…人们说“共通感”处在大脑的中央，位于印象区和记忆区之间。
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维特鲁威人（2）
“共通感”因此就成为理智、幻想、智力，甚至是灵魂的来源。列奥纳多继续说道：
似乎灵魂就寄居在这个器官之内……名叫“共通感”。“共通感”并不是像许多人想的那样遍布身体各处，而是应该集中在一个地方，因为如果灵魂到处都是的话，感官器官就用不着汇聚到一起……因此“共通感”就是灵魂之所在。
如果按照字面意思理解，我们会冒出这样一个不同寻常的念头：如上图所示，在温莎这幅成比例的头骨习作中，列奥纳多用坐标方格找出了人类灵魂的实际位置。得出这样的结论似乎太过简单了。列奥纳多其实是在提出问题，而不是得到结论。他指出这个理论是“古代的思想家们”提出来的，主要是亚里士多德，他还暗示其他一些古代思想家认为灵魂在身体里无处不在，比如柏拉图和赫耳墨斯。不管怎样，这是典型的列奥纳多式的飞跃，提出了一个令人激动的发现的可能性。通过这些素描所体现的这种清晰而客观的研究，当然有可能找到人脑中内部的各种秘密。如果真有“共通感”存在的话，我们肯定能将它找到；如果真有灵魂存在的话，灵魂肯定就在那里。读过这些笔记我们似乎能感到他既像是个魔术师，又像是个怀疑主义者。他小心翼翼地向头骨的各个腔室和隐蔽处窥探，心中充满好奇心，却又不敢确定，脑子里交织着“恐惧和期望，既对森然可怖的黑洞感到恐惧，同时又渴望知道洞里是否藏有奇妙之物”。
在一张头骨习作的背面他留下了日期：1489年4月2日，并记着还要研究的项目的列表。列表先是有关人的头部和脸部，然后转到头骨部分：
是哪一根肌腱导致眼睛的运动，以至于一个眼睛的运动又带动另一个眼睛的运动？
又是那些肌腱导致
皱眉。
扬起和低垂眉毛。
眼睛的眨动。
鼻孔的外张。
开启嘴唇，而牙齿闭紧。
撅起嘴唇。
大笑。
惊讶……
他的问题的范围突然变得宽泛起来，从大笑和惊讶表情的肌肉运动，突然转向：
描述人类的起源，人是怎么会在子宫里的，为什么八个月大的婴儿不能在体外存活。
人为什么打喷嚏。
人为什么打呵欠。
癫痫
痉挛
瘫痪
冻得打哆嗦
流汗
饥饿
睡觉
口渴
性欲
他接着转向人体的肌腱和肌肉体系——“使肩膀到肘部运动的肌腱”，“使大腿运动的肌腱”等等。这个主题可以与另一份早期的习作联系起来，那幅习作画的是胳膊和腿的肌腱。该习作画得不够细致，表明它是列奥纳多在解剖时作的，因此才会较为粗糙和仓促。
从这些解剖习作，我们能感到列奥纳多那种趋向“全能”的冲动，这也成为他科学研究一个拖累：他必须要对万事万物重新进行解释，每一个研究主题都揭示了许多其他需要研究的主题。
伴随《论人体的形态》的研究还出现了一系列素描，这些素描用平面展现了人体比例，展示了人体各器官之间的数学比率。列奥纳多这里又一次受到维特鲁威的影响。维特鲁威是罗马公元一世纪伟大的建筑家和军事工程师，惟有他的著作提出了关于人体和谐比例的理论和实践。温莎皇家图书馆藏有一些列奥纳多这方面的素描，它们大约作于1490年，其他一些素描已经失传，但《惠更斯抄本》里收录了一些摹本，这是一个16世纪下半叶汇编的一个手抄本，大概是米兰艺术家季罗拉莫·费奇诺编纂，他曾是列奥纳多早期助手弗朗切斯科·梅尔兹的弟子，因此有机会接触梅尔兹收集的大量列奥纳多的资料。
这些人体比例习作中最为著名的一幅，实际也是世界上最著名的素描之一，就是那幅人称《维特鲁威人》的素描，又称《神圣比例》，该图已成为列奥纳多和他的雄心壮志的一个标志。就像大多数负有盛名的作品一样，这幅作品常被单独放在名誉的聚光灯下探讨，而不是放在其诞生的背景里考虑。
《维特鲁威人》是一幅钢笔画素描，画在一张大纸上（×英寸），现藏于威尼斯的学院美术馆。之所以藏在威尼斯，大概是因为弗拉·乔康多于1511年在威尼斯印刷了维特鲁威作品的对开本，里面有一张依照这幅素描作的版画。素描的上面和下面都是手写的小字。图画上面的字是这样写的：
建筑家维特鲁威在他的建筑学著作中说，大自然把人体的比例安排如下：四指为一掌，四掌为一足，六掌为一腕尺（cubit）＇指前臂的长度，该词来自“肘部”的拉丁文cubitus＇，四肘尺合全身……
这些人体比例是从维特鲁威的《建筑十书》第三卷第一章中节选的，书的后面写得越来越详细：“肘部到手的中指尖的长度为身高的五分之一；肘部到腋窝的长度为身高八分之一……”素描下面是用手指和手掌为单位作的比例尺。
