陈其美将一切安排妥当后，立即给在日本的蒋介石发出“盼即回沪”的电报。蒋介石接到电报，立即启程返回上海。与蒋介石一起返回上海的还有丁人杰、余祥辉、杨庶堪等人。会同已在上海的邵元冲、周淡游、吴忠信等，齐集陈其美麾下，组成了上海讨袁总部，蒋介石分工主管军事工作。
当时，袁世凯的势力还十分强大，军事控制极其严密，爪牙党羽遍布全国。因此，讨袁活动的准备工作只能在严格保密的前提下进行。蒋介石初返上海，深居简出，全身心地投入工作，不久便亲自拟订了一份详细的“湘沪起义军事计划书”，并在日后的起义中亲自参与讨袁作战的指挥工作。
与此同时，陈其美等人分析了形势，决定首先诛杀袁世凯在上海的爪牙上海镇守使郑汝成，以灭敌人威风，振革命气势。为执行这次杀郑任务，埋伏在郑汝成的必经之路上。11月10日，郑法成前往出席日本总领事为庆祝天皇大正加冕典礼而设的酒宴，返回时途经外白渡桥，狙击手王晓峰掷出炸弹，当即命中，汽车瘫地原地不动了。王晓峰随即与杀手王明山分别登上汽车，各开数枪，将郑汝成当场击毙。完成任务后，在大量军警纷纷赶来包围现场的情况下，两位义士从容就捕，后被租界当局引渡给中国官方遭杀害。
这时期内，陈其美与蒋介石多次身陷险境，都被他侥幸脱逃。
第一次险情发生在陈其美、蒋介石策动上海军舰起义的当天夜里。当诛杀郑汝成成功之后，陈其美和蒋介石等人商议后认为，要想在上海起义成功，必须先袭取停泊在黄浦江上的海军军舰，然后利用军舰上的炮火支援陆地的进攻。这一方案付诸实施后，经几个月的努力，海军肇和舰舰长黄鸡球、舰员陈可钩等人被革命党争取过来。这时，海军当局似乎嗅出异常的味道，发出指令，命肇和舰于12月6日升火开船，调往广州。陈其美得到情报，立即决定发动肇和舰起义。
12月5日，肇和舰宣布起义。蒋介石随同陈其美亲临南市工程总局火线督战。各路义军在陈其美和蒋介石的指挥下，分头攻击上海警察局、电灯厂、电话局等目标。但是，由于起义准备仓促，肇和舰开炮支援陆地作战的同时，未能及时组织陆战队增援陆地战斗。战至黎明，义军被袁军分而围击，伤亡惨重。陈其美和蒋介石等人只好退返指挥部。
当天夜里，法租界的巡捕突然包围渔阳里5号陈宅，要强行入内搜查。楼下的陈果夫为掩护陈其美、蒋介石等人逃跑，机警地与巡捕大声争吵。正在楼上的陈其美、蒋介石、吴忠信和邵元帅等人闻知险情，立即从楼顶的窗户跃出，攀上屋顶逃逸。大家转移到新民里 119号蒋介石的住处，原以为肇和舰已经得手，计划转移到那里去，不料清早刚一出门，就遇到了曾率众攻占肇和舰的杨虎，这才知道肇和舰在应瑞、通济两舰的夹击下死伤惨重，起义失败。
第二次遇险发生在1916年4月。l月22日陈其美被孙中山委任为中华革命军苏浙赣皖四省总司令。陈其美闻知蔡愕已在云南举事，发动了护国战争，便继续积极谋划同时在沪、浙两地发动讨袁。4月14日，陈其美又策动了江阴独立，派蒋介石协助杨虎率队攻取了江阴炮台，并趁势攻下了吴江、盛泽。不料5天之后，起义军内部发生了哗变，守卫炮台的卫兵多数逃离。只剩下蒋介石和两个士兵。蒋介石临危不乱，带领仅剩的两个士兵从炮台上撤了下来，只身一人潜回上海。
1916年4月27日，孙中山从日本返回国内，亲临上海主持讨袁斗争，并发表《第二次讨袁宣言》，号召全国人民起而进行反袁斗争，同时指示“不徒以去袁为毕事”，而应永远铲除帝制。
陈其美在孙中山抵沪后，更觉肩上责任重大，急于有所作为，以配合蔡愕领导的护国军节节胜利，全国讨袁呼声日益高涨的大好形势。然而，举事讨袁需要大量的款项，在经费奇缺的情况下，陈其美数度制订起义计划，均因经费困难而未能实现。
急于筹措革命经费的欲望导致陈其美陷入了一个危险圈套。当时袁世凯一直未放弃用金钱收买陈其美或至少使其脱离革命的企图，曾以70万元的巨资诱使陈其美出洋游历，遭陈其美严辞拒绝。袁党分子视陈其美为眼中钉肉中刺，又设计了一个杀掉陈其美的巧计：由朱光明、许国霖、程子安等人开设了一个徒有虚名的“鸿丰煤矿公司”，勾结革命党内部的叛徒李海秋，由李海秋去对陈其美说：鸿丰公司有一块矿地，准备以此向日本银行抵押一笔巨额贷款。如果陈其美能居中介绍签约，鸿丰公司愿捐出借款总额的十分之四来资助革命。求款心切的陈其美当即一口答应，并约定5月18日下午带合同书来签约。
