公元1275年2月末，元世祖忽必烈将由南宋降卒组成的“蛮子军”一千四百人派往高丽，进扎在海州（黄海道海州）、盐州（同道延安）、白州（同道白川）三地——这三州一直以来都是蒙古军团的屯田驻地。
9月，大都方面又派人探索到日本的新海路，并命高丽再次修造战舰。
10月，高丽任命金光远为庆尚道都指挥使，负责修建战舰。
11月，高丽王室又向庆尚道征发羽毛和铁材。
公元1276年正月，高丽方面突然接到了停止对日战备的诏书。其原因并不在于元世祖忽必烈接受了高丽君臣的“哀哀之诉”，而是因为在中国大陆长江以南的宋元战场上，元军自公元1273年2月攻陷襄阳后，长驱而下直取江南，但战事进展并不顺利。江南的江湖人、平民百姓、南宋正规军这些民间和官方力量成为元军阻碍。但战事毕竟在艰难推进，公元1274年正月，南宋安庆府宣告沦陷，府知事范文虎向元朝投降。公元1275年，建康又陷，元军兵锋直指南宋首都临安。一路打来，南宋军民坚强的抗战意志，使忽必烈认为临安绝不是那么容易就打得下来的。所以忽必烈就先停止对日征伐，以灭亡南宋为要务。
在忽必烈发动第一次东征日本战争的同时，南宋依然是它的军事推进重心。比如在公元1274年12月，从襄阳出发的伯颜足足率领战船一万艘战船进入长江，与南宋水军进行交锋，而第一次东征日本之时忽必烈只是派遣了九百艘高丽式战船。
五 元军二次东征——日本真的打胜了（2）
江南战区的军事进展却比忽必烈预想的要顺利。显然，随着襄阳、樊城、临安等重镇的陷落，南宋朝廷已经失去继续抵抗的意志。
公元1276年2月5日，与中国北方政权对峙长达一个半世纪的南宋政权基本落下帷幕——南宋首都临安城陷落，七岁的宋恭帝和谢太后在惊恐中向元朝投降。
从海路逃离临安的陈宜中、张世杰等人，又拥立皇太子为帝，改年号为景炎元年，在福建、广东等沿海地区继续抗元活动，并且他们手中也有一支不可小视的陆海军力量。
当中国大陆的战事没有结束之时，元朝无法调集充分的人力物力开辟大规模的第二战场。而当南宋已经基本平定，元朝当然要回过头来继续进行远征日本的工作。
公元1277年12月，对于忽必烈来说，高丽发生了一件不愉快的变故，可以认为是第二次东征日本前的一个小插曲。
在那里，有人密告高丽将军金方庆私藏兵器战舰，试图攫取高丽政权，并起兵反元。甚至连高丽国王对忽必烈的忠诚度也被人猜疑。因证据不足，一时未作处理。
第二年1月，与金方庆同朝为将又同样被元世祖倚重的高丽大将洪荼丘接手了这个案子。他与金方庆素来不和，双方矛盾的焦点在于权力的争夺。他以酷刑逼迫金方庆招供，在冰天雪地里金方庆“肌肤冻如泼墨”，但是金方庆这位身经百战的将军没有招供。
忽必烈没有听从洪荼丘的一面之词，将金方庆召回元大都，试图将金、洪二人矛盾作淡化处理，还给予高丽政府更多的自治权。这一年，他赐给高丽国王一枚“驸马高丽王”金印。
忽必烈未必对金方庆没有丝毫的怀疑，作为一个在马背上出身又试图以“汉法”治国的帝国元首，他很清楚人性是什么东西。臣属的忠诚与否，在很大程度上只是取决于皇帝的实力。
南宋抵抗势力终于在公元1279年2月被元军荡平。崖山一役，南宋丞相陆秀夫背负八岁小皇帝跳海赴死，海上浮尸十万众，给南宋王朝彻底画上了句号。那位幼小的帝王和他的数万主动赴死的臣民，认为自己死得其所。
紧接着，忽必烈命江南的扬州、湖南、赣州、泉州四省建造军舰六百艘备征日本。
日本学者中岛乐章这样推测：“在第二次远征日本所用战船中，东路军九百艘战船全部由高丽建造，而可以得到确认的江南所造战船，仅有至元十六年（即1279年）的六百艘，其中泉州所造战船，仅有五十艘。且不论《元史》中没有记载的造船数，单从当时最大的海港泉州的造船数仅有五十艘这一点来看，新建造战船也不过数百艘。而第二次远征日本时，江南战船总数竟有三千五百艘，其中大部分极有可能是元军截获、接管原南宋水军的战船……其中内河船舶又居多……由于内河战船吃水较浅，抗暴风雨能力较弱……”
在下达造船命令之后，元世祖又召见南宋降将范文虎，问其东征方案。
作为一名战将和降将，范文虎当然想立即立下战功，但是他又试图通过和平的方式解决日本问题。他建议元世祖，在出征之前由他以南宋旧臣的立场再派一次赴日使者，希望能够说服日本来朝。忽必烈并不反对。
于是范文虎的两名使者周福和栾忠被派向日本，在6月下旬到达博多湾，为表示善意，他们甚至带了一名日本在华留学僧一起前来。
