抗运动，并死在了纳粹的手里——这一事实，在福柯看来意义非同小可。由于无论是萨特还是梅洛—庞蒂都不曾在抵抗运动中表现过这种敢于牺牲的精神，故卡瓦耶的生与死实际上揭露了存在主义政治抱负的虚伪性。
乔治·康吉兰生于1904年，1961年后是福柯最亲密的学术朋友和同盟者之一。他对生物学和医学特别感兴趣，在很多方面继承了柏格森的活力论。他认为生命是一种不可抑制的超越力量，一种湍急腾跃的活力能量流，具有不稳定性、无规则性、反常性和（如在他之前的比夏就曾指出过的）可怖性。“正是反常人引起了正常人的理论兴趣，”康吉兰在他最重要的著作《正常与病态》（Le normal et le pathologique）（初版于1943年）中宣称。“规范只有透过犯规才能得到名副其实的承认。功能只有透过故障才能得到显示。生命只有透过不适应、失败和痛苦才能上升到意识和生命科学”——这种情感，将在福柯后来对“极限体验”认识论意义的领悟中，得到含蓄的共鸣。
同时，正如福柯所指出的，康吉兰“把科学史从高处（数学、天文学、伽利略力学、牛顿物理学、相对论）引向了中间区域”——亦即他自己后来的兴趣领域。透过全神贯注于生物学和医学的研究，康吉兰（用福柯的赞语来说）在这样一些领域——那里“知识的演绎性差得多，对外部过程的经济刺激和制度支持的依赖性强得多，且与各种奇异想像保持着长久得多的联系”——带来了新的光明。
但在所有的法国科学史学家中，最反常的，而且对成长中的福柯也是最重要的人物，肯定还是加斯东·巴什拉尔（1884—1962）。“我从未受过他的面教”，福柯后来回忆说，“但我读过他的书。而且老实说，在我念书的时候还在世的所有当代哲学家中，巴什拉尔是我读得最多的一位”，从中汲取了“大量我已详加阐述了的观点”。
巴什拉尔是法国高等教育界的一大奇人，一个真正的外来者。他是一个自修者，在做邮差时自学了化学。后来他又转攻科学史，缓慢地爬完了法国学术阶梯上的每一级台阶，最后于40年代做了索邦大学的哲学教授。他的研究主要集中在数学和爱因斯坦物理学方面，同时也探讨幻想、谬误和诱惑人的意象在阻碍科学进步方面所起的作用。
巴什拉尔对想像的邪恶力量越研究越入迷。1938年，他开始就四大基本要素——即土、气、火、水在想像中所起的作用进行序列研究。在每一本书里，他都以一个化学家的严谨态度对诗人的奇想进行分类。福柯《疯癫与文明》中，有一段极漂亮的文字，描述了一个有中世纪的“愚人船”来回逡巡的水上世界，这在很大程度上就得益于巴什拉尔关于水的奇想的分析方法。福柯在1954年曾宣称：“还不曾有人能（比巴什拉尔）更好地领悟想像所从事的富有生气的工作。”
但巴什拉尔对福柯的影响还不止于此。由于非同寻常而且持续不替地同诗和现代物理学两者打交道，巴什拉尔形成了一个强调决裂、断裂和分裂的世界观。他看不到辩证的和谐，只看到一种一分为二的人文形态——一边是理性，另一边是奇想：“在概念和意象之间没有综合的可能。”而且，尽管在科学中严格贯彻推理可以揭示事物的本来面目，但惟有诗的流动意象和梦境才能让真实歌唱。那种可能会阻碍科学进步的想像，这时在巴什拉尔眼里已成为某个人的“秘密存在”和“内在命运”的预告，它指示着一条“思想之外”的道路，或许违犯了“法律和人类价值观中最确凿无疑的东西”，但也在激励着“向新生活的跨跃”。透过这种强调诗歌和艺术的启示性力量，巴什拉尔的后期著作同海德格尔的后期著作发生了奇怪的合流。
所有这些法国科学史学家——从卡瓦耶直到巴什拉尔，无不反对这样一个观点，即：科学发现带来了一成不变的真理的积累，只需将这些真理像某种有条不紊的拼板游戏一样装配到一起就行了。相反，他们强调科学家的创造性作用，认为科学史远不是一种渐进的演化，而是一个为一系列概念革命所震撼的过程，这些革命产生了一些可以论证的“断裂”，反映了科学家在思考世界的方法上的种种过失。我们现代关于“真”的概念，部分地就是这些变化着的科学理论的历史性产物，而那些科学理论未来很可能还会发生变化。如果这种一般的科学观会使美国读者想起托马斯·库恩（Thomas Kuhn）那部影响广泛的《科学革命的结构》（The Structure of Scientific Revolution）（初版于1962年），原因十分简单：因为库恩熟谙并钦佩法国的科学史学家，而且像福柯一样，对“正常科学”的创造性潜能不乏疑虑。
