如先前讨论过的，肝胆结石能导致血管系统的功能下降。当血液经受改变并变得过于浓稠，血管会开始硬化并受到破坏。如果在受伤的动脉中形成血凝块，一块血凝块（血栓）可能会嵌入离伤口较远的小动脉中并阻碍血液流动，引起局部缺血和梗塞。在脑动脉中发生的梗塞，称为脑中风。
所有循环系统的干扰因素都会对脑组织及神经系统的其他部分造成影响。肝功能的破坏尤其会对星形细胞—组成中央神经系统主要支持组织的细胞产生影响。这种情况出现以神气呆滞、定向障碍、脑雾、精神错乱、肌肉僵直和昏迷为特点。含氮的细菌废物在结肠里被吸收，没有经过肝脏的消毒，可经由血到达脑细胞中。其他像氨这样的新陈代谢废物，可能达到毒性浓度并改变脑血管的渗透性，如此便减低了脑血屏障作用。这可能允许不同的有害物质进入脑组织内并引起进一步的损害。如果大量脑神经细胞不再接收到充足的营养，会引起神经组织的萎缩，导致痴呆症或老人痴呆症的发生。当一种负责产生脑激素及脑神经递质多巴胺的特定神经细胞营养不良，将会发生帕金森氏症。反复的暴露在外环境或内环境中产生的毒素物质中也负有一定的责任。
多发性硬化（MS）发生在，当制造髓鞘脂（一种在大多数神经细胞轴突周围的脂肪鞘）的细胞遭受营养不良和淋巴液不足时。髓鞘脂减少时，神经细胞轴突会受到伤害。MS患者总是会受到进行性加重的大肠阻塞；这阻碍了营养的适当吸收。清洗排泄器官并改善营养是阻止及逆转MS的最有力方法之一。
肝脏控制全身脂肪的消化、吸收和新陈代谢。胆结石妨碍脂肪的新陈代谢并影响血液里的胆固醇水平。胆固醇是我们全身细胞的重要组成部分且每一个新陈代谢的过程都需要它的参与。我们的脑组织中由超过10％的纯胆固醇组成（脱水时）。胆固醇对脑发育和脑功能来说非常重要。它保护神经免于损伤或侵害。血液中的脂肪不平衡能够深深地影响神经系统，并因此而引起几乎机体中任何类型的疾病。清除肝脏和胆囊里的胆结石可改善所有细胞的营养供应，如此便能使神经系统恢复年轻并且增进机体的所有功能。
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骨功能障碍（1）
虽然骨是身体中最硬的组织，但它的活动却非常活跃。人的骨由以下物质组成：20％的水份；30—40％的有机物，如活细胞；和40…50％无机物，如钙质。骨组织含有许多血管、淋巴管和神经。负责平衡骨骼生长的细胞是骨母细胞和破骨细胞。骨母细胞是成骨细胞，然而破骨细胞是负责吸收骨质以使其维持最适宜的形状。第三组细胞，被称作软骨细胞，负责软骨的形成。骨质比较不密集的那部分，称为松质骨，含有产生红细胞及白细胞的红骨髓。
多数的骨疾病发生于骨细胞不再接收到充足的营养时。肝胆结石通常会导致肠道的淋巴受阻，接着在机体其他部分也出现阻塞现象。骨健康是骨母细胞和破骨细胞功能持续平衡的结果。当营养供应不足及骨母细胞的制造新骨组织的速度减慢会破坏这个细微的平衡。骨质疏松症就是因为新骨生长速度赶不上旧骨的破坏速度导致骨质减少的后果。松骨质通常比密质骨更早受到影响。密质骨构成骨的外层部分。
在普遍的骨质疏松症中，骨中多余的钙质被重吸收，因此血液和尿液中的钙含量增加。这可能使人体内更容易形成肾结石，可能还会导致肾衰竭。肝胆结石实质减少了胆汁的产生。胆汁是在小肠中吸收钙质必不可少的物质。即使机体接收到的超过足量的含钙食物或食品增补剂，但胆汁不足会使许多被摄取的钙变成对于生成骨细胞和其他重要的新陈代谢过程来说无用的物质。另外，肝胆结石还让血液里的有害酸性物质含量增多，其中一些是被骨和牙齿滤出的钙质中和的（类似的事发生于，当一个人饮用牛乳一样。为了中和摄入的牛乳辊高浓度的磷，机体利用的不只是牛乳中的钙，还有骨和牙齿的钙质）。
最后，机体的钙储备大大地减少，骨密度或骨质减少。这可能会导致骨头和髋骨骨折甚至死亡。几乎超过50岁以上的女性一半以上都受到骨质疏松症的影响（即使只有在工业化国家），很明显现在服食的激素或钙补及品是黑暗中的明灯，但这些方法并没有解决胆结石使胆汁减少导致的肝脏及胆囊的功能失调。
佝偻病和骨软化都是骨钙化受到影响而产生的疾病。处于其中任何一种疾病中，骨会变软，尤其是受力于身体体重的下肢骨。脂溶性维生素D、骨化醇，对钙的平衡及磷的新陈代谢，也就是骨结构健康非常重要。胆汁分泌不足和胆固醇的新陈代谢被干扰，两者都是由肝胆结石所引起的，导致维生素D缺乏。缺乏充分的日晒更进一步令这些情况恶化。
