南京保卫战开始后，日军三路进攻势如破竹，南京外围战略要地相继失陷。很快日军就突破南京外围一线防御阵地。12月9日，日军进抵南京城下，并用飞机向城中投撒日“华中方面军”司令官松井石根致南明守军的最后通牒，进行劝降。南京卫戍司令唐生智对松井的最后通牒不予理睬，并于当日下达了“卫参作字第36号”命令作为回答。内容为：“本军目下占领复廓阵地为固守南京之最后战斗，各部队应以与阵地共存亡之决心尽力固守，决不许轻弃寸土、摇动全军，若有不遵命令擅自后移，定遵委座命令，按连坐法从严办理。各军所得船只，一律缴交运输司令部保管，不准私自扣留，着派第78军军长宋希濂负责指挥。沿江宪、警严禁部队散兵私自乘船渡江，违者即行拘捕严办。倘敢抗拒，以武力制止。”企图以“破釜沉舟”的精神背水死战。
1937年12月10日，日军见南明军队拒绝投降，遂向雨花台、通济门、光华门、紫金山第3峰等阵地发起全面进攻，战况较9日更为激烈。特别是城东南方面，因复廓阵地已基本丧失，日军直接进攻城垣，所以形势尤为严峻。卫戍司令部急令第83军的第156师增援光华门、通济门城垣的守备，并于城内各要点赶筑准备巷战的预备工事，同时将第66军由大水关、燕子矶调入城内，部署于中山门及玄武门内构筑工事，准备巷战；另以刚刚由镇江撤入南京城内的第103师及第112师由教导总队总队长桂永清指挥，负责中山门附近城垣及紫金山阵地的守备。当夜，第156师选派小分队坠城而下，将潜伏城门洞中的少数日军全部歼灭。雨花台方面，日军2个师团主力和步、炮、坦克及航空兵协同攻击，将第88师右翼第一线阵地全部摧毁。残部退守第二线阵地。当晚，日军第18师团占领了芜湖。12月11日，日军第16师团猛攻紫金山南北的南明军队阵地。紫金山及其以南地区，教导总队坚决抗击。激战终日，日军毫无进展，惟其右翼部队攻占了第2军团防守的杨坊山、银孔山阵地，进至尧化门附近。日“上海派遣军”为使其第16师团进攻容易及适时切断守军的东退道路，又从正在镇江等船渡江的第13师团中调山田支队（第13师团兵步第103旅团长山田指挥的步兵3个大队、山炮兵1个大队），从第16师团右翼加入战斗，向乌龙山、幕府山炮台进攻。日军第10军的第114师团及第6师团主力继续攻击雨花台。第88师的第二线阵地又被摧毁，守军被迫据守核心阵地。日军第114师团右翼部队开始攻击中华门，城门被炮火击毁。少数日军一度突入城内，但被第88师据守城垣的部队歼灭。日军第6师团左翼部队之一部沿长江东岸北进，在介石河击退宪兵教导2团的1个营，占领了水西门外的棉花堤阵地。日军国崎支队在当涂北慈湖附近渡过长江，沿西岸北进，向浦口运动。占领芜湖的日军第18师团因转用于杭州方面，不再参加进攻南京的作战。
南京保卫战期间，蒋中正所在的武汉大本营对南京的战况也极为关注，每日均有询问及指示的电报，当蒋介石发现撤至南京部队的战斗力及士气已远不如淞沪作战，南京外围主阵地带仅防守两三天即告失守，而复廓阵地立足未稳即在主要方向上又被敌突破、迫逼城垣时深感形势严峻；当得知当涂附近已有日军渡江时，更感局势危急。为避免南京守军被敌围歼，蒋介石于11日中午考虑令南京守军撤退，遂令时在江北的顾祝同以电话转告南京卫戍司令唐生智。顾要唐当晚渡江北上，令守军相机突围。唐生智由于自己曾力主固守，若突然先行撤走，怕今后责任难负，因而要求必须先向守军将领传达清楚最高统帅的意图后方能撤离。当晚，蒋介石致电唐生智：“如情势不能久持时，可相机撤退，以图整理而期反攻。”唐生智于当夜与罗卓英、刘兴两副司令长官及周参谋长研究后，决定于14日夜开始撤退。遂于12日凌晨2时许召集参谋人员制订撤退计划及命令。###第58章 南京大屠杀
1937年12月8日，日军全面占领了南京外围一线防御阵地，开始向外廓阵地进攻。11日晚，蒋中正通过顾祝同电告唐生智“如情势不能久持时，可相机撤退”。12日，日军第6师团一部突入中华门但未能深入，其余城垣阵地还在南明军队手中。负责防守中华门的第88师师长孙元良擅自带部分部队向下关逃跑，虽被第36师师长宋希濂劝阻返回，但已经造成城内混乱。下午，唐生智仓促召集师以上将领布置撤退。按照撤退部署，除第36师掩护司令部和直属部队从下关渡江以外，其他部队都要从正面突围，但唐生智担心属于中央军嫡系在突围中损失太大，又口头命令第87师、第88师、第74军和教导总队“如不能全部突围，有轮渡时可过江”，这个前后矛盾的命令使南明军队的撤退更加混乱。会议结束后，只有属于粤系的第66军和第83军在军长叶肇和邓龙光带领下向正面突围，在付出巨大代价后成功突破日军包围，第159师代师长罗策群战死。