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阎锡山和温寿泉当选都督和副都督后，立即召集重要的同盟会员和起义有功人员，研究当前应该解决的最为紧迫的问题。大家一致认为应该首先扩充武装力量，光复全省；尤应派兵防堵清军的反扑。于是，决定在都督之下成立4个标，以张煌、苗文华、刘汉卿、张瑜分任1至4标标统；并以姚以价为东路军总司令，赵戴文为参谋长，率张煌第1标前往娘子关，防堵清军进攻，并令姚部于当日下午出发。
据阎锡山回忆：
虽然在我举义之次日，清廷即下诏罪己，准许革命党人依法组党，但有识者皆知此不过缓和革命欺骗世人的手法，并非真心悔祸，为中国的前途计，必须彻底摧毁清廷的统治。我虽然向军民宣布先求固守，然我的内心中总认为山西在崇山峻岭之中，对清廷影响尚小，顶好是出兵直隶（今河北）正定，一方面可堵住山西的门户，一方面可断绝平汉路的交通。惟感力量不够，又不敢轻作尝试，于是仅先移师一部进驻娘子关，视清廷对我行动，再作攻守之计 。
同时阎锡山还决定以张瑜为北路军总司令，率部北上攻占雁门关并向大同进军；以刘汉卿为南路军总司令，南下河东，光复平阳、运城。
在南北两路民军出发之前，为了兵不血刃，和平解决光复问题，又决定派太平县（汾城）举人董桂萼赴南路进行招抚，派李苑林、胡行赴北路进行招抚（李、胡后被清军杀害于雁门关关沟）。
以阎为首的军政府还决定年号仿武昌用黄帝纪元，行文记事均用四千六百零九年，军政府门前悬挂“八卦太极图”白旗。
之后，阎又以杨彭龄为敢死军司令，派人到各地主要是洪赵一带招募新兵，扩充武装力量。
二、山西光复 布告安民（1）
山西军政府的成立，无疑是辛亥革命史上的一件大事，理当受到山西人民的庆贺。但以阎锡山为首的山西同盟会领导人忙于对付清兵和光复三晋大举，却对太原城的卫戍任务未作认真的研究和布置，以致就在军政府成立的同时，藩库和一些有名气的商号、金店被一些兵痞抢劫一空。
参加抢劫的主要是被打散了的巡防队，其次是拟进行反革命复辟的第86标第3营官兵。当第3营营长熊国斌被毙后，部分士兵散漫于街头，参加了抢劫。太原起义后，先由张煌派鲍吉庆排长把守官钱局和藩库，之后，骑兵营管带马开崧命令左队队官崔俊率部守卫藩库。据当时担任守卫任务的骑兵营左队排长张剑南说：
我看见新南门街上，许多士兵在商号和老百姓家里出出进进抢劫财物，不少士兵携带抢来的财物要经过新南门出城，我命令守卫士兵拦阻查询，那些抢劫人的士兵一拥而上，怒目相向。守卫士兵看见他们人多势众，不敢拦阻。……这时候我看出我排士兵看见别的士兵抢劫财物，由羡慕而眼红，他们就要离开岗位去参加抢劫行列。我想我到职刚刚五天，与士兵不熟悉，不能强行阻止，只好婉言相劝。我后来到纯阳宫去喝水，返回新南门时，我排守卫新南门的士兵都不见了，原来他们乘我走后都抢劫去了。我只身回到营盘，看见士兵们抢回的东西很多。还有士兵在厨房里炉火上坐铁锅，熔化他们抢劫来的妇女银首饰。
到了晚上，乱兵进而放火烧了藩库。接着，“钱商、银号、票庄所在之街如麻市街、活牛市、通顺巷、大中市等处均遭放火抢劫。”城内火光冲天，枪声不绝。张剑南回忆说：“我回到住房内，一夜未睡好觉，只听见人喊声、枪弹声、犬吠声、火爆声，声声震耳，城内放火抢劫一夜未停。我不时出屋瞭望，看见城内一片火海。”
直到“革命起义之次日，阎锡山才委派马开崧（一说张培颖，一说温寿泉）负责维护太原城秩序，派出的武装部队背着大令箭在街上巡查，阎锡山授权给他们，可以就地处决抢劫犯。一共处决了十几个人，太原城秩序逐渐安定下来。”
据张树帜回忆：
下午一钟，树帜外出，刻就都督关防。一切办事人员移居抚署。嗣副都督温寿泉率张树帜、马子乔看守藩库，并未携带枪械兵士。不料甫至藩署，巡防队勾串陆军巡警数百人，已入库抢掠，寿泉等止之不得，因下令有看守银库者，每兵赏银一百，不听；复下令每兵赏银二百，仍不听；再下令有能将抢掠者击退，将库银全行赏给。兵士不服其令，举枪即击，寿泉等由间道回都督府，随即到谘议局商办善后事宜。午后八时都督旋八十六标二营，即前标本部原寓所。奈八十五标三营管带熊国斌，未奉军令，私带该营军队排立二营西墙下，假月影以掩其迹，意在暗刺都督，恢复清政府。伺都督旋营，该管带以要事谒见，甫晤面即出手枪。都督窥其诡谋，猝然伏地，幸未中弹。都督护兵立即枪毙该管带。国斌死，另委管带统其兵。时有土匪多人勾串巡防队并客籍恶徒，沿街抢掠放火。都督云：此等乱兵，声势汹涌，出为弹压，必敢抗拒，须以重兵攻击，庶不难于扑灭。时至十二钟，火焰愈炽。