1951年，福柯第二次参加中学哲学教师资格考试，终于通过了。在随后的4年中，在高师强大的赞助网的帮助下，他靠一系列临时的研究和教学工作来维持生计，同时日益深入地从事科学哲学方面的探索。正是在这些年里，他开始系统地研究心理学和精神病的历史，养成了每日必去国家图书馆的习惯，了解各式各样的精神病理论，从巴甫洛夫（Ivan Pavlov）、皮亚杰（Jean Piaget）到雅斯贝尔斯（Karl Jaspers）、弗洛伊德无所不读。除了其他一些工作之外，他还应阿尔都塞的邀请，于1951—1955年间做过高师的一名心理学教员，他的名气即从那里开始升腾。
与此同时，他又回到了圣安娜医院（法国最大最现代的治疗精神病的机构之一），但这次是为做研究而来的。作为一个非正式的实习医生，他在脑电图描记实验室帮忙做实验，学习如何透过分析脑电波活动的各种反常状态，来诊断脑损伤、癫痫和各种神经疾病。他还经常性地带着高师的学生访问这所医院，观看年轻的医生们运用他们的临床技术对病人作公开检测。“我在那里拥有一个很奇怪的地位，”福柯后来回忆道，“没有人在意我会干什么，我可以为所欲为。我实际上处于医护人员和病人之间的地位。”有人猜想，他的地位的模糊性可能还因他最近犯过一些癫狂的毛病而有所加强。“当时，我已癫狂得足以去研究理性，”他后来打趣说，“也有了足够的理性去研究癫狂。”“同医护人员”保持着“一段距离”，他开始体验“某个微恙”。很长时间里他什么也不做，只是观察：“我感到非常接近于那些病号，同他们没有多大的区别。”他观察着病人们，也观察着医生怎么对待他们。不过“只是在数年之后，当我着手撰写一本关于精神病学史的书的时候，我的这种微恙，这种个人体验，才表现为一种历史的批判”。
他还在这些年里，既带着好奇，也带着矛盾心理，研究了精神分析学。他和萨特在高师的一位老同学达尼埃尔·拉加什（Daniel Lagache）一起工作过，并旁听过雅克·拉康在圣安娜医院主持的某些研讨班课程，这个自1953年开始举办的研讨班后来颇负盛名。他甚至在短期内亲自参加过分析，结果却因他的治疗学家外出度假而不了了之，这令他十分懊丧。
尽管如此，弗洛伊德的一些基本观点仍对他产生了终生的影响。譬如无意识的观点，对此萨特在《存在与虚无》中曾肤浅地试图加以驳斥（这是该书最糟的段落之一），福柯却总是表现出热切的探讨兴趣。他在《词与物》中指出，无意识乃是“有可能透过它来了解”人的存在的“盲点”，是海德格尔所谓的“无思想”的阴暗帝国。他拒绝作为人类行为一种恒定生物成分的死亡本能，但把它作为一种历史的实在接受了下来，认为它在他自己对自杀的关注之外，为说明被死亡所纠缠的现代人“能够而且应该”经历“仇恨和侵犯”，提供了进一步的证据。
最后，释梦的问题也使福柯终生为之入迷。在临死之前，他还在著文论述希腊哲学家阿忒密多鲁斯（Artemidorus）那部先驱性的“梦典”。但他起初只是对他自己的梦有一种自然的好奇。他在这些年里的一个朋友这样回忆道：“为了向我说明弗洛伊德观点的正确性，他引述了他（在别人替他做精神分析时）做到的关于一把游动的外科手术刀的梦：他的精神分析者毫不费劲地使他承认了这是一种阉割幻想。”这位历史学家想起青年米歇尔曾用一把剃刀自残的往事，禁不住又回忆起福柯的父亲就是一位外科医生这一事实。
实际上福柯当时已很讨厌他的父亲。“他是个脾气很坏的人，”达尼埃尔·德费尔回忆说，而他对那位父亲的了解全是从他儿子的痛苦回想中听来的。“他总是争吵个没完，说话的嗓门老大。他很有才华，但非常专横，一副颐指气使的派头。”
还在他年纪轻轻的时候，福柯就对这位盛气凌人的家长实施过一个小小的但颇有深意的报复，使用的是一种自作主张行为、一种名义上的自残行为，即：把自己的名字中的父名砍去，PaulMichel Foucault从此变成简单的Michel Foucault。
这就是他在自己的第一本书上署的姓名。那是一部简略然而面面俱到的综述性著作，书名《精神病与个性》（Maladie mentale et personalité），出版于1954年。这本书反映了福柯成长时期学术兴趣的多样性和异质性，同时也反映了他自己正在形成的各种信念的模糊性（如果还不是混乱性的话）。黯淡的海德格尔式的系统叙述很不自然地同绚丽的马克思主义公式依偎在一起。该书论题的一部分只是关于它试图论及的全部领域的介绍，为此福柯洋洋洒洒地写了第110页枯燥乏味的话，对克利佩林（Kraepelin）和布洛伊勒（Bleuler）的早期有机心理学理论、弗洛伊德的经典精神分析