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1931年春，蒋梦麟提出“教授治学，学生求学、职员治事、校长治校”的办学方针。根据这个方针，1932年6月公布了《国立北京大学组织大纲》，规定北大以“研究高深学术，养成专门人才，陶融健全品格”为职志。学校施行学院制，改文、理、法三科为文、理、法三学院，各学院设院长一人，由校长就教授中聘任，商承校长处理院务；各系设主任，由院长商请校长就本系教授中聘任；各系设教授、副教授若干人，必要时得聘讲师，由各院长商请校长聘任之；改教务处为课业处，改总务处为秘书处，仍设考试、图书、仪器、财务、出版、学生事业等委员会。学校设校务会议取代评议会，但其组成和职权均与评议会基本相同，实际上是一个教授会，另外原有行政会议、教务会议仍保留，职权基本不变。这样一套行政方案，强调学校事权层层分工、各司其职。如原属各院的教务杂事，现统归秘书处和课业处负责，就很轻易地改变了过去教授兼任行政冗务、不能专心治学的弊端。
为使北大恢复正常的教学和科研，蒋梦麟还扎实地为北大做了几件大事。
一是延揽新人，充实师资。蒋梦麟掌校后，很注意聘请有真才实学的教授，他对胡适等人说：“辞退旧人，我去做；选聘新人，你们去做。”他不仅礼请许多原来在北大任过教的教师回校任教，而且放手聘任一些新毕业的欧美留学生，从而为北大及时补充了新鲜血液，使之保持青春活力。
为保证教授专心教学，1931年，北大实行了教授专任制度，规定聘请教授以专任为原则。在他校兼课者，则薪金较专任者少；在他校兼课较多者，则改为讲师；并提高专任教授的待遇。同时北大改变过去教授第二年续聘后即无任期限制的办法，规定新教授初聘订约一年，续聘订约二年，在聘约期内不得中途而去；又规定教授每周授课为12学时，这就改变了20年代后期大学教授为生活所迫多在校外兼课不能专心于本校工作的状况。当时，北大有的教授走穴到外校兼课每周多达40学时以上，因无法同时兼顾，不得不用轮流在各校请假的办法来应付。有的一人担任几个学校系主任，请假缺课是常事。
二是重点建设和充实理学院。蒋梦麟认为“20世纪为科学的时代”，所以“20世纪的教育就是科学的教育”。他曾指出北大教育最大的弱点在理学院（当时许多人对此执不同看法），并预言中国10年或15年后，必有一场科学大运动发生，将来必有科学大兴的一日。因此，执掌北大之后，他就对理科的教师队伍进行了比较彻底的整顿，重新聘请全部教授。一批学有专长的学者来到北大任教，如刘树杞（皮革专家）、李四光（地质力学专家）、饶毓泰（光学专家）、张景钺（植物学专家）、孙云铸（古生物学专家）、曾昭抡（有机化学专家）、江泽涵（拓朴学专家）等，他们都堪称当时国内第一流的科学家。接着他又想方设法扩充仪器设备。他通过多方活动，争得中华文化教育基金会合作，1931年至1935年之间，该会每年向北大提供20万元法币基金，加上本校每年自筹20万元，都用来添置仪器设备。经过几年努力，地质系、物理系、化学系、生物系、心理系都建成了和一所现代化大学相匹配的实验室和仪器设备。
北大地质系一向人才济济，蒋梦麟时代的实验设备更是全国一流，设置了矿物学实验室、古生物学实验室、矿物岩石光学实验室、岩石分析室、选矿实习室等，并修建了地质学馆，开辟了地质陈列室和研究室。
物理系原来仅有一间实验室兼仪器室，设备差，精确实验无法进行，数据只得抄书本。经过几年努力，北大物理系成为国内同类专业中设备较齐全的一个系，有普通和专门物理实验室5所，光学实验室3所，电振动、应用电学和放射物X光线实验室各一所，以及研究室、机器房和物理特备教室等。生物系的动植物标本室亦是国内一流的。
三是完善教学科研制度。1932年12月，北大公布《国立大学学则》，规定本科各系修业年限为4年，每学年至少上课28星期以上，取消1919年以来实行的课程单位制，实行学分制，每个学生至少要修满132学分方可毕业。各系的必修和选修课都有一定比例，所有一年级新生入学后必先修共同科目，同时选修将要转入系科的有关课程，经一年学习，然后才正式成为有关学系的学生。学校还提出本校学生必须人人掌握一种外国文字，能看、能写、能说，凡入国文系者必须外文成绩好。入外国文学系者，必须国文有根底。学则还规定了学生成绩计算办法，学生缺课、补考、留级、退学的管理办法。
