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而慈安死后；没等娘家人来；慈禧就下令将其入殓了；这更加引起人们的猜疑。
至于慈禧为什么要害死慈安；这还得追溯到同治八年；那年发生了一件严重的事：慈禧派心腹太监安得海出京替她做采办。安得海奉了皇太后的懿旨；得意洋洋；乘着轮船顺运河一路南下。当时直隶总督曾国藩得到这个消息之后；在直隶的管辖地区；没有做任何行动；但是；山东巡抚丁宝桢得到这个信息之后；认为太监出京不合祖宗法。
他一面秘密奏报；请示怎样处理安得海的出京；另一面秘密派人跟踪安得海。安得海到了山东以后；就弃船陆行；到泰安进香。快到泰安的时候；丁宝桢秘密派人逮捕了安得海一行。丁宝桢手下的官员说；要慎重处理；因为安得海是皇太后身边的太监；等到懿旨下来之后再处置。丁宝桢说；太监私自出京要正法。于是没等懿旨下来；就处死了安得海一行太监；并把得到的金银财宝上交给内务府。这件事情震动了朝廷；也震动了朝野上下。许多正义的官员表示；丁宝桢敢做敢为；坚持正义；但很多官员认为丁宝桢这一下虽然出了名；但是闯了祸。慈禧收拾一个巡抚那还不是轻而易举之事；认为他可能轻则罢官；重则论斩。
当时；慈安太后接到了丁宝桢的上奏；慈安太后找臣问怎么办？臣说；按照清朝的家法；太监外出应当正法；慈安太后因此就没有阻拦。丁宝桢杀了安得海之后；没有收尸；而是曝尸三日。
慈禧得到这个奏报后非常气愤；打狗还要看主人；何况我身边的贴身太监呢？但慈禧考虑来考虑去；最终却没有给丁宝桢任何处分；反而将丁宝桢由巡抚升为总督。这又是为什么呢？原来当时社会上流传着慈禧和安得海有特殊的关系的谣言。丁宝桢把安得海杀了之后；曝尸三天；有人看到安得海的的确确是太监；这就为慈禧太后洗刷了不白之冤。慈禧暗暗高兴；安得海和慈禧的一些流言；也就不攻自破了。所以说慈禧暗地里感谢丁宝桢。慈禧虽然没有计较丁宝桢；但在心里却恨极了慈安太后；恨她没有阻拦丁宝桢。
总之；当时慈禧得的是什么病？慈安是不是被慈禧害死的？咸丰临终之前到底有没有给慈安手谕？正史上都没有记载；从而给后人留下巨的想像空间；也是至今难以解开的历史之谜。慈安死后；慈禧独掌权。
光绪八年（1882年）；法战争爆发；清军恐怕失和而退让。1884年；法国舰队司令孤拔率领舰队驶入福建水师基地马尾军港。清军被迫迎战。同年；法军又进攻吴淞口。法军再侵犯台湾淡水、鸡笼（基隆）；台湾军务臣刘铭传率领守军扼守淡水；击退敌军侵略。第二年初；法军在水路进攻浙江镇海；在陆路进攻镇南关（今友谊关）；清军获得镇南关捷。光绪十一年（1885年）四月；清朝以胜求和、不败而败；派李鸿章同法国代表在天津签订《法新约》。
1887年正月十五日；光绪皇帝在太和殿举行典；开始亲政；颁诏天下。到1898年八月初六日；慈禧太后重新垂帘训政；光绪被囚禁；其间12年；为光绪亲政时期。
