7月7日，李舜臣得到日本舰队停靠在见乃梁的情报，但因该海域过窄，朝鲜板屋船很难调动方向，加上日舰一旦势弱，很有可能逃窜，李舜臣最终决定将日舰引至开阔水域予以歼灭。
第二天，李舜臣率几艘船只前去诱敌，其他舰队在闲山岛海域设伏。朝鲜小股舰队诱敌成功后，撤退到达预定地点后，与朝鲜主力舰队汇合。李舜臣登临旗舰，展开鹤翼阵形攻击敌舰，把日本舰队成功包围，并率先攻打日军旗舰，大部分的日本战船还没来得及接近朝鲜舰队，就被火炮击沉海底，在这场战役中，朝鲜以五十四艘舰只对战日舰七十三艘，结果日方共损失五十九艘，朝鲜舰队则毫无半点损失。
闲山岛海战被世界著名海洋历史学家马汉写入《海权论》，并成为名震世界的著名海战案例。
闲山岛海战之后，李舜臣率领新编水军在南部海域展开还击，使得丰臣秀吉“水陆并进”全面落空，日军输送后续兵力和粮食辎重至朝鲜半岛的企图被有力遏制。
李舜臣的龟船舰队一个多月的时间先在玉埔海面击沉击伤了日本水军战船近五十艘，朝鲜水军仅仅一人轻伤；随后又转战露梁海面连破日军龟井兹矩的补给舰队，击毙龟井兹矩，并将九鬼嘉隆水军的主力舰队完全摧毁。
自从日军登陆之后，朝鲜水军就在全罗道左水使李舜臣的率领下展开一连串反击，在明军驰援朝鲜的同时，朝鲜水师在海面上已获得大半制海权。
明军援朝部队虽然收复了朝鲜大半国土，但是本军也付出巨大代价，明朝国内也是不堪重负。特别是碧蹄馆一战，虽然明军有力地粉碎了日军的北进意图，但也使得明军看到了日军的强大战斗力。
朝鲜政府当然不愿意看到明军推进发生迟疑，在朝鲜大臣王德完给国王的上疏中抱怨道：“（碧蹄馆战后，明军）魄散胆破，乃悚心坚意，惟封贡是图，不复言战斗事矣。”
明军是否真的是“魄散胆破”了？朝鲜大臣说了不算，他们一心想的是请“上国天兵”火速收复失地，但是兵饷粮草、损兵折将这样的战争代价却要“上国”自己全部担负，个中难处，朝鲜大臣不可能有切肤之感，他们的切肤之痛是沦丧国土于“倭贼”，其复仇心理应该理解，但明朝方面也有自己的现实困厄。
明朝兵科右给事中侯庆远也给万历皇帝上疏道：“我与倭何仇，为属国勤数道之师，力争平壤，以权收王京，挈两都授之，存亡兴灭，义声赫海外矣。全师而归，所获实多。”在明朝内部，也有部分官员认为明朝作为宗主国，征国内数道之师，劳民伤财，远赴属国，如今已经帮助朝鲜人民收复了平壤、王京等战略要地，可以说已经仁至义尽，剩下的事情就需要朝鲜自己去完成了。
但在朝明军将领却表达了不同意见，认为应该继续留守，以应其变。
万历皇帝倾向于利用战场上的胜利进行撤兵和谈，他虽然说明了在朝鲜留守明军对于和谈有重要作用，但后来因为各种条件的现实，明军未能留守，万历皇帝下令朝鲜国王还都王京，整兵自守，明军“以次撤归”。
就这样，明朝没有抓住战机乘胜追击，反而撤兵回国，给了侵朝日军以喘气的机会，使得战争时间延长。
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七 不该发生的议和
公元1593年6月，日军因海战屡次失利，陆战受压制，补给不继，为保全最后战果，决定议和解决。
7月，万历皇帝下诏赴朝军队回国，并对日本进行“封贡”事宜，于是明军主力退过鸭绿江，只留副总兵刘铤及游击将军吴惟忠率领七千六百人留守朝鲜，扼守要塞。后来再撤吴惟忠部，只留刘铤带领数千川军驻守。12月，万历皇帝下诏命令蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事宜，并召回宋应昌、李如松，下令明朝大兵从朝鲜完全撤退，只是象征性地予以提醒：“倭情狡诈，未可遽称事完”。
公元1593年5月8日，丰臣秀吉在名护屋会见明朝使团，并提出所谓的“日本、大明和平条件”七条：
一、迎娶明朝公主为日本皇后；
二、继续发展勘合贸易；
三、日、明双方武官永誓盟好；
四、朝鲜王京及北方四道归还朝鲜，南方四道割让给日本；
五、朝鲜送一王子赴日作为人质；
六、交还日本俘虏的朝鲜两位王子及其他朝鲜官吏；
七、朝鲜大臣永誓不叛日本。
实际此次会谈就在沈惟敬和小西行长之间展开。
沈惟敬个人答应了丰臣秀吉“七条建议”，但他却对同行的其他明朝使者称丰臣秀吉同意向明朝称臣，请求封贡，并退出侵朝日军。而小西行长则对丰臣秀吉汇报说，明朝使者已经同意了“七条建议”，只需要派出日本使者去往北京请明朝皇帝最后批准。
