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他命令两个师前去占领高地，这两个师不费吹灰之力便完成了任务，从而将敌人切成两段。
科洛华特纵队在行军中受到侧面攻击，秩序大乱，四下溃逃。俄国皇帝、总司令库图佐夫以及司令部正是跟在这支纵队之后，因而失去了对联军的控制。
在北段，拉纳成功地击退了巴格拉吉昂的攻击。当苏尔特完全控制高地之后，拿破仑令其左翼向俄军发起全面进攻。俄军作战十分英勇，对法军发起一次又一次冲锋，但最终还是败下阵来。
在南段，布克斯盖弗登受到苏尔特和达武西支兵力的夹击。面对法军大炮的猛烈轰击，联军很快就被压缩到狄尔尼兹和察特卡尼之间半结冰的湖泊上。湖泊的冰块被法军炮火击碎，敌军整团整团地掉在湖里淹死了，有的则被法军的霰弹击毙，其余的则当了俘虏。
奥皇和俄皇眼见全军覆没，慌忙逃窜。他们的侍从人员只顾自己逃命，把两位皇帝丢在路上。两位皇帝只好骑着马各奔一方了。
短暂的冬日已近黄昏，明亮的太阳已经下山，亚历山大和弗兰西斯在昏暗中逃脱了法军的追捕。亚历山大像得了疟疾一样全身发抖，他已经不能控制自己，哭了起来。库图佐夫在激战中负了伤，差点成了法军的俘虏。
战斗结束了。拿破仑在一大群元帅、近卫军将军和副官的伴随下，在士兵们的欢呼声中，不断地踩着难以数计的人和马的尸体，穿过广阔的平原，视察着血腥的战场。这一仗，俄奥联军死伤27000人，损失火炮155门，炮兵几乎全被消灭，余众四散逃命，俄奥联军事实上已不存在。
第二天，法军所有部队都受到了拿破仑的赞扬，他说：“士兵们，我对你们表示满意：在奥斯特里茨一天中，你们完成了我要求你们以果敢精神去完成的一切。不朽的光荣归于你们，我的雄鹰们。在俄奥皇帝指挥下的100000军队，不到4个小时，就被打得落花流水。没有死在你们剑下的那些人，也在湖里淹死了。……士兵们！当保证我国的繁荣昌盛所需的一切都已完成时，我将带领你们回到法国，在那里我将尽我所能保护你们的利益。我的人民一定会兴高采烈地再和你们相见。你们只要说'我参加了奥斯特里茨战役'，他们就会回答说'好一个勇士啊！'”
同一天，奥皇弗兰西斯二世派使节前来请求与拿破仑会晤。拿破仑同意了这项要求。1 2月4日，拿破仑在骑兵卫队的簇拥下来到会晤地点——距奥斯特里茨约3公里的一座磨坊里。奥皇也乘坐有篷轻便马车来到这里。拿破仑一见奥皇，立刻下马前去迎接，并同他拥抱。奥皇提出休战，拿破仑当即同意，条件是要求所有的俄军撤出奥地利，退回波兰。12月5日，俄军开始撤退。12月6日，法奥签订停战协定。12月26日，法奥在普莱斯堡签订和约。根据和约，奥地利承认法国对皮埃蒙特、热那亚、巴马等意大利地区的占领；承认拿破仑为意大利国王，并把威尼斯、伊斯特利亚、达尔马提亚交给意大利王国；承认巴伐利亚和符登堡为王国，巴登为公国。普莱斯堡和约结束了第三次反法联盟。
不久，意大利的副王欧仁。博阿尔内娶了巴伐利亚新国王的长女为骑，这是拿破仑首次公开表示愿意让他的家族同欧洲原有各王室联姻。同时还宣布，皇帝身后若无男嗣，意大利王位将传给欧仁。
奥斯特里茨会战以后，拿破仑在布尔诺逗留了数日，监督其部队安营情况。他在这里查明了法军的损失——总共不到9000人。他派副官到医院去慰问伤兵，并以他的名义赏赐每个伤兵一枚拿破仑币。对受伤的军官，则按其级别发给500到3000法郎不等的慰问金。
然后拿破仑起程赴肖恩布鲁恩宫。抵达肖恩布鲁恩宫的次日，他接见了普鲁士的使节豪格维茨。豪格维茨本是代表普鲁士政府前来向法国下最后通牒的，普鲁士政府甚至还指示他：若是拿破仑被联军击败，他有权代表普鲁士公开与俄奥结盟。可如今法军大获全胜，他不得不隐瞒迫使命的目的，把最后通牒藏了起来。他带着甜蜜的微笑拜会了拿破仑，他向拿破仑深深地鞠着躬，对他的胜利表示热烈祝贺。胜利后的拿破仑对待这位使节异常严厉和高傲，他怒气冲冲地大声嚷道：“命运之神把你祝贺的对象改变了！你以为你的主子对我守信用吗？他公开向我宣战倒还体面些，即使他不存心这样。那样他就可以为他的各个新盟国效劳，而我在作战前就得顾到两头。你们希望同各方都做朋友，那是办不到的。你们必须在他们和我们之间作一选择。如果你们愿意随他们走，我不反对。但是，如果你们留在我这里，就必须是真心实意。我宁要公开的敌人而不要虚假的朋友。你们自称是我的盟国，竟然允许多达30000的俄国军队经过你们各邦同大军联系，这是什么意思？没有任何理由可以为这种行为辩解，这是公然的敌对行动。如果授给你的权力不允许你处理所有这些问题，你可以扩大。至于我自己，哪里发现敌人，我就向哪里进军。”
