5月9日，拿破仑从巴黎来到土伦，监督七军团3。7万人装船的最后准备工作。在上船前夕，他对部队发表了极具刺激性的演说，允诺每个战士凯旋回家时可获得6亩土地。
5月19日，远征舰队由土伦扬帆出航。此舰队拥有130艘运输船，由13艘主力舰护送。另外还有42艘三桅快速帆船，以及大小运输帆船共300艘。主力舰中，〃东方号〃和“阿密腊耳号〃各拥有大炮120门。运输船上的陆军由15个步兵联队、7个骑兵团和28个连（炮兵连、工兵连和地雷工兵连等）组成，共计步兵24300人，骑兵4000人，炮兵3000人，非战斗人员1000人。当最后一名士兵上船以后，太阳升起来了，太阳是那样的光彩夺目，以致后来被士兵们高兴地称之为〃拿破仑的太阳〃。灿烂的阳光照耀在排成半圆形的船舰上空，甚是壮观雄伟。官兵中的绝大部分是久已跟随拿破仑的，他们认为只要有他在，胜利就有保证。官兵们的心中对未来充满必胜信心和美好希望。
挺进开罗这次远征的目的地是严格保密的，只有极少数高级官员知道是前往埃及。直到最后一分钟，官方还称它是英吉利军团的左翼兵力，并宣称他们要经过直布罗陀海峡，绕过西班牙，去爱尔兰登陆。这个消息传到英国海军司令纳尔逊的耳朵里，他信以为真。当法国海军离开海港，直奔马耳他岛时，他却在直布罗陀海峡防守着拿破仑。
马耳他岛位于地中海中部，是大西洋通往地中海东部和印度洋的交通要道，也是地中海最好的港口。当时岛上有居民3万人，由耶路撒冷圣约翰骑士团据守。6月10日，法国舰队抵达该岛，拿破仑立即派兵登陆。岛上的骑士只作了些象征性的抵抗便投降了。拿破仑宣布此岛为法兰西共和国领土，并废除了圣约翰骑士团，没收了他们的土地，建立了新政府。
6月19日，法国舰队离开该岛，同时留下4000名法军据守马耳他，以确保地中海法军的航运能够畅通无阻。
6月30日，法国舰队顺利到达亚历山大港附近的埃及海岸。拿破仑派出一艘巡洋舰前往亚历山大港侦察。不久，这艘巡洋舰就从亚历山大港返回，并带来了法国领事马嘉隆。从这领事口中得知：在法军到达亚历山大港以前48小时，英国舰队就已到了这里，并到处打听拿破仑的动向。原来，纳尔逊获悉法军占领了马耳他岛后，便大呼上当，他断定法军的目的地是埃及。于是，他拉起所有的船帆，取最短的航线，直奔埃及，想不等法军登陆便把他们消灭在大海里。可是他过于性急，致使英国海军走得太快，等他到亚历山大港时，根本不见法军踪影。他向当地居民打听，可当地人压根就没听说过什么拿破仑。纳尔逊又糊涂了，既然法军不去埃及，又会上哪里去呢？他又一次自作聪明地断定法军的目标是君士坦丁堡，他立刻率领舰队直奔君士坦丁堡。
拿破仑害怕纳尔逊会随时回来，决定立即登陆。此时海面波涛汹涌，狂风大作，天气极其恶劣。海军司令为了安全起见，主张再等几个小时登陆，他断言几天之内纳尔逊是不会回转的。但是遭到拿破仑的严词拒绝，他说：“时间紧迫，命运只给我3天时间，如果我不充分利用，我们就失败了。”海军司令不得不发出全体登陆的信号。
尽管登陆十分艰难，许多人溺死在海中，但最终还是完成了登陆。7月2日凌晨1时，法军踏上了埃及土地。3时许，拿破仑亲自率领3个师向亚历山大港出发。几个小时后，亚历山大港便落入拿破仑手中。
拿破仑在亚历山大港停留了6天。期间，他用阿拉伯文向当地居民发出了一份宣告，其内容如下：“统治埃及的贝伊们曾长期侮辱法国，伤害它的商人们，他们受惩罚的时刻已经到来了。
“从乔治亚和高加索买来的奴隶中的这批暴徒，很长时间以来在世界的这块最美丽的土地上实行暴政；但是，真主，一切都从属于他的真主已经下令：他们的统治应该结束。
“埃及各族人民，你们会被告知，说我是来消灭你们的宗教的，不要相信这种话！回答是：我是来恢复你们的权利和惩罚那些篡夺者的，我比马穆鲁克①更尊敬真主，尊敬他的先知和《古兰经》。
……
①马穆鲁克原意为奴隶。埃及在法蒂玛王朝时从希腊、高加索等处招募奴隶组成禁卫军，即称为马穆鲁克。13世纪后，他们的军官控制了埃及，成了属于土耳其奥斯曼帝国的埃及的实际统治者，被称为马穆鲁克贝伊。贝伊原意为地方上的执政者。马穆鲁克有时也被用来称当时统治埃及的贝伊们所统率的土耳其——埃及部队。
“说在真主面前人人品等，人与人之间只有聪明、才智和品德上的差别。但是，马穆鲁克有些什么样的聪明、才智和品德，他们却独占了使生活满意和美好的一切手段呢？……