5月18日，双方约定在旅居上海的日本侨民山田家中见面。下午，李海秋带了许国霖等人如约而至，陈其美已先在山田家中等候，大家刚刚寒暄落座，叛徒李海秋却借口说合同底稿忘记带来，匆匆返回去取。李海秋刚一出山田家大门，立即从外面冲进来两个凶手，拔枪就向陈其美射击。陈其美在毫无防范的情况下，头部连中数弹，当即身亡。
蒋介石讯此噩耗，立即赶到现场。日侨山田怕无端受牵连，已将陈其美的尸体拖到门外，蒋介石赶到后，抚尸痛哭，悲撤至极。当时还是袁世凯统治，许多人不敢公开露面，陈其美暴尸街头，惨状令人目不忍睹。蒋介石当即将陈其美的尸体移至自己的寓所，为陈其美购置棺木，20日午后入棺成殓。
为了悼念陈其美，蒋介石曾写了一篇哀忱凄切的祭文，说：“丁未至今，十载其间，所共者为何事，非安危同仗之国事乎？所约者为何辞，非生死与共之誓辞乎？而乃一死一生，国事如故，誓辞未践，死者成仁取义，因无愧于一生，而生者守信践约，岂忍惜于一死！”并表示：“大难方殷，元凶未戮，继死者之志，生者也；完死者之业，生者也。生者未死，而死者犹生，死者之志未终，而生者终之，死者之业未成，而生者成之。不终不成不已，而不死亦不已，以履去春握别扶桑第二化身之语，以守我之信践我之约而已。”
就在陈其美被杀的第19天，窃国大盗袁世凯在穷途末路中也一命呜呼了。至此，讨袁战争不战而捷。
陈其美突然罹难，蒋介石顿感失去了一个依靠。正如他在祭文中所说：“呜呼，自今以后，世将无知我之深，受我之笃，如公者乎！”终蒋介石一生，无论是在家乡还是登上了权力顶峰之后，他是非常喜欢与人结义为兄弟的，这方面的例证举不胜举。但在所有结义兄弟中，蒋介石最不能忘怀也是惟一怀了真情的念兹在兹始终不改初衷的，惟陈其美一人而已。蒋介石于北伐后跃居国民党和国民政府的最高统帅地位，并从此在大陆统治了22年之久。在这漫长的历史时期内，蒋介石始终没有忘记陈其美当年对他的提携和扶掖之恩。他对陈其美的两个侄子陈果夫和陈立夫倍加宠信、重用，对陈其美的遗孤悉心照顾和抚育，都是源于这种感恩之情。想当年蒋介石赴日留学，除了一腔热忱之外，对革命尚一无所知，正是陈其美介绍他参加了同盟会，引导他投身于辛亥革命；在其后的历次革命斗争中，又是陈其美时时处处给以指点帮助；特别是陈其美在日本向孙中山着力推荐了蒋介石，使他后来能够得到孙中山的信任、赏识和重用。对于这些，蒋介石是没齿不忘的。所以蒋介石在祭文中说：“悲乎哀哉！而今而后，教我励我，扶我爱我，同安同危同甘同苦而同心同德者，殆无其人矣！”
蒋介石之痛悼陈其美，固然多出于个人情感；而孙中山于陈其美死后，首先感到的是从此失去了一个军事上的重要助手。
袁世凯死后，中国的局势愈加混乱不堪。1917年7月12日，张勋迫使黎元洪非法解散了国会。同年10月，在海军舰船的护卫下，孙中山偕同一批革命党人南下到了广州，在广州建立了中华民国军政府，并当选为中华民国海陆军大元帅，亲自领导护法斗争。
这一时期，孙中山正在搞“联甲倒乙”的继续革命，这种方式的革命使孙中山开始重视组建军队，因为他的革命事业的成败完全取决于某一派系的军队对他的拥护或反对。
“联甲倒乙”的军事策略连连失败。军政府成立后，孙中山愈加感到组建自己的军队的重要性，于是他从桂系军队中调来一支约共8000人的部队，组成“援闽粤军”，当作自己的嫡系部队。孙中山任命党的将领陈炯明统率这支部队，驻节汕头。
也就在孙中山开始认识到军队的重要性的时候，因为陈其美的突然死亡，蒋介石成了一个比较“显眼”的军事人才。从这个意义上说，陈其美的死又一次帮了蒋介石的忙，使他很快成为孙中山信任和依赖的人。
蒋介石就是这么一个人，就是这么一种“命”，虽然主观上他未必那么想，但客观上，历史车轮的每一次转动都好像专门为了蒋介石而动的：二次革命失败，促成了蒋介石和孙中山的接近；陈其美的突然死亡，使蒋介石迅速崛起。在孙中山眼里，他很快就成了“陈其美第二”。
“第二化身”，的确如蒋介石所说，是一句“戏语”。
3．纸上谈兵，间关赴难，不啻增加二万援军
孙中山在广州成立军政府、举起护法运动的大旗时，蒋介石正在上海过着颓后失意无所适从的生活。当他突然听说孙中山在广州就任海陆军大元帅，并在积极准备兴师北伐时，他的精神不由得为之一振。他有心奔赴广州去找孙中山，但转念一想，就这么两手空空地去见大元帅，未必能谋个什么好差事。那么拿什么来做晋见孙中山大元帅的见面礼呢？蒋介石苦思苦想，自家手上没有一兵一卒，也干不成什么惊天动地的大事