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迫于拿破仑的坚决态度，督政府最终不敢坚持撤换这位名字已被视作胜利象征的主将。
拿破仑仍留任独当一面的司令。
曼图亚要塞位于波河和明乔河交汇处，地形险要，工事坚固，可屯数万之众，有〃意大利锁匙〃之称。曼图亚是奥军在意大利的唯一重要基点，势在必守，以阻扼法军。而法军也志在必得，以控制北意大利，并打通前往德奥之路。
5月30日，奥军明乔河上防线被击破，博利厄率军15000人退守曼图亚城内，等待着奥皇的援军。拿破仑没等奥皇援军到来，便抢先屯兵城下。
奥地利皇帝为了保住他对意大利的控制，下定决心要不惜任何代价，为曼图亚解围。鉴于博利厄屡屡出师不利，奥皇派了莱茵战线上享有盛名的维尔姆泽元帅前来接替他。维尔姆泽是位72岁高龄的老将军，他在莱茵战线上抽调了30000名精锐部队，并在上任途中又从善战的提罗尔居民征召了一些新兵，使得意大利战线上的奥军达到60000人，法军在数量上再次处于劣势。奥地利方面非常得意，曾夸下海口说：8月底以前奥军将重占米兰，意大利将是法军的坟墓。
维尔姆泽兵分三路前往曼图亚，企图迅速围歼包围曼图亚的法军。维尔姆泽派副手科斯达诺维奇率领一支部队去占领加尔达湖西岸，从侧面进攻法军；自己则指挥主力沿阿迪杰河两岸向曼图亚进军；他又派达维多维奇率部队进攻莱尼亚戈，以牵制法军。然而，维尔姆泽犯了一个大错，他的三个纵队互不相联，彼此无从驰援，尤其是科斯达诺维奇分队与其他两路纵队中间还横亘着宽阔的加尔达湖面。这一切没有逃过拿破仑的鹰眼。拿破仑立即决定暂时放弃对曼图亚要塞的围攻，集中兵力向得不到其他两路纵队支援的科斯达诺维奇分队进发。7月31日，法军把大炮埋入战壕，匆忙撤离曼图亚。维尔姆泽对拿破仑的计划变动毫无所知，还以为是法军因对自己的恐惧而仓皇撤退。维尔姆泽不费吹灰之力进入了曼图亚。
他向奥皇报捷说，他在阵地上缴获了法国180门大炮。正当他幻想着全面胜利的时候，传来了不幸的消息，拿破仑军队击溃了科斯达诺维奇部队，科斯达诺维奇率残部已退向老巢提罗尔。维尔姆泽大吃一惊，知道中了拿破仑的圈套，便立即率军离开曼图亚，企图与科斯达诺维奇取得联系。但为时太晚，拿破仑的主力部队已像猛虎一样朝他扑来。8月5日，两军相遇在卡斯蒂里恩。马塞纳师首先向奥军的右翼发起进攻，刚刚交手，法军便力不能支，匆匆向西北方向败退。维尔姆泽大喜，当即命令奥军对不战自溃的马塞纳师发起追击，他决心抓住这一有利时机，一鼓作品，迅速打通与科斯达诺维奇的联系。然而，正当维尔姆泽将自己的预备队投入到右翼的时候，一场大规模的进攻却在奥军的左翼开始了。法军12门重炮一启发射，打得奥军惊慌失措，抱头鼠窜。维尔姆泽这才明白法军匆匆撤退只不过是一个圈套。维尔姆泽率领奥军拚命抵抗，混战中险些被俘。法军向奥军左翼进攻得手后，马塞纳师和奥热罗分别向奥军的右翼和中部进攻。在法军的强大攻势下，奥军终于支持不住，被迫向明乔河一线撤退。在法军穷追不舍的打击下，维尔姆泽历尽千辛万苦回到了司令部所在地特兰托，心情极为沮丧。不久前他的大军就是从这里满怀战无不胜的信心出发的，如今却已损伤40000人。
拿破仑和他的军队在这战斗进行的7天中，从没有脱过靴，也没有睡过觉，无休止地急行军，一仗接着一仗。如今虽已给维尔姆泽以重创，但拿破仑没有就此让他的军队稍事休息，这支坚强如钢的军队马不停蹄，以迅雷不及掩耳之势再次包围了曼图亚。
陷入困境的老将军并不甘心失败，他征集了50000兵力，打算再次奋力解除曼图亚之围，把法军赶出伦巴第。这一次，老将军又重犯了分兵作战的错误。他亲率30000人从特兰托经由布兰塔的狭道向曼图亚进发，命达维多维奇率20000人留在罗韦雷托以掩护提罗尔。拿破仑得知这一情况，故意不露声色，任凭维尔姆泽军队长驱直入。当维尔姆泽到达巴萨诺，完全脱离达维多维奇和他的后方时，拿破仑立即解除曼图亚之围，调动强大兵力疾趋罗韦雷托，行军速度之快令人难以置信。
