唷５街煊杉炀鸵丫崾淮耸３玷宓酃灿辛雠推吒龆樱雠敝杏兴母鲈缢溃砹礁龌钕吕吹氖浅づて焦骱�*昭仁公主。崇桢帝在自杀前，对长平公主说：“你为什么生在我的家里？”然后挥剑砍去，砍断长平公主的左臂，长平公主昏死过去，之后又砍死了昭仁公主。一个太监把长平公主抬到了她的生母周皇后的父亲周奎家中，几天后苏醒，一直无人知晓她的下落。在顺治年间，长平公主给顺治帝上疏，要求准许出家，顺治帝不许，将其嫁给周显，周显本是长平公主的父亲崇桢帝为其选定的驸马，并赏赐给土地和金钱。第二年，长平公主病逝。崇桢帝的七个儿子中，除皇太子也就是皇长子、皇三子和皇四子活下来以外，其他四子都已早死。崇桢帝死后，三个儿子躲藏起来，被李自成的军队搜获，李自成封太子为宋王，之后带领三人征讨吴三桂，以后三人便下落不明。
在北京陷落的同年，张献忠进入四川，占领成都，建立“大西”政权。当初在抗击张献忠起义军的时候，国库无钱，崇祯帝要求皇亲国戚和大臣百官捐钱助军费，无人肯捐，崇祯帝强迫，几个皇亲勉强捐出很少，连太监也说，“皇亲如此，国事去矣！”。在战争期间，官兵不敢出去作战。有一个副总兵，不敢出战，受了压力，出战了，大胜回来，但是“出斩五千级，验之皆妇女首”，斩了五千个平民妇女的头颅回来交差。
经过十三年的战斗，李自成终于攻占了北京，把大顺政权由西安迁到北京。明政府的文武官员纷纷投降，李自成继续任用这些官员。但李自成和他的部下被胜利冲昏了头脑，山海关仅派去几千名士兵镇守来抵抗清兵，其余几十万士兵在北京城里抢掠民财，尽情享乐，军纪大乱。
当时明政府的一支最强劲的边防军，由蓟辽总兵吴三桂率领着从他的边防驻地宁远正向北京驰援。这时李自成派人去招降吴三桂，吴三桂对明朝已经失去信心，接受招降，准备带领军队到北京拜见李自成，他的在北京城的父亲吴襄正好也派遣仆人劝他投降。但经过下列一段对话后，吴三桂的态度立刻转变。他问他父亲及家人的情形，仆人说：“已被逮捕。”吴三桂说：“我到北京后，就会释放。”又问他的财产，仆人说：“已经没收。”吴三桂说：“我到北京后，就会发还。” 又问他美丽的爱妾陈圆圆，仆人说：“已被李自成的宰相刘宗敏抢去了。”吴三桂火冒三丈，下令他的军队为死去的崇祯帝穿上白色丧服，誓言为崇祯帝报仇，在答复他父亲的信上，慷慨激昂地说：“父亲既不能当忠臣，儿子自不能当孝子。”于是，吴三桂急行军返回山海关，宣布与李自成决裂，转过脸来，向昨天还是敌人的清帝国投降，请求清帝国派遣军队进入山海关，联合剿灭李自成。从明朝初年开始，山海关一直是北京的门户和屏障，有着重要的战略地位。在吴三桂被封为平西王，镇守云南时，诗人吴梅村写了一首诗，名为《圆圆曲》，描述这件事，其中有两句：痛哭六军俱缟素，冲冠一怒为红颜。家家传诵，吴三桂那时还在云南，对吴梅村无可奈何，只好送黄金一千两给他，请求把这两句删掉或予以修改，但吴梅村拒绝接受。关于陈圆圆的最后归宿，史料上没有记载，至今也是众说纷纭，但最主要的说法是，吴三桂图谋反清时，陈圆圆惧怕反清失败会受到牵连，于是向吴三桂请求要求出家当尼姑。当时吴三桂已经另娶一个美女，于是允许陈圆圆的请求。在吴三桂死去的前一年，陈圆圆不知何故投荷花池自尽，死时年仅四十六岁。