就这样，在双方谈判代表进行一番欺上瞒下的交易之后，公元1594年10月，日本派出使节小西如安随同沈惟敬由釜山来到北京城。
小西如安来到北京之后，与兵部尚书石星进行了会见，爽快地答应了石星所提出的三个条款：
一、日军在受封后立即撤离朝鲜半岛和对马岛；
二、日本只可受封但不许求贡；
三、与朝鲜永世修好。
而沈惟敬也早已私下炮制出假冒的日本降表。
朝廷上下大为满意，君臣们并不清楚沈惟敬答应日本的不仅是册封一事，对丰臣秀吉的七项条件也蒙然无知。甚至“大司马石公徒欲取效目前，不暇深考，竟不知日本为何国，关白为若何人”——连兵部尚书石星这样的朝廷重臣连日本是哪个国家，“关白”是干什么的都不知道。其他朝廷大臣也是只凭揣摩，不知所以，大谈封贡，堂堂大明朝，号称远播天威于海外，对日本这样一个近在咫尺的邻国的了解程度甚至不如九百年前的唐朝。
万历皇帝立即答应册封丰臣秀吉为日本国王，并按小西提供的名册封赏其他日本大臣。
在公元1595年1月，北京派出使者赴日封赏，沈惟敬一同前往，所携带的诏书内容如下：
奉天承运皇帝，诏曰：
圣仁广运，凡天覆地载，莫不尊亲帝命。溥将暨海隅日出，罔不率俾。昔我皇祖，诞育多方。龟纽龙章，远赐扶桑之域；贞珉大篆，荣施镇国之山。嗣以海波之扬，偶致风占之隔。当兹盛际，咨尔丰臣平秀吉，崛起海邦，知尊中国。西驰一介之使，欣慕来同。北叩万里之关，恳求内附。情既坚于恭顺，恩可靳于柔怀。兹特封尔为日本国王，赐之诰命。于戏龙贲芝函，袭冠裳于海表，风行卉服，固藩卫于天朝，尔其念臣职之当修。恪循要束，感皇恩之已渥。无替款诚，祗服纶言，永尊声教。钦哉！
所谓日本“万里叩关，恳求内附”，明朝皇帝受其恭顺感动，不能不“特封尔为日本国王”——诏书的用语是历代中国皇帝一贯的天朝上国口气。
这封诏书原件现存于日本大阪博物馆。
顾名思义，在看到这种华丽骄傲的辞章之后，丰臣秀吉肯定是不舒服的。至于丰臣秀吉的具体反应，部分史书记载他勃然大怒，摔诏书于地上：“吾掌握日本，欲王则王，何待髯虏之封哉？！”并逐走明朝使臣。另一种说法为，丰臣秀吉虽然愤怒，但隐忍不发，甚至还在第二天“身穿明朝冠服，在大阪设宴招待明使”。无论当时丰臣秀吉是怎样的反应，但他的一番虚与委蛇，事实上到最后除了得到一个“日本国王”的头衔，没有在明朝皇帝这里得到任何实质性的好处。而明朝仍然运用传统的册封方式予以怀柔，甚至不许两国通贡而羁縻日本。
实际上，丰臣秀吉也早已经在积蓄力量，酝酿新一轮对朝用兵。丰臣秀吉明确表示：“明主册封不满我意，然姑忍之，朝鲜和讲，我决不许。册使亦不可留，明日速发遣。再起大兵，以灭朝鲜。”
历时两年的议和彻底破裂。被驱逐的沈惟敬一行人等无奈只能踏上回京之途，但沈惟敬中途滞留在了朝鲜，他不敢回北京。情急之下，沈惟敬又假造了一份丰臣秀吉的谢恩表，交由另一名使臣上呈万历皇帝，希望能够再一次蒙混过关。但这份谢恩表轻易被朝廷大臣识破。这时候，朝鲜方面已经传来日本来犯的消息。
万历皇帝得知使臣和兵部没有把日本方面的真实意图动向报告朝廷，一心求和，竭力欺瞒，大怒，立即下诏将兵部尚书石星治罪，石星落得“谄贼酿患，欺君误国……下令锦衣卫拿去法司，从重议罪”的下场。并命驻朝明军即刻捉拿沈惟敬，就地正法。
八 明军被迫再度赴朝作战（1）
明军主力撤回中国之后，朝鲜感到强大的军事压力，为保障安全，朝鲜国王聘请明军将领训练朝鲜军民，朝鲜将领柳成龙等人亦按照戚继光的兵法自行练兵。
但日本也已经重新装备了陆军和水师。
公元1597年初，日军突然闪击朝鲜军队，第二次侵朝战争爆发。
该次战争，日本实际赴朝陆军总兵力比第一次更多，为十九万左右，另有水师兵力两万余人。另外，在日、朝之间的岛屿以及日本西部沿海，还集结有九万五千足轻（轻装步兵），以为预备部队。也就是说，丰臣秀吉为这次战争准备了三十万水陆军力。
近二十万赴朝军队分属十大军团，各军团总指挥依次为小西行长、加藤清正、黑田长政、岛津义弘（原为加藤光泰）、福岛正则、小早川秀秋（原为其父小早川隆景）、毛利辉元、宇喜多秀家、浅野长政、羽柴秀次。
十大军团又兵分左、右两路，左路军以宇喜多秀家为主将，小西行长部为先锋，沿宜宁、晋州一线，向全罗道挺进，意在攻取南原。右路军以毛利辉元为主将，加藤清正部为先锋，沿密阳、大丘一线，向全罗道挺进，意在攻取全州。
根据原计划，这两路军最后在汉城城外会师，并合力攻下该城。
2月，面对丰臣