局看中，扩建为监狱。
特米诺监狱跟“恶魔岛”监狱一样四周是海。选择小岛作为监狱，是便于与外界隔绝，防止犯人逃跑。特米诺监狱的牢房又暗又潮湿又拥挤。牢房里常常响起西班牙语声，因为这里关押的大都是墨西哥的越境犯。许多贫穷的墨西哥人想到美国打工，于是偷越美墨边境，被抓住了，就押往这个离美墨边境不远的监狱。
总算还好，考虑到钱学森是著名科学家，联邦调查局没有把他跟那些越境犯关押在一起，而是关进一间单人牢房，有单独的卫浴设备，生活条件还可以。夫人蒋英获准每天可以前来探望。然而，如钱学森出狱后对一位记者所说：
我被禁止和任何人交谈，夜里，守卫每15分钟就来亮一次灯，使我没法好好休息，这样的痛苦经历使我在这么短的时间里瘦了30磅！
使钱学森一下子瘦了那么多，还在于沉重的心理打击。作为一位著名的教授，蒙受不白的牢狱之灾，心灵遭到的煎熬，远远超过皮肉之苦。
四面八方的声援
就在钱学森被从家里带走不久，帕萨迪纳的电台迅即报道了这一令人震惊的消息。那时候，加州理工学院的教授们都有听电台新闻广播的习惯（钱学森本人即便是在回中国之后也是几十年如一日听电台新闻广播）。透过无线电波，这近乎爆炸性的新闻