高级编辑罗世文以及共产党成都区域重要领导人车耀先先后被捕。两人受到严刑拷打，但都没有招供。最后他们被押送到重庆。其他十来个被捕的共产党领导人，被川康区军统特务队长刘崇朴活埋了。
成都的大逮捕是军统在四川的一个早期行动，它意在显示军统在整个战时中国的有效实力。然而，在重庆市本身，在追踪共产党在国民党战时首都的地下活动方面，戴笠的组织似乎并不那么得力。据沈醉讲（为了政治缘故，他不断地贬低国民党在对付中共方面的能力），军统在重庆的侦察部门从一开始就非常窝囊，因为它在情报方面所能依赖的，无非是一些来自于社会底层的“不三不四之流”，再加上几个民主党派当中一些中下层的人士而已。军统是如何对像郭沫若、田汉或曹禺这类人物的活动进行控制的呢？军统所能指望的只不过是对他们加强监视，并让其特工不时复查有关这些社会知名人士的情报的真实性而已。
但这并不等于说军统在对付共产党方面毫无成就。在这一点上，第二次统一战线对他们不起作用。作为重庆卫戍司令部侦缉队队长的沈醉，非常想抓获共产党人。每次如愿以偿，他都会得到奖励，例如他在江北附近的一个小铁工厂里对共产党人进行的那次突击。不过，关于所谓共产党活动的假传闻，军统屡次弄巧成拙，并使无辜的人士受到无端的连累，如在1940年冬天的綦江案件当中，军统的审讯员用严刑打伤打死了500多人。又如，有一次总统府连连下令，而结果证明，并无任何颠覆活动发生。
军统监视的主要目标是共产党在化龙桥红岩村的办事处。军统为此专门在附近成立了一个特别稽查哨，由段楚田负责。但戴笠的人发现很难弄清有哪些人在他们的眼皮底下去了共产党的“老窝”。后来，情节生动的小说《红岩》以及由此改编的电影对国民党秘密特工们的无能做了淋漓尽致的描写，同时又矛盾地表现了军统（以及它后来的“保密局”）是敌人的一个残酷而恐怖的组织，它应对无数受害者的死亡负责。《红岩》的寓意之一是揭露军统的美国支持者，他们被塑造成阴险的美国“特殊顾问”，躲在拷打审讯场面的背后，一心要“从人骨头里挤出油水来！”这个反美的信息当中还夹杂了对共产党最终胜利的信心，它同50年代初朝鲜战争中的反美热潮遥相呼应。作为小说中的英雄，许云峰对毛人凤说：“马克思列宁主义也武装了中国共产党和中国人民，必然消灭一切反动派，包括你们这群美帝国主义豢养的特务！”
第二十四章 战时重庆的军统共产党的保安
政府办的兵工厂由军统负责进行专门的监视，它还控制了部队军火部门的警卫稽查处。结果，地下共产党发明了一套复杂的、类似秘密社会使用的暗号作为识别方法和密码，来保持彼此之间的联系。折成三角形的手帕、叠成三层的方形的布、手表下面系一根白色带子、特别的招呼方式（拍打左胳膊肘并用右手做出中国字“八”的手势、摸一下对方的颈背或耳垂等等），都被用来表示“战斗到底，不被活捉，不恋父母，恪尽职守”。
在蒋庞大的警察国家里，这些都是被压迫者的武器。但尽管共产党人积极在国统区的这些工厂里建立他们的支部，他们的最高领导则对国民党政权的国家军事和保安系统更感兴趣。到了1942年1月，周恩来及其在第二次统一战线下于重庆建立起来的办事处宣称：他们在四川、云南和贵州安插了5000多名特工。他和康生还向蒋的最高级的情报和反间谍机构进行了渗透（国民党中将阎宝航，是周和康领导下的间谍网核心人物，他是蒋介石的一个军事战略首领。）阎将军将希特勒进攻苏联的准确情报提供给莫斯科，把日本在中国东北的整个军事布署拍摄下来，并把日本即将进行的珍珠港空袭通报了斯大林。
另一个致命的渗透活动，是张露萍打进军统的通讯系统，使数百个军统电台站和上千名特工暴露给了共产党。这次惨败当时可能甚至促使了戴笠与美国人结盟，以寻求更好的反间谍措施。
后来还发生了最著名的渗透事件。那是在内战最后阶段的淮海战役时期，军统（那时已经改名为“保密局”）的安徽站由唐玉昆领导。唐领导的主要单位之一是军统在正阳关的办公处，其负责人刘惠生参与了把地方保安团和零散的军事单位合并起来，成立一个由黄埔毕业生廖运升指挥的第十一军的工作。
唐对廖的忠诚持怀疑态度，便命令刘惠生对他进行密切监视。刘马上把军统对廖运升的监视告诉了廖。与此同时，一个共产党情报官员张公侠开始接近刘惠生本人，他劝告刘改变立场并去说服廖运升秘密叛变。自此以后，刘惠生定期向共产党地下特工提供军统的情报报告，向山里起义的游击队们调拨无线电设备，并通过廖运升的安排使第十一军不与共产党部队发生军事冲突。
