全会以来去世的10人，仅有40人参加这次会议，还不过半数。开会时从候补中央委员中有选择地补了10人为中央委员，才勉强过半数。允许出席会议的候补中央委员只有9人。而被扩大参加这次会议的“中央文革小组”成员、军委办事组成员、各省市、自治区、大军区、中直机关的人员等即达74人，占会议总人数的57％多。
全会批准了《关于叛徒、内奸、工贼刘少奇罪行的审查报告》，“撤销刘少奇党内外一切职务，永远开除党籍，并继续清算刘少奇及其同伙叛党叛国的罪行。”从而酿成了中国共产党的历史上最大的一桩冤案。但就在这种氛围中，中央委员陈少敏拒不同意所谓的《审查报告》，在表决时拒不举手。
但是，早就被单独关押的刘少奇根本不知道强加给他的这一系列莫须有的所谓“罪名”，更不知道他已经被“永远开除出党”。为党奋斗了终生、为中国人民的彻底解放和社会主义革命与建设奋斗了终生的刘少奇，自始至终都没有动摇过对党、对人民的一片忠诚，对共产主义事业的坚定信念。
刘少奇以沉默反抗对他的种种诬蔑和恶毒攻击。在心力交瘁之下，刘少奇，这位已经70岁高龄的党和国家领导人身体状况每况愈下。自1968年初开始，刘少奇陆续发生肺炎、糖尿病、高血压、植物神经紊乱等多种疾病。4月上旬，刘少奇出现神志不清、表情呆滞、动作反常、站立不稳、小步态等症状。7月上旬，刘少奇开始在慢性支气管炎基础上发生支气管肺炎。7月11日至14日病情转重，经抢救脱险，但以后又多次发作，到10月共发生较大反复5次。10月9日后，刘少奇已经完全不能进食，只能靠鼻饲维持生命。10月14日，刘少奇的《病情报告》记录说：心脏有冠状动脉疾病，脑血管有硬化及脑软化，加上糖尿病，病情极有可能突然恶化，今后如再发生反复，即可能无法救治。
1969年4月1日至24日，中共九大召开，林彪所作的政治报告把“无产阶级专政下继续革命的理论”作为社会主义革命的指导思想和“文化大革命”的理论依据确定下来，使“文化大革命”的错误理论和错误实践合法化。而且，九大选举的中央领导机构使林彪、江青一伙攫取了更大的权力，林彪被选为中央副主席。
刘少奇继续被单独看管，对这些一无所知。7月5日，刘少奇支气管炎发作，发烧，咳嗽，呼吸加快，两肺湿■音明显增多，心率加快。此时的《病情报告》说：“因他年龄较大，久病长期卧床，消瘦，抵抗力极差，容易发生休克、心力衰竭、糖尿病酸中毒等并发症，故预后不良，可能随时发生死亡。”
10月17日晚，身患重病不能活动的刘少奇，被用担架抬上飞机，送到河南省开封市，秘密监禁在开封市革命委员会院内“同和裕银号”旧址的小屋内。由于长途转运，加之长期以来医疗条件跟不上，到开封后医疗条件更差，林彪、江青一伙又拒绝调拨必需药物，刘少奇病情进一步加重并迅速恶化。10月24日、31日、11月10日，三次病危。
1969年11月12日凌晨6时45分，在到达开封后的第27天，刘少奇在河南省开封市含冤逝世。没有家人在身边：王光美被监禁，子女不知所往；家人也不知道刘少奇身在何处，情况如何。就这样，一代伟人默默地冤逝。
刘少奇逝世后，遗体当夜即被火化，骨灰被秘密存放在开封。在火葬申请单上，从北京赶来的专案组人员冒用了“刘源”的名字，死者姓名则是外界很少有人知道的刘少奇少年时用过的名字“刘卫黄”。
刘少奇在痛苦中彷徨，在痛苦中挣扎，在痛苦中走向了“凤凰涅■”。