并“限于四十八小时攻下。”结果，攻城部队在敌人猛烈的炮火下，虽然个个奋勇，却终未能攻破城池。在北伐将士伤亡惨重，破城无望的情况下，蒋介石才无奈地下令停止攻击。
北伐中，蒋介石已明显暴露其培植党羽，排斥异己，偏袒“嫡系”的作风。如对王柏龄，蒋屡次轻怒其咎，姑息纵容。蒋介石办黄埔军校时就任命王柏龄为教授部主任，主管学生训育。北伐时，又任命王为代理第一军军长（辖第一、第二师），但这支被蒋介石视为嫡系中的嫡系的第一军进入江西后“即已堕落”。8月初，蒋介石曾“严电三通申斥其主帅”王柏龄。据说第一军官兵还有吸鸦片的，官长“冒名顶替吃空额”，“空闲时候就去嫖去赌”。为此，蒋曾痛诫一、二师官兵：“如果不能照我的话做到，我不再讲什么话，只有多预备几颗子弹，来枪毙我自己的学生。”蒋介石虽然讲得“声情激越，喉为之情’，但第一师进南昌后，王柏龄竟夜宿妓馆，致使孙传芳军反攻南昌时第一师军无主帅，全师覆没。王柏龄犯下如此大罪，事后蒋介石不但未予惩罚，反而继续重用。这就是蒋介石的治军之方案。
当北伐军逼进武汉时，孙传芳虑及唇亡齿寒之虞，遂乘北伐军与吴佩革相持之机挥兵援赣。北伐军立即兵指南昌，中央军除以一部巩固武汉及封锁武胜关，并协力左翼军肃清鄂西之敌外，主力即由鄂南转向赣北，进攻南河路之敌，以利南昌之攻略。1926年9月23日蒋介石的总司令行营移到宜春，策定了收复江西的作战计划，其要点以第三军全力及第一军之第一师协力攻南昌；以第六军主力攻永修，一部策应南昌之攻击；以第二军之一部向峡江方面警戒，该军主力与第一军之第二师攻取樟树；以第七军一部沿长江南岸警戒，该军主力攻占九江；第十四军及第二军之第五师，攻击吉安。至9月底，基本上将赣江上游及赣西，鄂南东部地区内之敌荡清。10月2日又将万寿宫之敌击破。当时蒋介石由清江移节高安，亲自到前线督战，向南昌进攻，与此同时又派白崇禧前往樟树方面督战。4日，蒋介石在奉新行营下达了攻击令，命令大意说：综合南行路方面的敌情，估计在南昌车站的敌军约有二千余人，乐化附近约有一个团，涂家埠附近大约有两个团，德安附近新到达的敌部队约有一个旅。南昌城的防守仍为邓如琢残部担任。我第七军于9月30日早晨，在筹溪附近将谢鸿勋的一个师全部歼灭，谢鸿勋和他的旅长庞广荫阵亡，于是我军10月1日又开始向德安前进。
第三军于10月2日在击溃万寿宫地区的敌人之后，又向嘉塘附近推进，并严密监视南昌之敌。第六军及第一军中的一个师，正在奉新及其以东的大路洪、长埠街、石宁街地区集结，要对乐化、涂家埠、安义、清安等地区进行严密地搜索和警戒。二我军为了将南洛铁路一带的敌军消灭掉，随决定于10月6日发起向南得路之敌总攻击。三，第三军抽调一部分部队在赣江西岸，对南昌的之敌人严密监视，主力部队于10月15日由驻地开始行动，攻击南昌车站（牛行）至禾化（含车站）之敌人，右翼在包抄之时须注意南昌方面之敌，左翼部队须与第六军取得联系，相互配合协同作战。四，第六军及第一军中的第一师，要于10月5日由现驻地开始行动，向禾化以北亘涂家埠之间的敌人展开攻击，右翼与第二军、左翼勺第七军要密切取得联络。五，第七军要继续向德安及九江方面的敌人发动攻击，左翼与第六军取得联络。六，其余部队在奉新，于当晚急赴高安。5日和6日进攻樟树、丰城。10月10日肃清四郊地区溃散之敌人，并将南昌包围起来。由于据守南昌之敌顽强抵抗，所以激战数日，都未能攻克，敌我两方均有重大伤亡。因此，不得不在门日下令撤出对南昌的包围，对部队进行整肃，之后又重新进行部署，随后又拟定了新的作战方针，就是：“我军在肃清江西，完成本阶段之作战任务，以主力集中于南行路以西地区纵行整顿，并抽调一部份军队先肃清抚州方面之敌，然后再集中力量再将南行路敌人之主力攻击而歼灭之。”27日．蒋介石在高安行营又下达了对南行路总攻的命令，要求各军种部队，要奋勇前进，“计划于本月29日开始运动，务于10月31日以前驱逐当面之敌，向前推进，到达准备位置。”到了引日各军都如期完成了任务。右翼军右纵队之第二军已到达谢埠市、邓家铺之钱，并开始向南昌逼近；第十四军的主力部队抢先占领进贤，并扫荡残敌；其左翼纵队亦推进至赤塘南北之线，准备肃清牛行车站外围之敌。同时中央军也已进抵店前街，正准备向禾化进攻。左翼军之第七军已到达抱桐树；第四军到达曹村；独立第二师也到达了宏家铺一带，并随时准备向德安、马回岭攻击。当时，蒋介石为了激励和鼓舞士气，激发军政部属等，以期一鼓气荡平孙传芳残部，达到本阶段作战之目的，就在高安又颁布了一道给各军将士的训令。训令说：“国内军阀，冀图苟延残喘，遂合力以谋我，复勾结帝国主义者阴谋援助，狡焉思逞，日甚一日。孙传芳尤为军阀现时重心，党国前途之障碍。故我军此次总攻击，务将孙贼势力迅速扑灭，使军阀余孽不至蔓延，即帝国主义者亦必震慑而不敢发，则时局方可报转，革命方可成功。凡我革命军人，须知我不杀贼，贼必杀我，宁为玉碎，毋为瓦全。能抱最后之牺牲，方博最后之胜利，若纵寇长乱，功败垂成，不独贻羞天下，死且无葬身之地矣。”
