第三、作战指挥上，从１８９３年起，日本的陆军参谋本部和海军军令部就是两个完全独立平等的统帅机关，分别指挥陆军和海军。虽然后来设立了大本营，作为最高统帅机关，但因为陆、海军之间各种矛盾根深蒂固，所以还是难以实施统一指挥。最高统帅名义上是天皇，实际上天皇能够直接指挥的机会并不多，很难起到统一指挥的作用，而别人根本无法同时统帅陆海两军，当陆、海军对某个问题争执不下时，大本营只好采取协调双方妥协通过一个折衷方案，而即使是这种方案也并不能真正起作用，到了战役进行中，往往陆、海军各行其事。为了避免陆海军之间不必要的摩擦，大本营将某些地区分别指定陆军或海军负责，各司其责，但这样做的缺点使陆海军之间互不通气。如在瓜岛，是划归海军负责，最初就没有一名陆军，陆军对于海军在瓜岛建机场，就全然不知。后来为了协调陆海军的行动，大本营于８月１３日制定了关于所罗门群岛作战的《陆海军中央协定》，但也只不过是一纸空文，并不起作用。
因此，在瓜岛争夺战中，陆军、海军都存在着严重的本位主义，各行其是，丝毫谈不上协同配合。陆军在岛上的总攻，未能与海军协调行动；而海军舰队的出击，也不与陆军的进攻相配合，也就发挥不出陆海军协同作战的威力。特别是在１０月下旬的总攻中，陆军与美军地面部队相差无几，海军则占有几乎一倍的优势，如果陆海军密切配合，夺回机场不是没有可能，而实际上，陆军在岛上发动第二次总攻，海军则在海上组织圣克鲁斯海战，结果，由于力量分散，陆地上既未能夺回机场，海上也没有消灭美军的舰队。在整个瓜岛战役过程中，这样的事例不胜枚举，陆海军之间的矛盾始终没有很好解决，因此说，日军没有统一的指挥，是瓜岛战役失败的重要原因之一。
第四、兵力使用上，日军麻痹轻敌，在战役之初，日军在南太平洋是攻占莫尔兹比港与夺回瓜岛双管齐下，甚至在最初的阶段，还将莫尔兹比港方向作为主要作战方向，以致于在瓜岛方向的日军缺乏足够的兵力、兵器与弹药，也就没有足够的力量突破美军的防线。
而且对美军在瓜岛的兵力判断一直有误，最初认为美军人数不会超过２０００人，实际上美军在瓜岛有１万余人，在附近的图拉吉岛有６０００人，共１６０００人。因此日军认为夺回瓜岛易如反掌，第一次上岛仅一木支队的先头部队１０００人，初战失利后，再增兵上岛，第二次上岛约１５００人，再战失利之后，第三次增兵约３５００人，形成逐次添兵的“加油”战术，以致兵力分散而攻击一再失利。到１０月下旬，日军判断瓜岛美军约７５００人，实际上美军高达２３０００人，虽然投入了第２师团主力２万人，但因兵力不占优势，火力则远远不及美军而失利。直到战役结束，日军仍未能正确查明美军的实力，这对日军的兵力使用有着极大的负面影响。
反观美军一开始就投入了第１陆战师整师，共１。６万人，登陆一举奏效，并迅速占领机场，奠定了战役胜利的基础。随后又以优势海空军掩护组织了几次较大规模的增援，加强了瓜岛地面部队的实力，最高峰时达到６万人，又有重装备支援，充足的弹药与补给供应，既能守住至关重要的机场，又有足够的力量发动进攻。这与日军的兵力使用形成了鲜明的对比。
第五、战术上，日军只重视对美军军事目标的攻击，对美军的后勤补给运输工具和物资几乎是不屑一顾。要知道，瓜岛战役是一场登陆战，而登陆战中运输船队对作战的胜负具有决定性的影响，失去运输船队的支援，即使部队登上岛屿也会因后援不继而失败，日军对这一点近乎无知，只注重对美军飞机、军舰的打击，最说明问题的是８月８日的萨沃岛海战中，日军沉重打击了美军的运输船队的护航兵力，却对运输船只和海滩上堆积如山的物资视而不见，就扬长而去。使这场战役发展成为对日军极为不利的消耗战，双方飞机对飞机，军舰对军舰拼消耗，日军这是以自己的短处与美军的长处相比拼，美军的损失凭借其巨大的工业能力能够迅速弥补，而日军几乎没有能力来补充损失，不仅失去了瓜岛，还对以后的作战产生了深远影响。
就以航母为例，战役开始时，美军在太平洋上有４艘航母，日军有６艘航母。在战役中美军损失了２艘航母，日军虽无航母被击沉，但有４艘受到重创，也只剩下２艘可以作战。但到了１９４３年底，美军在太平洋上已经有十多艘航母，而日军直到１９４４年３月才有一艘航母服役，从航母的此消彼长的变化中就可看出日军拼消耗的战术是多么愚蠢！
随着瓜岛战役的失败，日军损失的不仅仅是瓜岛，舰艇和飞机的惨重损失，大大削弱了日军的战略防御力量，对战争的发展进程有着巨大的影响。正如山本在日记中写得：“我们最初的作战是何其辉煌！自中途岛以来我们的作战是多么糟糕！”
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