事实证明，这次出使行动是典型的狗尾续貂、自讨无趣之举，镰仓幕府已经杀过一批使者，北条时宗不在乎再杀一批。就连态度相对和缓的京都朝廷都认为“亡宋旧臣直奉日本帝王之条，诚过分欤！”txt电子书分享平台
五 元军二次东征——日本真的打胜了（3）
周福和栾忠在博多被斩首。
元世祖忽必烈也可能根本对这次出使没有寄予丝毫希望。
公元1281年正月，忽必烈召集阿剌罕、范文虎、忻都、洪荼丘等将领，亲自主持召开东征日本军事会议。
元朝最终确定设置征日司令部“征收日本行中书省”，并将东征大军兵分两路：一路以洪荼丘、忻都、金方庆为首，率蒙古、高丽、汉军四万人、舵工水手一万七千人，分乘战舰九百艘自高丽合浦出港；一路以阿剌罕、范文虎为首，率江南军十万人、战船三千五百艘，自宁波港出发，这批江南军队还受命携带农具、稻种，意图赴日屯田，以为长久之计。
两军约定于6月中旬在壹岐汇合，共同进攻博多太宰府。
2月20日，东路军诸将从大都出发，临行前，元世祖忽必烈特地对他们作了以下说明和要求：“始因彼国使来，故朝廷亦遣使往，彼遂留我使不还，故使卿辈为此行。朕闻汉人言，取人家国，欲得百姓土地，若尽杀百姓，徒得地何用。又有一事，朕实忧之，恐卿辈不和耳。假若彼国人至，与卿辈有所议，当同心协谋，如出一口答之。”元世祖的告诫简而言之为两点：一、依照汉法，取人国家，不可滥杀无辜；二、众将要戮力同心。
日本方面也并非坐以待毙。在第一次蒙古来袭的战事中，幕府执权北条时宗痛感日军指挥散漫、战斗力低下，便三令五申整饬军律，进一步强化“异国警备番役”制度，北条时宗在公元1280年年底的一份幕府法令中警告说：“蒙古异贼等明年四月可袭来云……近年守护御家人……多以不和之间，无同心仪之由……不顾天下大难，甚不忠也，御家人已下军兵者，随守护之命，可致防战之忠……相互以背仰者，永可被处不忠之重科……”
北条时宗屡次劝谕，他对将军们的要求与忽必烈如出一辙：希望各方面能够放弃内讧，精诚团结。
按照元军的既定作战计划，东路军于5月3日从高丽出发，顺风抵日，第一部作战目标仍然是攻取对马岛和壹岐岛。
东路军在日军干扰下完成登陆，以大炮首攻，骑兵冲锋，附以弓弩，日军败退，其将领少贰资时战死。5月21日，元军占领对马岛、壹岐岛。
元军二度来袭、日军临阵败退的消息很快传至京都，朝野上下再次陷入慌乱境地，一时间人心惶惶，京都官民疯狂储备粮食，以致无米可买。
日本后宇多天皇得到消息后在神宫整整祈祷七天七夜，龟山上皇则派人到伊势神宫许愿“愿意殉身以代国难”。
幕府执权北条时宗得知战况的时间稍晚，他问计于南宋赴日僧人祖元大师，祖元要求他“血书大经”，北条时宗立即刺破手指以血写经祈祷。这种行为对于战争的进展表面上看没有关系，却能最大限度地凝聚本国民心。这大概就是宗教的厉害之处。
另一方面，面对元军的继续推进，日军也加紧了防守部署。参加过上一次抗蒙战争的藤原经资依然任九州地区战事总指挥，他动员了约四万武士守卫沿海石垒阵地，甚至连其老父都披甲参战。此外，四国等地的武士约六万人也被紧急动员，以作为后续兵力补充前线。
显然，元军二次东征所面对的抵抗要超过第一次。
东路军在首战告捷之后，按照早先的部署，应于此地等候南路军会师。
洪荼丘、忻都等将领，有抢功突进的冲动。并且他们从捉到的日本岛民口中得知，日本已于太宰府西部六十里处进行战备布置。东路军立即将这一情报向位于高丽合浦的“征收日本行中书省”做了汇报，认为无军应该乘日军布置未备之时乘胜进击。日本行省很可能默认了这一计划。
五 元军二次东征——日本真的打胜了（4）
东路军没有再等待江南军的到来，而是先绕过对马和壹岐，于6月6日南下进攻博多湾。
由于镰仓幕府早在首次遭受蒙古来袭之后，就在博多沿岸构筑了石堤等防御工事，而且有四万日本武士严加守卫，元军很难找到合适的登陆地点，于是转而进军守备相对薄弱的志贺岛。
志贺岛地形狭窄，使得元朝大军团难以发挥优势，反而使得日本武士单兵作战习惯的优势得以发挥。元军在志贺这个小岛没有取得任何实质性进展。
当天夜里，日军借助夜色对停泊在志贺岛沿海的元军船只发起袭扰，且偷袭成功，焚船而逃。
元军自此加强了戒备。
日方的偷袭不但不能奏效，反而导致本国武士死伤惨重，随即下令停止夜袭。但是像伊豫国御家人河野通