第二十四章 战时重庆的军统蒋介石的国内敌人
戴笠和他的部下一直对国民党政权内部的阴谋活动非常警惕。其中最富戏剧性的事件发生在1943年委员长去开罗的时候。一群年轻的将军不仅策划推翻蒋介石，而且还要废除何应钦、戴笠、孔祥熙、陈氏兄弟，以及那些因腐败和渎职而著称的高级官员们。戴笠的特工在此计划实施之前闻到了风声。据说这个阴谋牵涉到200至600名官员。结果有16名将军被枪决。
1944年在他的权力高峰期，戴笠除了任军统局正局长以外，还控制了下列机构：军令部第二厅、侍从室第六组、警卫组、军委会特检处、军委会水陆交通统一检查处、兵工署警卫稽查处、军委会别动军、军委会“忠义救国军”、警察站、警察培训单位、整个国统区各省、市和地方上的检查哨、军委会西南运输警务处、每个使馆的武官和助理武官，以及中国警察学会。
到了1944年春天，戴笠不仅预见到与共产党之间的内战，而且他还以招募日本战败后的傀儡政府官员来与共产党作战的方法，积极在华北地区为重建国民党中央政权做准备。美国国务院认为：“根据可靠消息来源，戴将军说共产党问题对于中国要比日本问题更重要。”
对于美国军方来说，最让人担心的是梅乐斯在中美合作所的部队有被用来对付共产党的可能性。在重庆人们越来越意识到，梅乐斯因个人与战略情报局的不和而与戴笠一起责怪情报局与中国共产党相勾结。这更加深了上述担忧。比如，7月中，梅乐斯指控战略情报局在上海向“共产党便衣人员”空投冲锋枪。他还坚持说，仔细阅读戴笠的情报档案可以证实，美国的外交官员们，如约翰·卡特·文森特（John Carter Vincent）“在牺牲中国国民党的利益，而且没有尽力维护美国的……利益。”
这种对中美合作所干涉中国面临的内战的担忧，还因延安对国民党把美国援助的军火用于反共活动的指责而加剧起来。1944年夏末之前，如果共产党抱怨说“美国使用援助的军火来进行”反共活动，那么这几乎肯定是无中生有，目的在于先发制人，以防止真的出现这种情况。但到了1944年夏天，美国驻华海军得利于飞越喜马拉雅山脉吨位的增值，开始接收每月好几吨位的空运……美国驻华海军与戴笠的秘密警察密切合作，而魏德迈相信他们私下里提供了物资。
按照美军战争正史：
1945年6月里，共产党又责怪起美国援助的军火被用于不正当目的。赫尔利（Hurley）大使认为这是延安在有意挑动内战，但魏德迈的G5部不这么认为，因此说服他们的司令对“美国驻华海军参与了中国即将发生的内战”的可能性做调查。于是魏德迈将军任命了一个由G1、G2、G3和美国驻华海军代表组成的委员会，由G5主持。
委员会于8月22日汇报说，没有“令人满意的证据”说明美国驻华海军的人被布署到国民党或“忠义救国军”部队当中来反对共产党；不过，“如果共产党干涉抗日部队的行动的话，（美国人）可能会被用来交战。”但委员会还接着注明，美国设备“至少防御性地”被用来对付共产党，那些设备在援助军火协议以外的程序下武装了戴笠，而且没有关于调拨（武器给戴笠）的现存可靠记录。
第二十四章 战时重庆的军统西南地区秘密特工的镇压
1945年的整个2月里，重庆爆发了一系列的示威和骚乱。戴笠和陈氏兄弟决定要不择手段地进行镇压。国民党秘密警察部队袭击了共产党办事处，扰乱了庆祝人民政治协商会议工作的集会，并殴打中国民主同盟的成员。
在罗隆基这样的民主同盟领导人眼里，戴笠的力量是一心同日益上升的文明社会力量作对。“中国人民为把自己从秘密警察、地方上的腐败和压迫，以及对他们言论、集会、出版等自由的压制下解放出来的斗争，将是长期而艰巨的……现在在中国许多大城市里涌现了维护民权的组织。这样的组织无疑将随着时间的推移而在全国发展，但秘密警察有可能也在同时变得更加肆无忌惮和残酷无情。反动分子和他们的秘密警察现在开始了他们最后的顽抗，但最终他们将被历史不可抗拒的力量和人民的意志扫荡殆尽。”
中国民主同盟最杰出的成员之一是李公朴，他是1936年11月22日因反对蒋介石安内攘外政策而被捕的“七君子”的热诚支持者。李在战争中继续在昆明从事反蒋活动，并被国民党的右翼视为是一个“左倾的捣乱分子”。云南省会昆明在1945至1946年间是激进学生运动的温床，而军阀龙云拒绝执行蒋介石消灭自由人士的命令，因为民主同盟在云南异常的强大，也因为在那里的四所大学（即西南联大）念