但是，也有很多人做出了否定性的评论，自从人类进入21世纪，几乎没有哪个国家呼吁自主外交了，从长远来看，卢武铉政府的自主外交构想很难成立。特别是对于卢总统的对美自主外交，外国媒体和外交安全专家们的反应除了保留就是批判。美国国际战略问题研究所（CSIS）的前任研究员戴里克·米切尔甚至说：“如果说美国挑起事端，韩美关系出现裂缝，这正是朝鲜的愿望。”
潘基文深知这种情况，面对秘书事先准备好的就职演说稿，干脆不念“自主”这个单词，直接越过。就职仪式之后，潘基文会见记者时同样遇到了关于自主外交的问题，“首席人事秘书官郑灿龙好像只是说出了自己的认识和印象。他不是外交专家，只是单纯在公布人事命令的场合说了那样的话”，实际上婉转地回避了郑灿龙的越权或失误。
同时，潘基文提出了均衡的实用外交概念，并做了这样的定义，“使我们追求的目标和价值与其他国家相互协调，做出柔软而实用的选择”。
鉴于政府外交安保组分为自主派和同盟派的现实，潘基文的意思是保持平衡，追求国家利益。潘基文发表消除自主外交论争，重视同盟关系的立场，美国对此表示肯定。就任外交部长官之后，潘基文访问美国，并得以与布什总统会谈，也是出于这样的原因。
就任外交部长官仅五分钟，美国驻韩大使馆就打电话祝贺
对于卢武铉总统任命潘基文为外交部长官，美国人的评价非常之高。1月16日晚上七点左右，任命情况对外公布，仅仅过了五分钟，时任美国驻韩国大使的托马斯·哈伯德就打来电话，表示祝贺。
总统卢武铉和外交部长官潘基文（3）
1993—1994年，第一次朝核危机期间，潘基文曾经担任驻美公使，当时托马斯·哈伯德担任美国国务部东亚太平洋副次官助理，两人已经有过接触。
因此，当韩美关系出现裂缝，北核危机深化的时候，潘基文—哈伯德组合被人们誉为最佳拍档。
当天夜里十一点左右，潘基文又在家中接到了美国国务卿科林·鲍威尔祝贺就任长官的电话。科林·鲍威尔是美国的国务卿，而潘基文刚刚就任，尚未开展工作，他就在深夜打电话到家里表示祝贺，这也是非常罕见的事情。
科林·鲍威尔在这通深夜电话里说，“包括我在内的很多人都了解你。许多美国人都为你就任外交部长官而高兴”，“为了今后继续加强韩美关系而努力”，同时又友好地表示，“你正式就任之后，希望我们能早日会晤”。
英国路透社报道说：“考虑到弥补青瓦台和外交部之间的裂缝，并在韩美同盟关系之上构筑韩国的外交，潘基文是最合适的人选。”
但是，保守阵营认为潘基文在任外交部长官期间，没能发出他们自己的声音，所以强烈表示不满。他们认为，潘基文应该维护韩美关系不再出现裂缝，并在同盟关系的基础上解决朝鲜问题。
2005年4月，保守阵营的这种不满在国会统一外交通商委员会浮出水面。在野党大国家党的议员们针对近期主要外交悬案向外交通商部发难，指责其没能发挥职责，沦落为“外交秘书局”。现任京畿道知事的金文洙议员说：“外交官们担心自己被划分为亲美派或亲日派，所以只知道给卢武铉总统唱赞歌”，“潘基文长官这样做虽然不是明哲保身，但是现在的外交已经危机重重了。”
他还说，“在外交方面，无论是卢武铉总统，还是国家安全保障委员会（NSC）常任委员长郑东泳，他们也都是业余水平，外交专家们这样做事，真不知道他们在想些什么。”同属该党的朴启东议员批评说：“在卢武铉政府，外交部只能做外交秘书局的工作。谁也不知道外交部长官干什么去了，只剩下非专家在那里左支右绌”，“自从尹永宽长官被NSC的自主外交论者驱逐下台之后，外交官们都害怕遭到解职，也只能匍匐前进了。”
洪准杓议员指责说：“每当外交部力不能及的时候，潘基文长官总是说非常感谢总统的指教。外交部长官应该是总统的外交老师，他怎么能说这样的话呢？”通过回答，潘基文明确了自己的“外交部长官论”。即，“外交部长官只是总统的外交参谋，不可能成为总统的外交老师。”潘基文还说，“外交方面的最高负责人是总统，我只负责执行总统的外交哲学和方针。”
另外，潘基文还说：“总统的哲学和见识引导着当代外交的潮流，这是国际社会的惯例。”每当卢武铉总统的自主外交构想引起争论的时候，这段发言就会成为砧上鱼肉。
然而出乎人们的想象的是，潘基文并不追随卢武铉总统的自主外交路线，只是认识到总统的固执难以违拗罢了。
有位曾经是潘基文亲信的外交官这样评价说：“保守阵营对于潘基文不能发挥自己的作用深怀不满，大加批评，潘秘书长当然知道。但是，如果真的那样做了，潘秘书长就只能放弃外交部长官的位置了。究竟是毫无建树，刚刚抬高自己的声音就短命地结束长官生涯好呢，还是在政府里忍辱负重，尽最大可能发挥自己的作用好呢，人们对这两者的评价当然不同了。潘秘书长选择了后者。”
青瓦台里的386世代政治人认为这是很费力气的事情。有位青瓦台核心人士说过：“潘基文长官并不是必须与卢总统步调一致。虽然潘长官不会违背总统的意志，但是每当需要的时候，他总是会强调韩美关系的重要性。”因此，潘基文在政府中总是属于少数派。履行外交部长官职责期间，虽然他从多方面考虑了韩美同盟关系的恶化，然而他的立场却没能得到很好的反应。这是很多人对他的评价。
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总统卢武铉和外交部长官潘基文（4）
潘基文在卢武铉政府担任外交部长官期间，曾经创造了许多纪录。他领导外交部长达两年零十一个月，成为自全斗焕政府以来最长寿的外交部长官。他巡访国外多达四十六次，总共访问了一百零五个国家。他的任期中有三分之一的时间都在国外度过，会见了众多国家的外交使节，开展了积极的外交。他还创造了外交长官会谈三百三十次的纪录。对于他国外交部长官希望访问韩国的请求，潘基文长官从不拒绝，甚至周末也在公馆里举行会谈。