11月1日，部队向南昌及南行路一带发起总攻，右翼我军将敌围于南昌，中央军在牛行、乐化与敌厚战，左翼与敌血战于德安、马回岭。只数日，就将南行主力之敌击溃，7日即攻克南昌。孙传芳援赣之师到此丧失殆尽，其残余部队逃窜到皖南、鄂东，已不堪再战。北伐军遂底定江西，蒋介石于11月9日移驻南昌，又策划进军东南，以肃清孙传芳残部，以利渡江北上，直捣南京。
就在这时，蒋介石拥兵自重，与汉口方面发生了争执。
北伐军占领武汉后，由于当时全国革命的重心，已经转移到长江流域，为了适应形势的需要，国民党中央和国民政府决定迁都武汉，于1927年1月正式在武汉办公。然而，蒋介石却坚决反对迁都武汉，竭立主张迁都南昌。他的理由是政治应与军事配合，党政中央应与总司令部在一起，而总司令应设在前线南昌。实际上蒋介石是企图把党政军控制在他一个人手里。当时，武汉的共产党人、国民党左派和人民群众对蒋介石的这种企图，进行了坚决的抵制。使蒋介石未能得逞。蒋介石在《苏俄在中国》一书中回顾这段历史说：
十一月，本党中央常务委员会及国民政府委员，到南昌
集会，决定中央机关暂驻南昌，主持激定东南的军政大计。
但是十二月十三日，鲍罗廷竟在武汉集合一部分中央委员和
国府委员会开会，决定组织所谓‘联席会议’，推徐谦为主席，
执行其所谓‘党的最高职权’。这显然是莫斯科指使下对党
的分裂行动，我为了保持本党的团结和军事的统一，不能不
极力容忍。十二月十九日及二十日，我两电武汉，对于武汉
联席会议的决议案，皆表同意，并且敦劝当时留驻南昌的中
央委员和国府委员，迂移武汉，使三中全会得以举行。
而事实上，蒋介石的行为只是一种被迫的举动。当1926年11月北伐军攻克南昌后，11月初，宋庆龄、徐谦、陈友仁、吴玉章。王法勤、鲍罗廷等十多人到了南昌，蒋介石亲自接待。11月7日在庐山开会，没有议出任何具体方案，大家就下山回武汉去了。这些人一走，对蒋介石企图迁都南昌是一个打击。12月13日国民党中央执行委员和国民政府委员在武昌开会决议组织“联席会议”，在政府未正式迁来武汉之前，执行最高职权。1927年1月1日，武汉宣布国民党中央和国民政府已在武汉执行职务，而蒋介石却在1926年12月31日在南昌宣称国民党中央党部及国民政府已迁至南昌。1927年1月3日，武汉政府举行国民政府北迁和北伐胜利的庆祝大会，同日，蒋介石致电武汉称，根据南昌国民党中央政治会议决定，以及北伐军发展情况，主张国民政府暂设南昌。武汉复电不表赞同，于是蒋介石亲自到武汉，想说服武汉的国民党人。对此，李宗仁在回忆中说：“民国十六年一月中旬，蒋总司令曾亲赴武汉视察，渠见武汉风色不对，恐发生意外，稍留即去。”
当时的“风色”确实不利于蒋介石。蒋介石后来说：“1927年1月n日，他到武汉时，鲍罗廷当面对他说：“蒋介石同志，我们三年以来，共事在患难之中，所做的事情，你应该晓得，如果有压迫农工、反对C·P·的这种事情，我们无论如何要想法子来打倒的。”由于迁都武汉是大势所趋、人心所向，蒋介石也只得表示拥护。1927年2月20日和3月5日，他在南昌先后两次在欢送中央党部国民政府迁鄂的大会上发表演讲，说：“武汉是全国的中心，也是政治变迁的策源地。我们党部和政府到了武汉，一定比在南昌发展得更快。我们今天可以代表在南昌的同志，明白的告诉谭主席和各位委员：我们的政府虽然迁都武汉去了，我们在南昌的同志，对于拥护政府、拥护本党的热忱，比现在还要增加几倍。”
蒋介石的两面派手法，在这一时期被他发挥得淋漓尽致。早在1月u日，他在武汉参加群众大会时，就有人当众质问蒋介石为什么违抗国民党中央迁都武汉的决定。其后，鲍罗廷的讲话又更深地刺激了他，以致他恼羞成怒，跑回南昌，于1月19日给武汉联席会议主席徐谦发了一份电报，说鲍罗廷当众侮辱了他，要求撤销鲍罗廷的顾