光绪临朝亲政后；53岁的慈禧表面上退居颐和园颐养天年；实际上权势依旧；仍把持着国家政务。她一方面处处限制光绪的权力；国家事都要秉承她的懿旨去办理；光绪被她掌控在手里；或被作为她显示威严的权杖；或被她看作是御座上的玩偶。慈禧规定；每隔一日；光绪必须亲自向她奏报政务；听候训示。光绪经常披星戴月；往来奔波。遇有重事情；更得随时请旨。名为皇帝；实则傀儡。另一方面她还通过自己的侄女隆裕皇后及亲信太监李莲英等人；暗监视光绪的行踪。光绪在宫内宫外遇到的困境；超过了他的先祖。
光绪皇帝亲政后10年间；在政治上最的举动是两件事：一是在甲午战争主战；二是在戊戌变法求变。
法战争；清政府吃了海军不行的亏；战争结束后；就成立了水师衙门；到19世纪80年代末；清政府的海军已逐渐建立起北洋、南洋、福建、广东水师；有一支可观的舰队；拥有70多艘军舰。其北洋水师实力最强；拥有军舰20余艘；其主力舰皆购自英国和德国。南洋水师也有20余艘军舰；多系江南制造局和福州船政局制造；也有购自英国的几艘炮艇。福建水师的20艘军舰是福州船政局生产；还有几艘购自英、美的炮艇。这些拼凑的军舰；战斗能力薄弱；无力参加重海战。90年代世界造船技术又有新的发展；相形之下清政府的海军力量没有跟上舰船制造技术的发展。
但是这个时候的国际形势和同治新政的时候不一样；俄国向远东扩张；向国的东北和西北侵略扩张；英国、法国等西方殖民者更从陆上和海上频频地对国侵略。尤其是日本；经过明治维新以后；不仅建立起一支海军舰队；而且把侵略的矛头指向朝鲜和国；从而在1894年爆发了日甲午战争。
战争爆发后；光绪出于对国家前途的忧虑；一力主战；竭力筹划备战之策。他一面请停颐和园工程以充军费；一面严令李鸿章认真备战。6月25日下谕旨对李鸿章进行斥责；指出前李鸿章不欲多派兵队；原虑衅自我开；现在势甚急迫……李鸿章身膺重任；熟悉倭韩情势；著即妥筹办法；并提醒李鸿章俄使喀希呢留津商办；究竟彼国有无助我收场之策；抑另有窥觑别谋？李鸿章当沉几审察；勿致堕其术；是为至要。
7月1日；光绪再次通过军机处谕令李鸿章备战；并指出：南洋各海口均至关重要；台湾又孤悬海外；日本必为垂涎；命令各督抚预为筹备；勿稍意。4日；光绪又针对李鸿章乞求英国领事转请英外交部派舰队赴日勒令撤兵一节；发出旨意：倭人肇衅；挟制朝鲜；倘致势难收束；朝自应张挞伐；不宜借助他邦；至异日别生枝节。并告诫李鸿章；这种示弱于人的做法；易生后患；著勿庸议。20日；日本派重兵云集朝鲜；战争一触即发。23日光绪谕令李鸿章倘倭兵逼近；已露交仗之迹；则衅开自彼；立即整军奋击；不可坐失机宜。为加强台澎防务；24日光绪命宿将刘永福赴台湾组织战守。25日；丰岛之战爆发。光绪下令诏免出使日本臣汪凤藻回国；并专谕李鸿章现与日本业已开仗；必须厚集兵力；广筹后应。
8月1日；光绪下诏对日宣战；指出：日本不遵条约；不守国法；专行诡计；衅开自彼；公论昭然。派李鸿章率军迅速出击。21日命四川提督宋庆帮办北洋军务；29日以恭亲王奕訢管总署、海军署事；并会同办理军务。
10月13日因为叶志超、卫汝贵临敌溃散；光绪将其罢职；以聂士成统两军。25日；日军强渡鸭绿江；接着连陷九连城、安东、凤凰城。29日；谕裕禄饬金州战备。30日；命提督唐仁廉募勇二十营；会安定、裕禄防剿。11月初；日军占领金州、连。22日旅顺失陷；光绪责李鸿章调度乖方；革职留任。是日；美国驻华公使田贝向总署表示；愿意为日调处；恭亲王奕欣等向光绪和慈禧转达了田贝意愿。当时光绪就直接指出：冬三月倭人畏寒；正我兵可进之时；而云停战；得毋以计误我耶？