9月4日，法军抵达罗韦雷托。由于连打胜仗，法军情绪十分高涨，他们在杜布阿的率领下，向固守在罗韦雷托镇的奥军发起一次又一次冲锋。杜布阿在冲锋中不幸受伤倒下，他挥动马刀，用最后一口气喊道：“我为共和国战死，只盼在生命离开我之前听到胜利属于我军的消息。〃法军在杜布阿的激励下勇敢地追逐着奥军，奥军被打得落花流水，达维多维奇不得不逃出罗韦雷托镇。
维尔姆泽听说达维多维奇全军覆没，惊得目瞪口呆。他以为拿破仑会因此长驱直入奥境，与莱茵战线上的法军会合，共同进攻维也纳。老将军决定把他的残部留守伦巴第，期待着有一天法军在奥地利遭到惨败时，切断法军经过意大利的退路。可他万万没有想到，此时拿破仑的目标正是自己。拿破仑的军队以两天时间行军60多英里的惊人速度自罗韦雷托回师维尔姆泽前锋所在地普里莫拉诺。法军势如破竹，所向披靡，维尔姆泽的前锋在瞬息间被歼。当晚，拿破仑的军队在契斯莫涅过夜，拿破仑为能分到半份士兵口粮作晚餐而高兴不已。第二天，这支军队进抵巴萨诺。
9月8日的巴萨诺之战又是以前多次战役的重复，老将军在会战中遭到惨败，缴械达6 000人。维尔姆泽带着16000名残兵败将退入曼图亚城。9月13日，法军大肆进攻，再度包围了曼图亚城。维尔姆泽几乎陷入了绝望的境地：他同奥地利的联络全部被截断，他的大炮和辎重荡然无存，全军精华损失殆尽。然而，这位屡次上当而从不气馁的老将军还在坚守城池，以待希望渺茫的维也纳部分援军。
这时莱茵战线上的法军战绩却很不佳，儒尔当将军被奥地利查理大公的军队击退，莫罗将军在奥军的压力下作〃战略性〃的退却。奥军在莱茵战线上的胜利使得奥地利王宫的御前会议作出这样的决定：从莱茵战线上调集两个军团约60000人，由享有盛名的、年过60的老将阿尔文齐元帅率领，前去解救曼图亚和维尔姆泽。
阿尔文齐的军队在数量上再次置拿破仑的军队于劣势。然而，维尔姆泽所犯的分兵作战的错误又一次在阿尔文齐身上重犯了。阿尔文齐为了迷惑对方，造成法军判断上的错误，他决定从不同方向同时发起进攻。阿尔文齐自己率35000人朝着正面方向挺进布兰塔河，另一支部队约25000人由达维多维奇率领，沿阿迪杰河谷直下提罗尔。两军计划在维罗纳会师。
拿破仑得知奥军各路纵队已开始行动，便派伏布阿和马塞纳驻守特兰托和巴萨诺，以遏制阿尔文齐元帅的推进。不料，这支部队是奥地利的精锐部队，他们人数众多，来势汹汹，伏布阿和马塞纳顶不住阿尔文齐的进攻，沿阿迪杰河谷败退。拿破仑不得不留下8300人包围曼图亚，自己率28000人立即前去接应马塞纳，阻止阿尔文齐从维琴察向西同达维多维奇会师。两军在维琴察发生了激烈的遭遇战。尽管双方都声称获胜，但实际上是法军在退却。拿破仑退到维罗纳，并把司令部设在此地。
拿破仑对自己不得不分兵作战非常恼怒。他到维罗纳的第一件事就是巡视伏布阿的败军。他对这支败军说：“你们让我大为生气。你们居然让人从一夫当关万夫莫敌的阵地上赶了出来。你们不配当法国兵士！你们不属于意大利方面军！”几句话说得这些法军热泪纵横，他们呼喊着：“只要再让我们打一次冲锋，您就能看出我们像不像意大利方面军了。〃看着这一张张风尘仆仆的、充满信心的脸庞，拿破仑愤怒的语调缓和下来了。果然，在此后的战斗中，这支部队表现得特别勇敢。
拿破仑再次运用那行之有效的战术——各个击破，他要在达维多维奇同阿尔文齐会合前，击溃阿尔文齐的军队。这时，阿尔文齐的军队已抵达卡列迪耶罗。拿破仑不失时机地命令马塞纳率军冲向这个阵地。交战时，狂风暴雨大作，法军进攻十分困难。尽管马塞纳使出浑身解数，但仍被人数众多、阵地坚固的奥军击退。拿破仑见此情况，十分着急，一旦达维多维奇从卡列迪耶罗的后方同阿尔文齐会合，那后果不堪设想。在这紧急关头，拿破仑采取了一个极大胆、完全出人意料的行动。当晚，拿破仑给基尔马内留下1500人防守维罗纳，其余部队则后撤，佯装退到曼图亚。可是不久，他的队伍又转向阿迪杰河，迂迴到阿尔文齐军的尾部阿尔科拉村，冒险地把自己置于阿尔文齐和达维多维奇之间。这里的地形也对法军十分不利。阿尔科拉村四周都是沼泽地带，通往村内的各堤坝非常狭窄，进攻十分困难，后撤则更加危险。拿破仑一心想趁达维多维奇赶到之前拿下这个据点，他不顾地形的不利，于11月15日拂晓，分兵三路，沿通往阿尔科拉村的三条堤坝冲锋。奥军根本不知道法军的主力已撤离维罗纳，起先还以为是法军轻装部队的突袭，后来才弄清真相。奥军顽强地