笔者认为，毛泽东的诀窍除前面讲的加强思想建设，用宗旨凝聚军心外，再就是独具特色的组织建设。从组织建设的角度看，毛泽东没有使用现代管理学关于直线型、职能型、矩阵型、网络型的思考模式，而是从上到下，设置了两套管理系统：一套是行政指挥系统，这方面与其他组织没有明显区别；另一套是党的工作系统，即从中央军委到大军区、军、师、团以上单位各级党委，再到营一级的基层党委、连队党支部，最后到排有党小组，班有党员。形象地说，毛泽东领导下的军队实行的是一种复式管理结构，即在正式组织机构上附加了一层信仰组织。这是毛泽东组织理论最大的特点，是以往管理理论未曾注意并加以研究的地方。毛泽东管理军队的秘密，就在这两套系统及其职能、作用的发挥上。具体说，就是通过坚持一项根本原则，落实三项制度，发挥三个作用，来解决组织设置中活力与控制这一基本矛盾。
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“我们的原则是党指挥枪”（1）
毛泽东明确提出：“我们的原则是党指挥枪，而绝不允许枪指挥党。”并重申了“个人服从组织，少数服从多数，下级服从上级，全党服从中央”的组织原则和纪律。
党对军队绝对领导的原则及其相关制度，在管理理论上是一种创新。
坚持党对军队绝对领导的原则对我军的发展壮大有深远意义。这一举措彻底解决了近代以来“兵为将有”的问题，保证了军权始终掌握在党组织手中，使军队不再成为个别人谋取私利的工具。从红军时代的龚楚、孔荷宠，到抗战时期的张国焘、何畏，一直到“文化大革命”中的林彪，离队、叛逃的情况屡有发生。可他们至多只能带走身边的少数亲信，根本无法控制整个部队。这都是因为“党指挥枪的原则”发挥了作用。
所谓一项根本原则就是党指挥枪的原则。这是我军建设的根本原则。毛泽东等老一辈无产阶级革命家充分汲取旧中国军阀混战的教训，自创建军队之日起，就将我军的性质确定为共产党绝对领导下的人民军队。军队的性质决定了党与军队的关系。无论是南昌起义，还是秋收起义，都是根据党的指示发动、由党的前敌委员会直接领导的。起义后，很快就在军队内部建立起党的组织，明确提出“党的作用高于一切”，“党的组织是一切组织的根源。”强调部队行动方面的一切重大问题，均需党组织集体讨论决定。特别是秋收起义部队经过“三湾改编”后，上层有党的前敌委员会，中间有团、营党委，基层有连队党支部，班有党员，排有小组，形成了一套完整的领导体系，从组织上解决了党如何管理部队，如何直接影响士兵群众等重大问题，确保了部队的巩固和战斗力的提高。
关于“支部建在连上”，有必要多说几句。军史上特别强调“支部建在连上”是“三湾改编”所解决的两个主要问题之一，对我军的成长发展有重大意义。为什么这么讲？这要从南昌起义的经验教训说起。大革命时期，我党就开始注意对国民革命军的影响和领导，着手在北伐军中建立党的组织。北伐战争中最有战斗力的叶挺独立团，就是一支由党团骨干组成、由我党直接组建和指挥的部队。可当时党的领导人还不清楚该如何领导军队，只是在团一级单位建立了党的支部。南昌起义虽然公开打出的是国民党革命委员会的旗号，却由我党直接领导，参加起义的部队主要是倾向革命、反对蒋介石屠杀工农政策的叶挺、贺龙所部。南昌起义成功后部队士气很高，也曾对部队领导体制进行过一些调整，如在军、师两级建立党的委员会，团一级普遍成立党支部，并指派了党代表等。可由于基层单位没有相应的党组织，党对军队的控制能力比较弱，打胜仗时可能看不出来，一旦部队分散行动或遭受挫折，问题马上就会暴露。如参加南昌起义的国民革命军第2方面军10师，从南昌出发南下的第二天，就在师长蔡廷锴的率领下脱离了起义队伍。
据当年参加南昌起义的老同志回忆，起义部队南下潮汕失败后，留在三河坝的朱德所部尚有2 500人。由于作战失利，生活艰苦，官兵思想十分混乱。部队转移途中，每天都有逃亡现象，包括一些师长、团长甚至党代表，也先后不辞而别。朱德等领导人十分着急，天天在官兵中做工作，仍无法解决问题，最后这支队伍跑得只剩下几百人。多年后，曾直接参与领导南昌起义的聂荣臻元帅在一篇回忆文章中总结道：“在旧军队中，无论有没有我们党的领导，无论党的工作是强还是弱，如果不经过根本改造，原有的组织形式和思想作风是不可能适应新的革命任务的。而改造这些军队的最好方法，必须要有党的基层组织并与当地的群众运动相结合，在斗争中改造部队的成分，吸收新鲜血液，锻炼和考验大批干部，树立新的军民关系和官兵关系，使部队在思想作风上根本改变面目。”《星火燎原》（一），“中国人民解放军三十年”征文编辑委员会编，人民文学出版社1964年版，第15页。