光绪对畏敌如虎；不战即逃之将领严加惩处。11月27日；下令撤掉擅离职守摇惑人心的龚照屿的职务。12月3日；革去失金州城的副都统连顺之职；撤救援不利的提督程之伟和拥兵不救的赵怀业之职；并交部治罪。10日；鉴于奉天危急；谕军机臣等设法调拨克虏伯炮支援。13日；海城失陷；宋庆退至田庄台。16日；将已因临敌退缩革职；析木城遇敌又复溃退的副都统丰升阿、记名提督聂桂林交刑部治罪。次日；又令将叶志超、丁汝昌交刑部治罪。19日复州陷敌。22日；谕军机臣迅速整顿队伍；激励将士；遏止敌人西窜之路；并令已革职提督程允和、张光前和总兵姜桂题戴罪立功；以观后效。这时；光绪在慈禧的压力下；不得不命张荫恒、邵友濂为全权臣赴日求和；但同时又继续布置战事。28日；命刘坤一为钦差臣；关内外各军均归节制。
1895年1月；日本舰队游弋于成山海面。14日光绪著李鸿章、李秉衡饬令各军；加意严防。18日；日军在荣成湾登陆；不久占领荣成；攻陷威海卫南帮炮台。31日光绪颁旨惩罚临敌退缩之辈；并令北洋舰队和陆军奋力冲击；且勿再失事机；致以战舰资敌。此后；连发上谕；令海、陆军加强战守。
7日；日岛炮台失守。9日；定远管带刘步蟾自杀。同日光绪诏责李鸿章：闻各舰被击沉情形；不胜悲愤；北洋创办海军；殚尽十年财力；一旦悉毁于敌；震动畿疆；李鸿章专任此事；自问当得何罪？令李鸿章力图补救；齐力合剿。17日威海卫失守。
不久；慈禧太后派李鸿章赴日求和。在投降派和列强的逼迫下；光绪被迫接受李鸿章以商让土地之权；但必须斟酌重轻；与倭磋磨定议。
《马关条约》签订后；光绪以丧失领土、主权严重；表示坚决不允；拒绝签字。但是；以慈禧为首的投降派；密谋策划；威逼光绪画押。5月2日；奕訢、徐用仪、孙毓汶等人在朝廷上集体向光绪发难；要求光绪批准条约。上（光绪帝）犹迟疑；问各国回电可稍后否？济宁（孙毓汶）坚以万不可恃为词；恭邸（奕訢）无语；乃议定。众枢在直立候；上绕殿急步约时许；乃顿足流涕；奋笔书之。翌日；《马关条约》才正式批准。11日；光绪帝明发朱谕；宣示批准合约之苦衷；求天下臣民皆当共谅；我君沉惟期艰苦一心；痛除积弊。
《马关条约》；规定：割让辽东半岛、台湾、澎湖列岛及附近岛屿给日本；赔偿日本军费白银二万万两（相当于清政府三年的财政总收入）等。
在这国家危难之际；慈禧又在做什么呢？在准备隆重庆贺自己的60寿。慈禧表面上不再垂帘听政之后；改清漪园名为颐和园；兴土木。慈禧60寿时；她想仿造1761年乾隆给她母亲庆贺70寿的那个规模来做。但时代不同了；乾隆的时候是清朝的全盛时期；所谓物产丰盈、富有四海。乾隆自己还说花钱太多了；有点吃不消。而慈禧60寿这个时候已经是国贫民弱；外敌欺辱；根本没有条件来搞一个这么规模的庆寿。
但慈禧不管不顾；竟然花了七百万两银子来庆寿；从头一年就开始准备。自皇宫到颐和园沿途布置彩棚、彩