豪格维茨从拿破仑的这番话中看到一场风暴行将袭击普鲁士，于是，未经君主授权，就自作主张地同拿破仑签署了一项条约。根据条约，普鲁士必须与法国结盟，并向英国关闭一切港口。同时，普鲁士须用巴洛特和安斯巴赫两侯国交换汉诺威。普王弗里德里希。威廉三世早已吓得心惊肉跳，他正以惶恐的心情等待着拿破仑的惩罚。如今豪格维茨代他签订的这项条约，比他预料中的惩罚要轻得多。他不敢再讨价还价了，对条约的一切都表示同意。
拿破仑在离开奥地利之前，还有一件事要做，那就是惩罚那不勒斯王国。那不勒斯王国本应保持中立国地位，但那不勒斯王国的波旁王朝与革命后的法国有着不共戴天之仇，尤其仇恨拿破仑，所以当他们获悉法国海军在特拉法加海战中惨败后，欣喜若狂，认为拿破仑一定会失败，便和英国和俄国拉上了关系，向英国、俄国开放了各个港口，在其各邦接纳了1 2000名俄军和8000名英军。那不勒斯王后曾当着法国使节的面毫不掩饰地说：她想使那不勒斯王国成为一根点燃燎原烈火的火柴。〃但请陛下想一想，不管这场大火的结局如何，火柴总是首先烧尽。〃法国使者这样回答了他。现在，在奥斯特里茨战役以后，这根〃火柴〃在转瞬之间就燃为灰烬了。拿破仑对波旁王族进行了残酷的清算，他宣告：“波旁王朝不再统治那不勒斯了。〃法军立即占领了整个王国。波旁王室在英国舰队的保护下逃到西西里岛，拿破仑的哥哥约瑟夫被任命为那不勒斯国王。
耶拿之战1806年1月26日，拿破仑离开维也纳回到巴黎，受到无数狂欢民众的欢迎。几天后，一个令人兴奋的消息传来：拿破仑的死敌、英国首相威廉。皮特去世，英国要求与法国签订和约。威廉。皮特是第三次反法同盟的创立者和鼓吹者，他希望这个耗费了几百万黄金建立起来的联盟能够阻止法国向英国进攻。然而，奥斯特里茨一战使得这一联盟土崩瓦解。
议员们开始指责威廉。皮特，反对党要他下野，皮特经受不住精神上的震动，就此一病不起，过了几个星期便一命呜呼。格兰维尔继任为英国首相，他任命了同情法国大革命的福克斯为外交大臣。福克斯一贯反对皮特的对外政策，他真诚希望法国和英国能和平相处。于是，福克斯派亚尔默思勋爵去巴黎进行和谈。
拿破仑向亚尔默思勋爵表示：如果英国在他的条件下签订和约，他愿把汉诺威还给英王。消息传到普鲁士，整个宫廷大为震怒。普鲁士曾用了两个侯国交换了汉诺威，只是由于英国因此要对其宣战，才让拿破仑的军队继续驻扎该地。如今拿破仑又将汉诺威作为与英国和谈的筹码，普鲁士政府感到自己受了极大的欺骗。特别是那些在1805年曾极力主张加入反法联盟的人对此更是愤慨，他们断言，如果当时毅然决然地加入反法联盟，便会预防奥斯特里茨的失败，也不致使普鲁士今天在同拿破仑面对面的斗争中陷入孤立无援的境地。
这时，拿破仑为了巩固自己对德意志西部和中部部分地区的统治，决定建立莱茵同盟。
1806年7月12日，德意志各国君主根据拿破仑的命令签订了相应的条约，莱茵同盟正式形成。参加同盟的有巴伐利亚、符登堡、巴登等16个西部和南部的德意志国家。这个同盟选举拿破仑为自己的保护人。为了对皇帝的〃保护〃表示感谢，同盟有义务在发生战争的情况下为拿破仑提供63000名士兵。许多以前服从奥地利哈布斯堡王朝皇帝们的独立小国，现在都要受到莱茵同盟各国君主的管辖，他们的领土也都划入莱茵同盟各国。整整存在了1000年的〃神圣罗马帝国〃名存实亡。1806年8月，奥地利皇帝根据拿破仑的建议，取消了〃神圣罗马帝国〃，废除了“德意志皇帝〃的称号。
与此同时，拿破仑开始在被占领地区给身边的高官重臣、兄弟亲戚封王封爵。缪拉元帅为克累弗和贝格大公爵，贝尔蒂埃为纳夏泰尔大公，路易。波拿巴为荷兰国王，塔列兰为贝涅维特大公，贝尔纳多特为本特。科尔诺大公，康巴塞雷斯为巴马公爵，勒布伦为起亚琴察公爵，这些人是拿破仑在这些地区的全权代理人。
莱茵同盟的成立及占领区各重要官员的任命使得普鲁士极为不安。普鲁士看到拿破仑的权力已深入到德意志的心脏，直接威胁着普鲁士的领土完整，反法情绪日益高涨。1806年4月8日，普鲁士向法国发出最后通牒，要求法军立刻从德意志土地上撤出。拿破仑根本不予理睬。6月，拿破仑公开向立法院宣布，他有45万军队，而且有足