会上，续范亭发言谈到，晋西北一带的青年抗战极度热心，应当支持而不应怀疑他们。“不要怕人左，不应以左的口号，排斥了成千上万热心参加抗战的青年”。
阎锡山听后，深为不满地说：“在人类生存上，我们应求人类生存上的十五月亮，不要上旬月亮的不及方面之右，也不要下旬月亮［的］过方面之左。今日中国，我们应该在‘抗战到复兴’上求十五的月亮，不要上旬或下旬之右或左。抗战是手段，复兴是目的，求抗战的十五月亮，更进一步求复兴的十五月亮。……故只言抗战而忽视复兴者，纵然幸而抗战得胜，免今日之亡国，而未来之国难正多且大，必难免十年二十年后之亡国惨痛也。”而且，阎锡山还说：“今日中国，有以抗战来统一者（指国民党），有以抗战求发展者（指共产党），等而下之，尽是以抗战争权夺利耳。我们应该以抗战求复兴，以抗战建设新中国。”
会上，阎锡山首先有意识地提出一些敏感问题，引起新旧两派争论，然后借此给牺盟会和新军施加压力。一次小会上，阎锡山对牺盟会和新军负责人说：“如果共产党投降了日本，我们该怎么办？”他们当即回答：“共产党不会投降日本，我们不必考虑这方面的问题。”阎锡山便在大会上若有所指地说：“现在，明明白白天要下大雨，应该准备雨伞，可就是有些人硬说不下雨。我们应该准备的事就应该抓紧准备。我最讨厌那些沽名钓誉的人。害了他自己，还要害别人。”
在阎锡山的支持下，薄右丞在会上公开叫嚷：“牺盟会、决死队中成分复杂（指有共产党），靠不住”。当即遭到牺盟会和新军干部的反驳。之后，薄右丞、王靖国等组织地主豪绅代表团到秋林，向阎锡山跪求、哭诉，要求取消牺盟会、决死队和各抗日救国团体，取消抗战初期阎锡山颁布的武装群众、组织群众、合理负担等一系列进步法令。
阎锡山便以此为借口，策划取消牺盟会和决死队。他首先“手谕牺盟会暂停发展，各行政专员权力予以缩小，不准再自由委派县长，各行政区派保安副司令，遴选正规军团长充任，负责指挥及训练各行政区保安队，减少各专员之军权”。
为了进一步限制与剥夺牺盟会专员、县长的权力，阎锡山在会上通过行政手段规定：“县长、公安局长由省政府训练任免。遇情况紧急，不易到达时，也要就合格人员中推荐请省政府委用。专员对县长、公安局长，只准列举事实，呈请省政府撤换。各县秘书、科长、区长、巡官，专县只能派代，请省政府核委”。这就从人事任免方面将牺盟会专员、县长的权力收归省政府，从而达到剥夺其权力的目的。
在抑制新军、牺盟会的同时，阎锡山公开扶植旧军。在一次会议上，他说：“我昨天晚上作了一个梦，梦见一个人对我说：你不要看不起你过去用过的那个破车，那个破车可以把你拉到目的地，只是慢一点而已。你不要相信你现在用的那个新车，这个车可以跑得快，但也可以把你翻倒在地。” 这里的破车、新车，不言而喻是指旧军和新军。“梦”言下之意是说，抗战以来尽管依靠新军、牺盟会，使二战区抗战工作搞得颇有特色与成绩，被誉为模范战区，但是，“新车”跑得快了，往往会有危险。相比之下，还是依靠自己当年培植起来的旧军保险，虽然这辆“车”已破旧，速度缓慢，但是，经过精修，依然可以驾驶。据此，阎锡山决定弃“新”图“旧”，提拔重用一些重要旧军官，如将王靖国、陈长捷、赵承绶、孙楚提升为集团军总司令。
三、扶旧抑新（7）
除此之外，阎锡山在会上还通过了“严格执行纪律”“整饬纪律实行制裁”两案，规定“对决议与根据决议案所下达的命令不彻底奉行”与“不能依预定期限完成计划而又不预先声明理由者，以贻误论罪”。“在职公务员不准托故弃职离开战区，有名义在外无职务，一律调回，速令不返久假不归予以撤职”。并派出“执法巡视团”到各区、县巡回考查，以加强其政治统治。
为了监视各基层的抗日活动，阎锡山特颁发了“山西省分区视察方法”。规定：“县区机关团体，如有特殊工作计划和办法，都要抄给视察员参证。”“视察员得列席关于行政设施的重要会议。”阎锡山还担心视察员靠不住，又以第二战区司令长官部和山西省政府联署的名义，制定“山西省军政实察办法”，名之曰“复式考察”。该办法规定：每区（专区）派实察专员军、政、民各一人”，“接受军政人员违法、失职或不当之处分的呈诉”。而且还规定“秘密的事亲自见我（阎）面陈”。这些“视察员”“实察专员”权势很大，是阎锡山派往各地的耳目，目的在于了解牺盟会等抗日团体的活动。
阎锡山虽公开扶旧抑新，但是，口头上仍声称：“蒋介石*，我们不反。只要我们把山西搞成山西人的山西就行了。” 言外之意，就是把山西搞成阎锡山的一统天下。