1932年研究院正式成立，蒋梦麟兼院长，分三部，原研究所国学门改为文史部，增设自然科学和社会科学两部。10月，研究院第一次录取新生25名（文史12名、自然科学3名、社会科学10名）。1934年6月，北大修改研究院规程，将三部又改为文科、理科、法科三个研究所。这时研究院开始走上正规化，有入学考试、论文答辨、学位授予等。
总之，在蒋梦麟掌校时期，北大从军阀蹂躏的混乱中恢复过来，教学和科研都走上了正常轨道，并在许多方面比20年代有所发展。正如胡适所说：他（指蒋梦麟）是一个理想的校长，有魄力，有担当……这个时期，北大的学风和精神继续得到积淀和发扬，沙滩、马神庙、北河沿一带，仍然是全国学子心中向往的地方。
2。校长冏事：跑大街，讨经费
历史的车轮轰轰隆隆地碾进20世纪二三十年代，正如鲁迅诗中所言，那是一段“梦里依稀慈母泪，城头变幻大王旗”的岁月。有枪便是草头王，军阀割据，战乱频仍。社会动荡不安，人民流离失所，到处只闻啼饥号寒，触目可见饿殍遍野。政权走马灯似地更迭，人们的基本生活尚且得不到保障，更遑论拿巨额经费去办教育！刚刚从初生的阵疼中成长起来还显得有些孱弱的北京大学又几度面临解体停办之虞。但毕竟经历过五四新文化运动的战斗洗礼，北大已经有了一定的免疫力，生命力也更加顽强。再加上有蒋梦麟这样一个掌舵人，它不但在痛苦的挣扎中挺了过来，而且还更进一步发展壮大。
蒋梦麟无论是在20世纪20年代代理北大校长，当北大总务长，还是30年代正式就任北大校长，其实都没有过上几天安稳日子。20年代北大在北洋政府腐败的政治漩涡中挣扎，学潮、欠薪、政府对教育的干涉等，都要北大校长出头去应对协调，多数情况下，矛盾双方形似冰炭，斗争尖锐激烈，不可调和，真搞得人唇枯舌焦、头秃额烂。30年代初期的北大，更是经过张作霖奉系军阀和初期南京政府反复折腾过的烂摊子，蒋梦麟临乱受命，勉力恢复，实在是功不可没。
五四运动后，北洋政府一面忙于军阀混战，另一方面对五四时期大出风头的高等学校变换着法子折磨，其中最常见的是欠薪。我把你饿得饥肠辘辘，衣带渐宽，枯瘦如柴，看你还有没有闲工夫动不动就到政府门前请愿到大街上游行。在这种情况下，北大的“大管家”蒋梦麟之狼狈可想而知。
1920年9月，蒋梦麟在北京大学全体大会上说：“本校最困难之问题，为校款不能按期领到。因经费不按时来，实行预算甚为困难。移甲补乙，移乙补丙……去年有一个建筑公司，我们欠他一笔巨款，屡次向我们来讨，我们因为没钱，只好搪塞过去。将到中秋节的时候，他们到我的家里来讨，每天来一次。到了中秋节，我就逃到西山去，不敢见他们。”
1922年12月17日，本是北大成立25周年纪念日，北大学生干事筹备大庆，蒋梦麟因北大校方囊中羞涩，不得不写信给学生泼冷水：“政府视教育如无物，经费积欠已九阅月余，学校势将破产。机关之日常生活，尚虞不给；教职员勉力维持，已久苦枵腹；庆祝事项，在在需款，将从何出？”
他在信中又说：“学校之唯一生命在学术事业，近年经费困难，不特曩所拟议，如图书馆、大会堂等大建设，不能实现；即添购图书、仪器等一切关于同学修学方面之设备，均无从发展。故今年之大庆祝，理宜展缓……现在国立八校，以经费无着，事将关门；本校虽赖教职同人，困苦维持，而来日大艰，正自难言。故不特无举大庆祝之经济能力，实亦无庆祝之可言。”
作为代校长，值此全校同乐、皆大欢喜之时，不得不给学生泼冷水，实在是校长脸上无光之事。蒋梦麟处境之困窘，可想而知。
1923年北大开学典礼，蒋梦麟讲话说：“学校在这种政治和经济的关系之下，竟能如期开学，是同人精神奋斗的结果。至于物质方面，可说已到了山穷水尽的地步……政府里积欠了我们8个月的经费，计有50余万，此外学校里还垫出了17万余。两项共计70余万，差不多一年的经费没有了，所以去年开学时我们说过要建筑大会堂和图书馆的计划都成了泡影。同人数月来终日奔走经费的事，忙得不得了，几乎天天在街上跑。”因为经费有限，招生人数大大削减，1923年报考北大的近3000人，最后只招了160余人。外界对北大也有各种责难。有人竟谣传要放火点了北大第一院，为防备起见，蒋梦麟决定把行政各机关移到易于防范的第二院去。
1923年11月蒋梦麟给胡适写信说：“我现在忙得‘不亦乐乎’，有几分厌倦。教育部无人负责，他校大都不死不活。京师教育事务，我首当其冲，简直是大学校长而兼教育总长。我现在买了一架汽车，天天在街上跑，真是和gasoline（汽车）有仇。”
万般无奈情况下，蒋梦麟也没有当逃兵，而是