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潘基文还要求说：“外交部的上下级意见和命令虽然贯彻良好，但是横向的讨论和信息共享还不够好。将来，各部门之间必须紧密协调，努力加强与其他部门之间的关系。”
参加当天职员照会的外交部相关人士说：“韩美首脑会谈前夕，发生了足以刺激美国的事情，美国通潘基文次官好像感觉到了道义上的责任。”
结果，NMD体系之争引起的外交部危机仍在继续。2001年4月，潘基文和李廷彬长官同时被解职，沦为了失业者。外交部历史上还从来没有跌落于次官职位的外交官。这就是人事问责制度。
从事了三十一年的外交工作，除此之外一无所知，潘基文实在难以接受成为失业者的事实。曾被誉为模范外交官的潘基文，每天都找朋友们喝酒，夜里难以入眠。短短两三个月，他的体重就减轻了十公斤。他非常绝望，甚至说过：“我真想死。我从来没有为自己活过一个小时啊……”他的朋友安英秀教授给他买了地铁月票，告诉他说：“现在没有人给你开车了，你乘地铁吧。”
当时，外交部很多人议论纷纷，传说潘基文从次官位置落马的过程与前外交通商部长官洪淳瑛的情况非常相似，而洪淳瑛是潘基文在忠州初中和忠州高中的前辈。金泳三政府时期，洪大使也曾经遭到过解职。
《月刊朝鲜》2001年5月号曾经发表了记者撰写的报道，长达五十页稿纸，引用了很多后辈外交官感叹潘基文落马的声音。
当这篇报道在外交部周围传开的时候，外交部长官李廷彬的继任者韩升洙长官开始寻找救助潘基文的途径。90年代，韩长官担任驻美大使，曾经留意到身为驻美公使的潘基文，并对他的优秀和诚实表示了赞赏。
韩升洙长官以这篇报道和外交部的评判为根据，促使青瓦台认识到潘基文是个深孚众望的外交官。当时，前总统金大中的某个亲信直接向金总统报告了刊登于《月刊朝鲜》的这篇报道，希望能够再给他工作的机会。
2001年9月，韩长官担任联合国大会主席，立刻恢复了潘基文的外交官身份。于是，潘基文奔赴纽约，担任联合国大会主席秘书室长，兼任驻联合国总部大使。当时也有人冷嘲热讽：“曾经当过外交部次官的人，现在去做外交部局长级的工作，这像什么话啊？”但是，潘基文对此表示感谢，因为重新恢复了外交官的身份，又可以去做自己喜欢的外交工作了。
作为联合国大会主席秘书室长，他发挥了百分之百的作用。因为常驻联合国，潘基文得以拓宽了自己的人脉。他的外交生涯中多了联合国大会主席秘书室长的经历，这对于将来成功当选为联合国秘书长起到了重要作用。经过在金大中政府时期的迂回曲折，潘基文保住了自己的外交官身份，最后迎来了卢武铉政府。
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总统卢武铉和外交部长官潘基文（1）
重任次官，而不是期待中的长官
2002年12月，卢武铉在大选中获得胜利，于是有人传说潘基文将升任外交部长官。他曾经担任过将近十年的次官，又非常熟悉美国，应该是最为合适的长官人选。这样的评论不绝于耳。
但是，总统秘书室长文喜相却只是邀请潘基文担任次官级的外交助理。文室长说：“因为有新制定的职责，请潘大使务必就任。”文室长两次强调了“新制定的职责”。事实上，潘基文希望担任外交部长官或驻联合国大使。
不过，潘基文本着“不挑岗位，努力工作”的信条，担任了次官级的外交助理。虽然人们希望他担任外交部长官，最后却做了次官。
2003年2月，卢武铉总统第一次见到潘基文，并在青瓦台一起用餐。见面打招呼的时候，卢总统说：“潘助理，你还不了解我吧？我也不怎么了解你，以后我们好好共事吧。”
卢总统的话里包含着这样的暗示，以前是因为不了解外交官潘基文，现在重新安排工作，将来还会委以重任。卢总统说，时间越久，越感觉起用潘基文是正确的选择。根本性的想法虽然有所不同，但是卢总统还是高度评价了他毫无瑕疵的工作处理、诚实和无私的态度。
卢武铉政府上台以后，围绕韩国的外交状况并不明朗。2004年新年伊始，其他政府部门的公务员们纷纷祝福新年，外交部的高级官员们却发出了忧虑的叹息。
2004年年初，韩国外交的两大悬案，即韩国与智利自由贸易协定（FTA）批准同意案和派兵同意案的国会处理有可能推迟到2月份，消息传开之后，立刻造成了紧张的气氛。外交官们虽然斯文，却冲着国会议员们发出了粗暴和愤怒的呐喊。
当时，驻智利大使慎长范史无前例地向全体国会议员分发了四页A4纸的公开书函，这也是迫于危机感的举动。某位高级外交官说：“韩国向智利承诺的FTA，向美国承诺的派兵同意案没能在一月份处理，今年的外交工作必然面临重重困难。”