由此可见，秋林会议是阎锡山对内对外政策的转折点，由抗战初期的联共抗日，转向防共、和日，重点在于防范共产党，加强军政统治。因此，这次会议也就成为阎锡山准备进攻新军消灭决死队，取消战动总会、牺盟会，策应蒋介石第一次*高潮的动员会。
阎锡山自感此次会议虽“费时至多”，但“收获亦属不少”。通过这次会议“决定基础及效用工作，以训练万能作到统一认识；以纪律万能作到统一行动。取消政委、专员兼保安司令，总司令不兼军长。军队则统一编制，统一训练，统一待遇，完成30万团力的铁军。”对于取消新军政委制，阎锡山也明知：“与新军进步虽不免有所损失”，但是，为了防范共产党势力的发展，哪里还顾及新军的发展呢？
因此，薄一波在1939年10月就分析道：
确实的和平妥协的阴云不是今天才有的，在秋林会议时汪精卫叛党卖国，山西的顽固分子就蠢蠢思动，就进攻进步的力量。他们企图把秋林会议变成一个不流血的政变，企图在这个会议上“和平”地取消决死队、牺盟会，“收复”晋东北、晋东南、晋西、晋西北这些抗日根据地，所以秋林会议就变成一个新旧力量斗争的会议。
杨献珍在1940年1月也撰文认为：
在中国这种半殖民地半封建的国度中，地主资产阶级，在某种一定时期，可能表现某些有限的进步。山西的进步本来就是在限制中发展的，而到秋林会议时期，山西的进步已经达到了它的最高限度而开始下降了。在那时还是想用会议方式把整个山西拉上和平妥协道路。会议所讨论的就是如何反团结、反进步、反*、反抗战等问题，具体地动用了所谓“二的哲学”，有计划地制造内部摩擦——制造新军系统中的内部摩擦，制造行政系统中的内部摩擦，制造*系统中的内部摩擦。有识者早知山西将从此多事了！秋林会议在反动派的把持下，事实上变成了一个亡国灭种的会议。
三、扶旧抑新（8）
秋林会议之后，山西呈现出“山雨欲来风满楼”的局面。
打击进步势力
阎锡山长期割据一方、拥兵自卫，处处以其“自存”和“自固”为出发点。全面抗战爆发之后，在日军大军压境的情况下，他能够联共、拥蒋，积极抗日，使第二战区一度呈现出团结抗战的局面，在某种意义上也是为了“自存”和“自固”。但是，1938年2月临汾失陷后，“阎锡山看共产党的影响迅速扩大，广大群众发动起来了，新军、牺盟会逐渐形成独立力量，他不把这些看成是好事，而是认为超越了他所许可的范围，他感到控制不了了。于是，他下决心要取消决死队、牺盟会以及战地总动员委员会和各进步群众团体。他从当年2月的临汾会议开始，一步步地走下坡路。” 即在不公开放弃“联共抗日”的口号下，由暗中限制逐步发展为公开打击各种进步势力。
首先，暗中限制进步势力。第一次古贤会议后，阎锡山借调整行政区划之机，委任旧派陈兴邦、尚因培为第八、九专署专员，有意识地缩小新派势力的活动范围与权力。1939年8月，他从宋劭文的第一专区分割出灵丘、广灵、浑源、应县、山阴、大同、阳高、天镇等县，组成第十专区，委旧派白志沂为专员兼保安司令。从杨集贤的第二专区割出新派基层势力较强的河曲、保德、偏关、五寨、平鲁、神池、左云、右玉等8县，组成第十一专区，由杨集贤任专员兼保安司令。另委郭挺一为第二专区专员兼保安司令。
不久，阎锡山又在行政专区之上特设4个“省政府行署”，派其亲信将领为行署主任。第一行署辖晋东北区第一、十专区17个县，驻五台，由第13集团军总司令王靖国兼主任（因王不愿赴任，改为杨澄源）；第二行署辖晋西北第二、四、八、十一专区30个县，驻兴县，由第7集团军总司令赵承绶兼主任；第三行署辖晋东南第三、五、七专区34个县，驻阳城，由第8集团军总司令孙楚兼主任；第四行署辖晋西南第六、九专区22个县，驻吉县桑峨，由第6集团军总司令陈长捷兼主任。这4位行署主任可代行阎锡山的职权，目的在于加强对辖区的控制。在行署之下，阎锡山又根据全省人口、面积及位置的重要程度，划分若干“作战师管区”，每个师管区派若干团驻扎。在师管区内实行军事统治一切，师长兼专员，团长兼县长，将军、政、民大权，全集中于阎的旧军人手中。阎锡山认为这样“不但有利于现在的抗战，而且有利于将来的复兴”。
秋林会议后，阎锡山还向决死队、牺盟会控制的地区派遣“政治突击队”“敌区工作团”“精建会”等，进行侦察、捣乱、破坏活动，并且阎锡山要他们不惜作蛇蝎蚰蜒。一时山西蛇蝎蚰蜒遍地，四处制造