秋收起义部队开始时的情况也差不多，同样是打了败仗，士气低落，思想混乱，组织涣散，官兵大批逃亡。正因如此，毛泽东才不得不进行“三湾改编”。“三湾改编”后，部队各级建立健全了党的组织，特别是在连队一级建立起党支部，开始发挥组织的作用。指挥员通过党组织发动党员群众，有领导、有计划地做其他官兵的思想工作，对部队的掌控能力大大提高。曾直接参加了秋收起义和“三湾改编”，并在改编后保留的七个连队之一担任党代表、支部书记的罗荣桓元帅曾深情地回忆道，“三湾改编，实际上是我军的新生，正是从这时开始，确立了党对军队的领导。当时，如果不是毛泽东同志英明地解决了这个根本性的问题，那么，这支部队便不会有政治灵魂，不会有明确的行动纲领，旧式军队的习气，农民的自由散漫作风，都不可能得到改造，其结果即使不被强大的敌人消灭，也只能变成流寇”《星火燎原》（一），“中国人民解放军三十年”征文编辑委员会编，人民文学出版社1964年版，第113页。。
“三湾改编”确立的领导体制，对初创时期我军的巩固和发展具有重大意义。1928年毛泽东在《井冈山的斗争》一文中指出：“党的组织，现分连支部、营委、团委、军委四级。连有支部，班有小组。红军所以艰难奋战而不溃散，‘支部建在连上’是一个重要原因。”《毛泽东选集》第一卷，人民出版社1991年版，第65～66页。多年后，几乎所有研究毛泽东的中外学者，都对毛泽东将“支部建在连上”的管理举措给予充分肯定。如在西方影响最大的罗斯·特里尔的《毛泽东传》就写道：“这样，党便由一个抽象的概念转化成了一个每日都在的实体，党便来到了夜晚营地的篝火边，来到了每个战士的身旁。”
“我们的原则是党指挥枪”（2）
作为领导体制上的一种创新，党对军队绝对领导真正为广大官兵所接受，也经历了一个过程。建军之初，我军指挥员大都来自旧军队，他们虽然倾向革命，愿意服从党的领导，有些本身就是共产党员，可并不清楚党究竟应该如何领导军队，以及军事长官与党的组织是什么关系，在工作中还是习惯于“长官说了算”。对一切行动听党指挥，由党组织来讨论决定军中重大问题，他们感到不很适应。因而建军之初，党对军队的领导方式，也就是如何处理党的各级组织与军事长官的关系，一直是红军领导层内部争论最多的问题之一。
1929年12月召开的古田会议，是我军发展由初创走向成熟的里程碑。毛泽东亲自起草的《古田会议决议》，其主要精神之一，就是明确了党与军队的关系，强调党不仅要管党员、管政治工作，而且要管军事、管打仗。“党对于军事工作要有积极的注意和讨论。一切工作，在党的讨论和决议之后，再经过群众去执行。”要求各级党组织要力行集中指导下的民主生活，党的领导机关要有正确的指导路线，遇事要拿出办法，以建立领导的中枢；党的下级机关和党员群众对于上级的指示，要经过详尽的讨论，以求彻底了解指示的意义，并决定对它的执行方法；党的纪律之一是少数服从多数，少数人在自己的意见被否决之后，必须拥护多数人所通过的决议。除必要时得在下一次会议再提出讨论外，不得在行动上有任何反对的表示。在军史上，通常将《古田会议决议》称为我军建设的纲领性文件，原因之一就在于这次会议确立了党对军队的领导方式，构建起我军的领导体制。
古田会议后，党指挥枪的原则开始为红军各级指战员所接受，成为我军建设的根本指导原则，也就是人们常说的“军魂”。当然，围绕要不要及如何实现党对军队的领导，后来又经历了多次斗争。例如，长征途中张国焘将红四方面军作为资本，自恃人多势众，按照“谁有军队，有实力，谁就应当领导”的军阀逻辑，企图篡夺党和红军的最高领导权，一度猖狂到另立中央的程度。后来，经过党内同志的坚决斗争，并在共产国际的直接干预下，才解决了红军内部的这场危机。总结与张国焘分裂行为斗争的经验教训，毛泽东明确提出：“我们的原则是党指挥枪，而绝不容许枪指挥党。”《毛泽东选集》第二卷，人民出版社1991版，第547页。并重申了“个人服从组织，少数服从多数，下级服从上级，全党服从中央”的组织原则和纪律。
党对军队绝对领导的原则及其相关制度，在管理理论上是一种创新。我军是根据马克思主义军事学说组建的，建军初期借鉴了苏联红军的许多经验，如强调党对红军的领导、委派政治委员、建立政治工作制度、注意宣传鼓