其他部队长官大多数没有向下完整地传达撤退部署，就各自抛下部队前往江边乘事先控制的船只逃离。这些部队听说长官退往下关，以为江边已经做好了撤退准备，于是放弃阵地涌向下关一带。负责封锁挹江门的第36师没有接到允许部队撤退的命令，和从城内退往下关的部队发生冲突，很多人被打死或踩死。12日晚，唐生智与司令部成员乘坐事先保留的小火轮从下关煤炭港逃到江北，此后第74军一部约5000人以及第36师也从煤炭港乘船过江，第88师一部和第156师在下关乘自己控制的木船过江。逃到下关的南明守军已经失去建制，成为混乱的散兵，其中有些人自己扎筏过江，很多人淹死、或是被赶到的日军射杀在江中。大部分未能过江或者突围的南明士兵流散在南京街头，不少人放弃武器，换上便装躲入南京安全区。13日晨，日军攻入南京城。
日军进城兵力约50000，执行军纪维持的宪兵却仅有17人。日军除了个别地或小规模地对南京居民随时随地任意杀戮之外，还对南明人，特别是解除了武装的军警人员进行若干次大规模的“集体屠杀”。大规模屠杀方法有机枪射杀、集体活埋等，手段极其残忍。
12月15日（日军占领第3天）：已放下武器的南明军警人员3000余人被集体解赴汉中门外用机枪密集扫射，多当场遇难。负伤未死者亦与死者尸体同样遭受焚化。夜，解往鱼雷营的南明平民及已解除武装的南明军人9000余人被日军屠杀。又在宝塔桥一带屠杀3万余人。在中山北路防空壕附近枪杀200人。
12月16日（日军占领第4天）：位于南京安全区内的华侨招待所中躲避的南明男女难民5000余人被日军集体押往中山码头，双手反绑，排列成行。日军用机枪射杀后，弃尸于长江以毁尸灭迹。5000多人中仅白增荣、梁廷芳二人于中弹负伤后泅至对岸，得免于死。日军在四条巷屠杀400余人，在阴阳营屠杀100多人。
12月17日（日军占领第5天）：南明平民3000余人被日军押至煤炭港下游江边集体射杀。在放生寺、慈幼院避难的400余南明难民被集体射杀。
12月18日（日军占领的第6天）夜，下关草鞋峡。日军将从南京城内逃出被拘囚于幕府山的南明难民男女老幼共57418人，除少数已被饿死或打死，全部用铅丝捆扎，驱集到下关草鞋峡，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮。事后将所有尸骸浇以煤油焚化，以毁尸灭迹。此次屠杀仅有伍长德一人被焚未死，得以逃生。大方巷难民区内日军射杀4000余人。
1937年12月13日，《东京日日新闻》（即现在《每日新闻》）报道两名日本军官的“杀人竞赛”。日军第十六师团中岛部队两个少尉军官向井敏明和野田毅在其长官鼓励下，彼此相约“杀人竞赛”，商定在占领南京时，谁先杀满100人为胜者。他们从句容杀到汤山，向井敏明杀了89人，野田毅杀了78人，因皆未满100，“竞赛”继续进行。12月10日中午，两人在紫金山下相遇，彼此军刀已砍缺了口。野田谓杀了105人，向井谓杀了106人。又因确定不了是谁先达到杀100人之数，决定这次比赛不分胜负，重新比赛谁杀满150名中国人。
34万中国无辜的男女老少死于日军的屠刀之下，几十亿明龙币的财产遭到日军的破坏和掠夺，这样滔天罪行和暴行当然每个直接犯罪者都负有法律和道德的责任。
在日军进入南京进行大屠杀的时候，朱启睿便已经下定了决心，一定要统一全国。他于12月15日，在京城早报上发表声明，一面对南京的死难同胞表胞表达哀悼，一面发布了大明共和国军政令，征召大明共和国的武装警察部队和国民自卫队整编为大明国防军。只用了一个星期的时间，东北、华北、西北等地已动员部队200万人，加上原有的大明国防军，此时，大明共和国的国防军总数已达250余万人，其中240000万人组成了200个师的兵力，其余100000万人则是空军。并且大明北方转入战时机制，加快生产各部队的武器装备。同一时刻，朱启睿发布对日作战总动员一令，并明令对进入南京参加屠杀大明军民的日军第六师团和第101师团的官兵如在战场遭遇，立杀无赫。
“报告元首，据情报部门报告，蒋中正此时还停留在武汉行营，但明天他就要转移到贵阳，准备以那里为南明的陪都，行使南明政府权力。”朱启睿此时正在北京的中南海处，因为他正在计划着将首都迁移到保定去，那里此时已建好了用于军队的大本营总部和行使国家权力的政务院。这个报告的人则正是隶属明国的军事情报局第一处处长于焕亭，他专门是负责南明情报工作的。
“哦，让警卫师的红龙特种部队做好准备实行‘斩首行动’