现场的声音更为迫切。“2003年12月开始与日本协商FTA之后，预定二月份举行第二次会谈。而且，韩国马上就要与新加坡协商FTA，如果与智利的FTA不能生效，我们怎么好意思在协商现场露面（通商交涉本部外交官）。”“政府已经向国会提交了派兵同意案，然而国防委员会还没有商定。考虑到派兵准备就需要三个月的时间，如果一月份还不能处理派兵同意案，那么对美国承诺的四月派兵就不可能了（负责美国问题的外交官）。”
自主派与同盟派的矛盾
鉴于这种情况，2004年1月，外交部内部“自主派”和“同盟派”的矛盾开始浮出水面。实际掌权者的386世代①为主的国家安保会议（NSC）和外交部对美政策负责者之间的矛盾随即公开化。
“自主派”以NSC政策企划室为中心，主张对美政策应该区别于过去，这些人大部分都参与了当前政权，并与原来的对美阵线处处为敌。特别是在讨论女中学生孝善和美善死亡事件的后续处理、伊拉克派兵案、龙山基地迁移协商等问题的过程中，相互之间更是伤了和气。看不见的战线已经在无形之中形成了。
以曾在驻美大使馆工作最低三年时间的人们为主轴，形成了外交部对美阵线，主张不要对抗开展强力外交政策的布什政府，相反，NSC则强调所谓的“自主外交”，指出过去的对美外交政策存在大量屈从成分。这种潮流被媒体放大为“自主派”与“同盟派”的对立。
在这个过程中，对美阵线负责人无论在公开场合，还是在私下场合，都宣称必须慎重对待韩美协商，于是青瓦台和NSC发出了警告信息。
另外，部分外交部职员在非公开场合发言，对政府在龙山基地迁移协商的立场表示遗憾。驻韩美军突然迁移，国民在安保方面容易感觉不安全，所以他们认为必须慎重考虑国民的心理因素。青瓦台接到了匿名信，内容是“尹永宽长官及次官、局长、课长等批判卢武铉总统有关龙山基地迁移协商的对美政策”。这封匿名信还具体指出了批判卢武铉总统的发言的时间和地点。
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总统卢武铉和外交部长官潘基文（2）
因为这次事件，外交部长官尹永宽和北美局局长魏圣洛被解职。2004年1月16日，潘基文助理作为救援投手被起用。卢总统做出这样的决定，完全是出于安定动摇的青瓦台外交秩序，稳固韩美同盟关系的考虑。
青瓦台公开了题为《提拔潘基文长官的背景》的报道资料。
“潘长官具备稳定和改革组织、加强和聚集参与政府的外交力量的能力，希望他能以友邦的信任为基础，圆满地处理当前的悬案。”显而易见，外交部的改革和韩美同盟是这次人选的标准。另外，青瓦台还说，“潘长官能够以对参与政府的充分理解为基础，在国际舞台上发挥外交力量”，体现了卢武铉总统对他的信任。前长官尹永宽解职触发的“自主外交”论争在国内外引起了超出预期的负面反应，容易传达给布什政府以错误的信息，这也对卢总统的选择产生了很大的影响。
即使在外交部对美阵线，潘基文也是屈指可数的美国通，卢总统正是充分考虑了这样的事实。多年以来，潘基文往返于北美局、驻美大使馆、青瓦台，担任了包括北美局局长、驻美公使、青瓦台外交安保首席秘书官等重要职务，除了美国，他与日本等国的外交官也有着坚实的人际关系，在周边国家都享有很高的评价。
接到长官任命状之后，潘基文最先着手的工作就是平息“自主外交”风波。当时，青瓦台首席人事秘书官郑灿龙提到了这个说法，很快就发展成为国际性问题。
郑灿龙秘书官在公布前长官尹永宽的解职命令时，批判了“不能进行自主外交”的说法，从而引起了争论。
根据青瓦台的主张，“外交部的部分职员摆脱不掉过去的依赖性对外政策，从而不能充分理解参与政府提出的新自主性外交政策的基本精神和方向”。过去五十年来，韩美同盟关系已经成为韩国外交的主干，而青瓦台的说法明显是在标榜改变韩美同盟关系的意志。《华盛顿邮报》等外国主流媒体把“自主外交”翻译为“独立外交（Independent foreign folicy）”，从而在同盟国美国内部引起了敏感的反应。
当时，青瓦台和执政党异口同声地评价说，卢武铉总统的自主外交树立了韩国的自尊心，创造了韩美之间的水平关系。同时，还能起到牵制盼望朝鲜体制崩溃的新保守主义者的作用。
但是，也有很多人做出了否定性的评论，自从人类进入21世纪，几乎没有哪个国家呼吁自主外交了，从长远来看，卢武铉政府的自主外交构想很难成立。特别是对于卢总统的对美自主外交，外国媒体和