根据原计划，这两路军最后在汉城城外会师，并合力攻下该城。
2月，面对丰臣秀吉再次派兵大举侵朝，大明朝廷再就东征与否进行商讨。援与不援再度被摆上桌面。
日本入朝作战，对于朝鲜和日本来说，都是举国之大事，但东北一隅，却只是明朝的地域性事务。比及第一次入朝前的处境，大明朝廷此时的境况更加糟糕，国内农民起义此起彼伏，缅甸军在南部边疆不断进攻，北方游牧民族也屡次南犯，李如松将军在与其对战时，不幸战死沙场。
整个大明王朝，内外“连岁用兵，国计频绌”，而且“封事一起，已将东征士马尽撤回籍”，撤回来的兵力已经天南海北，回归故地。在南方士兵撤离之时，还因为朝廷没有给赏，发生了兵变，一千多名士兵被杀。在这一阶段，明军入朝对日作战，虽可曰胜，但却是一场道义战争，明朝不但不可能从朝鲜或日本那里获得任何好处，反而花费大量物资，士兵的待遇也很差。朝野之间的厌战情绪都很强烈。
这一系列因素导致明朝根本无法派出像第一次战争那样的精锐部队。
经过一番新的争论，明朝最终决定发兵。2月，明朝以麻贵为“备倭总兵官”，统率南北诸军。3月，以山东右参政杨镐为佥都御史，经略朝鲜军务，并以兵部侍郎，邢玠为尚书，总督蓟、辽、保定军务，“经略御倭”。5月，邢玠赶赴辽东。但是征兵工作颇为不利，“人心迄愤惋，故招募鲜有应者”。第二次万历朝鲜战争先后共派发十万左右的兵力，其中陆军为七万多人。
七万多人的陆军除留守朝鲜辽东、宣府、大同、福建部队外，又增调辽东铁骑五千余，蓟镇步兵数千，但大多是新募士兵，明朝甚至把驻守蒙古前线的辽兵五千、浙江兵一万多增援朝鲜战场，而后期征调的一万云南士兵也都是战斗力不强的地方武装，因为当时缅甸军已集结在边境，其精锐部分无法分身调；二万浙江义乌兵虽是近期招募，但该地也是当年的抗倭名军“戚家军”的兵源地，此外，后期又征发川军万余。而二万多水师兵力则是由东南沿海招募的水手构成。
再侵朝鲜，丰臣秀吉吸收了上次战争中海战失利的教训，利用朝鲜党争，使用反间计诬陷李舜臣阴谋篡权，李舜臣将军蒙冤下狱，其后贬为士兵，以白衣从军。其继任者贪污腐化，防备松弛。另外，由于在上一次战争的海战中，日本船队在李舜臣的龟甲船的面前损失惨重，此次日本水军大量改造制成巨型铁甲船，并专门针对朝鲜水军的龟甲船做了改进。7月7日，九鬼嘉隆率领庞大的日本舰队，一举重创朝鲜将领元均率领的朝鲜水军，又配合陆军水陆夹击成功偷袭停泊在漆川岛的朝鲜水军。朝鲜水师几乎全军覆灭，九鬼嘉隆一雪前耻，日军控制了制海权。书包 网 。 想看书来
八 明军被迫再度赴朝作战（2）
无奈之下，朝鲜政府再次起用李舜臣，李被任命为三道水军节度使，但此时他手中只有十二艘船和一百二十名士兵，在全罗道右水营，朝鲜水军开始着手重建。
第一批开赴至朝鲜的明军共约三万，由总兵官麻贵率领，进驻王京明军的战略部署是，待总督邢玠率领后续四万大军一到，明军即与朝鲜本地武装整合军力，转入全面反攻，由南原、忠州发动攻势，直击釜山之日军。
8月初，日军宇喜多秀家、小西行长率五万兵力连续攻破泗川、南海、光州等地，沿途劫掠烧杀，其暴行从日本随军僧人的《朝鲜日记》中可见一斑：沿途凡见白衣者（朝鲜民族服饰），不论老幼尽皆斩杀。8月13日，将进攻矛头直指南原。明军副总兵杨元率领三千明军和三千余朝鲜军镇守该地，发起南原保卫战，坚守数日后失败，中、朝将士大部阵亡，两千突围，日军也付出七千士兵伤亡的代价，日军入城后屠城一日。
南原失陷，全州亦失，由加藤清正所部占领。之后日军又攻陷黄石山、金州、公州等地，汉城屏障几乎被日军一扫而光，朝鲜王朝再一次濒临险境，朝鲜大半国土又一次沦陷于日军之手，汉城被围。
公元1597年8月28日，李舜臣指挥着刚重建的水师，再度与日本水军决战，决战地是在鸣梁海峡。朝鲜水师全力拼杀，歼灭日舰三十余艘，并歼灭日军四千余，再度重创日本水师，重新掌握制海权。
鸣梁海战的胜利，使得丰臣秀吉再度面对运兵和运输补给困难的问题，而日军虽然随后在陆战有所得，但亦已后继无援，其最后败局已定。
10月，攻打青山的毛利辉元部被明军重兵包围，日军死伤惨重，幸有援军掩护，毛利辉元才得以撤退，战况惨不忍睹。
12月，明军进军不顺。杨镐军围攻日军驻守的蔚山城，守城日军有六千人，城坚难下，围城十日，日军粮、水发生困难。但毛利辉元率五万援军突然赶至。杨镐大为惊惧，不及下令，便率先逃奔王京，只有副将吴惟忠、游击将军毛国器率军抵抗，明军溃败，丧失大量辎重。