初九日上午一钟，都督一面派重兵弹压街面，一面与张树帜亲往外国医院，恐外人遇害，欲邀至谘议局妥为保护。行至半途，二营管带张瑜、二营右队司务长周尧宽率两棚兵士，尾随都督护卫之。先是都督令在省外人苏牧师、海大夫等聚集医院，派兵严护。及至医院与该牧师等晤面，询其惧否？如惧则请到谘议局暂寓。牧师言：民军不与我辈为难，若土匪则易于抵制，以不去为辞。都督出医院后，沿街巡查，见抢掠者即杀之。有正兵以军装库已被抢掠焚烧，及至军装库检阅，已失十之*，无可补救。仍到街面逡巡，直至天曙，共计杀伤二百余人。嗣又齐到谘议局，欲与杜上化商拟维持街面办法，适上化外出，树帜与陈子达、常裕至各学堂，请学生站岗弹压，时已上午九时，市面抢者敛迹。
二、山西光复 布告安民（2）
10月29日一夜的放火抢劫，太原中心商街陷于一片混乱。各家各户紧闭院门，各学堂的教员和学生，距省城比较近的，有的连夜跑回家里。到了10月30日（辛亥年九月初九）黎明，军队上街捕杀抢劫的人，城门口的军警开始不让那些带衣物的人出城了。
正如张树帜所说，对维持社会秩序，学生也起了一些作用。据当时目击者张晟回忆：
在混乱中，农林学堂的学生举出代表三人赴军政府请愿，找见赵戴文、孟步云、徐一清等，提出召集各校师生协助制止焚抢的办法。军政府接受了这个意见，传集各学堂派人到咨议局一会，不料各教职员中，敢提意见的绝少，结果另组织了一个学生自治团体——省城学生联合会，推山西大学堂学生万宗藻、山西农林学堂学生李登瀛为全权总代表，各学堂又自举本学堂代表各二人，协助两总代表承办会中一切事宜，立即着手整顿各学堂伙食，分发学生武装枪弹，临晚即传下巡逻口令，分别到各街站岗，或巡视全街。从此，再没有焚抢事件。以后，白天开会讨论，夜间站岗，习以为常。
这时，军政府乃出布告安民。其文曰：
照得本军起义，恢复大汉江山；
省垣一朝平定，各县早已均安。
省外府厅州县，诚恐不免讹传；
土匪乘机抢劫，业经举办民团；
所有村乡市镇，一律保护安全。
凡尔士商民等，切勿误听谣言；
应当各安生业，得以地方为先。
要知本军此举，实与种族有关；
倘敢立意反对，兵到万难瓦全。
都督 阎锡山
黄帝纪元四千六百零九年
经过几天的整顿，到11月上旬，秩序完全恢复正常。在北京的同盟会员景梅九等人也应邀回到太原。阎锡山于是命令孔繁霨、仇亮和景梅九等商议正式成立都督府的办事机构。他们取法湖北军政府的组织，成立军政、参谋等部，并确定了各部负责人。其机构和人选为：
军政部：部长温寿泉（兼） 副部长马开崧
参谋部：部长黄国梁 副部长孔繁
军令部：部长常 樾
政事部：部长景定成（梅九）
财政部：部长曾纪钢 副部长徐一清
外交部：部长乔义生 副部长李成林
大汉银行：行长徐一清（兼）
参议部：总参议杜上化
不久，山西军政府的机关报《山西民报》就出版了，由安邑张起凤（字翙之）任报馆馆长，由阮尚贤（鼎南）任主笔，薛笃弼任编辑。该报社论均出自阮尚贤之手。 一出版，即登载《山西讨满洲檄文》，各界人士争相传阅，读诵一时。文中历数清廷罪恶，号召“凡我同胞，速举义旗，光复旧物”，并说“倘有助桀为虐，杀之勿赦，檄到如律令！”
秩序安定以后，太原街头渐渐恢复生气。军政府招募和操练新兵，一派激昂慷慨的气氛。起义城乡，军民开始歌唱颂扬辛亥革命的歌曲：
中华开国四千有余年，神武玄元自古传，创造指南车，勘定蚩尤乱，世界文明唯有我先；
我武维扬共和民国建，五色国旗遍三关，放开杀人心，抖起英雄胆，不翦仇虏誓不生还。
在安定秩序中起了重要作用的学生巡逻队，后来因与某奸绅发生争执，此绅便要求阎锡山收缴枪械，将他们予以解散。同盟会员张起凤（翙之）、高祯臣、荣炳（子文）、景梅九、郭朗清等闻之，极力反对，遂倡议组织学生军。阎应允。“学生团代表韩忠极力赞成，学生中之铮铮者，亦愿投身军界，誓死从戎，即集合各学堂学生编制成军，因志在敢死，故属之敢死军协司令部节制。公举王仁泽任管带，孔庚（文掀）、何遂（叙甫）、刘越西、倪普香任教练，刘俊英充督队长，支应遴充第一队长，郭振淮充第二队长，韩忠充副官。共学生