这次胜利使得麦克阿瑟踌躇满志，认为反攻时刻已经到来，命令司令部制定了一项进攻新几内亚的计划。这个计划由3 条进攻轴线组成：一条轴线沿科科达小道与敌人正面交锋；一条轴线从莫尔兹比港的东面翻越欧文·斯坦利岭，来一个大迂回，从背后袭击日军，同时切断敌人的交通线；一条轴线从米尔恩湾沿巴布亚北岸向布纳实施侧击。在麦克阿瑟的指挥下，日军连连溃败。11 月6 日，麦克阿瑟将司令部迁到莫尔兹比港，亲自督战，再次大败日军，敌人司令官堀井也在溃逃途中坠河毙命。11 月16 日，他指挥美澳联军向布纳一戈纳一线日军发起总攻，经过殊死奋战，终于在1943 年1 月3日攻占了布纳，结束了这次巴布亚战役。他长吁一口气，欣慰地说道：“在菲律宾阵亡的将士今晚可以安息了。”
巴布亚战役后，麦克阿瑟精神更加振奋，一扫自菲律宾撤出以后的抑郁心情，开始思考下一步进攻所罗门群岛和新几内亚的作战行动。
1943 年夏，他的战区已有14 个澳大利亚师和3 个美国师，海军统编为第7 舰队，拥有各种舰船数百艘，各种作战飞机1400 架。6 月30 日，根据参谋长联席会议“在新儿内亚方向发起进攻，向西北推进，为收复菲律宾开辟通路”的指令，他指挥第7 舰队支援美澳联军，发起代号为“车轮”的战役，分别在萨拉莫阿以南的那索湾和新几内亚东南的吴德拉克岛、基里怀纳岛登陆。在那索湾登陆的盟军随即向萨拉莫阿的日军发动进攻，至8 月中旬，将日军约6000 人赶出市区。9 月4 日，澳大利亚第4 师、美国第41 师一部在莱城以东海岸登陆，在第503 空降团的配合下，从东西两个方向向荣城进攻，日本守军19000 人放弃该城，逃往北部山区。盟军肃清残敌后乘胜推进，于9 月22 日又在芬奇哈芬以北登陆，经过激烈战斗，于10 月2 日攻占该地域。日军伤亡惨重，加之弹药、给养几乎断绝，被迫向西北马丹地区逃窜。与此同时，美澳联军又在新不列颠岛登陆，将日军在俾斯麦群岛的防线撕开一个又一个口子，完全包围了腊包尔。麦克阿瑟进军菲律宾的道路已经打开了。
然而，就在这位昔日败走马尼拉的将军要重返菲律宾时，却传来反攻的主线将放在中太平洋的消息。
争权
1943 年11 月，罗斯福、丘吉尔和蒋介石在埃及首都开罗召开会议，研究对日作战等问题。会议决定1944 年盟军在太平洋实施两路并进的作战方针。根据这个方针，麦克阿瑟的西南太平洋战区的部队将沿新几内亚北海岸推进，从棉兰老岛进入菲律宾；而尼米兹的中太平洋战区的部队将攻占马绍尔、加罗林和马里来纳诸群岛。两路进攻部队将在吕宋一台湾一中国大陆三角圈内汇合，从那里可以轰炸、封锁、在必要时也可北上进攻日本。
麦克阿瑟起初没有反对这个计划，因为尼米兹的部队攻占马绍尔群岛不仅可以隔断日军对西南太平洋战区与美国本土之间交通线的联系，而且还可以牵制日军对西南太平洋战区部队可能形成的干扰。但是，当他闻知参谋长联席会议有把中太平洋战区作为进攻日本的主轴的动议，马上改变了原来的态度。
原来，德黑兰会议结束后，罗斯福就对马歇尔说：“这次首脑会议解决了盟军从哪条路线进攻柏林的问题，但是没有决定从哪条路线进攻东京。从战局发展来看，出兵日本本土诸岛可能是不必要的，因为通过海上和空中封锁，再加上从前线基地对日本本土进行密集轰炸就可以打败日本。这就需要在太平洋的塞班岛、关岛等建立一支战略轰炸机部队。你告诉尼米兹，让他加快在中太平洋上的进攻步伐。”
马歇尔见总统要把中太平洋方向的作战放在太平洋战场上的首位，马上想起染骛不驯的麦克阿瑟，担心这位难对付的将军不同意这个设想。
罗斯福也了解麦克阿瑟的为人，他对马歇尔说道：“我想让你去亚洲跑一趟，一定要说服他同意我的主张，至少也要两条战线平分秋色，绝不能以他那条进攻轴线为主。告诉麦克阿瑟将军，这是战略的需要。”
麦克阿瑟给了马歇尔一个不软不硬的钉子。他听说马歇尔要来西南太平洋战区视察，知道马歇尔一定要说服他同意以中太平洋为主要进攻方向，因此，他借口去阿拉维指挥那里的战事，没有去莫尔兹比港迎接马歇尔。
1943 年12 月13 日，马歇尔风尘仆仆地从欧洲飞到莫尔兹比港，一下飞机见到的不是麦克阿瑟，而是在第5 航空队司令乔治·肯尼少将，便明白这是麦克阿瑟在借机发泄。可是，为了完成总统交给他的使命，马歇尔没有计较麦克阿瑟的无礼，而主动到设在古德伊夫堡的美军第6 集团军司令部去会晤麦克阿瑟。
