对马克思主义和中国社会的认识不断加深，开始接受列宁和共产国际关于民族和殖民地革命的基本思想，明确现阶段中国革命只能是反帝反封建的民族民主革命，这样“与小资产阶级结成广泛的统一战线是必要的”。基于这种认识，中共在《第一次对于时局的主张》中就指出：在中国现有各政党中，“只有国民党比较是革命的民主派，比较是真正的民主派”。不久，陈独秀再次给维金斯基写信，信中改变了过去的看法，表示“我们很希望孙中山派之国民党能觉悟改造，能和我们携手”，希望尽快建立起国内联合战线。此信息传到莫斯科，共产国际为防再出意外，8月初，派马林又匆匆赶回中国，在杭州又召开一次中共中央全会，宣布共产国际的训令。这个训令是由马林自己起草的，据托洛茨基说，由于那时列宁正患病，共产国际主席季诺维也夫便和斯大林商量，他们都表示同意此训令。训令《给共产国际驻中国特派代表的指示》的具体内容是：
一、根据马林的报告，代表的所有活动必须以共产国际第二次代表大会关于殖民地问题决议为基础。
二、共产国际执委会认为国民党是一个革命的政党，这个政党坚持辛亥革命的使命，并渴望建立一个独立的中华民国。
三、共产党人为完成他们的任务，必须在国民党内部和工会中组成从属于他们自己的团体。在这些团体之外，建议成立一个宣传机构，宣传与外国帝国主义作斗争、创建民族独立的中华民国以及组织反对中外剥削者的阶级斗争的主张。
四、这一机构的建立要尽可能地得到国民党的同意，当然，它应保持完全的独立性。由于国民党在南方政府中负实际责任，它暂时需要避免与帝国主义国家发生冲突。
为了使中共全党听从马林的意见，又由最早到中国与陈独秀、李大钊取得联系的维金斯基下达另一指示交马林带回，其中这样写道：
根据共产国际主席团七月十八日决定，中共中央委员会在接到通知后，必须立即把地址迁到广州，所有的工作都必须和菲力浦同志（即马林）紧密联系下进行。
共产国际远东局 维金斯基
一九二二年七月莫斯科
这一指示的原始文件是打印在马林的衬衣上的，以便隐藏。
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陈炯明炮轰粤秀楼
肩负着实现“国共合作”重任的马林，万万没想到在他离开中国回莫斯科途中，被共产国际寄以厚望的孙中山在事业上又一次遭到严重挫折，国民党广州政府政局风云突变，曾被孙中山称为可靠的“爱国将领”、身任国民党广东省省长、粤军总司令、大本营陆军部长的陈炯明，拒绝接济孙中山军械，公开反对孙中山向北洋政府北伐，并于1922年3月，丧心病狂地暗杀了积极支持孙中山北伐的粤军参谋长兼第一师师长邓铿，迫使孙中山不得不回师韶关，改道北伐。孙中山一怒之下下令免去陈炯明的所有职务，可是手握实权的陈炯明早已不把孙中山放在眼里，他索性假戏真做，于1922年4月21日晚在省署召开紧急会议宣布下野，带领随从退居惠州西湖百花洲，又命令在广州的陈家军在石门、虎门一带布防，密电新任粤军参谋长叶举带领50个营火速赶回广州。陈炯明对孙中山的反叛表面化了。孙中山于5月17日，派当时担任广州政府陆军总长的程潜以及内政总长居正（他们都是老同盟会会员、国民党的###），前往惠州百花洲劝谕陈炯明，陈炯明假意答应程潜、居正的要求，表示服从孙中山的指挥，但在他们走后却加紧筹划政变。5月18日，叶举率部进驻广州白云山。6月13日，北洋政府的“总统”换上直系军阀曹锟、吴佩孚的傀儡黎元洪，吴佩孚密许陈炯明以两广巡阅使的职位，诱其叛变革命。陈炯明认为发动政变的时机已到，14日，假意电邀孙中山的得力助手廖仲恺来惠州，廖甫抵石龙即被扣留，旋被押送到石井兵工厂监禁，接着陈密示部属于16日清晨2时发动武装叛乱，以4000人围攻总统府，并炮轰孙中山在观音山住所粤秀楼。孙中山在叛军向粤秀楼开进时在警卫团营长叶挺掩护下，匆匆逃到停泊在长堤天宁码头附近的宝壁军舰上避难。他的许多著述手稿及同列宁通电、通信的底稿和其他来往函电仓促中遭到毁弃。孙中山毫不示弱于陈炯明，即在军舰上手拟电稿，号召各军讨平陈逆。稍后，他移驻永翔号军舰。当天下午，宋庆龄冒着密集的炮火也出了总统府，并于次日晨转赴黄埔与孙中山会合。17日孙中山转登永丰舰（后改名为“中山”号），召集舰队官兵，号召###叛逆，决定“由舰队先发炮，攻击在省叛军，以示正义之不屈，政府威信之犹在”。他率领海军各舰向大沙头、沙河、观音山等处射击，叛军纷纷逃窜。但因魏帮平所部旅长陈辛甫受叛军收买，未能遵照孙中山的命令策应海军，以致失去平叛时机。6月19日，他只好电令李烈钧、许崇智等入赣的北伐部队迅速班师回粤平叛，孙中山也只好随舰移动于珠江上等待时机。