“埃及人应该被召唤来担任所有公职；最有智慧、最有学问和最有德行的人应该执行政务，人民应该得到安乐。
“你们有过一些大城市、大运河和巨大的贸易。如果不是马穆鲁克贪婪、不公正和推行苛政，是什么东西把所有这一切都毁坏了呢？
“律法师们、酋长们、阿訇们，请告诉人民：我们是穆斯林的真正朋友。……
“极其幸福的人将是那些为我们效力的人！他们将在事业和地位两个方面都取得成功。
幸福的人将是那些保持中立的人！他们将有时间学习，以便了解我们，而他们将使自己站在我们一边。
“可是，灾殃——成3倍的灾殃将降临到那些为马穆鲁克拿起武器同我们作战的人身上！他们不会有任何希望，他们将灭亡。
“第一条，位于部队经过的地方9英里内的所有村庄应派一名代表报告指挥军队的将军：他们是忠顺的，并且已经悬挂了蓝、白、红的部队旗帜。
“第二条，所有拿起武器与部队为敌的村庄将被焚毁。
“第三条，所有投诚的村庄应把我们部队旗帜与苏丹的旗帜一起悬挂。
“第四条，各个部落的酋长应把属于马穆鲁克的货物、房屋和财产封存起来，并注意不得有任何侵吞。
“第五条，部落酋长、律法师和阿訇应继续履行自己的职责。所有居民应留在家里，并照常祈祷。大家应为消灭马穆鲁克而感谢真主，并高呼：'光荣归于苏丹！光荣归于他的朋友法兰西部队！把马穆鲁克逐出教门，幸福属于埃及人民！'”
6天之后，拿破仑命克莱贝尔为当地和全省司令官，率约9000卫戍部队留守亚历山大，自己则率其余军队向开罗进发。
这是一年中最炎热的季节。全军要在几乎是无水的沙漠里作长达60公里的行军，官兵们第一次真正认识到这场战争的艰苦性。浩翰的沙漠烤灼在直射的骄阳下，水成了最珍贵的东西。乡村居民在慌乱中起家出走，临走时往井里下了毒或将泉水掩盖起来。法军没有准备热带服装，甚至连水壶也没带，部队渴得要命，可除了令人恶心的咸水塘外，找不到任何解渴的东西。空气中充满了毒虫，黄沙的灼光减弱了大多数人的视力，许多人因此而失明，路途中不见人踪兽迹和草木，只有阿拉伯骑兵神出鬼没，不时地袭击掉队的法军。士兵们怨声载道，难道司令许给每人的6亩土地就在这里？军官们也无法忍受这恶劣的环境，被派往贝达的狄舍将军写信给拿破仑说：“我求求你，别再让我们留在这个地方，士兵们已经灰心丧气、窃声抱怨了。命令我们前进或者后撤吧。各个村庄尽是小茅屋，一点财源也没有。”就连缪拉和拉纳这样英勇无畏、久经考验的将领也忍不住发起牢骚，他们愤怒地把帽徽踩入沙中。惟有拿破仑一人超然于这一切灾难之上，他是下了决心要把这场战争进行到底。
尽管整个部队疲惫不堪，但部队每到一个城镇都不得有一分钟的休息，拿破仑的目标是继续行军，立即挺进开罗。法军入侵的消息传到开罗，开罗张灯结彩，贝伊们和他们的将军们发出一阵阵欢呼声，他们把法军视为〃待切的西瓜〃，并保证每个马穆鲁克将带回成百颗人心。于是，穆拉德贝伊率领2000名马穆鲁克、2000名土耳其步兵和60艘船的小舰队从开罗出发。
7月13日夜间，拿破仑率军沿尼罗河左岸向南进发，同时由卑雷指挥的一支法国舰队也沿河上驶。拂晓时分，法军抵达肖布腊克希，在这里遇上了穆拉德贝伊率领的马穆鲁克骑兵团。拿破仑立即将他的每个师都组成方阵。方阵里刺刀林立，寒光逼人。方阵的四角都设有火炮。为了能与河上的舰队保持接触，其中一个师的方阵紧靠尼罗河。日出之时，各团的乐队在方阵中央奏起《马赛曲》，准备迎接战斗。
面对法军方阵厚密的刺刀，马穆鲁克骑兵毫无惧色，他们喊叫着，发起了勇猛的冲击，但很快就遭到法军枪弹和葡萄炮弹的还击，不得不败下阵来。马穆鲁克骑兵再次冲锋，但毫无战果，法军的方阵犹如铜墙铁壁一般，纹丝不动。在法军强大火力的逼迫下，马穆鲁克骑兵不得不退向开罗。
与此同时，尼罗河上的法国舰队因遭到马穆鲁克舰队的拦截而处境危险。法方死伤30多人。正在这关键时刻，法国炮艇有一炮击中了敌军旗舰上的弹药库，所有乘员全被炸死，敌军舰队大乱，慌忙撤退，法军舰队转危为安。
战斗结束后，拿破仑立即发动追击。尽管天气酷热，法军还是兼程挺进。7月20日黄昏，他们到达了尼罗河的分叉点，这里距开罗仅15公里，排列整齐、雄伟壮观的金字塔就在眼前。正当大家面对金字塔赞叹不已时，拿破仑登上了一个山坡，他发现马穆鲁克兵早已在尼罗河两岸严阵以待，左岸上是穆拉德贝伊军，右岸上是易卜拉欣贝伊军。
7月21日凌晨2时，金字塔群附近的开阔地带旌旗蔽日，杀气腾腾，穆拉德军与法军都摆开阵势