这是麦克阿瑟和马歇尔在第二次世界大战期间唯一的一次会晤。俩人坦率地长谈了关于太平洋战场的作战问题。
会谈一开始，麦克阿瑟就抱怨他的战区获得的兵力补充和作战物资补给都很少，却承担了太平洋战场上的主要作战任务，因此要求增加援助。
马歇尔耸耸肩膀，表示理解，但却无能为力。麦克阿瑟说：“金海军上将认为太平洋是海军的领地，似乎把太平洋的作战计划视作他私人的战事。显然，他觉得要挽回在珍珠港不幸事件中海军的面子，唯一的途径是要在一场海战中战胜日本。为此，金将军才不顾一切地拒绝将任何一支舰队置于非海军军官的指挥之下，但又主张海军军官有资格统帅陆军和空军。这简直是狭隘短浅的行为！”
马歇尔提醒道：“不要对海军抱有偏见。”
“不，这不是偏见，而是事实！”麦克阿瑟情绪又上来了。他抽了一口烟又说道：“海军不仅气度狭隘，而且作战能力不如陆军。塔拉瓦环礁登陆战造成的无畏牺牲，足以说明只有在陆军建立陆基航空兵形成保护网之后，海军才能发挥作用。遗憾的是，太平洋战争爆发以来，海军一直没有这样做。我知道总统就是个海军派，您应该说服他，不要再让海军的无知继续造成悲剧。”
说着，麦克阿瑟起身走到作战地图前，拿起一恨竹棍，向参谋长联席会议主席介绍说：“自今年6 月起，我的部队在实施‘车轮’战役中，连陷新几内亚的菜城、萨拉莫阿、芬奇哈芬等重镇，继续沿新几内亚西北海岸推进。按照计划，我的士兵即将在新不列颠岛登陆，他们将把13 万日军围囤在孤城腊包尔。这样，进军菲律宾的通路已经完全打开。难道不应以西南太平洋方向为主轴进攻线吗？”
马歇尔被麦克阿瑟这番话打动了。他思考了一会儿说道：“这倒不妨试一试：你继续沿新几内亚西北海岸向前推进，从南部棉兰老岛攻进菲律宾；尼米兹将军继续沿着原来路线，攻取马绍尔群岛、加罗林群岛和马里亚纳群岛。你们两路在吕宋一台湾一中国大陆三角圈会合后，再合兵一处进攻日本本土。”
马歇尔只能让两条战线平分秋色。他虽然没有按罗斯福的意图说服麦克阿瑟，但是也没答应麦克阿瑟以他为主的意见。
麦克阿瑟见马歇尔虽未同意以西南太平洋方向为主轴进攻线，但争取到了两路并重的允诺，也算高兴。他想，这样也好，比比看，究竟谁先到达那个三角圈内。
他对马歇尔又强调道：“我再说一遍，在我的战区内没有遭到类似海军的损失，海军和空军找不到比我更有力的支持者和鼓励者。毫不夸张地说，我感到奇怪，我们竟然听任军种之间的倾轧或个人野心妨碍战争进程。我的海军部队是最忠诚、最有战斗力的部队。我与我的海军将领合作得很好，另外，为了更有力打击敌人，加快战争步伐，保证统一指挥，我愿接受一个次要的职位。”
麦克阿瑟声称为实现统一指挥而宁愿接受一个次要职位，很难说是他的心里话。果然，几天之后，他又借机挑起了陆主海从的争论。
1944 年1 月中旬，陆军部特使弗雷德里克·奥斯本准将奉命到西南太平洋战区视察。麦克阿瑟写了一份报告，让奥斯本带给亨利·史汀生部长，并由吏汀生转呈罗斯福。报告中，他大肆吹嘘自己保存实力、扼制敌人的优点。他说，只要他拥有太平洋海、陆军部队和武器装备的指挥权，他就有信心使他的部队在年底攻占棉兰老岛。报告中有段话明显透着他要从海军手中抢过指挥权的意图：
如能正确指挥，太平洋的现有兵力已经足够了，我现在只需要指挥权。。。我不想指挥海军，但必须管制他们的战略，并能在向菲律宾群岛挺进的艰难跋涉中，必要时要求海军助一臂之力。在这以后，才有海军的任务。海军的这些正面进攻，如塔拉瓦环礁之战，是可悲的，造成了无谓的牺牲。。。 海军对太平洋战略缺乏了解，不承认第一步应由陆军建立陆基航空兵保护网后，海军才能投入战斗。。罗斯福先生是海军派，史汀生先生应当同他谈谈，应当说服他。把太平洋战争的中心指挥权交给我，我保证在10 个月年拿下菲律宾。
这份报告传开后引起了海军的震怒。许多海军将领纷纷责骂麦克阿瑟不知羞耻，狂妄至极。金上将忿忿说道：“一个丢城失地的将军竟有脸羞辱海军。塔拉瓦之战即使伤亡大了一些，毕竟赢了，而麦克阿瑟丢失的地区却还在日本人的魔掌下，温赖特以及近万名美军官兵还被囚禁在敌人的战俘营中。”
参谋长联席会议也认为麦克阿瑟做得太过分了，伤害了海军的感情。所以，对他的报告中阐述的意见报以极其冷淡的态度，根本没有回复什么意见，而继续坚持两路并重的作战方针。
然而，尼米兹这时却突然提出了一路作战的方针，支持麦克阿瑟为主攻方向的统帅。马歇尔闻知大为惊讶。
相让
原来，