当机体和骨头中的淋巴受阻，尤其是达到到极端的程度，可能会使机体发生骨恶性肿瘤。结果，免疫系统功能衰退，乳房、肺或前列腺中的恶性肿瘤可能会转移到更容易阻塞和酸化的骨质最软的部位，也就是骨松质。骨癌和所有其他骨组织疾病的发生都表明了骨组织营养缺乏。这样的疾病通常都会抵抗治疗，除非所有肝胆结石被移除及排泄系统器官中存在的所有阻塞全部被清除才能使治疗发挥效用。
关节功能障碍
我们机体具有三种类型的关节：纤维性的或固定关节、软骨的或微调关节、滑液囊的或自由活动关节。最易受疾病影响的是手、足、膝盖、肩、肘和髋部的关节。类风湿性关节炎、骨关节炎和痛风是最常见的关节病变。 电子书 分享网站
骨功能障碍（2）
患类风湿性关节炎的大多数人都有漫长的肠道疾病病史：发胀、胃气胀、胃灼热、打嗝、便秘、腹泻、畏寒和手脚颤抖、多汗、全身疲劳、食欲不振、体重减少和更多的症状。它是合理的，因此，可以推断类风湿性关节炎与其中任何一个有关，或与主要肠道阻塞和新陈代谢被扰乱有类似的症状。我本人在孩童时期患幼年型类风湿性关节炎的时候经历过上述所有的症状。
胃肠道不断地遭受大量病毒、细菌、和寄生虫的攻击。除了包含在食物里的大量抗原外（外来物），消化系统也必须处理杀虫剂、杀菌剂、激素、抗生素残留物、防腐剂和今天被包含现在很多食品都含有的色素，以及一些药物大分子，如盘尼西林。这些抗原可能包括花粉、植物、植物抗体、真菌、细菌及其他类似的东西。这是主要分布在肠壁上的免疫系统的任务，使我们免于受到这些潜在有害的入侵者和物质的伤害。为了能够每天履行这个任务，消化系统和淋巴系统一定保持不受阻碍和有效率地运行。肝胆结石严重地阻碍了消化进程，如上所述，使血液和淋巴液含有过多的有毒物质。
医生视关节炎视为一种感染滑膜的自体免疫性疾病。自体免疫，是免疫系统对它自己的细胞产生免疫反应，结果在血液中形成抗原/抗体复合物（类风湿因子）。自然地，肠壁中的B淋巴细胞（免疫细胞）接触到这些抗原时被刺激并产生抗体（免疫球蛋白）。免疫细胞在血液中循环，有一些安顿在淋巴结、脾、唾液腺黏膜、支气管淋巴系统、阴道或子宫，乳房中产乳的乳腺和关节囊里。
如果反复地暴露在同一种毒性抗原中，抗体的数量会急剧地增加，特别是在免疫细胞前一次遇到入侵物质时安顿的区域。举例来说，这些有害抗原可能是来自于腐败的动物源食物中的蛋白质。有这种情况下，会发生激烈的微生物活动。每一次接触到抗原都会使抗原/抗体复合物的水平上升，扰乱在免疫反应的发生及抵制间细微的平衡。自体免疫性疾病的发生，表明机体中的毒性达到极高的程度，平衡被打乱的直接结果。如果关节囊里继续产生高水平的抗体，炎症会发展为慢性，导致缺陷、疼痛和功能丧失。
免疫系统的过度使用会导致机体自毁。如果自毁发生在神经组织中，它被称作为多发性硬化症，而发生在器官组织中，则称作癌症。然而，从更长远的角度来看，自毁其实是自救的最后尝试。机体攻击自己是因为当体内的毒性增加到一定的程度会造成比自身免疫反应更大的伤害。毫无疑问它并没有自杀的意图，它只是自身免疫性疾病的一种。当机体细胞膜与外界的、有害的化学药品和像反式脂肪酸这样的毒性粒子（如在速食食品，像汉堡和薯条中所发现的）凝结在一起，免疫系统攻击这些污染物完全是正常的反应。把这些自救反应称为疾病是不科学的，还反映了对人体本质缺乏认识。
胆结石能够阻止机体保持它自身接收营养及自我清洁的能力，这让它们成为了产生毒性的主要原因。他们阻止肝脏从血流里清除有害物质。如果肝脏不能够过滤出血液中的毒素，这些毒素最后进入细胞外液内。随着越来越多的毒素在细胞外液中堆积，细胞膜被有害物质阻塞程度日益严重。免疫系统必须破坏那些最严重的污染物来拯救身体的其它部分，至少是在一段时间内。当所有胆结石从肝脏和胆囊中被移除时，免疫系统就没有必要采取在细胞水平上保护机体这么极端的方法。
骨功能障碍（3）
骨关节炎是一种退化的、非炎性疾病。这种疾病发生在当关节软骨（在与其他骨相连结处覆盖在关节表面平滑坚固的骨性组织）的更新速度跟不上移除速度的时候。关节软骨逐渐地变薄，直到最后，骨间关节面直接接触，骨头会开始退化。这种破坏会带来不正常的骨修复和慢性的炎症。像大部分疾病一样，这个症状起因于长期的消化功能障碍。因为吸收并分配到组织的营养物质变少，骨和关节软骨获取养份越来越困难。肝胆结石阻碍基础消化进程，因此，它在骨关节炎的发展当中可能扮演