画中描绘了一男子，他摆出两个明显不同的姿势，这些姿势与画中两句话相互对应。双脚并拢、双臂水平伸出的姿势诠释了素描下面的一句话：“人伸开的手臂的宽度等于他的身高。”画中人因此被置于正方形中，每一条边等于96指长（或24掌长）。另一个人将双腿跨开，胳膊举高了一些，表达了更为专业的维特鲁威定律：
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维特鲁威人（3）
如果你双腿跨开，使你的高度减少十四分之一，双臂伸出并抬高，直到你的中指的指尖与你头部最高处处于同一水平线上，你会发现你伸展开的四肢的中心就是你的肚脐，双腿之间会形成一个等边三角形。
画中摆出这个姿势的人被包在一个圆里，他的肚脐就是圆心。
这幅素描的一个魅力在于抽象的几何学与观察到的身体现实的相互作用。画中人的身体只画了主要几部分，但轮廓优美，肌肉结实。这人的双脚实际似乎是踩在正方形的底边之上，或是抵在圆形的弧线上。这两个姿势给人一种运动的感觉，也许是体操运动员的动作，实际上是一个人在上下摆动双臂，如同小鸟摆动翅膀一样。人体的线条清晰而简约，但脸部的处理却有些不同。脸部画得要更深刻一些，阴影处画得更富有戏剧效果：这是一张怒视前方的脸。
我有时会猜想这个《维特鲁威人》是否就是作者的自画像。仔细想想也许不是，因为该素描作于1490年，而画中人看起来远不只38岁。另一个可能就是，这张脸解释了随后文字中描述的人体比例，比如发根到眉毛的距离等于下巴尖端到嘴部的距离。从这个意义上讲，这张脸是完美的，起到了示范作用。然而这幅画似乎是对上述抽象的生物几何学对称规律的完美诠释，因此圆圈中这个表情严肃的人似乎应该是个大人物，而不是无名小卒。他眼眶深陷，目光犀利，一头浓密而卷曲的长发，头发从中间分开。至少我要说这幅《维特鲁威人》带有自画像的成分，这体现了自然和谐的人，同样也体现了惟独能理解这些真理的人——艺术家、解剖学家、建筑家列奥纳多·达·芬奇。
“论光和影”（1）
“1490年4月23日，这是我第一次使用这个笔记本”，这个“本子”就是现在的“巴黎手稿C”。这本手稿共有14张纸，折叠起来形成28页，纸张为大开本，非常轻薄，纸上压有一个奇特的水印，由一个小圆圈和两条波浪线组成，样子就像一只长了两条尾巴的蝌蚪，但这个水印无疑指的就是“维斯孔蒂蛇”，它是米兰的一个传统象征。这是列奥纳多的第一本与他人合写的手稿。该手稿的主题是“光的特点”。弗朗切斯科·梅尔兹称其为“一本关于光和影的书”。尽管手稿中列有大量关于这个主题的材料，但列奥纳多却还是不能坚持写完，手稿中还包括许多关于其他领域的笔记和图画，如物理学、声学、游戏、笑话和水。一些纸张上还画有关于具体物体的微小的素描（例如铁锤、钟、小刀、酒桶和正在劈柴的斧子）。手稿中大部分都是中规中矩的图表，而绘制这些小巧的素描则成为他工作之外的放松。这是一项科学性很强的工作，是将光学和几何学完美地结合在一起。手稿上的文字简洁明了，但描绘图示却花费了列奥纳多不少心血。他用钢笔勾勒出细密的平行线来表示光和影的细微而又富有层次的变化。这本笔记本是1490年至1491年间列奥纳多在韦奇奥宫的作品，与那幅音乐家的肖像大致出自同一时期，他在其中大胆采用“明暗对照法”。
就像1489年计划撰写的那本解剖学方面的著作一样，列奥纳多的“关于光和影的书”是他为成为具有全面科学知识的大画家所作的努力的一个表现，也是当时作坊的一种精神特质：大师在传授他的智慧。就像列奥纳多早先对解剖学所作的研究一样，在“光与影”这个领域上他也花去大把时间，手头的工作就像九头蛇一样不停地出现。很快我们就会发现，这个笔记本不过是一个开始。在《大西洋抄本》中一张写得密密麻麻的纸上记录了列奥纳多一项雄心勃勃的计划，即他关于这个主题要写好几本“书”：
我将我的第一条有关阴影的命题表述如下：一切不透明物体及其表面都被阴影和光包围。我将在第一本书中专门阐明这一点。此外，因为这些阴影缺少的光线有程度的不同，因此阴影呈现出多少不同的暗度。又因为这些阴影是撒在物体表面的最初的阴影，故我称它们为“原生阴影”。我会在第二本书中专门对其进行探讨。
第三本书专门探讨派生影，以此类推，他总共要写七本书。
在列奥纳多这个时期写的另一份手稿中，他详细地说明了不同类型的光源（“二级光”、“光反射”等）和不同品质的