1644年，吴三桂带领辽东精兵和清国的铁骑攻打北京大顺政权，李自成亲自统兵反击。当时生活日趋腐化、贪图享乐的起义军战斗意志已经消沉，厌烦战争的情绪遍布起义的队伍中，已经无力对抗任何的进攻。在抵抗失败后，李自成仓皇逃离北京，向西安撤退，大顺政权覆灭，在撤退前李自成下令将吴三桂的父亲和家属30余口全部杀死。李自成在到达西安后，吴三桂和清国的军队继续追击，李自成又逃到湖北，这时跟随李自成的只有二十余骑兵，李自成在湖北九宫山被乡间地主武装杀害，部众溃散。李自成死后的第二年，清兵向四川进军，张献忠中箭坠马，被擒斩。
清国在赶跑了李自成之后，把都城从沈阳迁到北京，建立政权，随后开始消灭明王朝的残余力量。 明朝灭亡后，明朝的皇族又一连在江南建立了三个政权。
第一位是福王朱由崧，他是在洛阳被李自成杀死并剁成肉酱的福王朱常洵的儿子，神宗的孙子。崇桢帝自缢后，朱由崧把都城设在南京，年号弘光，建立了南明政权。他当了皇帝后的第一道命令竟是征集美女，第二道命令便是命各地方官员进贡*秘方。这个政权只维持了十三个月，清军便攻破南京，把朱由崧捉住，送到北京砍头。在弘光朝有一个忠臣史可法，当时奉命率领一万余兵守扬州，而清兵有十万，史可法死守扬州城七日七夜，城陷，史可法慷慨就义。史可法死后，清军随后在扬州进行整整十日的大屠杀，史称“扬州十日”，死难者达80万。在占领南京后，清军颁布剃发令，命令十天之内，清占区汉人一律模仿满族装饰剃发易服，“留头不留发，留发不留头”，引发了汉族群众的强烈反抗。江南百姓纷纷起义抗清，其中以嘉定和江阴人民的抗清尤为顽强激烈，先后发生了“嘉定三屠”和“江阴八十一日”等抗清事件，但都被清军血腥*，期间死难者总数逾越百万。汉民族的传统观念就是身体发肤受之父母，对于剃发是绝对不能容忍，当时浙江绍兴一位西洋的传教士马丁尼在他的《鞑靼战争记》一书中记载了他目睹的一切：鞑靼军发现没有任何抵抗，顺利地占领绍兴。浙江省南部各县，也很容易地被征服了。鞑靼这时候下令，强迫新近归降的汉人剃发，于是所有汉人，无论士兵和市民，都愤怒起来，手执武器，向鞑靼反抗。他们对国家和皇帝都没有这种热爱，而为了保护自己的头发，却舍生命去抵抗强大的敌人，鞑靼终于被击退到钱塘江以北。最具有代表性的激烈反抗，发生在江苏扬州和上海嘉定，这两个孤城的殊死战斗，招来满洲人残酷的报复，他们在扬州屠杀十天，死八十万人，在嘉定屠杀三次，死二十万人。
第二位是皇族血统较为疏远的朱聿键，南京陷落后，他辗转逃至福建福州，受到福建总兵郑芝龙的拥戴，继承朱由崧的帝位。但以后郑芝龙却和清国秘密勾结，使朱聿键被清国俘虏，之后被处斩。郑芝龙是福建南安人，明朝的总兵官，他的妻子是个日本人，儿子郑成功，郑芝龙投降清朝，郑成功不愿降，聚集了几千人继续进行抗清活动。康熙元年，公元1661年，郑成功率领2万5千人由金门横渡台湾海峡，经过九个月的苦战，成功登陆台湾，荷兰殖民者终于签署了投降书，结束了荷兰在台湾38年的统治。郑成功在台湾建立根据地继续抗清，过了几个月郑成功病逝。康熙22年，公元1683年，清朝收回台湾，郑成功孙子郑克塽归顺清朝。
第三位是朱由崧的堂兄，桂王朱由榔，他也是神宗的孙子。福州陷落后，朱由榔在广东肇庆即位，年号永历，之后被清军追逐，不停地狼狈逃亡，在中国已无立足之地，又逃入缅甸王国，搭建草屋，在边界蛮荒地区，跟土人杂居。缅甸政府无法抗拒清政府的压力，便把朱由榔交给坐镇云南的平西王吴三桂，吴三桂把朱由榔绞死。永历朝是南明最后一个政权，也是存在时间最长的一个政权，共存在16年。
至此，明朝残余势力灭亡，南明政权全部覆灭。
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