但杨镐却向北京谎报前线大捷。后遭揭发，杨镐被罢职候查。
蔚山战败之后，中、朝与日本双方都进行了战略调整。明朝开始新一轮增兵，陈遴和邓子龙的舰队也前来助阵。而日军虽解蔚山之围，其进攻势头也被遏制，内部也出现厌战声音。秀吉眼见北进无望，只得继续确保防线，冬风肆虐，后勤不继，丰臣秀吉最终命令加藤清正守蔚山、小西行长守顺天、岛津义弘守泗川，其余将领回国休整。
大明水师出动了数百搜战船，一万三千余水军，在陈璘的率领下进入对马海峡，日本海军“及见璘舟师，惧不敢往来海中”。大明舰队和朝鲜李舜臣水军则完全控制南朝鲜海的控制权，切断了日军的退路。此时在朝日军只有六万人，而中朝联军则有十余万，已占兵力优势。
邢玠将明军兵分水陆四路，每路置一将领，中路为李如梅，东路为麻贵，西路为刘铤，海路为陈璘，各自扼守要地，见势而为。明军开始同时进攻三座要塞：蔚山、泗川、粟林。
8月18日，征战一生的丰臣秀吉因为朝鲜战争的失利，愤恨积郁，终于在日本京都伏见城死去。早在3月，丰臣秀吉就感到自己的身体走向衰败，但是，在他生命的最后阶段，他最关心的并不是朝鲜战场上浴血奋战的日本官兵，而是他的幼子丰臣秀赖能否稳固地继承他的地位。5月，丰臣秀吉病倒。6月，他决定册立“五大老”：德川家康、前田利家、毛利辉元、上杉景胜、宇喜多秀家。在“五大老”之外，又有原来的“五奉行”，此外他还设置“三中老”，丰臣秀吉企图让这些人相互制衡，使得丰臣秀赖得够在金字塔的最高位稳固下来。进入8月，丰臣秀吉大脑恍惚，但是他还是召集来重要大名和臣从，要他们发誓忠于丰臣秀赖。他又决定让丰臣秀赖迎娶德川家康的孙女，同时，又私下托孤前田利家，一番云云，言外之意就是：一切都靠你了。
八 明军被迫再度赴朝作战（3）
丰臣秀吉死后，日本政坛大佬们决定密不发丧，悄然从朝鲜撤军，他们中的任何人都看不到战争继续下去的希望。但是在消息到达朝鲜之前，日军将领还都蒙在鼓里，他们仍然需要以血肉继续顽抗中、朝联军的反攻。
9月底，麻贵再次包围蔚山城，发动第二次蔚山之战，该城为日军名将加藤清正守卫，明军连续四天猛烈强攻，仍旧没有攻下城池，两军互有胜负，加藤清正也难以支撑，就发信给明军乞和，被拒绝。双方僵持之时，日军赶来增援，最后明军被迫撤退。
10月，刘铤、麻贵分道出击夹攻日军，并大破之。
明军攻打泗川的军事行动没能达到目的。大战之时，明军本已取得战局优势，但营中火炮突然炸膛，并引燃火药库，两军对垒之时明军大营遭此一劫，导致已方陷入慌乱，泗川守将岛津义弘率军出击，泗川城寨又被日军夺回。明军方面之所以出此致命差错，就在于这批明军远非精锐，不习火器，“兵皆京城亡赖，素不习战，亦不擅火器；忽木杠破，药发冲起，半天俱黑，各兵一时自惊乱。倭因乘隙，从前小门杀出，直冲彭兵，皆溃走……三千，止存五六十。”
9月5日，日本“五大老”以丰臣秀吉名义，指示在朝各军，争取最体面的议和。到了10月，丰臣秀吉病死的消息传到朝鲜，日军士气顿时受挫。到了11月，日军已完全失去作战下去的信心，开始全面撤退。蔚山日军加藤清正部撤离之时，明朝陆军分道追击。
在海上，大明舰队由陈璘、邓子龙率领，偕同李舜臣联合截击日军。小西行长准备厚礼送至李舜臣营中，希望和谈，但是遭到拒绝。绝望的小西行长向友军求救，岛津义弘集结近五百艘战船，企图冲破中、朝海上防线，打通回国的海途。在露梁海域，爆发了这场战争中的最后一次大规模海战。邓子龙自为前锋，亲率三巨舰设伏，向日舰进攻。在混战之中，其他战舰误射火炮于邓子龙的战舰，邓死于异国海域。李舜臣将军率龟甲战船冲入日舰阵地，身中流弹而亡，他不准部下走漏消息，临死前将军旗交给其子代为发号施令。陈璘率舰来援，再焚日舰百余艘。
及至天亮，日军死亡人数以万计，舰船也几乎全部被击毁击沉。岛津义弘只率领五十余艘战船突围而去。小西行长侥幸逃脱。
12月上旬，日军全线后撤，日本国内也派出重兵救援，日军大部撤回日本。
明军班师回国，万历皇帝升座于午门，接受邢玠等入朝将领献上的日军俘虏六十一人。接受百官朝贺、祭告郊庙之余，大明王朝颁布“平倭诏”，宣告天下：
奉天承运皇帝，诏曰：
属者东夷小丑平秀吉，猥以下隶，敢发难端，窃据商封，役属诸岛。遂兴荐食之志，窥我内附之邦，伊歧对马之间，鲸鲵四起，乐浪玄菟