陈炯明得到英帝国主义的帮助，在军事力量对比中占有优势，同时又使用金钱收买海军，致使海圻、深深、肇和三只大型军舰悄悄开走。而回师的北伐军，从7月10日到29日与叛军激战于韶关和翁源一带，因长期征战，疲惫不堪，弹粮供给困难，在陈炯明和直系军阀的前后夹攻下，遭受重大挫折，不得不分途向江西、湖南边境退却。孙中山闻知北伐军回师失利，孤军无援，自己留在海上于事无补，决定离粤赴沪。1922年8月9日下午，他怀着无可奈何的沉重心情，乘英舰“摩轩号”经香港，于8月18日到达上海。他的第二次护法运动又失败了。孙中山又一次陷入徬徨苦闷之中，第二次护法运动的失败是他革命征途上极端困难的时刻，是他一生中所遭受的最惨重的一次失败。他过去的历次失败皆是失败于敌人，而这次失败，“祸患于肘腋，干戈于肺腑”，相从十余年的部属，竟要置他于死地。
就在这个时候，国际友人和中国的工人阶级分别向他伸出了真诚的友谊之手。
孙中山再次从广州回到上海不几天，中共中央总书记陈独秀主动约见了国民党上海总部负责人张继，向他表示：陈炯明既已背叛革命，中国共产党即与之断绝关系。郑重声明中国共产党将不因孙中山遭到挫折而改变与其合作的原有立场。张继立即将此事速报孙中山。共产党的诚意使身陷困境中的孙中山深受感动。
带着共产国际对中共的训令刚从莫斯科回到上海不久的马林也主动上门再次会见孙中山。
马林告诉孙中山，共产国际已作出决定，要中国共产党人加入国民党，并希望两党尽快建立合作关系，在中国掀起新的革命浪潮。孙中山很高兴，当即表示愿意为此作出努力。
马林诚恳地劝告孙中山，不要靠军事行动去收复广州，而要以上海为基地开展群众性的宣传活动。
孙中山痛定思痛，回想起多次与共产国际代表的会谈，为他们诚恳的建议和苦心深深感动，他下定决心：“由今日起将13年前种种宝贵最难得的教训和经验来办以后的事。”为了改造中国必须寻求新的力量，走新的道路。
陈炯明的叛变，促使国共两党思想达到了空前的统一。
共产党加入国民党
共产国际在中共成立前后多次派代表来中国，这些代表来华后，帮助中共确立联合战线的思想，并与国民党领袖孙中山及其他国民党要人多次会谈，表达了他们对中国革命的关心，也体现了共产国际希望国共两党由对立转向合作的一片苦心。虽然这些国际代表不是中###员，也不是中共派出的与国民党会谈的直接代表，但是由于当时中共属于共产国际的一个支部，与共产国际联系紧密，所以，这些国际代表的活动，在一定程度上代表了中共的意愿，他们与国民党的会谈，为中共与国民党的早期谈判，并通过谈判走向合作奠定了基础。
当然，国共两党的合作，毕竟是中国国内两个政党自己的事，需要两党成员思想观念上的转化，需要两党政策上的调整，需要两党逐步加深接触和了解，两党之间的直接谈判，是通向合作的桥梁。
国共两党怎么联合，以什么方式联合，联合后具体行动方案如何？两党各有其政治主张。
关于两党合作的形式，中共提出“对等联合”的办法，主张国共两党及其他革命团体“共同建立一个民主主义的战线，向封建式的军阀继续战争”。对于联合后的具体工作，陈独秀作了一些设想，他认为应按以下四项程序进行：第一步组织国民军；第二步以国民革命解除国内国外的一切压迫；第三步建设民主的全国统一政府；第四步采用国家社会主义开发实业，按现在的语言是指搞社会主义建设。
关于合作后的工作，孙中山考虑的较少，他很注重合作的形式。对此，他有自己的主张，他只同意“党内合作”的形式，而不赞成“党外合作”。孙中山此时把中共看作是一种新生力量和新鲜血液，他认为，通过党内合作，吸收这种新生力量和新鲜血液，可以挽救老气横秋的国民党，他对宋庆龄说：“国民党正在堕落死亡，因此，要救治它需要有新血液。”他希望通过救活国民党，完成救国救民的夙愿。同时，孙中山认为他的三民主义本身就包含了社会主义和共产主义的内容。
面对双方主张的对立，中共以极大的耐心寻求国共合作的最佳方式，同时也以冷静的态度对待孙中山提出的“党内合作”的意见，从理论上和实践上作了详密的研究，认为这种合作的形式也有合理的成分。首先，中共刚刚成立，无论党员人数或政治影响都还有限，而国民党建党多年，规模和影响都较大，同国民党实现“党内合作”后，中共可以在三